src/jalview/gui/StructureViewerBase.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  26 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Component;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Vector;
  36
  37 import javax.swing.JMenuItem;
  38 import javax.swing.JOptionPane;
  39
  40 /**
  41  * Base class with common functionality for JMol, Chimera or other structure
  42  * viewers.
  43  *
  44  * @author gmcarstairs
  45  *
  46  */
  47 public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
  48         implements Runnable, ViewSetProvider
  49 {
  50
  51   /**
  52    * list of sequenceSet ids associated with the view
  53    */
  54   protected List<String> _aps = new ArrayList<String>();
  55
  56   /**
  57    * list of alignment panels to use for superposition
  58    */
  59   protected Vector<AlignmentPanel> _alignwith = new Vector<AlignmentPanel>();
  60
  61   /**
  62    * list of alignment panels that are used for colouring structures by aligned
  63    * sequences
  64    */
  65   protected Vector<AlignmentPanel> _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
  66
  67   private String viewId = null;
  68
  69   private AlignmentPanel ap;
  70
  71   protected boolean alignAddedStructures = false;
  72
  73   protected boolean _started = false;
  74
  75   protected boolean addingStructures = false;
  76
  77   protected Thread worker = null;
  78
  79   /**
  80    *
  81    * @param ap2
  82    * @return true if this Jmol instance is linked with the given alignPanel
  83    */
  84   public boolean isLinkedWith(AlignmentPanel ap2)
  85   {
  86     return _aps.contains(ap2.av.getSequenceSetId());
  87   }
  88
  89   public boolean isUsedforaligment(AlignmentPanel ap2)
  90   {
  91
  92     return (_alignwith != null) && _alignwith.contains(ap2);
  93   }
  94
  95   public boolean isUsedforcolourby(AlignmentPanel ap2)
  96   {
  97     return (_colourwith != null) && _colourwith.contains(ap2);
  98   }
  99
 100   /**
 101    *
 102    * @return TRUE if the view is NOT being coloured by the alignment colours.
 103    */
 104   public boolean isColouredByViewer()
 105   {
 106     return !getBinding().isColourBySequence();
 107   }
 108
 109   public String getViewId()
 110   {
 111     if (viewId == null)
 112     {
 113       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 114     }
 115     return viewId;
 116   }
 117
 118   protected void setViewId(String viewId)
 119   {
 120     this.viewId = viewId;
 121   }
 122
 123   public abstract String getStateInfo();
 124
 125   protected void buildActionMenu()
 126   {
 127     if (_alignwith == null)
 128     {
 129       _alignwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 130     }
 131     if (_alignwith.size() == 0 && ap != null)
 132     {
 133       _alignwith.add(ap);
 134     }
 135     ;
 136     for (Component c : viewerActionMenu.getMenuComponents())
 137     {
 138       if (c != alignStructs)
 139       {
 140         viewerActionMenu.remove((JMenuItem) c);
 141       }
 142     }
 143   }
 144
 145   public AlignmentPanel getAlignmentPanel()
 146   {
 147     return ap;
 148   }
 149
 150   protected void setAlignmentPanel(AlignmentPanel alp)
 151   {
 152     this.ap = alp;
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public AlignmentPanel[] getAllAlignmentPanels()
 157   {
 158     AlignmentPanel[] t, list = new AlignmentPanel[0];
 159     for (String setid : _aps)
 160     {
 161       AlignmentPanel[] panels = PaintRefresher.getAssociatedPanels(setid);
 162       if (panels != null)
 163       {
 164         t = new AlignmentPanel[list.length + panels.length];
 165         System.arraycopy(list, 0, t, 0, list.length);
 166         System.arraycopy(panels, 0, t, list.length, panels.length);
 167         list = t;
 168       }
 169     }
 170
 171     return list;
 172   }
 173
 174   /**
 175    * set the primary alignmentPanel reference and add another alignPanel to the
 176    * list of ones to use for colouring and aligning
 177    *
 178    * @param nap
 179    */
 180   public void addAlignmentPanel(AlignmentPanel nap)
 181   {
 182     if (getAlignmentPanel() == null)
 183     {
 184       setAlignmentPanel(nap);
 185     }
 186     if (!_aps.contains(nap.av.getSequenceSetId()))
 187     {
 188       _aps.add(nap.av.getSequenceSetId());
 189     }
 190   }
 191
 192   /**
 193    * remove any references held to the given alignment panel
 194    *
 195    * @param nap
 196    */
 197   public void removeAlignmentPanel(AlignmentPanel nap)
 198   {
 199     try
 200     {
 201       _alignwith.remove(nap);
 202       _colourwith.remove(nap);
 203       if (getAlignmentPanel() == nap)
 204       {
 205         setAlignmentPanel(null);
 206         for (AlignmentPanel aps : getAllAlignmentPanels())
 207         {
 208           if (aps != nap)
 209           {
 210             setAlignmentPanel(aps);
 211             break;
 212           }
 213         }
 214       }
 215     } catch (Exception ex)
 216     {
 217     }
 218     if (getAlignmentPanel() != null)
 219     {
 220       buildActionMenu();
 221     }
 222   }
 223
 224   public void useAlignmentPanelForSuperposition(AlignmentPanel nap)
 225   {
 226     addAlignmentPanel(nap);
 227     if (!_alignwith.contains(nap))
 228     {
 229       _alignwith.add(nap);
 230     }
 231   }
 232
 233   public void excludeAlignmentPanelForSuperposition(AlignmentPanel nap)
 234   {
 235     if (_alignwith.contains(nap))
 236     {
 237       _alignwith.remove(nap);
 238     }
 239   }
 240
 241   public void useAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap,
 242           boolean enableColourBySeq)
 243   {
 244     useAlignmentPanelForColourbyseq(nap);
 245     getBinding().setColourBySequence(enableColourBySeq);
 246     seqColour.setSelected(enableColourBySeq);
 247     viewerColour.setSelected(!enableColourBySeq);
 248   }
 249
 250   public void useAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap)
 251   {
 252     addAlignmentPanel(nap);
 253     if (!_colourwith.contains(nap))
 254     {
 255       _colourwith.add(nap);
 256     }
 257   }
 258
 259   public void excludeAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap)
 260   {
 261     if (_colourwith.contains(nap))
 262     {
 263       _colourwith.remove(nap);
 264     }
 265   }
 266
 267   public abstract ViewerType getViewerType();
 268
 269   protected abstract AAStructureBindingModel getBindingModel();
 270
 271   protected abstract IProgressIndicator getIProgressIndicator();
 272
 273   /**
 274    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 275    * retrieving it if necessary first.
 276    *
 277    * @param pdbentry
 278    * @param seqs
 279    * @param chains
 280    * @param align
 281    *          if true, new structure(s) will be aligned using associated
 282    *          alignment
 283    * @param alignFrame
 284    */
 285   protected void addStructure(final PDBEntry pdbentry,
 286           final SequenceI[] seqs, final String[] chains,
 287           final boolean align, final IProgressIndicator alignFrame)
 288   {
 289     if (pdbentry.getFile() == null)
 290     {
 291       if (worker != null && worker.isAlive())
 292       {
 293         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 294         // queue.
 295         new Thread(new Runnable()
 296         {
 297           @Override
 298           public void run()
 299           {
 300             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 301             {
 302               try
 303               {
 304                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 305
 306               } catch (Exception e)
 307               {
 308               }
 309             }
 310             // and call ourselves again.
 311             addStructure(pdbentry, seqs, chains, align, alignFrame);
 312           }
 313         }).start();
 314         return;
 315       }
 316     }
 317     // otherwise, start adding the structure.
 318     getBindingModel().addSequenceAndChain(new PDBEntry[] { pdbentry },
 319             new SequenceI[][] { seqs }, new String[][] { chains });
 320     addingStructures = true;
 321     _started = false;
 322     alignAddedStructures = align;
 323     worker = new Thread(this);
 324     worker.start();
 325     return;
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Presents a dialog with the option to add an align a structure to an
 330    * existing structure view
 331    *
 332    * @param pdbId
 333    * @param view
 334    * @return YES, NO or CANCEL JOptionPane code
 335    */
 336   protected int chooseAlignStructureToViewer(String pdbId,
 337           StructureViewerBase view)
 338   {
 339     int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 340             MessageManager.formatMessage("label.add_pdbentry_to_view",
 341                     new Object[] { pdbId, view.getTitle() }),
 342             MessageManager
 343                     .getString("label.align_to_existing_structure_view"),
 344             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 345     return option;
 346   }
 347
 348   protected abstract boolean hasPdbId(String pdbId);
 349
 350   protected abstract List<StructureViewerBase> getViewersFor(
 351           AlignmentPanel alp);
 352
 353   /**
 354    * Check for any existing views involving this alignment and give user the
 355    * option to add and align this molecule to one of them
 356    *
 357    * @param pdbentry
 358    * @param seq
 359    * @param chains
 360    * @param apanel
 361    * @param pdbId
 362    * @return true if user adds to a view, or cancels entirely, else false
 363    */
 364   protected boolean addToExistingViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 365           String[] chains, final AlignmentPanel apanel, String pdbId)
 366   {
 367     for (StructureViewerBase view : getViewersFor(apanel))
 368     {
 369       // TODO: highlight the view somehow
 370       /*
 371        * JAL-1742 exclude view with this structure already mapped (don't offer
 372        * to align chain B to chain A of the same structure)
 373        */
 374       if (view.hasPdbId(pdbId))
 375       {
 376         continue;
 377       }
 378       int option = chooseAlignStructureToViewer(pdbId, view);
 379       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 380       {
 381         return true;
 382       }
 383       else if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 384       {
 385         view.useAlignmentPanelForSuperposition(apanel);
 386         view.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, apanel.alignFrame);
 387         return true;
 388       }
 389       else
 390       {
 391         // NO_OPTION - offer the next viewer if any
 392       }
 393     }
 394
 395     /*
 396      * nothing offered and selected
 397      */
 398     return false;
 399   }
 400
 401   /**
 402    * Adds mappings for the given sequences to an already opened PDB structure,
 403    * and updates any viewers that have the PDB file
 404    *
 405    * @param seq
 406    * @param chains
 407    * @param apanel
 408    * @param pdbFilename
 409    */
 410   protected void addSequenceMappingsToStructure(SequenceI[] seq,
 411           String[] chains, final AlignmentPanel apanel, String pdbFilename)
 412   {
 413     // TODO : Fix multiple seq to one chain issue here.
 414     /*
 415      * create the mappings
 416      */
 417     apanel.getStructureSelectionManager().setMapping(seq, chains,
 418             pdbFilename, AppletFormatAdapter.FILE, getIProgressIndicator());
 419
 420     /*
 421      * alert the FeatureRenderer to show new (PDB RESNUM) features
 422      */
 423     if (apanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null)
 424     {
 425       apanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr.featuresAdded();
 426       apanel.paintAlignment(true);
 427     }
 428
 429     /*
 430      * add the sequences to any other viewers (of the same type) for this pdb
 431      * file
 432      */
 433     // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui routine
 434     for (StructureViewerBase viewer : getViewersFor(null))
 435     {
 436       AAStructureBindingModel bindingModel = viewer.getBindingModel();
 437       for (int pe = 0; pe < bindingModel.getPdbCount(); pe++)
 438       {
 439         if (bindingModel.getPdbEntry(pe).getFile().equals(pdbFilename))
 440         {
 441           bindingModel.addSequence(pe, seq);
 442           viewer.addAlignmentPanel(apanel);
 443           /*
 444            * add it to the set of alignments used for colouring structure by
 445            * sequence
 446            */
 447           viewer.useAlignmentPanelForColourbyseq(apanel);
 448           viewer.buildActionMenu();
 449           apanel.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(
 450                   apanel);
 451           break;
 452         }
 453       }
 454     }
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Check if the PDB file is already loaded, if so offer to add it to the
 459    * existing viewer
 460    *
 461    * @param seq
 462    * @param chains
 463    * @param apanel
 464    * @param pdbId
 465    * @return true if the user chooses to add to a viewer, or to cancel entirely
 466    */
 467   protected boolean addAlreadyLoadedFile(SequenceI[] seq, String[] chains,
 468           final AlignmentPanel apanel, String pdbId)
 469   {
 470     boolean finished = false;
 471     String alreadyMapped = apanel.getStructureSelectionManager()
 472             .alreadyMappedToFile(pdbId);
 473
 474     if (alreadyMapped != null)
 475     {
 476       /*
 477        * the PDB file is already loaded
 478        */
 479       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 480               MessageManager.formatMessage(
 481                       "label.pdb_entry_is_already_displayed",
 482                       new Object[] { pdbId }), MessageManager
 483                       .formatMessage(
 484                               "label.map_sequences_to_visible_window",
 485                               new Object[] { pdbId }),
 486               JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 487       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 488       {
 489         finished = true;
 490       }
 491       else if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 492       {
 493         addSequenceMappingsToStructure(seq, chains, apanel, alreadyMapped);
 494         finished = true;
 495       }
 496     }
 497     return finished;
 498   }
 499 }