src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.event.MouseAdapter;
  24 import java.awt.event.MouseEvent;
  25 import java.beans.PropertyVetoException;
  26 import java.util.List;
  27
  28 import javax.swing.JInternalFrame;
  29 import javax.swing.JLayeredPane;
  30 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  31 import javax.swing.event.ChangeListener;
  32 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  33 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  34
  35 import jalview.analysis.Conservation;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.jbgui.GSliderPanel;
  38 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 /**
  42  * DOCUMENT ME!
  43  *
  44  * @author $author$
  45  * @version $Revision$
  46  */
  47 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  48 {
  49   private static final String BACKGROUND = "Background";
  50
  51   static JInternalFrame conservationSlider;
  52
  53   static JInternalFrame PIDSlider;
  54
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   boolean forConservation = true;
  58
  59   ResidueShaderI cs;
  60
  61   /**
  62    * Returns the currently displayed slider panel (or null if none).
  63    *
  64    * @return
  65    */
  66   public static SliderPanel getSliderPanel()
  67   {
  68     if (conservationSlider != null && conservationSlider.isVisible())
  69     {
  70       return (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
  71     }
  72     if (PIDSlider != null && PIDSlider.isVisible())
  73     {
  74       return (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
  75     }
  76     return null;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SliderPanel object.
  81    *
  82    * @param ap
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    * @param value
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    * @param forConserve
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    * @param scheme
  89    *          DOCUMENT ME!
  90    */
  91   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value,
  92           boolean forConserve, ResidueShaderI scheme)
  93   {
  94     this.ap = ap;
  95     this.cs = scheme;
  96     forConservation = forConserve;
  97     undoButton.setVisible(false);
  98     applyButton.setVisible(false);
  99
 100     if (forConservation)
 101     {
 102       label.setText(MessageManager.getString(
 103               "label.enter_value_increase_conservation_visibility"));
 104       slider.setMinimum(0);
 105       slider.setMaximum(100);
 106     }
 107     else
 108     {
 109       label.setText(MessageManager.getString(
 110               "label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues"));
 111       slider.setMinimum(0);
 112       slider.setMaximum(100);
 113     }
 114
 115     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
 116     {
 117       @Override
 118       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 119       {
 120         valueField.setText(String.valueOf(slider.getValue()));
 121         valueChanged(slider.getValue());
 122       }
 123     });
 124
 125     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
 126     {
 127       @Override
 128       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 129       {
 130         ap.paintAlignment(true, true);
 131       }
 132     });
 133
 134     slider.setValue(value);
 135     valueField.setText(String.valueOf(value));
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Method to 'set focus' of the Conservation slider panel
 140    *
 141    * @param ap
 142    *          the panel to repaint on change of slider
 143    * @param rs
 144    *          the colour scheme to update on change of slider
 145    * @param source
 146    *          a text description for the panel's title
 147    *
 148    * @return
 149    */
 150   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 151           ResidueShaderI rs, String source)
 152   {
 153     SliderPanel sliderPanel = null;
 154
 155     if (conservationSlider == null)
 156     {
 157       sliderPanel = new SliderPanel(ap, rs.getConservationInc(), true, rs);
 158       conservationSlider = new JInternalFrame();
 159       conservationSlider.setContentPane(sliderPanel);
 160       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 161     }
 162     else
 163     {
 164       sliderPanel = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 165       sliderPanel.valueField
 166               .setText(String.valueOf(rs.getConservationInc()));
 167       sliderPanel.cs = rs;
 168       sliderPanel.ap = ap;
 169       sliderPanel.slider.setValue(rs.getConservationInc());
 170     }
 171
 172     conservationSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 173             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 174             { source == null ? BACKGROUND : source }));
 175
 176     List<SequenceGroup> groups = ap.av.getAlignment().getGroups();
 177     if (groups != null && !groups.isEmpty())
 178     {
 179       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 180       sliderPanel.allGroupsCheck
 181               .setSelected(ap.av.getColourAppliesToAllGroups());
 182     }
 183     else
 184     {
 185       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 186     }
 187
 188     return sliderPanel.getValue();
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Hides the PID slider panel if it is shown
 193    */
 194   public static void hidePIDSlider()
 195   {
 196     if (PIDSlider != null)
 197     {
 198       try
 199       {
 200         PIDSlider.setClosed(true);
 201         PIDSlider = null;
 202       } catch (PropertyVetoException ex)
 203       {
 204       }
 205     }
 206   }
 207
 208   /**
 209    * Hides the conservation slider panel if it is shown
 210    */
 211   public static void hideConservationSlider()
 212   {
 213     if (conservationSlider != null)
 214     {
 215       try
 216       {
 217         conservationSlider.setClosed(true);
 218         conservationSlider = null;
 219       } catch (PropertyVetoException ex)
 220       {
 221       }
 222     }
 223   }
 224
 225   /**
 226    * DOCUMENT ME!
 227    */
 228   public static void showConservationSlider()
 229   {
 230     hidePIDSlider();
 231
 232     if (!conservationSlider.isVisible())
 233     {
 234       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 235               conservationSlider.getTitle(), Desktop.FRAME_MAKE_VISIBLE, FRAME_WIDTH,
 236               FRAME_HEIGHT, Desktop.FRAME_NOT_RESIZABLE, Desktop.FRAME_ALLOW_ANY_SIZE);
 237       conservationSlider.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 238       {
 239         @Override
 240         public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 241         {
 242           conservationSlider = null;
 243         }
 244       });
 245       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 246     }
 247   }
 248
 249   /**
 250    * Method to 'set focus' of the PID slider panel
 251    *
 252    * @param ap
 253    *          the panel to repaint on change of slider
 254    * @param rs
 255    *          the colour scheme to update on change of slider
 256    * @param source
 257    *          a text description for the panel's title
 258    *
 259    * @return
 260    */
 261   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ResidueShaderI rs,
 262           String source)
 263   {
 264     int threshold = rs.getThreshold();
 265
 266     SliderPanel sliderPanel = null;
 267
 268     if (PIDSlider == null)
 269     {
 270       sliderPanel = new SliderPanel(ap, threshold, false, rs);
 271       PIDSlider = new JInternalFrame();
 272       PIDSlider.setContentPane(sliderPanel);
 273       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 274     }
 275     else
 276     {
 277       sliderPanel = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 278       sliderPanel.cs = rs;
 279       sliderPanel.ap = ap;
 280       sliderPanel.valueField.setText(String.valueOf(rs.getThreshold()));
 281       sliderPanel.slider.setValue(rs.getThreshold());
 282     }
 283
 284     PIDSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 285             "label.percentage_identity_threshold", new String[]
 286             { source == null ? BACKGROUND : source }));
 287
 288     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 289     {
 290       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 291     }
 292     else
 293     {
 294       sliderPanel.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 295     }
 296
 297     return sliderPanel.getValue();
 298   }
 299
 300   /**
 301    * DOCUMENT ME!
 302    *
 303    * @return
 304    */
 305   public static JInternalFrame showPIDSlider()
 306   {
 307     hideConservationSlider();
 308
 309     if (!PIDSlider.isVisible())
 310     {
 311       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), Desktop.FRAME_MAKE_VISIBLE,
 312               FRAME_WIDTH, FRAME_HEIGHT, Desktop.FRAME_NOT_RESIZABLE, Desktop.FRAME_ALLOW_ANY_SIZE);
 313       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 314       PIDSlider.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 315       {
 316         @Override
 317         public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 318         {
 319           PIDSlider = null;
 320         }
 321       });
 322       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 323     }
 324     return PIDSlider;
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Updates the colour scheme with the current (identity threshold or
 329    * conservation) percentage value. Also updates all groups if 'apply to all
 330    * groups' is selected.
 331    *
 332    * @param percent
 333    */
 334   public void valueChanged(int percent)
 335   {
 336     if (!forConservation)
 337     {
 338       ap.av.setThreshold(percent);
 339     }
 340     updateColourScheme(percent, cs, null);
 341
 342     if (allGroupsCheck.isSelected())
 343     {
 344       List<SequenceGroup> groups = ap.av.getAlignment().getGroups();
 345       for (SequenceGroup sg : groups)
 346       {
 347         updateColourScheme(percent, sg.getGroupColourScheme(), sg);
 348       }
 349     }
 350
 351     ap.getSeqPanel().seqCanvas.repaint();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Updates the colour scheme (if not null) with the current (identity
 356    * threshold or conservation) percentage value
 357    *
 358    * @param percent
 359    * @param scheme
 360    * @param sg
 361    */
 362   protected void updateColourScheme(int percent, ResidueShaderI scheme,
 363           SequenceGroup sg)
 364   {
 365     if (scheme == null)
 366     {
 367       return;
 368     }
 369     if (forConservation)
 370     {
 371       if (!scheme.conservationApplied() && sg != null)
 372       {
 373         /*
 374          * first time the colour scheme has had Conservation shading applied
 375          * - compute conservation
 376          */
 377         Conservation c = new Conservation("Group", sg.getSequences(null),
 378                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes());
 379         c.calculate();
 380         c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
 381         sg.cs.setConservation(c);
 382
 383       }
 384       scheme.setConservationApplied(true);
 385       scheme.setConservationInc(percent);
 386     }
 387     else
 388     {
 389       scheme.setThreshold(percent, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 390     }
 391   }
 392
 393   /**
 394    * DOCUMENT ME!
 395    *
 396    * @param b
 397    *          DOCUMENT ME!
 398    */
 399   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 400   {
 401     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 402   }
 403
 404   /**
 405    * DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @param e
 408    *          DOCUMENT ME!
 409    */
 410   @Override
 411   public void valueField_actionPerformed()
 412   {
 413     try
 414     {
 415       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 416       slider.setValue(i);
 417     } catch (NumberFormatException ex)
 418     {
 419       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 420     }
 421   }
 422
 423   /**
 424    * DOCUMENT ME!
 425    *
 426    * @param value
 427    *          DOCUMENT ME!
 428    */
 429   public void setValue(int value)
 430   {
 431     slider.setValue(value);
 432   }
 433
 434   /**
 435    * DOCUMENT ME!
 436    *
 437    * @return DOCUMENT ME!
 438    */
 439   public int getValue()
 440   {
 441     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 442   }
 443
 444   @Override
 445   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 446   {
 447     if (ap.overviewPanel != null)
 448     {
 449       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 450     }
 451   }
 452
 453   public static int getConservationValue()
 454   {
 455     return getValue(conservationSlider);
 456   }
 457
 458   static int getValue(JInternalFrame slider)
 459   {
 460     return slider == null ? 0
 461             : ((SliderPanel) slider.getContentPane()).getValue();
 462   }
 463
 464   public static int getPIDValue()
 465   {
 466     return getValue(PIDSlider);
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Answers true if the SliderPanel is for Conservation, false if it is for PID
 471    * threshold
 472    *
 473    * @return
 474    */
 475   public boolean isForConservation()
 476   {
 477     return forConservation;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Answers the title for the slider panel; this may include 'Background' if
 482    * for the alignment, or the group id if for a group
 483    *
 484    * @return
 485    */
 486   public String getTitle()
 487   {
 488     String title = null;
 489     if (isForConservation())
 490     {
 491       if (conservationSlider != null)
 492       {
 493         title = conservationSlider.getTitle();
 494       }
 495     }
 496     else if (PIDSlider != null)
 497     {
 498       title = PIDSlider.getTitle();
 499     }
 500     return title;
 501   }
 502 }