src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   Color color;\r
  15 \r
  16   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  17   {\r
  18     this.av = av;\r
  19   }\r
  20 \r
  21 \r
  22   public void renderGaps(boolean b)\r
  23   {\r
  24     renderGaps = b;\r
  25   }\r
  26 \r
  27   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  28   {\r
  29    Color c = Color.white;\r
  30     try{\r
  31        c = cs.findColour(seq, seq.getSequence(i, i + 1), i, null);\r
  32     }catch(Exception ex){}\r
  33 \r
  34     return c;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  38   {\r
  39     currentSequenceGroup = sg;\r
  40 \r
  41     drawBoxes(g, seq, start, end, x1, y1, (int) width, height, pid);\r
  42 \r
  43     fm = g.getFontMetrics();\r
  44     drawText(g,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  45 \r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void drawBoxes(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  49     int i      = start;\r
  50     int length = seq.getLength();\r
  51 \r
  52     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  53 \r
  54     int curStart = x1;\r
  55     int curWidth = width;\r
  56 \r
  57   //  int threshold = 80;\r
  58 \r
  59     while (i <= end && i < length)\r
  60     {\r
  61       color = color.white;\r
  62 \r
  63       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  64       {\r
  65         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  66              color = getResidueBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  67       }\r
  68       else if(av.getShowBoxes())\r
  69            color = getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  70 \r
  71 \r
  72     //  Hashtable hash  = (Hashtable)freq.elementAt(i-start);\r
  73     //  String    s     = (String)hash.get("maxResidue");\r
  74     //  int       count = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  75   //    int       max   = ((Integer)hash.get("size")).intValue();\r
  76    //   int       nongap = ((Integer)hash.get("nongap")).intValue();\r
  77    //   float     frac  = (float)(count*1.0/(1.0*nongap));\r
  78 \r
  79       //System.out.println("Frac/count/nongap " + frac + " " + count + " " + nongap);\r
  80     /*  if (!seq.getSequence().substring(i,i+1).equals(s) ||\r
  81           s.equals("-") ||\r
  82           s.equals(".") ||\r
  83           s.equals(" "))\r
  84       {\r
  85         c = Color.white;\r
  86       } else {\r
  87         if (frac > 0.9) {\r
  88           c = Color.red;\r
  89         } else if (frac > 0.8) {\r
  90           c = Color.orange;\r
  91         } else if (frac > 0.7) {\r
  92           c = Color.pink;\r
  93         } else if (frac > 0.5) {\r
  94           c = Color.yellow;\r
  95         } else if (frac> 0.3) {\r
  96             c = Color.lightGray;\r
  97         }\r
  98       }*/\r
  99 \r
 100       if (color != currentColor || color != null)\r
 101       {\r
 102         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 103 \r
 104         currentColor = color;\r
 105         g.setColor(color);\r
 106 \r
 107         curStart = i;\r
 108         curWidth = width;\r
 109       }\r
 110       else\r
 111         curWidth += width;\r
 112 \r
 113       i++;\r
 114     }\r
 115     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void drawText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 119   {\r
 120     int pady = height/5;\r
 121     int charOffset=0;\r
 122     g.setColor(Color.black);\r
 123 \r
 124     char s;\r
 125     // Need to find the sequence position here.\r
 126     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 127     {\r
 128         if(i<seq.getLength())\r
 129           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 130         else\r
 131           s = ' ';\r
 132 \r
 133         if(!renderGaps && (s=='-' || s=='.' || s==' '))\r
 134           continue;\r
 135 \r
 136         g.setColor(Color.black);\r
 137 \r
 138         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 139         {\r
 140           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 141             continue;\r
 142 \r
 143           if(currentSequenceGroup.getColourText())\r
 144             g.setColor(getResidueBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i).darker());\r
 145         }\r
 146         else\r
 147         {\r
 148           if(!av.getShowText())\r
 149             continue;\r
 150 \r
 151           if(av.getColourText())\r
 152             g.setColor(getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i).darker());\r
 153         }\r
 154 \r
 155       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 156       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 157     }\r
 158 \r
 159 \r
 160   }\r
 161 \r
 162   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 163   {\r
 164     if(currentSequenceGroup==null)\r
 165       return false;\r
 166 \r
 167     return (currentSequenceGroup.getStartRes()<=res && currentSequenceGroup.getEndRes()>=res)?true:false;\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void drawHighlightedText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 171   {\r
 172     int pady = height/5;\r
 173     int charOffset=0;\r
 174     g.setColor(Color.BLACK);\r
 175     g.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 176     g.setColor(Color.white);\r
 177 \r
 178     char s='~';\r
 179     // Need to find the sequence position here.\r
 180     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 181     {\r
 182        if(i<seq.getLength())\r
 183           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 184 \r
 185       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 186       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 187     }\r
 188   }\r
 189 \r
 190 \r
 191 }\r