src/jalview/gui/SplitFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.SplitContainerI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.jbgui.GAlignFrame;
  26 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28 import jalview.util.Platform;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.Toolkit;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.KeyAdapter;
  36 import java.awt.event.KeyEvent;
  37 import java.awt.event.KeyListener;
  38 import java.beans.PropertyVetoException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map.Entry;
  42
  43 import javax.swing.AbstractAction;
  44 import javax.swing.InputMap;
  45 import javax.swing.JComponent;
  46 import javax.swing.JMenuItem;
  47 import javax.swing.KeyStroke;
  48 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  49 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  50
  51 /**
  52  * An internal frame on the desktop that hosts a horizontally split view of
  53  * linked DNA and Protein alignments. Additional views can be created in linked
  54  * pairs, expanded to separate split frames, or regathered into a single frame.
  55  * <p>
  56  * (Some) operations on each alignment are automatically mirrored on the other.
  57  * These include mouseover (highlighting), sequence and column selection,
  58  * sequence ordering and sorting, and grouping, colouring and sorting by tree.
  59  *
  60  * @author gmcarstairs
  61  *
  62  */
  63 public class SplitFrame extends GSplitFrame implements SplitContainerI
  64 {
  65   private static final int WINDOWS_INSETS_WIDTH = 28; // tbc
  66
  67   private static final int MAC_INSETS_WIDTH = 28;
  68
  69   private static final int WINDOWS_INSETS_HEIGHT = 50; // tbc
  70
  71   private static final int MAC_INSETS_HEIGHT = 50;
  72
  73   private static final int DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT = 65;
  74
  75   private static final long serialVersionUID = 1L;
  76
  77   public SplitFrame(GAlignFrame top, GAlignFrame bottom)
  78   {
  79     super(top, bottom);
  80     init();
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Initialise this frame.
  85    */
  86   protected void init()
  87   {
  88     getTopFrame().setSplitFrame(this);
  89     getBottomFrame().setSplitFrame(this);
  90     getTopFrame().setVisible(true);
  91     getBottomFrame().setVisible(true);
  92
  93     ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setCodingComplement(
  94             ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
  95
  96     /*
  97      * estimate width and height of SplitFrame; this.getInsets() doesn't seem to
  98      * give the full additional size (a few pixels short)
  99      */
 100     int widthFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_WIDTH
 101             : WINDOWS_INSETS_WIDTH;
 102     int heightFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 103             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 104     int width = ((AlignFrame) getTopFrame()).getWidth() + widthFudge;
 105     int height = ((AlignFrame) getTopFrame()).getHeight()
 106             + ((AlignFrame) getBottomFrame()).getHeight() + DIVIDER_SIZE
 107             + heightFudge;
 108     height = fitHeightToDesktop(height);
 109     setSize(width, height);
 110
 111     adjustLayout();
 112
 113     addCloseFrameListener();
 114
 115     addKeyListener();
 116
 117     addKeyBindings();
 118
 119     addCommandListeners();
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Reduce the height if too large to fit in the Desktop. Also adjust the
 124    * divider location in proportion.
 125    *
 126    * @param height
 127    *          in pixels
 128    * @return original or reduced height
 129    */
 130   public int fitHeightToDesktop(int height)
 131   {
 132     // allow about 65 pixels for Desktop decorators on Windows
 133
 134     int newHeight = Math.min(height,
 135             Desktop.instance.getHeight() - DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT);
 136     if (newHeight != height)
 137     {
 138       int oldDividerLocation = getDividerLocation();
 139       setDividerLocation(oldDividerLocation * newHeight / height);
 140     }
 141     return newHeight;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Set the top and bottom frames to listen to each others Commands (e.g. Edit,
 146    * Order).
 147    */
 148   protected void addCommandListeners()
 149   {
 150     // TODO if CommandListener is only ever 1:1 for complementary views,
 151     // may change broadcast pattern to direct messaging (more efficient)
 152     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 153             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 154     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport());
 155     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Do any tweaking and twerking of the layout wanted.
 160    */
 161   public void adjustLayout()
 162   {
 163     /*
 164      * Ensure sequence ids are the same width so sequences line up
 165      */
 166     int w1 = ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().getIdWidth();
 167     int w2 = ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().getIdWidth();
 168     int w3 = Math.max(w1, w2);
 169     if (w1 != w3)
 170     {
 171       ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 172     }
 173     if (w2 != w3)
 174     {
 175       ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 176     }
 177
 178     /*
 179      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 180      */
 181     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 182     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 183     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 184     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 185     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 186             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 187     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 188             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 189     if (protein != null && cdna != null)
 190     {
 191       int scale = protein.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 192       protein.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 193     }
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Adjusts the divider for a sensible split of the real estate (for example,
 198    * when many transcripts are shown with a single protein). This should only be
 199    * called after the split pane has been laid out (made visible) so it has a
 200    * height. The aim is to avoid unnecessary vertical scroll bars, while
 201    * ensuring that at least 2 sequences are visible in each panel.
 202    * <p>
 203    * Once laid out, the user may choose to customise as they wish, so this
 204    * method is not called again after the initial layout.
 205    */
 206   protected void adjustInitialLayout()
 207   {
 208     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 209     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 210
 211     /*
 212      * recompute layout of top and bottom panels to reflect their
 213      * actual (rather than requested) height
 214      */
 215     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 216     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 217
 218     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
 219     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
 220     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 221     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 222     boolean topAnnotations = topViewport.isShowAnnotation();
 223     boolean bottomAnnotations = bottomViewport.isShowAnnotation();
 224     // TODO need number of visible sequences here, not #sequences - how?
 225     int topCount = topAlignment.getHeight();
 226     int bottomCount = bottomAlignment.getHeight();
 227     int topCharHeight = topViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 228     int bottomCharHeight = bottomViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 229
 230     /*
 231      * calculate the minimum ratio that leaves at least the height
 232      * of two sequences (after rounding) visible in the top panel
 233      */
 234     int topPanelHeight = topFrame.getHeight();
 235     int bottomPanelHeight = bottomFrame.getHeight();
 236     int topSequencesHeight = topFrame.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 237             .getHeight();
 238     int topPanelMinHeight = topPanelHeight
 239             - Math.max(0, topSequencesHeight - 3 * topCharHeight);
 240     double totalHeight = (double) topPanelHeight + bottomPanelHeight;
 241     double minRatio = topPanelMinHeight / totalHeight;
 242
 243     /*
 244      * calculate the maximum ratio that leaves at least the height
 245      * of two sequences (after rounding) visible in the bottom panel
 246      */
 247     int bottomSequencesHeight = bottomFrame.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 248             .getHeight();
 249     int bottomPanelMinHeight = bottomPanelHeight
 250             - Math.max(0, bottomSequencesHeight - 3 * bottomCharHeight);
 251     double maxRatio = (totalHeight - bottomPanelMinHeight) / totalHeight;
 252
 253     /*
 254      * estimate ratio of (topFrameContent / bottomFrameContent)
 255      */
 256     int insets = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 257             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 258     // allow 3 'rows' for scale, scrollbar, status bar
 259     int topHeight = insets + (3 + topCount) * topCharHeight
 260             + (topAnnotations ? topViewport.calcPanelHeight() : 0);
 261     int bottomHeight = insets + (3 + bottomCount) * bottomCharHeight
 262             + (bottomAnnotations ? bottomViewport.calcPanelHeight() : 0);
 263     double ratio = ((double) topHeight)
 264             / (double) (topHeight + bottomHeight);
 265
 266     /*
 267      * limit ratio to avoid concealing all sequences
 268      */
 269     ratio = Math.min(ratio, maxRatio);
 270     ratio = Math.max(ratio, minRatio);
 271     setRelativeDividerLocation(ratio);
 272   }
 273
 274   /**
 275    * Add a listener to tidy up when the frame is closed.
 276    */
 277   protected void addCloseFrameListener()
 278   {
 279     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 280     {
 281       @Override
 282       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 283       {
 284         close();
 285       };
 286     });
 287   }
 288
 289   /**
 290    * Add a key listener that delegates to whichever split component the mouse is
 291    * in (or does nothing if neither).
 292    */
 293   protected void addKeyListener()
 294   {
 295     addKeyListener(new KeyAdapter()
 296     {
 297
 298       @Override
 299       public void keyPressed(KeyEvent e)
 300       {
 301         AlignFrame af = (AlignFrame) getFrameAtMouse();
 302
 303         /*
 304          * Intercept and override any keys here if wanted.
 305          */
 306         if (!overrideKey(e, af))
 307         {
 308           if (af != null)
 309           {
 310             for (KeyListener kl : af.getKeyListeners())
 311             {
 312               kl.keyPressed(e);
 313             }
 314           }
 315         }
 316       }
 317
 318       @Override
 319       public void keyReleased(KeyEvent e)
 320       {
 321         Component c = getFrameAtMouse();
 322         if (c != null)
 323         {
 324           for (KeyListener kl : c.getKeyListeners())
 325           {
 326             kl.keyReleased(e);
 327           }
 328         }
 329       }
 330
 331     });
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Returns true if the key event is overriden and actioned (or ignored) here,
 336    * else returns false, indicating it should be delegated to the AlignFrame's
 337    * usual handler.
 338    * <p>
 339    * We can't handle Cmd-Key combinations here, instead this is done by
 340    * overriding key bindings.
 341    *
 342    * @see addKeyOverrides
 343    * @param e
 344    * @param af
 345    * @return
 346    */
 347   protected boolean overrideKey(KeyEvent e, AlignFrame af)
 348   {
 349     boolean actioned = false;
 350     int keyCode = e.getKeyCode();
 351     switch (keyCode)
 352     {
 353     case KeyEvent.VK_DOWN:
 354       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 355       {
 356         /*
 357          * Key down (or Alt-key-down in cursor mode) - move selected sequences
 358          */
 359         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(false);
 360         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(false);
 361         actioned = true;
 362         e.consume();
 363       }
 364       break;
 365     case KeyEvent.VK_UP:
 366       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 367       {
 368         /*
 369          * Key up (or Alt-key-up in cursor mode) - move selected sequences
 370          */
 371         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(true);
 372         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(true);
 373         actioned = true;
 374         e.consume();
 375       }
 376       break;
 377     default:
 378     }
 379     return actioned;
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Set key bindings (recommended for Swing over key accelerators).
 384    */
 385   private void addKeyBindings()
 386   {
 387     overrideDelegatedKeyBindings();
 388
 389     overrideImplementedKeyBindings();
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Override key bindings with alternative action methods implemented in this
 394    * class.
 395    */
 396   protected void overrideImplementedKeyBindings()
 397   {
 398     overrideFind();
 399     overrideNewView();
 400     overrideCloseView();
 401     overrideExpandViews();
 402     overrideGatherViews();
 403   }
 404
 405   /**
 406    * Replace Cmd-W close view action with our version.
 407    */
 408   protected void overrideCloseView()
 409   {
 410     AbstractAction action;
 411     /*
 412      * Ctrl-W / Cmd-W - close view or window
 413      */
 414     KeyStroke key_cmdW = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 415             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 416     action = new AbstractAction()
 417     {
 418       @Override
 419       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 420       {
 421         closeView_actionPerformed();
 422       }
 423     };
 424     overrideKeyBinding(key_cmdW, action);
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Replace Cmd-T new view action with our version.
 429    */
 430   protected void overrideNewView()
 431   {
 432     /*
 433      * Ctrl-T / Cmd-T open new view
 434      */
 435     KeyStroke key_cmdT = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_T,
 436             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 437     AbstractAction action = new AbstractAction()
 438     {
 439       @Override
 440       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 441       {
 442         newView_actionPerformed();
 443       }
 444     };
 445     overrideKeyBinding(key_cmdT, action);
 446   }
 447
 448   /**
 449    * For now, delegates key events to the corresponding key accelerator for the
 450    * AlignFrame that the mouse is in. Hopefully can be simplified in future if
 451    * AlignFrame is changed to use key bindings rather than accelerators.
 452    */
 453   protected void overrideDelegatedKeyBindings()
 454   {
 455     if (getTopFrame() instanceof AlignFrame)
 456     {
 457       /*
 458        * Get all accelerator keys in the top frame (the bottom should be
 459        * identical) and override each one.
 460        */
 461       for (Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc : ((AlignFrame) getTopFrame())
 462               .getAccelerators().entrySet())
 463       {
 464         overrideKeyBinding(acc);
 465       }
 466     }
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Overrides an AlignFrame key accelerator with our version which delegates to
 471    * the action listener in whichever frame has the mouse (and does nothing if
 472    * neither has).
 473    *
 474    * @param acc
 475    */
 476   private void overrideKeyBinding(Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc)
 477   {
 478     final KeyStroke ks = acc.getKey();
 479     InputMap inputMap = this.getInputMap(JComponent.WHEN_FOCUSED);
 480     inputMap.put(ks, ks);
 481     this.getActionMap().put(ks, new AbstractAction()
 482     {
 483       @Override
 484       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 485       {
 486         Component c = getFrameAtMouse();
 487         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 488         {
 489           for (ActionListener a : ((AlignFrame) c).getAccelerators().get(ks)
 490                   .getActionListeners())
 491           {
 492             a.actionPerformed(null);
 493           }
 494         }
 495       }
 496     });
 497   }
 498
 499   /**
 500    * Replace an accelerator key's action with the specified action.
 501    *
 502    * @param ks
 503    */
 504   protected void overrideKeyBinding(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 505   {
 506     this.getActionMap().put(ks, action);
 507     overrideMenuItem(ks, action);
 508   }
 509
 510   /**
 511    * Create and link new views (with matching names) in both panes.
 512    * <p>
 513    * Note this is _not_ multiple tabs, each hosting a split pane view, rather it
 514    * is a single split pane with each split holding multiple tabs which are
 515    * linked in pairs.
 516    * <p>
 517    * TODO implement instead with a tabbed holder in the SplitView, each tab
 518    * holding a single JSplitPane. Would avoid a duplicated tab, at the cost of
 519    * some additional coding.
 520    */
 521   protected void newView_actionPerformed()
 522   {
 523     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 524     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 525     final boolean scaleProteinAsCdna = topFrame.viewport
 526             .isScaleProteinAsCdna();
 527
 528     AlignmentPanel newTopPanel = topFrame.newView(null, true);
 529     AlignmentPanel newBottomPanel = bottomFrame.newView(null, true);
 530
 531     /*
 532      * This currently (for the first new view only) leaves the top pane on tab 0
 533      * but the bottom on tab 1. This results from 'setInitialTabVisible' echoing
 534      * from the bottom back to the first frame. Next line is a fudge to work
 535      * around this. TODO find a better way.
 536      */
 537     if (topFrame.getTabIndex() != bottomFrame.getTabIndex())
 538     {
 539       topFrame.setDisplayedView(newTopPanel);
 540     }
 541
 542     newBottomPanel.av.viewName = newTopPanel.av.viewName;
 543     newTopPanel.av.setCodingComplement(newBottomPanel.av);
 544
 545     /*
 546      * These lines can be removed once scaleProteinAsCdna is added to element
 547      * Viewport in jalview.xsd, as Jalview2XML.copyAlignPanel will then take
 548      * care of it
 549      */
 550     newTopPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 551     newBottomPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 552
 553     /*
 554      * Line up id labels etc
 555      */
 556     adjustLayout();
 557
 558     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 559             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 560     ssm.addCommandListener(newTopPanel.av);
 561     ssm.addCommandListener(newBottomPanel.av);
 562   }
 563
 564   /**
 565    * Close the currently selected view in both panes. If there is only one view,
 566    * close this split frame.
 567    */
 568   protected void closeView_actionPerformed()
 569   {
 570     int viewCount = ((AlignFrame) getTopFrame()).getAlignPanels().size();
 571     if (viewCount < 2)
 572     {
 573       close();
 574       return;
 575     }
 576
 577     AlignmentPanel topPanel = ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel;
 578     AlignmentPanel bottomPanel = ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel;
 579
 580     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeView(topPanel);
 581     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeView(bottomPanel);
 582
 583   }
 584
 585   /**
 586    * Close child frames and this split frame.
 587    */
 588   public void close()
 589   {
 590     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 591     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 592     try
 593     {
 594       this.setClosed(true);
 595     } catch (PropertyVetoException e)
 596     {
 597       // ignore
 598     }
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Replace AlignFrame 'expand views' action with SplitFrame version.
 603    */
 604   protected void overrideExpandViews()
 605   {
 606     KeyStroke key_X = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_X, 0, false);
 607     AbstractAction action = new AbstractAction()
 608     {
 609       @Override
 610       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 611       {
 612         expandViews_actionPerformed();
 613       }
 614     };
 615     overrideMenuItem(key_X, action);
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Replace AlignFrame 'gather views' action with SplitFrame version.
 620    */
 621   protected void overrideGatherViews()
 622   {
 623     KeyStroke key_G = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_G, 0, false);
 624     AbstractAction action = new AbstractAction()
 625     {
 626       @Override
 627       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 628       {
 629         gatherViews_actionPerformed();
 630       }
 631     };
 632     overrideMenuItem(key_G, action);
 633   }
 634
 635   /**
 636    * Override the menu action associated with the keystroke in the child frames,
 637    * replacing it with the given action.
 638    *
 639    * @param ks
 640    * @param action
 641    */
 642   private void overrideMenuItem(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 643   {
 644     overrideMenuItem(ks, action, getTopFrame());
 645     overrideMenuItem(ks, action, getBottomFrame());
 646   }
 647
 648   /**
 649    * Override the menu action associated with the keystroke in one child frame,
 650    * replacing it with the given action. Mwahahahaha.
 651    *
 652    * @param key
 653    * @param action
 654    * @param comp
 655    */
 656   private void overrideMenuItem(KeyStroke key, final AbstractAction action,
 657           JComponent comp)
 658   {
 659     if (comp instanceof AlignFrame)
 660     {
 661       JMenuItem mi = ((AlignFrame) comp).getAccelerators().get(key);
 662       if (mi != null)
 663       {
 664         for (ActionListener al : mi.getActionListeners())
 665         {
 666           mi.removeActionListener(al);
 667         }
 668         mi.addActionListener(new ActionListener()
 669         {
 670           @Override
 671           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 672           {
 673             action.actionPerformed(e);
 674           }
 675         });
 676       }
 677     }
 678   }
 679
 680   /**
 681    * Expand any multiple views (which are always in pairs) into separate split
 682    * frames.
 683    */
 684   protected void expandViews_actionPerformed()
 685   {
 686     Desktop.instance.explodeViews(this);
 687   }
 688
 689   /**
 690    * Gather any other SplitFrame views of this alignment back in as multiple
 691    * (pairs of) views in this SplitFrame.
 692    */
 693   protected void gatherViews_actionPerformed()
 694   {
 695     Desktop.instance.gatherViews(this);
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Returns the alignment in the complementary frame to the one given.
 700    */
 701   @Override
 702   public AlignmentI getComplement(Object alignFrame)
 703   {
 704     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 705     {
 706       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport.getAlignment();
 707     }
 708     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 709     {
 710       return ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport.getAlignment();
 711     }
 712     return null;
 713   }
 714
 715   /**
 716    * Returns the title of the complementary frame to the one given.
 717    */
 718   @Override
 719   public String getComplementTitle(Object alignFrame)
 720   {
 721     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 722     {
 723       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).getTitle();
 724     }
 725     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 726     {
 727       return ((AlignFrame) getTopFrame()).getTitle();
 728     }
 729     return null;
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Set the 'other half' to hidden / revealed.
 734    */
 735   @Override
 736   public void setComplementVisible(Object alignFrame, boolean show)
 737   {
 738     /*
 739      * Hiding the AlignPanel suppresses unnecessary repaints
 740      */
 741     if (alignFrame == getTopFrame())
 742     {
 743       ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 744     }
 745     else if (alignFrame == getBottomFrame())
 746     {
 747       ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 748     }
 749     super.setComplementVisible(alignFrame, show);
 750   }
 751
 752   /**
 753    * return the AlignFrames held by this container
 754    *
 755    * @return { Top alignFrame (Usually CDS), Bottom AlignFrame (Usually
 756    *         Protein)}
 757    */
 758   public List<AlignFrame> getAlignFrames()
 759   {
 760     return Arrays
 761             .asList(new AlignFrame[]
 762             { (AlignFrame) getTopFrame(), (AlignFrame) getBottomFrame() });
 763   }
 764
 765   /**
 766    * Replace Cmd-F Find action with our version. This is necessary because the
 767    * 'default' Finder searches in the first AlignFrame it finds. We need it to
 768    * search in the half of the SplitFrame that has the mouse.
 769    */
 770   protected void overrideFind()
 771   {
 772     /*
 773      * Ctrl-F / Cmd-F open Finder dialog, 'focused' on the right alignment
 774      */
 775     KeyStroke key_cmdF = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_F,
 776             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 777     AbstractAction action = new AbstractAction()
 778     {
 779       @Override
 780       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 781       {
 782         Component c = getFrameAtMouse();
 783         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 784         {
 785           AlignFrame af = (AlignFrame) c;
 786           new Finder(af.viewport, af.alignPanel);
 787         }
 788       }
 789     };
 790     overrideKeyBinding(key_cmdF, action);
 791   }
 792 }