src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.*;\r
  30 \r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 import javax.swing.event.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SliderPanel extends GSliderPanel\r
  42 {\r
  43     static JInternalFrame conservationSlider;\r
  44     static JInternalFrame PIDSlider;\r
  45     AlignmentPanel ap;\r
  46     boolean forConservation = true;\r
  47     ColourSchemeI cs;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new SliderPanel object.\r
  51      *\r
  52      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  53      * @param value DOCUMENT ME!\r
  54      * @param forConserve DOCUMENT ME!\r
  55      * @param cs DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
  58         ColourSchemeI cs)\r
  59     {\r
  60         this.ap = ap;\r
  61         this.cs = cs;\r
  62         forConservation = forConserve;\r
  63         undoButton.setVisible(false);\r
  64         applyButton.setVisible(false);\r
  65 \r
  66         if (forConservation)\r
  67         {\r
  68             label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
  69             slider.setMinimum(0);\r
  70             slider.setMaximum(100);\r
  71         }\r
  72         else\r
  73         {\r
  74             label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
  75             slider.setMinimum(0);\r
  76             slider.setMaximum(100);\r
  77         }\r
  78 \r
  79         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  80             {\r
  81                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  82                 {\r
  83                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  84                     valueChanged(slider.getValue());\r
  85                 }\r
  86             });\r
  87 \r
  88         slider.setValue(value);\r
  89         valueField.setText(value + "");\r
  90     }\r
  91 \r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * DOCUMENT ME!\r
  95      *\r
  96      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  97      * @param cs DOCUMENT ME!\r
  98      * @param source DOCUMENT ME!\r
  99      *\r
 100      * @return DOCUMENT ME!\r
 101      */\r
 102     public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,\r
 103         ColourSchemeI cs, String source)\r
 104     {\r
 105         SliderPanel sp = null;\r
 106 \r
 107         if (conservationSlider == null)\r
 108         {\r
 109             sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
 110             conservationSlider = new JInternalFrame();\r
 111             conservationSlider.setContentPane(sp);\r
 112             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 113         }\r
 114         else\r
 115         {\r
 116             sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();\r
 117             sp.cs = cs;\r
 118         }\r
 119 \r
 120         conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +\r
 121             source + ")");\r
 122 \r
 123         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 124         {\r
 125             sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 126         }\r
 127         else\r
 128         {\r
 129             sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 130         }\r
 131 \r
 132         return sp.getValue();\r
 133     }\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * DOCUMENT ME!\r
 137      */\r
 138     public static void showConservationSlider()\r
 139     {\r
 140         try\r
 141         {\r
 142             PIDSlider.setClosed(true);\r
 143             PIDSlider = null;\r
 144         }\r
 145         catch (Exception ex)\r
 146         {\r
 147         }\r
 148 \r
 149         if (!conservationSlider.isVisible())\r
 150         {\r
 151             Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,\r
 152                 conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 153             conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 154                 {\r
 155                     public void internalFrameClosed(\r
 156                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 157                     {\r
 158                         conservationSlider = null;\r
 159                     }\r
 160                 });\r
 161             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 162         }\r
 163     }\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * DOCUMENT ME!\r
 167      *\r
 168      * @param ap DOCUMENT ME!\r
 169      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 170      * @param source DOCUMENT ME!\r
 171      *\r
 172      * @return DOCUMENT ME!\r
 173      */\r
 174     public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 175         String source)\r
 176     {\r
 177         SliderPanel pid = null;\r
 178 \r
 179         int threshold = cs.getThreshold();\r
 180 \r
 181         if (PIDSlider == null)\r
 182         {\r
 183             pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 184             PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 185             PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 186             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 187         }\r
 188         else\r
 189         {\r
 190             pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();\r
 191             pid.cs = cs;\r
 192         }\r
 193 \r
 194         PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 195 \r
 196         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 197         {\r
 198             pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 199         }\r
 200         else\r
 201         {\r
 202             pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 203         }\r
 204 \r
 205         return pid.getValue();\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      */\r
 211     public static void showPIDSlider()\r
 212     {\r
 213         try\r
 214         {\r
 215             conservationSlider.setClosed(true);\r
 216             conservationSlider = null;\r
 217         }\r
 218         catch (Exception ex)\r
 219         {\r
 220         }\r
 221 \r
 222         if (!PIDSlider.isVisible())\r
 223         {\r
 224             Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,\r
 225                 false);\r
 226             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 227             PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 228                 {\r
 229                     public void internalFrameClosed(\r
 230                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 231                     {\r
 232                         PIDSlider = null;\r
 233                     }\r
 234                 });\r
 235             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 236         }\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * DOCUMENT ME!\r
 241      *\r
 242      * @param i DOCUMENT ME!\r
 243      */\r
 244     public void valueChanged(int i)\r
 245     {\r
 246         if (cs == null)\r
 247         {\r
 248             return;\r
 249         }\r
 250 \r
 251         ColourSchemeI toChange = null;\r
 252         Vector allGroups = null;\r
 253         int groupIndex = 0;\r
 254 \r
 255         if (allGroupsCheck.isSelected())\r
 256         {\r
 257             allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 258             groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 259         }\r
 260         else\r
 261         {\r
 262             toChange = cs;\r
 263         }\r
 264 \r
 265 \r
 266         while (groupIndex > -1)\r
 267         {\r
 268             if (allGroups != null)\r
 269             {\r
 270                 toChange = ((SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 271 \r
 272                 if (toChange == null)\r
 273                 {\r
 274                     groupIndex--;\r
 275 \r
 276                     continue;\r
 277                 }\r
 278             }\r
 279 \r
 280             if (forConservation)\r
 281             {\r
 282                 if (toChange.conservationApplied())\r
 283                 {\r
 284                     toChange.setConservationInc(i);\r
 285                 }\r
 286             }\r
 287             else\r
 288             {\r
 289                 toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 290             }\r
 291 \r
 292             groupIndex--;\r
 293         }\r
 294 \r
 295         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 296     }\r
 297 \r
 298     /**\r
 299      * DOCUMENT ME!\r
 300      *\r
 301      * @param b DOCUMENT ME!\r
 302      */\r
 303     public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 304     {\r
 305         allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 306     }\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * DOCUMENT ME!\r
 310      *\r
 311      * @param e DOCUMENT ME!\r
 312      */\r
 313     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 314     {\r
 315         try\r
 316         {\r
 317             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 318             slider.setValue(i);\r
 319         }\r
 320         catch (NumberFormatException ex)\r
 321         {\r
 322             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 323         }\r
 324     }\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * DOCUMENT ME!\r
 328      *\r
 329      * @param value DOCUMENT ME!\r
 330      */\r
 331     public void setValue(int value)\r
 332     {\r
 333         slider.setValue(value);\r
 334     }\r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * DOCUMENT ME!\r
 338      *\r
 339      * @return DOCUMENT ME!\r
 340      */\r
 341     public int getValue()\r
 342     {\r
 343         return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 344     }\r
 345 }\r