484e05a9668224f93216b12088692bfc0c98d10e
[jalview.git] / src / jalview / gui / TreeCanvas.java
1 package jalview.gui;\r
2 \r
3 \r
4 import jalview.analysis.*;\r
5 import jalview.datamodel.*;\r
6 import jalview.util.*;\r
7 import javax.swing.*;\r
8 import java.awt.*;\r
9 import java.awt.event.*;\r
10 import java.util.*;\r
11 import java.io.*;\r
12 \r
13 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener\r
14 {\r
15   NJTree tree;\r
16   JScrollPane scrollPane;\r
17   AlignViewport av;\r
18 \r
19   Font font;\r
20   int  fontSize = 12;\r
21 \r
22   boolean showDistances = false;\r
23   boolean showBootstrap = false;\r
24 \r
25   int offx = 20;\r
26   int offy = 20;\r
27 \r
28   int threshold;\r
29 \r
30   String longestName;\r
31   int labelLength=-1;\r
32 \r
33   //RubberbandRectangle rubberband;\r
34 \r
35   Selection selected;\r
36   Vector    listeners;\r
37 \r
38   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
39   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
40 \r
41   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, JScrollPane scroller, String label)\r
42   {\r
43     this.av = av;\r
44     this.tree     = tree;\r
45     selected = av.getSelection();\r
46     scrollPane = scroller;\r
47     addMouseListener(this);\r
48     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
49     longestName = label;\r
50 \r
51     PaintRefresher.Register(this);\r
52   }\r
53   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
54  {\r
55     selected = av.getSelection();\r
56 \r
57     if (selected.contains(sequence))\r
58         selected.removeElement(sequence);\r
59     else\r
60         selected.addElement(sequence);\r
61 \r
62     setSelected(selected);\r
63     PaintRefresher.Refresh(this);\r
64     repaint();\r
65  }\r
66 \r
67 \r
68   public void setSelected(Selection selected)\r
69   {\r
70         this.selected = selected;\r
71   }\r
72 \r
73   public void setTree(NJTree tree) {\r
74     this.tree = tree;\r
75     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
76   }\r
77 \r
78     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
79     if (node == null) {\r
80       return;\r
81     }\r
82 \r
83     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
84       // Drawing leaf node\r
85 \r
86       float height = node.height;\r
87       float dist   = node.dist;\r
88 \r
89       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
90       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
91 \r
92       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
93 \r
94       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
95       {\r
96        if ( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
97        {\r
98          g.setColor(Color.black);\r
99        }\r
100        else\r
101         g.setColor( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor().\r
102                    darker());\r
103 \r
104       }\r
105       else\r
106           g.setColor(Color.black);\r
107 \r
108 \r
109       // Draw horizontal line\r
110       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
111 \r
112       String nodeLabel = "";\r
113       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
114         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
115       }\r
116       if (showBootstrap) {\r
117         if (showDistances) {\r
118           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
119         }\r
120         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
121       }\r
122       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
123       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
124       }\r
125 \r
126       // Colour selected leaves differently\r
127       String name    = node.getName();\r
128       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
129       int charWidth  = fm.stringWidth(node.getName()) + 3;\r
130       int charHeight = fm.getHeight();\r
131 \r
132       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
133                                      charWidth,charHeight);\r
134 \r
135       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
136 \r
137       if (selected.contains((SequenceI)node.element())) {\r
138         g.setColor(Color.gray);\r
139 \r
140         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
141         g.setColor(Color.white);\r
142       }\r
143       g.drawString(node.getName(),xend+10,ypos);\r
144       g.setColor(Color.black);\r
145     } else {\r
146       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
147       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
148 \r
149       float height = node.height;\r
150       float dist   = node.dist;\r
151 \r
152       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
153       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
154       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
155 \r
156       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
157 \r
158       // Draw horizontal line\r
159       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
160       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
161 \r
162       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
163       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
164 \r
165       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
166       nodeHash.put(node,pos);\r
167 \r
168       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
169                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
170 \r
171       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
172         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
173       }\r
174 \r
175     }\r
176   }\r
177   public Object findElement(int x, int y) {\r
178        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
179 \r
180     while (keys.hasMoreElements()) {\r
181             Object ob = keys.nextElement();\r
182             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
183 \r
184             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
185               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
186               return ob;\r
187             }\r
188   }\r
189   keys = nodeHash.keys();\r
190 \r
191     while (keys.hasMoreElements()) {\r
192             Object ob = keys.nextElement();\r
193             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
194 \r
195             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
196               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
197               return ob;\r
198             }\r
199     }\r
200       return null;\r
201 \r
202   }\r
203 \r
204   public void pickNodes(Rectangle pickBox, Selection sel) {\r
205     int width  = getWidth();\r
206     int height = getHeight();\r
207 \r
208     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
209 \r
210     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
211 ;\r
212     if (top.count == 0) {\r
213       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
214     }\r
215     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
216 \r
217     pickNode(pickBox,sel,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
218   }\r
219 \r
220   public void pickNode(Rectangle pickBox, Selection sel, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
221     if (node == null) {\r
222       return;\r
223     }\r
224 \r
225     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
226       float height = node.height;\r
227       float dist   = node.dist;\r
228 \r
229       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
230       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
231 \r
232       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
233 \r
234       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
235         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
236           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
237           if (sel.contains(seq)) {\r
238             sel.removeElement(seq);\r
239           } else {\r
240             sel.addElement(seq);\r
241           }\r
242         }\r
243       }\r
244     } else {\r
245       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
246       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
247     }\r
248   }\r
249 \r
250   public void setColor(SequenceNode node, Color c) {\r
251     if (node == null) {\r
252       return;\r
253     }\r
254 \r
255     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
256       node.color = c;\r
257 \r
258       if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
259           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
260       }\r
261     } else {\r
262       node.color = c;\r
263       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
264       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
265     }\r
266   }\r
267 \r
268 \r
269   public void paintComponent(Graphics g) {\r
270 \r
271 \r
272     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
273     g.setFont(font);\r
274 \r
275     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
276 \r
277     if(nameHash.size()==0)\r
278       repaint();\r
279 \r
280 \r
281     if( scrollPane.getHeight() > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy)\r
282      {\r
283          draw(g,scrollPane.getWidth(),scrollPane.getHeight());\r
284          setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight()));\r
285      }\r
286     else\r
287      {\r
288          setPreferredSize(new Dimension(getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
289          draw( g,getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
290      }\r
291 \r
292 \r
293     if (threshold != 0)\r
294     {\r
295         g.setColor(Color.red);\r
296         g.drawLine(threshold,0,threshold,getHeight());\r
297     }\r
298 \r
299     scrollPane.revalidate();\r
300   }\r
301     public int getFontSize() {\r
302         return fontSize;\r
303     }\r
304     public void setFontSize(int fontSize) {\r
305         this.fontSize = fontSize;\r
306         repaint();\r
307     }\r
308   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
309       g.setColor(Color.white);\r
310       g.fillRect(0,0,width,height);\r
311 \r
312 \r
313       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
314 \r
315       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
316 \r
317       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
318 \r
319       if (top.count == 0) {\r
320           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
321       }\r
322       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
323 \r
324       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
325   }\r
326 \r
327   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
328   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
329   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
330   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
331   }\r
332 \r
333   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
334       int x = e.getX();\r
335       int y = e.getY();\r
336 \r
337       Object ob = findElement(x,y);\r
338 \r
339       if (ob instanceof SequenceI)\r
340       {\r
341           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
342           repaint();\r
343           return;\r
344 \r
345       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
346           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
347           tree.swapNodes(tmpnode);\r
348           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
349           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
350       } else {\r
351           // Find threshold\r
352 \r
353           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
354               float fthreshold = (float)(x - offx)/(float)(getWidth()-labelLength - 2*offx);\r
355               this.threshold = x;\r
356               tree.getGroups().removeAllElements();\r
357               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),fthreshold);\r
358               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
359 \r
360               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++) {\r
361 \r
362                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
363                                         (int)(Math.random()*255),\r
364                                         (int)(Math.random()*255));\r
365                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
366 \r
367                   // l is vector of Objects\r
368                  // Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
369 \r
370               }\r
371           }\r
372       }\r
373 \r
374       PaintRefresher.Refresh(this);\r
375       repaint();\r
376 \r
377   }\r
378 \r
379     public void setShowDistances(boolean state) {\r
380         this.showDistances = state;\r
381         repaint();\r
382     }\r
383 \r
384     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
385       this.showBootstrap = state;\r
386       repaint();\r
387     }\r
388 \r
389 }\r
390 \r