JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis
[jalview.git] / src / jalview / gui / StructureViewer.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import java.awt.Rectangle;
24 import java.util.ArrayList;
25 import java.util.List;
26
27 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
28 import jalview.bin.Cache;
29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
30 import jalview.datamodel.SequenceI;
31 import jalview.datamodel.StructureViewerModel;
32 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
33
34 /**
35  * proxy for handling structure viewers.
36  * 
37  * this allows new views to be created with the currently configured viewer, the
38  * preferred viewer to be set/read and existing views created previously with a
39  * particular viewer to be recovered
40  * 
41  * @author jprocter
42  */
43 public class StructureViewer
44 {
45   StructureSelectionManager ssm;
46
47   public enum ViewerType
48   {
49     JMOL, CHIMERA
50   };
51
52   public ViewerType getViewerType()
53   {
54     String viewType = Cache.getDefault(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
55             ViewerType.JMOL.name());
56     return ViewerType.valueOf(viewType);
57   }
58
59   public void setViewerType(ViewerType type)
60   {
61     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY, type.name());
62   }
63
64   public StructureViewer(StructureSelectionManager structureSelectionManager)
65   {
66     ssm = structureSelectionManager;
67   }
68
69   /**
70    * View multiple PDB entries, each with associated sequences
71    * 
72    * @param pdbs
73    * @param seqsForPdbs
74    * @param ap
75    * @return
76    */
77   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(PDBEntry[] pdbs,
78           SequenceI[][] seqsForPdbs, AlignmentPanel ap)
79   {
80     JalviewStructureDisplayI viewer = onlyOnePdb(pdbs, seqsForPdbs, ap);
81     if (viewer != null)
82     {
83       return viewer;
84     }
85     return viewStructures(getViewerType(), pdbs, seqsForPdbs, ap);
86   }
87
88   /**
89    * A strictly temporary method pending JAL-1761 refactoring. Determines if all
90    * the passed PDB entries are the same (this is the case if selected sequences
91    * to view structure for are chains of the same structure). If so, calls the
92    * single-pdb version of viewStructures and returns the viewer, else returns
93    * null.
94    * 
95    * @param pdbs
96    * @param seqsForPdbs
97    * @param ap
98    * @return
99    */
100   private JalviewStructureDisplayI onlyOnePdb(PDBEntry[] pdbs,
101           SequenceI[][] seqsForPdbs,
102           AlignmentPanel ap)
103   {
104     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
105     if (pdbs == null || pdbs.length == 0)
106     {
107       return null;
108     }
109     int i = 0;
110     String firstFile = pdbs[0].getFile();
111     for (PDBEntry pdb : pdbs)
112     {
113       String pdbFile = pdb.getFile();
114       if (pdbFile == null || !pdbFile.equals(firstFile))
115       {
116         return null;
117       }
118       SequenceI[] pdbseqs = seqsForPdbs[i++];
119       if (pdbseqs != null)
120       {
121         for (SequenceI sq : pdbseqs)
122         {
123           seqs.add(sq);
124         }
125       }
126     }
127     return viewStructures(pdbs[0],
128             seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]), ap);
129   }
130
131   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(PDBEntry pdb,
132           SequenceI[] seqsForPdb, AlignmentPanel ap)
133   {
134     return viewStructures(getViewerType(), pdb, seqsForPdb, ap);
135   }
136
137   protected JalviewStructureDisplayI viewStructures(ViewerType viewerType,
138           PDBEntry[] pdbs, SequenceI[][] seqsForPdbs, AlignmentPanel ap)
139   {
140     JalviewStructureDisplayI sview = null;
141     if (viewerType.equals(ViewerType.JMOL))
142     {
143       sview = new AppJmol(ap, pdbs, ap.av.collateForPDB(pdbs));
144     }
145     else if (viewerType.equals(ViewerType.CHIMERA))
146     {
147       sview = new ChimeraViewFrame(pdbs, ap.av.collateForPDB(pdbs), ap);
148     }
149     else
150     {
151       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
152               + getViewerType().toString());
153     }
154     return sview;
155   }
156
157   protected JalviewStructureDisplayI viewStructures(ViewerType viewerType,
158           PDBEntry pdb, SequenceI[] seqsForPdb, AlignmentPanel ap)
159   {
160     JalviewStructureDisplayI sview = null;
161     if (viewerType.equals(ViewerType.JMOL))
162     {
163       sview = new AppJmol(pdb, seqsForPdb, null, ap);
164     }
165     else if (viewerType.equals(ViewerType.CHIMERA))
166     {
167       sview = new ChimeraViewFrame(pdb, seqsForPdb, null, ap);
168     }
169     else
170     {
171       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
172               + getViewerType().toString());
173     }
174     return sview;
175   }
176
177   /**
178    * Create a new panel controlling a structure viewer.
179    * 
180    * @param type
181    * @param pdbf
182    * @param id
183    * @param sq
184    * @param alignPanel
185    * @param viewerData
186    * @param fileloc
187    * @param rect
188    * @param vid
189    * @return
190    */
191   public JalviewStructureDisplayI createView(ViewerType type,
192           String[] pdbf, String[] id, SequenceI[][] sq,
193           AlignmentPanel alignPanel, StructureViewerModel viewerData, String fileloc,
194           Rectangle rect, String vid)
195   {
196     final boolean useinViewerSuperpos = viewerData.isAlignWithPanel();
197     final boolean usetoColourbyseq = viewerData.isColourWithAlignPanel();
198     final boolean viewerColouring = viewerData.isColourByViewer();
199
200     JalviewStructureDisplayI sview = null;
201     switch (type)
202     {
203     case JMOL:
204       sview = new AppJmol(pdbf, id, sq, alignPanel, usetoColourbyseq,
205               useinViewerSuperpos, viewerColouring, fileloc, rect, vid);
206       break;
207     case CHIMERA:
208       Cache.log.error("Unsupported structure viewer type "
209               + type.toString());
210       break;
211     default:
212       Cache.log.error("Unknown structure viewer type " + type.toString());
213     }
214     return sview;
215   }
216
217 }