src/jalview/gui/StructureViewerBase.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  34 import jalview.io.JalviewFileView;
  35 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  36 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  38 import jalview.structure.StructureMapping;
  39 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Component;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.ItemEvent;
  47 import java.awt.event.ItemListener;
  48 import java.io.BufferedReader;
  49 import java.io.File;
  50 import java.io.FileOutputStream;
  51 import java.io.FileReader;
  52 import java.io.IOException;
  53 import java.io.PrintWriter;
  54 import java.util.ArrayList;
  55 import java.util.List;
  56 import java.util.Vector;
  57
  58 import javax.swing.ButtonGroup;
  59 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  60 import javax.swing.JColorChooser;
  61 import javax.swing.JMenu;
  62 import javax.swing.JMenuItem;
  63 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  64 import javax.swing.event.MenuEvent;
  65 import javax.swing.event.MenuListener;
  66
  67 /**
  68  * Base class with common functionality for JMol, Chimera or other structure
  69  * viewers.
  70  *
  71  * @author gmcarstairs
  72  *
  73  */
  74 public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
  75         implements Runnable, ViewSetProvider
  76 {
  77   /*
  78    * names for colour options (additional to Jalview colour schemes)
  79    */
  80   enum ViewerColour
  81   {
  82     BySequence, ByChain, ChargeCysteine, ByViewer
  83   }
  84
  85   /**
  86    * list of sequenceSet ids associated with the view
  87    */
  88   protected List<String> _aps = new ArrayList<>();
  89
  90   /**
  91    * list of alignment panels to use for superposition
  92    */
  93   protected Vector<AlignmentPanel> _alignwith = new Vector<>();
  94
  95   /**
  96    * list of alignment panels that are used for colouring structures by aligned
  97    * sequences
  98    */
  99   protected Vector<AlignmentPanel> _colourwith = new Vector<>();
 100
 101   private String viewId = null;
 102
 103   private AlignmentPanel ap;
 104
 105   protected boolean alignAddedStructures = false;
 106
 107   protected volatile boolean _started = false;
 108
 109   protected volatile boolean addingStructures = false;
 110
 111   protected Thread worker = null;
 112
 113   protected boolean allChainsSelected = false;
 114
 115   protected JMenu viewSelectionMenu;
 116
 117   /**
 118    * set after sequence colouring has been applied for this structure viewer.
 119    * used to determine if the final sequence/structure mapping has been
 120    * determined
 121    */
 122   protected volatile boolean seqColoursApplied = false;
 123
 124   /**
 125    * Default constructor
 126    */
 127   public StructureViewerBase()
 128   {
 129     super();
 130   }
 131
 132   /**
 133    * @return true if added structures should be aligned to existing one(s)
 134    */
 135   @Override
 136   public boolean isAlignAddedStructures()
 137   {
 138     return alignAddedStructures;
 139   }
 140
 141   /**
 142    *
 143    * @param true
 144    *          if added structures should be aligned to existing one(s)
 145    */
 146   @Override
 147   public void setAlignAddedStructures(boolean alignAdded)
 148   {
 149     alignAddedStructures = alignAdded;
 150   }
 151
 152   /**
 153    *
 154    * @param ap2
 155    * @return true if this Jmol instance is linked with the given alignPanel
 156    */
 157   public boolean isLinkedWith(AlignmentPanel ap2)
 158   {
 159     return _aps.contains(ap2.av.getSequenceSetId());
 160   }
 161
 162   public boolean isUsedforaligment(AlignmentPanel ap2)
 163   {
 164
 165     return (_alignwith != null) && _alignwith.contains(ap2);
 166   }
 167
 168   public boolean isUsedforcolourby(AlignmentPanel ap2)
 169   {
 170     return (_colourwith != null) && _colourwith.contains(ap2);
 171   }
 172
 173   /**
 174    *
 175    * @return TRUE if the view is NOT being coloured by the alignment colours.
 176    */
 177   public boolean isColouredByViewer()
 178   {
 179     return !getBinding().isColourBySequence();
 180   }
 181
 182   public String getViewId()
 183   {
 184     if (viewId == null)
 185     {
 186       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 187     }
 188     return viewId;
 189   }
 190
 191   protected void setViewId(String viewId)
 192   {
 193     this.viewId = viewId;
 194   }
 195
 196   public abstract String getStateInfo();
 197
 198   protected void buildActionMenu()
 199   {
 200     if (_alignwith == null)
 201     {
 202       _alignwith = new Vector<>();
 203     }
 204     if (_alignwith.size() == 0 && ap != null)
 205     {
 206       _alignwith.add(ap);
 207     }
 208     ;
 209     for (Component c : viewerActionMenu.getMenuComponents())
 210     {
 211       if (c != alignStructs)
 212       {
 213         viewerActionMenu.remove((JMenuItem) c);
 214       }
 215     }
 216   }
 217
 218   public AlignmentPanel getAlignmentPanel()
 219   {
 220     return ap;
 221   }
 222
 223   protected void setAlignmentPanel(AlignmentPanel alp)
 224   {
 225     this.ap = alp;
 226   }
 227
 228   @Override
 229   public AlignmentPanel[] getAllAlignmentPanels()
 230   {
 231     AlignmentPanel[] t, list = new AlignmentPanel[0];
 232     for (String setid : _aps)
 233     {
 234       AlignmentPanel[] panels = PaintRefresher.getAssociatedPanels(setid);
 235       if (panels != null)
 236       {
 237         t = new AlignmentPanel[list.length + panels.length];
 238         System.arraycopy(list, 0, t, 0, list.length);
 239         System.arraycopy(panels, 0, t, list.length, panels.length);
 240         list = t;
 241       }
 242     }
 243
 244     return list;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * set the primary alignmentPanel reference and add another alignPanel to the
 249    * list of ones to use for colouring and aligning
 250    *
 251    * @param nap
 252    */
 253   public void addAlignmentPanel(AlignmentPanel nap)
 254   {
 255     if (getAlignmentPanel() == null)
 256     {
 257       setAlignmentPanel(nap);
 258     }
 259     if (!_aps.contains(nap.av.getSequenceSetId()))
 260     {
 261       _aps.add(nap.av.getSequenceSetId());
 262     }
 263   }
 264
 265   /**
 266    * remove any references held to the given alignment panel
 267    *
 268    * @param nap
 269    */
 270   public void removeAlignmentPanel(AlignmentPanel nap)
 271   {
 272     try
 273     {
 274       _alignwith.remove(nap);
 275       _colourwith.remove(nap);
 276       if (getAlignmentPanel() == nap)
 277       {
 278         setAlignmentPanel(null);
 279         for (AlignmentPanel aps : getAllAlignmentPanels())
 280         {
 281           if (aps != nap)
 282           {
 283             setAlignmentPanel(aps);
 284             break;
 285           }
 286         }
 287       }
 288     } catch (Exception ex)
 289     {
 290     }
 291     if (getAlignmentPanel() != null)
 292     {
 293       buildActionMenu();
 294     }
 295   }
 296
 297   public void useAlignmentPanelForSuperposition(AlignmentPanel nap)
 298   {
 299     addAlignmentPanel(nap);
 300     if (!_alignwith.contains(nap))
 301     {
 302       _alignwith.add(nap);
 303     }
 304   }
 305
 306   public void excludeAlignmentPanelForSuperposition(AlignmentPanel nap)
 307   {
 308     if (_alignwith.contains(nap))
 309     {
 310       _alignwith.remove(nap);
 311     }
 312   }
 313
 314   public void useAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap,
 315           boolean enableColourBySeq)
 316   {
 317     useAlignmentPanelForColourbyseq(nap);
 318     getBinding().setColourBySequence(enableColourBySeq);
 319     seqColour.setSelected(enableColourBySeq);
 320     viewerColour.setSelected(!enableColourBySeq);
 321   }
 322
 323   public void useAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap)
 324   {
 325     addAlignmentPanel(nap);
 326     if (!_colourwith.contains(nap))
 327     {
 328       _colourwith.add(nap);
 329     }
 330   }
 331
 332   public void excludeAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap)
 333   {
 334     if (_colourwith.contains(nap))
 335     {
 336       _colourwith.remove(nap);
 337     }
 338   }
 339
 340   public abstract ViewerType getViewerType();
 341
 342   protected abstract IProgressIndicator getIProgressIndicator();
 343
 344   /**
 345    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 346    * retrieving it if necessary first.
 347    *
 348    * @param pdbentry
 349    * @param seqs
 350    * @param chains
 351    * @param align
 352    *          if true, new structure(s) will be aligned using associated
 353    *          alignment
 354    * @param alignFrame
 355    */
 356   protected void addStructure(final PDBEntry pdbentry,
 357           final SequenceI[] seqs, final String[] chains,
 358           final IProgressIndicator alignFrame)
 359   {
 360     if (pdbentry.getFile() == null)
 361     {
 362       if (worker != null && worker.isAlive())
 363       {
 364         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 365         // queue.
 366         new Thread(new Runnable()
 367         {
 368           @Override
 369           public void run()
 370           {
 371             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 372             {
 373               try
 374               {
 375                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 376
 377               } catch (Exception e)
 378               {
 379               }
 380             }
 381             // and call ourselves again.
 382             addStructure(pdbentry, seqs, chains, alignFrame);
 383           }
 384         }).start();
 385         return;
 386       }
 387     }
 388     // otherwise, start adding the structure.
 389     getBinding().addSequenceAndChain(new PDBEntry[] { pdbentry },
 390             new SequenceI[][]
 391             { seqs }, new String[][] { chains });
 392     addingStructures = true;
 393     _started = false;
 394     worker = new Thread(this);
 395     worker.start();
 396     return;
 397   }
 398
 399   protected boolean hasPdbId(String pdbId)
 400   {
 401     return getBinding().hasPdbId(pdbId);
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Returns a list of any viewer of the instantiated type. The list is
 406    * restricted to those linked to the given alignment panel if it is not null.
 407    */
 408   protected List<StructureViewerBase> getViewersFor(AlignmentPanel alp)
 409   {
 410     return Desktop.instance.getStructureViewers(alp, this.getClass());
 411   }
 412
 413   @Override
 414   public void addToExistingViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 415           String[] chains, final AlignmentViewPanel apanel, String pdbId)
 416   {
 417     /*
 418      * JAL-1742 exclude view with this structure already mapped (don't offer
 419      * to align chain B to chain A of the same structure); code may defend
 420      * against this possibility before we reach here
 421      */
 422     if (hasPdbId(pdbId))
 423     {
 424       return;
 425     }
 426     AlignmentPanel alignPanel = (AlignmentPanel) apanel; // Implementation error if this
 427                                                  // cast fails
 428     useAlignmentPanelForSuperposition(alignPanel);
 429     addStructure(pdbentry, seq, chains, alignPanel.alignFrame);
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Adds mappings for the given sequences to an already opened PDB structure,
 434    * and updates any viewers that have the PDB file
 435    *
 436    * @param seq
 437    * @param chains
 438    * @param apanel
 439    * @param pdbFilename
 440    */
 441   public void addSequenceMappingsToStructure(SequenceI[] seq,
 442           String[] chains, final AlignmentViewPanel alpanel,
 443           String pdbFilename)
 444   {
 445     AlignmentPanel apanel = (AlignmentPanel) alpanel;
 446
 447     // TODO : Fix multiple seq to one chain issue here.
 448     /*
 449      * create the mappings
 450      */
 451     apanel.getStructureSelectionManager().setMapping(seq, chains,
 452             pdbFilename, DataSourceType.FILE, getIProgressIndicator());
 453
 454     /*
 455      * alert the FeatureRenderer to show new (PDB RESNUM) features
 456      */
 457     if (apanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null)
 458     {
 459       apanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr.featuresAdded();
 460       // note - we don't do a refresh for structure here because we do it
 461       // explicitly for all panels later on
 462       apanel.paintAlignment(true, false);
 463     }
 464
 465     /*
 466      * add the sequences to any other viewers (of the same type) for this pdb
 467      * file
 468      */
 469     // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui routine
 470     for (StructureViewerBase viewer : getViewersFor(null))
 471     {
 472       AAStructureBindingModel bindingModel = viewer.getBinding();
 473       for (int pe = 0; pe < bindingModel.getPdbCount(); pe++)
 474       {
 475         if (bindingModel.getPdbEntry(pe).getFile().equals(pdbFilename))
 476         {
 477           bindingModel.addSequence(pe, seq);
 478           viewer.addAlignmentPanel(apanel);
 479           /*
 480            * add it to the set of alignments used for colouring structure by
 481            * sequence
 482            */
 483           viewer.useAlignmentPanelForColourbyseq(apanel);
 484           viewer.buildActionMenu();
 485           apanel.getStructureSelectionManager()
 486                   .sequenceColoursChanged(apanel);
 487           break;
 488         }
 489       }
 490     }
 491   }
 492
 493   @Override
 494   public boolean addAlreadyLoadedFile(SequenceI[] seq, String[] chains,
 495           final AlignmentViewPanel apanel, String pdbId)
 496   {
 497     String alreadyMapped = apanel.getStructureSelectionManager()
 498             .alreadyMappedToFile(pdbId);
 499
 500     if (alreadyMapped == null)
 501     {
 502       return false;
 503     }
 504
 505     addSequenceMappingsToStructure(seq, chains, apanel, alreadyMapped);
 506     return true;
 507   }
 508
 509   void setChainMenuItems(List<String> chainNames)
 510   {
 511     chainMenu.removeAll();
 512     if (chainNames == null || chainNames.isEmpty())
 513     {
 514       return;
 515     }
 516     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 517             MessageManager.getString("label.all"));
 518     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 519     {
 520       @Override
 521       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 522       {
 523         allChainsSelected = true;
 524         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 525         {
 526           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 527           {
 528             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 529           }
 530         }
 531         showSelectedChains();
 532         allChainsSelected = false;
 533       }
 534     });
 535
 536     chainMenu.add(menuItem);
 537
 538     for (String chain : chainNames)
 539     {
 540       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chain, true);
 541       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 542       {
 543         @Override
 544         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 545         {
 546           if (!allChainsSelected)
 547           {
 548             showSelectedChains();
 549           }
 550         }
 551       });
 552
 553       chainMenu.add(menuItem);
 554     }
 555   }
 556
 557   abstract void showSelectedChains();
 558
 559   /**
 560    * Action on selecting one of Jalview's registered colour schemes
 561    */
 562   @Override
 563   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
 564   {
 565     AlignmentI al = getAlignmentPanel().av.getAlignment();
 566     ColourSchemeI cs = ColourSchemes.getInstance()
 567             .getColourScheme(colourSchemeName, getAlignmentPanel().av, al,
 568                     null);
 569     getBinding().setJalviewColourScheme(cs);
 570   }
 571
 572   /**
 573    * Builds the colour menu
 574    */
 575   protected void buildColourMenu()
 576   {
 577     colourMenu.removeAll();
 578     AlignmentI al = getAlignmentPanel().av.getAlignment();
 579
 580     /*
 581      * add colour by sequence, by chain, by charge and cysteine
 582      */
 583     colourMenu.add(seqColour);
 584     colourMenu.add(chainColour);
 585     colourMenu.add(chargeColour);
 586     chargeColour.setEnabled(!al.isNucleotide());
 587
 588     /*
 589      * add all 'simple' (per-residue) colour schemes registered to Jalview
 590      */
 591     ButtonGroup itemGroup = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this,
 592             al, true);
 593
 594     /*
 595      * add 'colour by viewer' (menu item text is set in subclasses)
 596      */
 597     viewerColour.setSelected(false);
 598     viewerColour.addActionListener(new ActionListener()
 599     {
 600       @Override
 601       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 602       {
 603         viewerColour_actionPerformed(actionEvent);
 604       }
 605     });
 606     colourMenu.add(viewerColour);
 607
 608     /*
 609      * add 'set background colour'
 610      */
 611     JMenuItem backGround = new JMenuItem();
 612     backGround
 613             .setText(MessageManager.getString("action.background_colour"));
 614     backGround.addActionListener(new ActionListener()
 615     {
 616       @Override
 617       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 618       {
 619         background_actionPerformed(actionEvent);
 620       }
 621     });
 622     colourMenu.add(backGround);
 623
 624     /*
 625      * add colour buttons to a group so their selection is
 626      * mutually exclusive (background colour is a separate option)
 627      */
 628     itemGroup.add(seqColour);
 629     itemGroup.add(chainColour);
 630     itemGroup.add(chargeColour);
 631     itemGroup.add(viewerColour);
 632   }
 633
 634   /**
 635    * Construct menu items
 636    */
 637   protected void initMenus()
 638   {
 639     AAStructureBindingModel binding = getBinding();
 640
 641     seqColour = new JRadioButtonMenuItem();
 642     seqColour.setText(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 643     seqColour.setName(ViewerColour.BySequence.name());
 644     seqColour.setSelected(binding.isColourBySequence());
 645     seqColour.addActionListener(new ActionListener()
 646     {
 647       @Override
 648       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 649       {
 650         seqColour_actionPerformed(actionEvent);
 651       }
 652     });
 653
 654     chainColour = new JRadioButtonMenuItem();
 655     chainColour.setText(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 656     chainColour.setName(ViewerColour.ByChain.name());
 657     chainColour.addActionListener(new ActionListener()
 658     {
 659       @Override
 660       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 661       {
 662         chainColour_actionPerformed(actionEvent);
 663       }
 664     });
 665
 666     chargeColour = new JRadioButtonMenuItem();
 667     chargeColour.setText(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 668     chargeColour.setName(ViewerColour.ChargeCysteine.name());
 669     chargeColour.addActionListener(new ActionListener()
 670     {
 671       @Override
 672       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 673       {
 674         chargeColour_actionPerformed(actionEvent);
 675       }
 676     });
 677
 678     viewerColour = new JRadioButtonMenuItem();
 679     // text is set in overrides of this method
 680     viewerColour.setName(ViewerColour.ByViewer.name());
 681     viewerColour.setSelected(!binding.isColourBySequence());
 682
 683     if (_colourwith == null)
 684     {
 685       _colourwith = new Vector<>();
 686     }
 687     if (_alignwith == null)
 688     {
 689       _alignwith = new Vector<>();
 690     }
 691
 692     ViewSelectionMenu seqColourBy = new ViewSelectionMenu(
 693             MessageManager.getString("label.colour_by"), this, _colourwith,
 694             new ItemListener()
 695             {
 696               @Override
 697               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 698               {
 699                 if (!seqColour.isSelected())
 700                 {
 701                   seqColour.doClick();
 702                 }
 703                 else
 704                 {
 705                   // update the Chimera display now.
 706                   seqColour_actionPerformed(null);
 707                 }
 708               }
 709             });
 710     viewMenu.add(seqColourBy);
 711
 712     showAlignmentOnly = new JCheckBoxMenuItem("Visible alignment only");
 713     showAlignmentOnly.addActionListener(new ActionListener()
 714     {
 715       @Override
 716       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 717       {
 718         getBinding().setShowAlignmentOnly(showAlignmentOnly.isSelected());
 719         getBinding().showStructures(getAlignmentPanel().getAlignViewport());
 720       }
 721     });
 722     viewMenu.add(showAlignmentOnly);
 723
 724     final ItemListener handler = new ItemListener()
 725     {
 726       @Override
 727       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 728       {
 729         alignStructs.setEnabled(!_alignwith.isEmpty());
 730         alignStructs.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 731                 "label.align_structures_using_linked_alignment_views",
 732                 _alignwith.size()));
 733       }
 734     };
 735     viewSelectionMenu = new ViewSelectionMenu(
 736             MessageManager.getString("label.superpose_with"), this,
 737             _alignwith, handler);
 738     handler.itemStateChanged(null);
 739     viewerActionMenu.add(viewSelectionMenu, 0);
 740     viewerActionMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 741     {
 742       @Override
 743       public void menuSelected(MenuEvent e)
 744       {
 745         handler.itemStateChanged(null);
 746       }
 747
 748       @Override
 749       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 750       {
 751       }
 752
 753       @Override
 754       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 755       {
 756       }
 757     });
 758
 759     buildColourMenu();
 760   }
 761
 762   @Override
 763   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 764   {
 765     getBinding().setJalviewColourScheme(cs);
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Sends commands to the structure viewer to superimpose structures based on
 770    * currently associated alignments. May optionally return an error message for
 771    * the operation.
 772    */
 773   @Override
 774   protected String alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 775   {
 776     return alignStructs_withAllAlignPanels();
 777   }
 778
 779   protected String alignStructs_withAllAlignPanels()
 780   {
 781     if (getAlignmentPanel() == null)
 782     {
 783       return null;
 784     }
 785
 786     if (_alignwith.size() == 0)
 787     {
 788       _alignwith.add(getAlignmentPanel());
 789     }
 790
 791     String reply = null;
 792     try
 793     {
 794       AlignmentI[] als = new Alignment[_alignwith.size()];
 795       HiddenColumns[] alc = new HiddenColumns[_alignwith.size()];
 796       int[] alm = new int[_alignwith.size()];
 797       int a = 0;
 798
 799       for (AlignmentPanel alignPanel : _alignwith)
 800       {
 801         als[a] = alignPanel.av.getAlignment();
 802         alm[a] = -1;
 803         alc[a++] = alignPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 804       }
 805       reply = getBinding().superposeStructures(als, alm, alc);
 806       if (reply != null)
 807       {
 808         String text = MessageManager
 809                 .formatMessage("error.superposition_failed", reply);
 810         statusBar.setText(text);
 811       }
 812     } catch (Exception e)
 813     {
 814       StringBuffer sp = new StringBuffer();
 815       for (AlignmentPanel alignPanel : _alignwith)
 816       {
 817         sp.append("'" + alignPanel.alignFrame.getTitle() + "' ");
 818       }
 819       Cache.log.info("Couldn't align structures with the " + sp.toString()
 820               + "associated alignment panels.", e);
 821     }
 822     return reply;
 823   }
 824
 825   @Override
 826   public void background_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 827   {
 828     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 829             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 830             null);
 831     if (col != null)
 832     {
 833       getBinding().setBackgroundColour(col);
 834     }
 835   }
 836
 837   @Override
 838   public void viewerColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 839   {
 840     if (viewerColour.isSelected())
 841     {
 842       // disable automatic sequence colouring.
 843       getBinding().setColourBySequence(false);
 844     }
 845   }
 846
 847   @Override
 848   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 849   {
 850     chainColour.setSelected(true);
 851     getBinding().colourByChain();
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 856   {
 857     chargeColour.setSelected(true);
 858     getBinding().colourByCharge();
 859   }
 860
 861   @Override
 862   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 863   {
 864     AAStructureBindingModel binding = getBinding();
 865     binding.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 866     if (_colourwith == null)
 867     {
 868       _colourwith = new Vector<>();
 869     }
 870     if (binding.isColourBySequence())
 871     {
 872       if (!binding.isLoadingFromArchive())
 873       {
 874         if (_colourwith.size() == 0 && getAlignmentPanel() != null)
 875         {
 876           // Make the currently displayed alignment panel the associated view
 877           _colourwith.add(getAlignmentPanel().alignFrame.alignPanel);
 878         }
 879       }
 880       // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 881       for (AlignmentPanel alignPanel : _colourwith)
 882       {
 883         binding.colourBySequence(alignPanel);
 884       }
 885       seqColoursApplied = true;
 886     }
 887   }
 888
 889   @Override
 890   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 891   {
 892     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 893             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 894
 895     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 896     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_pdb_file"));
 897     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 898
 899     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 900
 901     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 902     {
 903       BufferedReader in = null;
 904       try
 905       {
 906         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 907         in = new BufferedReader(
 908                 new FileReader(getBinding().getStructureFiles()[0]));
 909         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 910
 911         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 912         String data;
 913         while ((data = in.readLine()) != null)
 914         {
 915           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 916           {
 917             out.println(data);
 918           }
 919         }
 920         out.close();
 921       } catch (Exception ex)
 922       {
 923         ex.printStackTrace();
 924       } finally
 925       {
 926         if (in != null)
 927         {
 928           try
 929           {
 930             in.close();
 931           } catch (IOException e)
 932           {
 933             // ignore
 934           }
 935         }
 936       }
 937     }
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 942   {
 943     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 944     try
 945     {
 946       cap.appendText(getBinding().printMappings());
 947     } catch (OutOfMemoryError e)
 948     {
 949       new OOMWarning(
 950               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 951               e);
 952       cap.dispose();
 953       return;
 954     }
 955     Desktop.addInternalFrame(cap,
 956             MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 957             600);
 958   }
 959
 960   protected abstract String getViewerName();
 961
 962   /**
 963    * Configures the title and menu items of the viewer panel.
 964    */
 965   @Override
 966   public void updateTitleAndMenus()
 967   {
 968     AAStructureBindingModel binding = getBinding();
 969     if (binding.hasFileLoadingError())
 970     {
 971       repaint();
 972       return;
 973     }
 974     setChainMenuItems(binding.getChainNames());
 975
 976     this.setTitle(binding.getViewerTitle(getViewerName(), true));
 977
 978     /*
 979      * enable 'Superpose with' if more than one mapped structure
 980      */
 981     viewSelectionMenu.setEnabled(false);
 982     if (getBinding().getStructureFiles().length > 1
 983             && getBinding().getSequence().length > 1)
 984     {
 985       viewSelectionMenu.setEnabled(true);
 986     }
 987
 988     /*
 989      * Show action menu if it has any enabled items
 990      */
 991     viewerActionMenu.setVisible(false);
 992     for (int i = 0; i < viewerActionMenu.getItemCount(); i++)
 993     {
 994       if (viewerActionMenu.getItem(i).isEnabled())
 995       {
 996         viewerActionMenu.setVisible(true);
 997         break;
 998       }
 999     }
1000
1001     if (!binding.isLoadingFromArchive())
1002     {
1003       seqColour_actionPerformed(null);
1004     }
1005   }
1006
1007   @Override
1008   public String toString()
1009   {
1010     return getTitle();
1011   }
1012
1013   @Override
1014   public boolean hasMapping()
1015   {
1016     if (worker != null && (addingStructures || _started))
1017     {
1018       return false;
1019     }
1020     if (getBinding() == null)
1021     {
1022       if (_aps == null || _aps.size() == 0)
1023       {
1024         // viewer has been closed, but we did at some point run.
1025         return true;
1026       }
1027       return false;
1028     }
1029     String[] pdbids = getBinding().getStructureFiles();
1030     if (pdbids == null)
1031     {
1032       return false;
1033     }
1034     int p=0;
1035     for (String pdbid:pdbids) {
1036       StructureMapping sm[] = getBinding().getSsm().getMapping(pdbid);
1037       if (sm!=null && sm.length>0 && sm[0]!=null) {
1038         p++;
1039       }
1040     }
1041     // only return true if there is a mapping for every structure file we have loaded
1042     if (p == 0 || p != pdbids.length)
1043     {
1044       return false;
1045     }
1046     // and that coloring has been applied
1047     return seqColoursApplied;
1048   }
1049
1050   @Override
1051   public void raiseViewer()
1052   {
1053     toFront();
1054   }
1055
1056 }