src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 \r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
  10 {\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12 \r
  13   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  14   {\r
  15    Color c = Color.white;\r
  16     try{\r
  17        c = cs.findColour(seq, seq.getSequence(i, i + 1), i, null);\r
  18     }catch(Exception ex){}\r
  19 \r
  20     return c;\r
  21   }\r
  22 \r
  23 \r
  24   public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText, boolean colourText,Vector freq, int seqnum) {\r
  25 \r
  26 \r
  27     if (displayBoxes)\r
  28         drawBoxes(g,cs,seq,start,end,x1,y1,(int)width, height,freq);\r
  29 \r
  30     if (displayText)\r
  31     {\r
  32         fm = g.getFontMetrics();\r
  33         drawText(g,cs,colourText,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  34     }\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public void drawBoxes(Graphics g,ColourSchemeI cs, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  38     int i      = start;\r
  39     int length = seq.getLength();\r
  40 \r
  41     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  42 \r
  43     int curStart = x1;\r
  44     int curWidth = width;\r
  45 \r
  46   //  int threshold = 80;\r
  47 \r
  48     while (i <= end && i < length) {\r
  49       Color c = getResidueBoxColour(cs,seq,i);\r
  50 \r
  51     //  Hashtable hash  = (Hashtable)freq.elementAt(i-start);\r
  52     //  String    s     = (String)hash.get("maxResidue");\r
  53     //  int       count = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  54   //    int       max   = ((Integer)hash.get("size")).intValue();\r
  55    //   int       nongap = ((Integer)hash.get("nongap")).intValue();\r
  56    //   float     frac  = (float)(count*1.0/(1.0*nongap));\r
  57 \r
  58       //System.out.println("Frac/count/nongap " + frac + " " + count + " " + nongap);\r
  59     /*  if (!seq.getSequence().substring(i,i+1).equals(s) ||\r
  60           s.equals("-") ||\r
  61           s.equals(".") ||\r
  62           s.equals(" "))\r
  63       {\r
  64         c = Color.white;\r
  65       } else {\r
  66         if (frac > 0.9) {\r
  67           c = Color.red;\r
  68         } else if (frac > 0.8) {\r
  69           c = Color.orange;\r
  70         } else if (frac > 0.7) {\r
  71           c = Color.pink;\r
  72         } else if (frac > 0.5) {\r
  73           c = Color.yellow;\r
  74         } else if (frac> 0.3) {\r
  75             c = Color.lightGray;\r
  76         }\r
  77       }*/\r
  78 \r
  79       if (c != currentColor || c != null)\r
  80       {\r
  81         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  82 \r
  83         currentColor = c;\r
  84         g.setColor(c);\r
  85 \r
  86         curStart = i;\r
  87         curWidth = width;\r
  88       }\r
  89       else\r
  90         curWidth += width;\r
  91 \r
  92       i++;\r
  93     }\r
  94     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  95   }\r
  96 \r
  97   public void drawText(Graphics g, ColourSchemeI cs, boolean colText, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  98   {\r
  99     int pady = height/5;\r
 100     int charOffset=0;\r
 101     g.setColor(Color.black);\r
 102 \r
 103     char s;\r
 104     // Need to find the sequence position here.\r
 105     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 106     {\r
 107         if (i < end && i < seq.getLength())\r
 108           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 109         else if(i<seq.getLength())\r
 110           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 111         else\r
 112           s = ' ';\r
 113 \r
 114         if (colText)\r
 115         {\r
 116             Color c = getResidueBoxColour(cs, seq, i);\r
 117             g.setColor(c.darker());\r
 118         }\r
 119 \r
 120       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 121 \r
 122 \r
 123       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 124     }\r
 125   }\r
 126 \r
 127 }\r