src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.jbgui.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class SliderPanel
  38     extends GSliderPanel
  39 {
  40   static JInternalFrame conservationSlider;
  41   static JInternalFrame PIDSlider;
  42   AlignmentPanel ap;
  43   boolean forConservation = true;
  44   ColourSchemeI cs;
  45
  46   /**
  47    * Creates a new SliderPanel object.
  48    *
  49    * @param ap DOCUMENT ME!
  50    * @param value DOCUMENT ME!
  51    * @param forConserve DOCUMENT ME!
  52    * @param cs DOCUMENT ME!
  53    */
  54   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
  55                      ColourSchemeI cs)
  56   {
  57     this.ap = ap;
  58     this.cs = cs;
  59     forConservation = forConserve;
  60     undoButton.setVisible(false);
  61     applyButton.setVisible(false);
  62
  63     if (forConservation)
  64     {
  65       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");
  66       slider.setMinimum(0);
  67       slider.setMaximum(100);
  68     }
  69     else
  70     {
  71       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");
  72       slider.setMinimum(0);
  73       slider.setMaximum(100);
  74     }
  75
  76     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  77     {
  78       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  79       {
  80         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  81         valueChanged(slider.getValue());
  82       }
  83     });
  84
  85     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  86     {
  87       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
  88       {
  89          ap.paintAlignment(true);
  90       }
  91     });
  92
  93     slider.setValue(value);
  94     valueField.setText(value + "");
  95   }
  96
  97   /**
  98    * DOCUMENT ME!
  99    *
 100    * @param ap DOCUMENT ME!
 101    * @param cs DOCUMENT ME!
 102    * @param source DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @return DOCUMENT ME!
 105    */
 106   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 107                                           ColourSchemeI cs, String source)
 108   {
 109     SliderPanel sp = null;
 110
 111     if (conservationSlider == null)
 112     {
 113       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
 114       conservationSlider = new JInternalFrame();
 115       conservationSlider.setContentPane(sp);
 116       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 117     }
 118     else
 119     {
 120       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 121       sp.cs = cs;
 122     }
 123
 124     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +
 125                                 source + ")");
 126
 127     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 128     {
 129       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 130     }
 131     else
 132     {
 133       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 134     }
 135
 136     return sp.getValue();
 137   }
 138
 139   /**
 140    * DOCUMENT ME!
 141    */
 142   public static void showConservationSlider()
 143   {
 144     try
 145     {
 146       PIDSlider.setClosed(true);
 147       PIDSlider = null;
 148     }
 149     catch (Exception ex)
 150     {
 151     }
 152
 153     if (!conservationSlider.isVisible())
 154     {
 155       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 156                                conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 157       conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.
 158                                                   InternalFrameAdapter()
 159       {
 160         public void internalFrameClosed(
 161             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 162         {
 163           conservationSlider = null;
 164         }
 165       });
 166       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 167     }
 168   }
 169
 170   /**
 171    * DOCUMENT ME!
 172    *
 173    * @param ap DOCUMENT ME!
 174    * @param cs DOCUMENT ME!
 175    * @param source DOCUMENT ME!
 176    *
 177    * @return DOCUMENT ME!
 178    */
 179   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 180                                        String source)
 181   {
 182     SliderPanel pid = null;
 183
 184     int threshold = cs.getThreshold();
 185
 186     if (PIDSlider == null)
 187     {
 188       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);
 189       PIDSlider = new JInternalFrame();
 190       PIDSlider.setContentPane(pid);
 191       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 192     }
 193     else
 194     {
 195       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 196       pid.cs = cs;
 197     }
 198
 199     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 200
 201     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 202     {
 203       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 204     }
 205     else
 206     {
 207       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 208     }
 209
 210     return pid.getValue();
 211   }
 212
 213   /**
 214    * DOCUMENT ME!
 215    */
 216   public static void showPIDSlider()
 217   {
 218     try
 219     {
 220       conservationSlider.setClosed(true);
 221       conservationSlider = null;
 222     }
 223     catch (Exception ex)
 224     {
 225     }
 226
 227     if (!PIDSlider.isVisible())
 228     {
 229       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 230                                false);
 231       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 232       PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.
 233                                          InternalFrameAdapter()
 234       {
 235         public void internalFrameClosed(
 236             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 237         {
 238           PIDSlider = null;
 239         }
 240       });
 241       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 242     }
 243   }
 244
 245   /**
 246    * DOCUMENT ME!
 247    *
 248    * @param i DOCUMENT ME!
 249    */
 250   public void valueChanged(int i)
 251   {
 252     if (cs == null)
 253     {
 254       return;
 255     }
 256
 257     ColourSchemeI toChange = null;
 258     Vector allGroups = null;
 259     int groupIndex = 0;
 260
 261     if (allGroupsCheck.isSelected())
 262     {
 263       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 264       groupIndex = allGroups.size() - 1;
 265     }
 266     else
 267     {
 268       toChange = cs;
 269     }
 270
 271     while (groupIndex > -1)
 272     {
 273       if (allGroups != null)
 274       {
 275         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;
 276
 277         if (toChange == null)
 278         {
 279           groupIndex--;
 280
 281           continue;
 282         }
 283       }
 284
 285       if (forConservation)
 286       {
 287         if (toChange.conservationApplied())
 288         {
 289           toChange.setConservationInc(i);
 290         }
 291       }
 292       else
 293       {
 294         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 295       }
 296
 297       groupIndex--;
 298     }
 299
 300     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 301   }
 302
 303   /**
 304    * DOCUMENT ME!
 305    *
 306    * @param b DOCUMENT ME!
 307    */
 308   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 309   {
 310     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 311   }
 312
 313   /**
 314    * DOCUMENT ME!
 315    *
 316    * @param e DOCUMENT ME!
 317    */
 318   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 319   {
 320     try
 321     {
 322       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 323       slider.setValue(i);
 324     }
 325     catch (NumberFormatException ex)
 326     {
 327       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 328     }
 329   }
 330
 331   /**
 332    * DOCUMENT ME!
 333    *
 334    * @param value DOCUMENT ME!
 335    */
 336   public void setValue(int value)
 337   {
 338     slider.setValue(value);
 339   }
 340
 341   /**
 342    * DOCUMENT ME!
 343    *
 344    * @return DOCUMENT ME!
 345    */
 346   public int getValue()
 347   {
 348     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 349   }
 350
 351   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 352   {
 353     if (ap.overviewPanel != null)
 354     {
 355       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 356     }
 357   }
 358
 359 }