src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbgui.*;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 public class SliderPanel extends GSliderPanel\r
  31 {\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   boolean forConservation = true;\r
  34   ColourSchemeI cs;\r
  35 \r
  36   static JInternalFrame conservationSlider;\r
  37   static JInternalFrame PIDSlider;\r
  38 \r
  39   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs, String source)\r
  40   {\r
  41     SliderPanel sp = null;\r
  42     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)cs;\r
  43 \r
  44     if(conservationSlider == null)\r
  45     {\r
  46       sp = new SliderPanel(ap, ccs.inc, true, cs);\r
  47       conservationSlider = new JInternalFrame();\r
  48       conservationSlider.setContentPane(sp);\r
  49       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  50     }\r
  51     else\r
  52     {\r
  53         sp = (SliderPanel)conservationSlider.getContentPane();\r
  54         sp.cs = cs;\r
  55     }\r
  56 \r
  57     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  ("+source+")");\r
  58     if(ap.av.alignment.getGroups()!=null)\r
  59       sp.setAllGroupsCheckEnabled( true );\r
  60     else\r
  61       sp.setAllGroupsCheckEnabled( false);\r
  62 \r
  63     return sp.getValue();\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public static void showConservationSlider()\r
  67   {\r
  68     try{\r
  69       PIDSlider.setClosed(true);\r
  70       PIDSlider = null;\r
  71     }catch(Exception ex){}\r
  72 \r
  73 \r
  74     if(!conservationSlider.isVisible())\r
  75     {\r
  76       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider, conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
  77       conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
  78                                                   InternalFrameAdapter()\r
  79       {\r
  80         public void internalFrameClosed(javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
  81         {\r
  82           conservationSlider = null;\r
  83         }\r
  84       });\r
  85       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  86     }\r
  87 \r
  88   }\r
  89 \r
  90   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs, String source)\r
  91    {\r
  92      SliderPanel pid = null;\r
  93 \r
  94      int threshold = 50;\r
  95      if (cs instanceof ResidueColourScheme)\r
  96        threshold = ( ( (ResidueColourScheme) cs).getThreshold());\r
  97      else if (cs instanceof ScoreColourScheme)\r
  98        threshold = ( ( (ScoreColourScheme) cs).getThreshold());\r
  99 \r
 100 \r
 101      if(PIDSlider == null)\r
 102      {\r
 103        pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 104        PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 105        PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 106        PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110          pid = (SliderPanel)PIDSlider.getContentPane();\r
 111          pid.cs = cs;\r
 112      }\r
 113      PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold ("+source+")");\r
 114 \r
 115      if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 116        pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 117      else\r
 118        pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 119 \r
 120      return pid.getValue();\r
 121 \r
 122    }\r
 123 \r
 124    public static void showPIDSlider()\r
 125    {\r
 126      try{\r
 127        conservationSlider.setClosed(true);\r
 128        conservationSlider = null;\r
 129      }catch(Exception ex){}\r
 130 \r
 131      if(!PIDSlider.isVisible())\r
 132     {\r
 133       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 134       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 135       PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 136                                                   InternalFrameAdapter()\r
 137       {\r
 138         public void internalFrameClosed(javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 139         {\r
 140           PIDSlider = null;\r
 141         }\r
 142       });\r
 143       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 144     }\r
 145 \r
 146    }\r
 147 \r
 148 \r
 149   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve, ColourSchemeI cs)\r
 150   {\r
 151     this.ap = ap;\r
 152     this.cs = cs;\r
 153     forConservation = forConserve;\r
 154     undoButton.setVisible(false);\r
 155     applyButton.setVisible(false);\r
 156     if(forConservation)\r
 157     {\r
 158       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
 159       slider.setMinimum(0);\r
 160       slider.setMaximum(50);\r
 161     }\r
 162     else\r
 163     {\r
 164       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
 165       slider.setMinimum(0);\r
 166       slider.setMaximum(100);\r
 167     }\r
 168 \r
 169 \r
 170 \r
 171     slider.addChangeListener( new ChangeListener()\r
 172     {\r
 173       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 174       {\r
 175         valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
 176         valueChanged( slider.getValue() );\r
 177       }\r
 178     });\r
 179 \r
 180     slider.setValue(value);\r
 181     valueField.setText(value+"");\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public void valueChanged(int i)\r
 185   {\r
 186     if(cs == null)\r
 187       return;\r
 188 \r
 189     ColourSchemeI toChange = null;\r
 190     Vector allGroups = null;\r
 191     int groupIndex = 0;\r
 192 \r
 193     if(allGroupsCheck.isSelected())\r
 194     {\r
 195       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 196       groupIndex = allGroups.size()-1;\r
 197     }\r
 198     else\r
 199       toChange = cs;\r
 200 \r
 201 \r
 202     while( groupIndex > -1 )\r
 203     {\r
 204       if(allGroups!=null)\r
 205         toChange = ((SequenceGroup)allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 206 \r
 207       if (forConservation)\r
 208       {\r
 209         if (toChange instanceof ConservationColourScheme)\r
 210           ( (ConservationColourScheme) toChange).inc = i;\r
 211       }\r
 212       else\r
 213       {\r
 214           ( (ResidueColourScheme) toChange).setThreshold(i);\r
 215       }\r
 216 \r
 217       groupIndex--;\r
 218     }\r
 219 \r
 220     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 221 \r
 222   }\r
 223 \r
 224   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 225   {\r
 226     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 227   }\r
 228 \r
 229 \r
 230   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 231   {\r
 232     try{\r
 233       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 234       slider.setValue(i);\r
 235     }\r
 236     catch(Exception ex)\r
 237     {\r
 238       valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
 239     }\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void setValue(int value)\r
 243   {\r
 244     slider.setValue(value);\r
 245   }\r
 246   public int getValue()\r
 247   {\r
 248     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 249   }\r
 250 \r
 251 \r
 252 }\r