src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.renderer.ResidueColourFinder;
  27 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32
  33 public class SequenceRenderer implements jalview.api.SequenceRenderer
  34 {
  35   final static int CHAR_TO_UPPER = 'A' - 'a';
  36
  37   AlignViewportI av;
  38
  39   FontMetrics fm;
  40
  41   boolean renderGaps = true;
  42
  43   SequenceGroup[] allGroups = null;
  44
  45   // Color resBoxColour;
  46
  47   Graphics graphics;
  48
  49   boolean monospacedFont;
  50
  51   ResidueColourFinder resColourFinder;
  52
  53   /**
  54    * Creates a new SequenceRenderer object
  55    *
  56    * @param viewport
  57    */
  58   public SequenceRenderer(AlignViewportI viewport)
  59   {
  60     this.av = viewport;
  61     resColourFinder = new ResidueColourFinder();
  62   }
  63
  64   /**
  65    * DOCUMENT ME!
  66    *
  67    * @param b
  68    *          DOCUMENT ME!
  69    */
  70   public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)
  71   {
  72     graphics = g;
  73     fm = g.getFontMetrics();
  74
  75     // If EPS graphics, stringWidth will be a double, not an int
  76     double dwidth = fm.getStringBounds("M", g).getWidth();
  77
  78     monospacedFont = (dwidth == fm.getStringBounds("|", g).getWidth() && av
  79             .getCharWidth() == dwidth);
  80
  81     this.renderGaps = renderGaps;
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Get the residue colour at the given sequence position - as determined by
  86    * the sequence group colour (if any), else the colour scheme, possibly
  87    * overridden by a feature colour.
  88    *
  89    * @param seq
  90    * @param position
  91    * @param finder
  92    * @return
  93    */
  94   @Override
  95   public Color getResidueColour(final SequenceI seq, int position,
  96           FeatureColourFinder finder)
  97   {
  98     return resColourFinder.getResidueColour(av.getResidueShading(),
  99             allGroups, seq, position,
 100             finder);
 101   }
 102
 103
 104
 105   /**
 106    * DOCUMENT ME!
 107    *
 108    * @param g
 109    *          DOCUMENT ME!
 110    * @param seq
 111    *          DOCUMENT ME!
 112    * @param sg
 113    *          DOCUMENT ME!
 114    * @param start
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    * @param end
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    * @param x1
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    * @param y1
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    * @param width
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    * @param height
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    */
 127   public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg, int start,
 128           int end, int y1)
 129   {
 130     allGroups = sg;
 131
 132     drawBoxes(seq, start, end, y1);
 133
 134     if (av.isValidCharWidth())
 135     {
 136       drawText(seq, start, end, y1);
 137     }
 138   }
 139
 140   /**
 141    * DOCUMENT ME!
 142    *
 143    * @param seq
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    * @param start
 146    *          DOCUMENT ME!
 147    * @param end
 148    *          DOCUMENT ME!
 149    * @param x1
 150    *          DOCUMENT ME!
 151    * @param y1
 152    *          DOCUMENT ME!
 153    * @param width
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    * @param height
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    */
 158   public synchronized void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end,
 159           int y1)
 160   {
 161     Color resBoxColour = Color.white;
 162
 163     if (seq == null)
 164     {
 165       return; // fix for racecondition
 166     }
 167     int i = start;
 168     int length = seq.getLength();
 169
 170     int curStart = -1;
 171     int curWidth = av.getCharWidth(), avWidth = av.getCharWidth(), avHeight = av
 172             .getCharHeight();
 173
 174     Color tempColour = null;
 175
 176     while (i <= end)
 177     {
 178       resBoxColour = Color.white;
 179
 180       if (i < length)
 181       {
 182         SequenceGroup currentSequenceGroup = resColourFinder
 183                 .getCurrentSequenceGroup(
 184                 allGroups, i);
 185         if (currentSequenceGroup != null)
 186         {
 187           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
 188           {
 189             resBoxColour = resColourFinder.getBoxColour(
 190                     currentSequenceGroup.getGroupColourScheme(), seq,
 191                     i);
 192           }
 193         }
 194         else if (av.getShowBoxes())
 195         {
 196           resBoxColour = resColourFinder
 197                   .getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 198         }
 199       }
 200
 201       if (resBoxColour != tempColour)
 202       {
 203         if (tempColour != null)
 204         {
 205           graphics.fillRect(avWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 206                   avHeight);
 207         }
 208
 209         graphics.setColor(resBoxColour);
 210
 211         curStart = i;
 212         curWidth = avWidth;
 213         tempColour = resBoxColour;
 214       }
 215       else
 216       {
 217         curWidth += avWidth;
 218       }
 219
 220       i++;
 221     }
 222
 223     graphics.fillRect(avWidth * (curStart - start), y1, curWidth, avHeight);
 224
 225   }
 226
 227   /**
 228    * DOCUMENT ME!
 229    *
 230    * @param seq
 231    *          DOCUMENT ME!
 232    * @param start
 233    *          DOCUMENT ME!
 234    * @param end
 235    *          DOCUMENT ME!
 236    * @param x1
 237    *          DOCUMENT ME!
 238    * @param y1
 239    *          DOCUMENT ME!
 240    * @param width
 241    *          DOCUMENT ME!
 242    * @param height
 243    *          DOCUMENT ME!
 244    */
 245   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 246   {
 247     y1 += av.getCharHeight() - av.getCharHeight() / 5; // height/5 replaces pady
 248     int charOffset = 0;
 249     char s;
 250
 251     if (end + 1 >= seq.getLength())
 252     {
 253       end = seq.getLength() - 1;
 254     }
 255     graphics.setColor(av.getTextColour());
 256
 257     if (monospacedFont && av.getShowText() && allGroups.length == 0
 258             && !av.getColourText() && av.getThresholdTextColour() == 0)
 259     {
 260       if (av.isRenderGaps())
 261       {
 262         graphics.drawString(seq.getSequenceAsString(start, end + 1), 0, y1);
 263       }
 264       else
 265       {
 266         char gap = av.getGapCharacter();
 267         graphics.drawString(seq.getSequenceAsString(start, end + 1)
 268                 .replace(gap, ' '), 0, y1);
 269       }
 270     }
 271     else
 272     {
 273       boolean srep = av.isDisplayReferenceSeq();
 274       boolean getboxColour = false;
 275       boolean isarep = av.getAlignment().getSeqrep() == seq;
 276       Color resBoxColour = Color.white;
 277
 278       for (int i = start; i <= end; i++)
 279       {
 280
 281         graphics.setColor(av.getTextColour());
 282         getboxColour = false;
 283         s = seq.getCharAt(i);
 284
 285         if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))
 286         {
 287           continue;
 288         }
 289
 290         SequenceGroup currentSequenceGroup = resColourFinder
 291                 .getCurrentSequenceGroup(
 292                 allGroups, i);
 293         if (currentSequenceGroup != null)
 294         {
 295           if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())
 296           {
 297             continue;
 298           }
 299
 300           if (currentSequenceGroup.thresholdTextColour > 0
 301                   || currentSequenceGroup.getColourText())
 302           {
 303             getboxColour = true;
 304             resBoxColour = resColourFinder.getBoxColour(
 305                     currentSequenceGroup.getGroupColourScheme(), seq,
 306                     i);
 307
 308             if (currentSequenceGroup.getColourText())
 309             {
 310               graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 311             }
 312
 313             if (currentSequenceGroup.thresholdTextColour > 0)
 314             {
 315               if (resBoxColour.getRed() + resBoxColour.getBlue()
 316                       + resBoxColour.getGreen() < currentSequenceGroup.thresholdTextColour)
 317               {
 318                 graphics.setColor(currentSequenceGroup.textColour2);
 319               }
 320             }
 321           }
 322           else
 323           {
 324             graphics.setColor(currentSequenceGroup.textColour);
 325           }
 326           boolean isgrep = currentSequenceGroup != null
 327                   ? currentSequenceGroup.getSeqrep() == seq : false;
 328           if (!isarep && !isgrep
 329                   && currentSequenceGroup.getShowNonconserved()) // todo
 330                                                                  // optimize
 331           {
 332             // todo - use sequence group consensus
 333             s = getDisplayChar(srep, i, s, '.', currentSequenceGroup);
 334
 335           }
 336
 337         }
 338         else
 339         {
 340           if (!av.getShowText())
 341           {
 342             continue;
 343           }
 344
 345           if (av.getColourText())
 346           {
 347             getboxColour = true;
 348             resBoxColour = resColourFinder
 349                     .getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 350
 351             if (av.getShowBoxes())
 352             {
 353               graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 354             }
 355             else
 356             {
 357               graphics.setColor(resBoxColour);
 358             }
 359           }
 360
 361           if (av.getThresholdTextColour() > 0)
 362           {
 363             if (!getboxColour)
 364             {
 365               resBoxColour = resColourFinder
 366                       .getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 367             }
 368
 369             if (resBoxColour.getRed() + resBoxColour.getBlue()
 370                     + resBoxColour.getGreen() < av.getThresholdTextColour())
 371             {
 372               graphics.setColor(av.getTextColour2());
 373             }
 374           }
 375           if (!isarep && av.getShowUnconserved())
 376           {
 377             s = getDisplayChar(srep, i, s, '.', null);
 378
 379           }
 380
 381         }
 382
 383         charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 384         graphics.drawString(String.valueOf(s),
 385                 charOffset + av.getCharWidth() * (i - start), y1);
 386
 387       }
 388     }
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Returns 'conservedChar' to represent the given position if the sequence
 393    * character at that position is equal to the consensus (ignoring case), else
 394    * returns the sequence character
 395    *
 396    * @param usesrep
 397    * @param position
 398    * @param sequenceChar
 399    * @param conservedChar
 400    * @return
 401    */
 402   private char getDisplayChar(final boolean usesrep, int position,
 403           char sequenceChar, char conservedChar, SequenceGroup currentGroup)
 404   {
 405     // TODO - use currentSequenceGroup rather than alignment
 406     // currentSequenceGroup.getConsensus()
 407     char conschar = (usesrep) ? (currentGroup == null
 408             || position < currentGroup.getStartRes()
 409             || position > currentGroup.getEndRes() ? av.getAlignment()
 410             .getSeqrep().getCharAt(position)
 411             : (currentGroup.getSeqrep() != null ? currentGroup.getSeqrep()
 412                     .getCharAt(position) : av.getAlignment().getSeqrep()
 413                     .getCharAt(position)))
 414             : (currentGroup != null && currentGroup.getConsensus() != null
 415                     && position >= currentGroup.getStartRes()
 416                     && position <= currentGroup.getEndRes() && currentGroup
 417                     .getConsensus().annotations.length > position) ? currentGroup
 418                     .getConsensus().annotations[position].displayCharacter
 419                     .charAt(0)
 420                     : av.getAlignmentConsensusAnnotation().annotations[position].displayCharacter
 421                             .charAt(0);
 422     if (!jalview.util.Comparison.isGap(conschar)
 423             && (sequenceChar == conschar || sequenceChar + CHAR_TO_UPPER == conschar))
 424     {
 425       sequenceChar = conservedChar;
 426     }
 427     return sequenceChar;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * DOCUMENT ME!
 432    *
 433    * @param seq
 434    *          DOCUMENT ME!
 435    * @param start
 436    *          DOCUMENT ME!
 437    * @param end
 438    *          DOCUMENT ME!
 439    * @param x1
 440    *          DOCUMENT ME!
 441    * @param y1
 442    *          DOCUMENT ME!
 443    * @param width
 444    *          DOCUMENT ME!
 445    * @param height
 446    *          DOCUMENT ME!
 447    */
 448   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end,
 449           int x1, int y1)
 450   {
 451     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 452     int charOffset = 0;
 453     graphics.setColor(Color.BLACK);
 454     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth() * (end - start + 1),
 455             av.getCharHeight());
 456     graphics.setColor(Color.white);
 457
 458     char s = '~';
 459
 460     // Need to find the sequence position here.
 461     if (av.isValidCharWidth())
 462     {
 463       for (int i = start; i <= end; i++)
 464       {
 465         if (i < seq.getLength())
 466         {
 467           s = seq.getCharAt(i);
 468         }
 469
 470         charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 471         graphics.drawString(String.valueOf(s),
 472                 charOffset + x1 + (av.getCharWidth() * (i - start)),
 473                 (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 474       }
 475     }
 476   }
 477
 478   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)
 479   {
 480     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 481     int charOffset = 0;
 482     graphics.setColor(Color.black);
 483     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
 484
 485     if (av.isValidCharWidth())
 486     {
 487       graphics.setColor(Color.white);
 488
 489       char s = seq.getCharAt(res);
 490
 491       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 492       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 493               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 494     }
 495
 496   }
 497 }