src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.jbgui.GSliderPanel;
  26 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import java.awt.event.MouseAdapter;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.beans.PropertyVetoException;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import javax.swing.JInternalFrame;
  35 import javax.swing.JLayeredPane;
  36 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  37 import javax.swing.event.ChangeListener;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  39 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  40
  41 /**
  42  * DOCUMENT ME!
  43  *
  44  * @author $author$
  45  * @version $Revision$
  46  */
  47 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  48 {
  49   private static final String BACKGROUND = "Background";
  50
  51   static JInternalFrame conservationSlider;
  52
  53   static JInternalFrame PIDSlider;
  54
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   boolean forConservation = true;
  58
  59   ResidueShaderI cs;
  60
  61   /**
  62    * Returns the currently displayed slider panel (or null if none).
  63    *
  64    * @return
  65    */
  66   public static SliderPanel getSliderPanel()
  67   {
  68     if (conservationSlider != null && conservationSlider.isVisible())
  69     {
  70       return (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
  71     }
  72     if (PIDSlider != null && PIDSlider.isVisible())
  73     {
  74       return (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
  75     }
  76     return null;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SliderPanel object.
  81    *
  82    * @param ap
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    * @param value
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    * @param forConserve
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    * @param scheme
  89    *          DOCUMENT ME!
  90    */
  91   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value,
  92           boolean forConserve, ResidueShaderI scheme)
  93   {
  94     this.ap = ap;
  95     this.cs = scheme;
  96     forConservation = forConserve;
  97     undoButton.setVisible(false);
  98     applyButton.setVisible(false);
  99
 100     if (forConservation)
 101     {
 102       label.setText(MessageManager.getString(
 103               "label.enter_value_increase_conservation_visibility"));
 104       slider.setMinimum(0);
 105       slider.setMaximum(100);
 106     }
 107     else
 108     {
 109       label.setText(MessageManager.getString(
 110               "label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues"));
 111       slider.setMinimum(0);
 112       slider.setMaximum(100);
 113     }
 114
 115     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
 116     {
 117       @Override
 118       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 119       {
 120         valueField.setText(slider.getValue() + "");
 121         valueChanged(slider.getValue());
 122       }
 123     });
 124
 125     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
 126     {
 127       @Override
 128       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 129       {
 130         ap.paintAlignment(true, true);
 131       }
 132     });
 133
 134     slider.setValue(value);
 135     valueField.setText(value + "");
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Method to 'set focus' of the Conservation slider panel
 140    *
 141    * @param ap
 142    *          the panel to repaint on change of slider
 143    * @param rs
 144    *          the colour scheme to update on change of slider
 145    * @param source
 146    *          a text description for the panel's title
 147    *
 148    * @return
 149    */
 150   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 151           ResidueShaderI rs, String source)
 152   {
 153     SliderPanel sliderPanel = null;
 154
 155     if (conservationSlider == null)
 156     {
 157       sliderPanel = new SliderPanel(ap, rs.getConservationInc(), true, rs);
 158       conservationSlider = new JInternalFrame();
 159       conservationSlider.setContentPane(sliderPanel);
 160       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 161     }
 162     else
 163     {
 164       sliderPanel = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 165       sliderPanel.valueField
 166               .setText(String.valueOf(rs.getConservationInc()));
 167       sliderPanel.cs = rs;
 168       sliderPanel.ap = ap;
 169       sliderPanel.slider.setValue(rs.getConservationInc());
 170     }
 171
 172     conservationSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 173             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 174             { source == null ? BACKGROUND : source }));
 175
 176     List<SequenceGroup> groups = ap.av.getAlignment().getGroups();
 177     if (groups != null && !groups.isEmpty())
 178     {
 179       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 180     }
 181     else
 182     {
 183       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 184     }
 185
 186     return sliderPanel.getValue();
 187   }
 188
 189   /**
 190    * Hides the PID slider panel if it is shown
 191    */
 192   public static void hidePIDSlider()
 193   {
 194     if (PIDSlider != null)
 195     {
 196       try
 197       {
 198         PIDSlider.setClosed(true);
 199         PIDSlider = null;
 200       } catch (PropertyVetoException ex)
 201       {
 202       }
 203     }
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Hides the conservation slider panel if it is shown
 208    */
 209   public static void hideConservationSlider()
 210   {
 211     if (conservationSlider != null)
 212     {
 213       try
 214       {
 215         conservationSlider.setClosed(true);
 216         conservationSlider = null;
 217       } catch (PropertyVetoException ex)
 218       {
 219       }
 220     }
 221   }
 222
 223   /**
 224    * DOCUMENT ME!
 225    */
 226   public static void showConservationSlider()
 227   {
 228     hidePIDSlider();
 229
 230     if (!conservationSlider.isVisible())
 231     {
 232       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 233               conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 234       conservationSlider.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 235       {
 236         @Override
 237         public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 238         {
 239           conservationSlider = null;
 240         }
 241       });
 242       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 243     }
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Method to 'set focus' of the PID slider panel
 248    *
 249    * @param ap
 250    *          the panel to repaint on change of slider
 251    * @param rs
 252    *          the colour scheme to update on change of slider
 253    * @param source
 254    *          a text description for the panel's title
 255    *
 256    * @return
 257    */
 258   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ResidueShaderI rs,
 259           String source)
 260   {
 261     int threshold = rs.getThreshold();
 262
 263     SliderPanel sliderPanel = null;
 264
 265     if (PIDSlider == null)
 266     {
 267       sliderPanel = new SliderPanel(ap, threshold, false, rs);
 268       PIDSlider = new JInternalFrame();
 269       PIDSlider.setContentPane(sliderPanel);
 270       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 271     }
 272     else
 273     {
 274       sliderPanel = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 275       sliderPanel.cs = rs;
 276       sliderPanel.ap = ap;
 277       sliderPanel.valueField.setText(String.valueOf(rs.getThreshold()));
 278       sliderPanel.slider.setValue(rs.getThreshold());
 279     }
 280
 281     PIDSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 282             "label.percentage_identity_threshold", new String[]
 283             { source == null ? BACKGROUND : source }));
 284
 285     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 286     {
 287       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 288     }
 289     else
 290     {
 291       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 292     }
 293
 294     return sliderPanel.getValue();
 295   }
 296
 297   /**
 298    * DOCUMENT ME!
 299    *
 300    * @return
 301    */
 302   public static JInternalFrame showPIDSlider()
 303   {
 304     hideConservationSlider();
 305
 306     if (!PIDSlider.isVisible())
 307     {
 308       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 309               false);
 310       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 311       PIDSlider.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 312       {
 313         @Override
 314         public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 315         {
 316           PIDSlider = null;
 317         }
 318       });
 319       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 320     }
 321     return PIDSlider;
 322   }
 323
 324   /**
 325    * Updates the colour scheme with the current (identity threshold or
 326    * conservation) percentage value. Also updates all groups if 'apply to all
 327    * groups' is selected.
 328    *
 329    * @param percent
 330    */
 331   public void valueChanged(int percent)
 332   {
 333     if (!forConservation)
 334     {
 335       ap.av.setThreshold(percent);
 336     }
 337     updateColourScheme(percent, cs, null);
 338
 339     if (allGroupsCheck.isSelected())
 340     {
 341       List<SequenceGroup> groups = ap.av.getAlignment().getGroups();
 342       for (SequenceGroup sg : groups)
 343       {
 344         updateColourScheme(percent, sg.getGroupColourScheme(), sg);
 345       }
 346     }
 347
 348     ap.getSeqPanel().seqCanvas.repaint();
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Updates the colour scheme (if not null) with the current (identity
 353    * threshold or conservation) percentage value
 354    *
 355    * @param percent
 356    * @param scheme
 357    * @param sg
 358    */
 359   protected void updateColourScheme(int percent, ResidueShaderI scheme,
 360           SequenceGroup sg)
 361   {
 362     if (scheme == null)
 363     {
 364       return;
 365     }
 366     if (forConservation)
 367     {
 368       if (!scheme.conservationApplied() && sg != null)
 369       {
 370         /*
 371          * first time the colour scheme has had Conservation shading applied
 372          * - compute conservation
 373          */
 374         Conservation c = new Conservation("Group", sg.getSequences(null),
 375                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes());
 376         c.calculate();
 377         c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
 378         sg.cs.setConservation(c);
 379
 380       }
 381       scheme.setConservationApplied(true);
 382       scheme.setConservationInc(percent);
 383     }
 384     else
 385     {
 386       scheme.setThreshold(percent, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 387     }
 388   }
 389
 390   /**
 391    * DOCUMENT ME!
 392    *
 393    * @param b
 394    *          DOCUMENT ME!
 395    */
 396   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 397   {
 398     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 399     allGroupsCheck.setSelected(ap.av.getColourAppliesToAllGroups());
 400   }
 401
 402   /**
 403    * DOCUMENT ME!
 404    *
 405    * @param e
 406    *          DOCUMENT ME!
 407    */
 408   @Override
 409   public void valueField_actionPerformed()
 410   {
 411     try
 412     {
 413       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 414       slider.setValue(i);
 415     } catch (NumberFormatException ex)
 416     {
 417       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 418     }
 419   }
 420
 421   /**
 422    * DOCUMENT ME!
 423    *
 424    * @param value
 425    *          DOCUMENT ME!
 426    */
 427   public void setValue(int value)
 428   {
 429     slider.setValue(value);
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @return DOCUMENT ME!
 436    */
 437   public int getValue()
 438   {
 439     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 440   }
 441
 442   @Override
 443   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 444   {
 445     if (ap.overviewPanel != null)
 446     {
 447       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 448     }
 449   }
 450
 451   public static int getConservationValue()
 452   {
 453     return getValue(conservationSlider);
 454   }
 455
 456   static int getValue(JInternalFrame slider)
 457   {
 458     return slider == null ? 0
 459             : ((SliderPanel) slider.getContentPane()).getValue();
 460   }
 461
 462   public static int getPIDValue()
 463   {
 464     return getValue(PIDSlider);
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Answers true if the SliderPanel is for Conservation, false if it is for PID
 469    * threshold
 470    *
 471    * @return
 472    */
 473   public boolean isForConservation()
 474   {
 475     return forConservation;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * Answers the title for the slider panel; this may include 'Background' if
 480    * for the alignment, or the group id if for a group
 481    *
 482    * @return
 483    */
 484   public String getTitle()
 485   {
 486     String title = null;
 487     if (isForConservation())
 488     {
 489       if (conservationSlider != null)
 490       {
 491         title = conservationSlider.getTitle();
 492       }
 493     }
 494     else if (PIDSlider != null)
 495     {
 496       title = PIDSlider.getTitle();
 497     }
 498     return title;
 499   }
 500 }