src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.util.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.print.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.*;\r
  36 \r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * DOCUMENT ME!\r
  40  *\r
  41  * @author $author$\r
  42  * @version $Revision$\r
  43  */\r
  44 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,\r
  45     Printable\r
  46 {\r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public static final String PLACEHOLDER = " * ";\r
  49     NJTree tree;\r
  50     JScrollPane scrollPane;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     Font font;\r
  53     int fontSize = 12;\r
  54     boolean fitToWindow = true;\r
  55     boolean showDistances = false;\r
  56     boolean showBootstrap = false;\r
  57     boolean markPlaceholders = false;\r
  58     int offx = 20;\r
  59     int offy = 20;\r
  60     float threshold;\r
  61     String longestName;\r
  62     int labelLength = -1;\r
  63 \r
  64     //RubberbandRectangle rubberband;\r
  65     Vector listeners;\r
  66     Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  67     Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new TreeCanvas object.\r
  71      *\r
  72      * @param av DOCUMENT ME!\r
  73      * @param tree DOCUMENT ME!\r
  74      * @param scroller DOCUMENT ME!\r
  75      * @param label DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public TreeCanvas(AlignViewport av, JScrollPane scroller)\r
  78     {\r
  79         this.av = av;\r
  80         scrollPane = scroller;\r
  81         addMouseListener(this);\r
  82         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * DOCUMENT ME!\r
  88      *\r
  89      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  90      */\r
  91     public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  92     {\r
  93         SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  94 \r
  95         if (selected == null)\r
  96         {\r
  97             selected = new SequenceGroup();\r
  98             av.setSelectionGroup(selected);\r
  99         }\r
 100 \r
 101         selected.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 102         selected.addOrRemove(sequence, true);\r
 103 \r
 104         PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 105         repaint();\r
 106     }\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * DOCUMENT ME!\r
 110      *\r
 111      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 112      */\r
 113     public void setTree(NJTree tree)\r
 114     {\r
 115         this.tree = tree;\r
 116         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 117 \r
 118         // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 119         Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 120         boolean has_placeholders = false;\r
 121         longestName = "";\r
 122 \r
 123         for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 124         {\r
 125           SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 126 \r
 127           if (lf.isPlaceholder())\r
 128           {\r
 129             has_placeholders = true;\r
 130           }\r
 131 \r
 132           if (longestName.length() < ( (Sequence) lf.element()).getName()\r
 133               .length())\r
 134           {\r
 135             longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 136                 ( (Sequence) lf.element()).getName();\r
 137           }\r
 138         }\r
 139 \r
 140         setMarkPlaceholders(has_placeholders);\r
 141     }\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * DOCUMENT ME!\r
 145      *\r
 146      * @param g DOCUMENT ME!\r
 147      * @param node DOCUMENT ME!\r
 148      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 149      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 150      * @param width DOCUMENT ME!\r
 151      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 152      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 153      */\r
 154     public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,\r
 155         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 156     {\r
 157         if (node == null)\r
 158         {\r
 159             return;\r
 160         }\r
 161 \r
 162         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 163         {\r
 164             // Drawing leaf node\r
 165             float height = node.height;\r
 166             float dist = node.dist;\r
 167 \r
 168             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 169             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 170 \r
 171             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 172 \r
 173             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 174             {\r
 175                 if (((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
 176                 {\r
 177                     g.setColor(Color.black);\r
 178                 }\r
 179                 else\r
 180                 {\r
 181                     g.setColor(((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor()\r
 182                                 .darker());\r
 183                 }\r
 184             }\r
 185             else\r
 186             {\r
 187                 g.setColor(Color.black);\r
 188             }\r
 189 \r
 190             // Draw horizontal line\r
 191             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 192 \r
 193             String nodeLabel = "";\r
 194 \r
 195             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 196             {\r
 197                 nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 198             }\r
 199 \r
 200             if (showBootstrap)\r
 201             {\r
 202                 if (showDistances)\r
 203                 {\r
 204                     nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 205                 }\r
 206 \r
 207                 nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 208             }\r
 209 \r
 210             if (!nodeLabel.equals(""))\r
 211             {\r
 212                 g.drawString(nodeLabel, xstart, ypos - 10);\r
 213             }\r
 214 \r
 215             String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())\r
 216                 ? (PLACEHOLDER + node.getName()) : node.getName();\r
 217             FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 218             int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;\r
 219             int charHeight = fm.getHeight();\r
 220 \r
 221             Rectangle rect = new Rectangle(xend + 20, ypos - charHeight,\r
 222                     charWidth, charHeight);\r
 223 \r
 224             nameHash.put((SequenceI) node.element(), rect);\r
 225 \r
 226             // Colour selected leaves differently\r
 227             SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 228 \r
 229             if ((selected != null) &&\r
 230                     selected.sequences.contains((SequenceI) node.element()))\r
 231             {\r
 232                 g.setColor(Color.gray);\r
 233 \r
 234                 g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3, charWidth,\r
 235                     charHeight);\r
 236                 g.setColor(Color.white);\r
 237             }\r
 238 \r
 239             g.drawString(name, xend + 10, ypos);\r
 240             g.setColor(Color.black);\r
 241         }\r
 242         else\r
 243         {\r
 244             drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,\r
 245                 offy);\r
 246             drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,\r
 247                 offy);\r
 248 \r
 249             float height = node.height;\r
 250             float dist = node.dist;\r
 251 \r
 252             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 253             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 254             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 255 \r
 256             g.setColor(((SequenceNode) node).color.darker());\r
 257 \r
 258             // Draw horizontal line\r
 259             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 260             g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);\r
 261 \r
 262             int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk) +\r
 263                 offy;\r
 264             int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk) +\r
 265                 offy;\r
 266 \r
 267             Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);\r
 268             nodeHash.put(node, pos);\r
 269 \r
 270             g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,\r
 271                 (int) (height * scale) + offx, yend);\r
 272 \r
 273             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 274             {\r
 275                 g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist), xstart,\r
 276                     ypos - 5);\r
 277             }\r
 278         }\r
 279     }\r
 280 \r
 281     /**\r
 282      * DOCUMENT ME!\r
 283      *\r
 284      * @param x DOCUMENT ME!\r
 285      * @param y DOCUMENT ME!\r
 286      *\r
 287      * @return DOCUMENT ME!\r
 288      */\r
 289     public Object findElement(int x, int y)\r
 290     {\r
 291         Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 292 \r
 293         while (keys.hasMoreElements())\r
 294         {\r
 295             Object ob = keys.nextElement();\r
 296             Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);\r
 297 \r
 298             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 299                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 300             {\r
 301                 return ob;\r
 302             }\r
 303         }\r
 304 \r
 305         keys = nodeHash.keys();\r
 306 \r
 307         while (keys.hasMoreElements())\r
 308         {\r
 309             Object ob = keys.nextElement();\r
 310             Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);\r
 311 \r
 312             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 313                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 314             {\r
 315                 return ob;\r
 316             }\r
 317         }\r
 318 \r
 319         return null;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * DOCUMENT ME!\r
 324      *\r
 325      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 326      */\r
 327     public void pickNodes(Rectangle pickBox)\r
 328     {\r
 329         int width = getWidth();\r
 330         int height = getHeight();\r
 331 \r
 332         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 333 \r
 334         float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 335 \r
 336         if (top.count == 0)\r
 337         {\r
 338             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 339                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 340         }\r
 341 \r
 342         float chunk = (float) (height - (offy * 2)) / top.count;\r
 343 \r
 344         pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 345     }\r
 346 \r
 347     /**\r
 348      * DOCUMENT ME!\r
 349      *\r
 350      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 351      * @param node DOCUMENT ME!\r
 352      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 353      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 354      * @param width DOCUMENT ME!\r
 355      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 356      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 357      */\r
 358     public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,\r
 359         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 360     {\r
 361         if (node == null)\r
 362         {\r
 363             return;\r
 364         }\r
 365 \r
 366         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 367         {\r
 368             float height = node.height;\r
 369             float dist = node.dist;\r
 370 \r
 371             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 372             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 373 \r
 374             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 375 \r
 376             if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))\r
 377             {\r
 378                 if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 379                 {\r
 380                     SequenceI seq = (SequenceI) node.element();\r
 381                     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 382 \r
 383                     if (sg != null)\r
 384                     {\r
 385                         sg.addOrRemove(seq, true);\r
 386                     }\r
 387                 }\r
 388             }\r
 389         }\r
 390         else\r
 391         {\r
 392             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,\r
 393                 offx, offy);\r
 394             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,\r
 395                 offx, offy);\r
 396         }\r
 397     }\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      * DOCUMENT ME!\r
 401      *\r
 402      * @param node DOCUMENT ME!\r
 403      * @param c DOCUMENT ME!\r
 404      */\r
 405     public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 406     {\r
 407         if (node == null)\r
 408         {\r
 409             return;\r
 410         }\r
 411 \r
 412         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 413         {\r
 414             node.color = c;\r
 415 \r
 416             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 417             {\r
 418                 ((SequenceI) node.element()).setColor(c);\r
 419             }\r
 420         }\r
 421         else\r
 422         {\r
 423             node.color = c;\r
 424             setColor((SequenceNode) node.left(), c);\r
 425             setColor((SequenceNode) node.right(), c);\r
 426         }\r
 427     }\r
 428 \r
 429     /**\r
 430      * DOCUMENT ME!\r
 431      */\r
 432     void startPrinting()\r
 433     {\r
 434         Thread thread = new Thread(this);\r
 435         thread.start();\r
 436     }\r
 437 \r
 438     // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 439     public void run()\r
 440     {\r
 441         PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 442         PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 443 \r
 444         printJob.setPrintable(this, pf);\r
 445 \r
 446         if (printJob.printDialog())\r
 447         {\r
 448             try\r
 449             {\r
 450                 printJob.print();\r
 451             }\r
 452             catch (Exception PrintException)\r
 453             {\r
 454                 PrintException.printStackTrace();\r
 455             }\r
 456         }\r
 457     }\r
 458 \r
 459     /**\r
 460      * DOCUMENT ME!\r
 461      *\r
 462      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 463      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 464      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 465      *\r
 466      * @return DOCUMENT ME!\r
 467      *\r
 468      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 469      */\r
 470     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 471         throws PrinterException\r
 472     {\r
 473         pg.setFont(font);\r
 474         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 475 \r
 476         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 477         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 478 \r
 479         int noPages = getHeight() / pheight;\r
 480 \r
 481         if (pi > noPages)\r
 482         {\r
 483             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 484         }\r
 485 \r
 486         if (pwidth > getWidth())\r
 487         {\r
 488             pwidth = getWidth();\r
 489         }\r
 490 \r
 491         if (fitToWindow)\r
 492         {\r
 493             if (pheight > getHeight())\r
 494             {\r
 495                 pheight = getHeight();\r
 496             }\r
 497 \r
 498             noPages = 0;\r
 499         }\r
 500         else\r
 501         {\r
 502             FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 503             int height = fm.getHeight() * nameHash.size();\r
 504             pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 505             pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);\r
 506 \r
 507             // translate number of pages,\r
 508             // height is screen size as this is the\r
 509             // non overlapping text size\r
 510             pheight = height;\r
 511         }\r
 512 \r
 513         draw(pg, pwidth, pheight);\r
 514 \r
 515         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * DOCUMENT ME!\r
 520      *\r
 521      * @param g DOCUMENT ME!\r
 522      */\r
 523     public void paintComponent(Graphics g)\r
 524     {\r
 525         super.paintComponent(g);\r
 526         if(tree==null)\r
 527         {\r
 528           g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 18));\r
 529           g.drawString("Calculating tree....", 20, getHeight()/2);\r
 530         }\r
 531         else\r
 532         {\r
 533 \r
 534           font = new Font("Verdana", Font.PLAIN, fontSize);\r
 535           g.setFont(font);\r
 536 \r
 537           FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 538 \r
 539           if (nameHash.size() == 0)\r
 540           {\r
 541             repaint();\r
 542           }\r
 543 \r
 544           if (fitToWindow ||\r
 545               (!fitToWindow &&\r
 546                (scrollPane.getHeight() > ( (fm.getHeight() * nameHash.size()) +\r
 547                                           offy))))\r
 548           {\r
 549             draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());\r
 550             setPreferredSize(null);\r
 551           }\r
 552           else\r
 553           {\r
 554             setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),\r
 555                                            fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 556             draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 557           }\r
 558 \r
 559           scrollPane.revalidate();\r
 560         }\r
 561     }\r
 562 \r
 563     /**\r
 564      * DOCUMENT ME!\r
 565      *\r
 566      * @return DOCUMENT ME!\r
 567      */\r
 568     public int getFontSize()\r
 569     {\r
 570         return fontSize;\r
 571     }\r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * DOCUMENT ME!\r
 575      *\r
 576      * @param fontSize DOCUMENT ME!\r
 577      */\r
 578     public void setFontSize(int fontSize)\r
 579     {\r
 580         this.fontSize = fontSize;\r
 581         repaint();\r
 582     }\r
 583 \r
 584     /**\r
 585      * DOCUMENT ME!\r
 586      *\r
 587      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 588      * @param width DOCUMENT ME!\r
 589      * @param height DOCUMENT ME!\r
 590      */\r
 591     public void draw(Graphics g1, int width, int height)\r
 592     {\r
 593         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;\r
 594         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 595             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 596         g2.setColor(Color.white);\r
 597         g2.fillRect(0, 0, width, height);\r
 598 \r
 599         labelLength = g2.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName) + 20; //20 allows for scrollbar\r
 600 \r
 601         float wscale = (float) (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 602 \r
 603         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 604 \r
 605         if (top.count == 0)\r
 606         {\r
 607             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 608                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 609         }\r
 610 \r
 611         float chunk = (float) (height - (offy * 2)) / top.count;\r
 612 \r
 613         drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 614 \r
 615         if (threshold != 0)\r
 616         {\r
 617             if (av.getCurrentTree() == tree)\r
 618             {\r
 619                 g2.setColor(Color.red);\r
 620             }\r
 621             else\r
 622             {\r
 623                 g2.setColor(Color.gray);\r
 624             }\r
 625 \r
 626             int x = (int) ((threshold * (float) (getWidth() - labelLength -\r
 627                 (2 * offx))) + offx);\r
 628 \r
 629             g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());\r
 630         }\r
 631     }\r
 632 \r
 633     /**\r
 634      * DOCUMENT ME!\r
 635      *\r
 636      * @param e DOCUMENT ME!\r
 637      */\r
 638     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 639     {\r
 640     }\r
 641 \r
 642     /**\r
 643      * DOCUMENT ME!\r
 644      *\r
 645      * @param e DOCUMENT ME!\r
 646      */\r
 647     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 648     {\r
 649     }\r
 650 \r
 651     /**\r
 652      * DOCUMENT ME!\r
 653      *\r
 654      * @param e DOCUMENT ME!\r
 655      */\r
 656     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 657     {\r
 658     }\r
 659 \r
 660     /**\r
 661      * DOCUMENT ME!\r
 662      *\r
 663      * @param e DOCUMENT ME!\r
 664      */\r
 665     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 666     {\r
 667     }\r
 668 \r
 669     /**\r
 670      * DOCUMENT ME!\r
 671      *\r
 672      * @param e DOCUMENT ME!\r
 673      */\r
 674     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 675     {\r
 676         av.setCurrentTree(tree);\r
 677 \r
 678         int x = e.getX();\r
 679         int y = e.getY();\r
 680 \r
 681         Object ob = findElement(x, y);\r
 682 \r
 683         if (ob instanceof SequenceI)\r
 684         {\r
 685             TreeSelectionChanged((Sequence) ob);\r
 686             repaint();\r
 687 \r
 688             return;\r
 689         }\r
 690         else if (ob instanceof SequenceNode)\r
 691         {\r
 692             SequenceNode tmpnode = (SequenceNode) ob;\r
 693             tree.swapNodes(tmpnode);\r
 694             tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 695             tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 696         }\r
 697         else\r
 698         {\r
 699             // Find threshold\r
 700             if (tree.getMaxHeight() != 0)\r
 701             {\r
 702                 threshold = (float) (x - offx) / (float) (getWidth() -\r
 703                     labelLength - (2 * offx));\r
 704 \r
 705                 tree.getGroups().removeAllElements();\r
 706                 tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);\r
 707                 setColor(tree.getTopNode(), Color.black);\r
 708 \r
 709                 av.setSelectionGroup(null);\r
 710                 av.alignment.deleteAllGroups();\r
 711 \r
 712                 for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 713                 {\r
 714                     Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
 715                             (int) (Math.random() * 255),\r
 716                             (int) (Math.random() * 255));\r
 717                     setColor((SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i),\r
 718                         col.brighter());\r
 719 \r
 720                     Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode) tree.getGroups()\r
 721                                                                   .elementAt(i),\r
 722                             new Vector());\r
 723 \r
 724                     Vector sequences = new Vector();\r
 725 \r
 726                     for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 727                     {\r
 728                         SequenceI s1 = (SequenceI) ((SequenceNode) l.elementAt(j)).element();\r
 729 \r
 730                         if (!sequences.contains(s1))\r
 731                         {\r
 732                             sequences.addElement(s1);\r
 733                         }\r
 734                     }\r
 735 \r
 736                     ColourSchemeI cs = null;\r
 737 \r
 738                     if (av.getGlobalColourScheme() != null)\r
 739                     {\r
 740                       if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)\r
 741                       {\r
 742                         cs = new UserColourScheme(\r
 743                             ( (UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme()).getColours());\r
 744 \r
 745                       }\r
 746                       else\r
 747                         cs = ColourSchemeProperty.getColour(sequences,\r
 748                                                             av.alignment.getWidth(),\r
 749                                                             ColourSchemeProperty.getColourName(\r
 750                                                                 av.getGlobalColourScheme()));\r
 751 \r
 752                         cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),\r
 753                                                              av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 754                     }\r
 755 \r
 756 \r
 757                     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences,\r
 758                             "TreeGroup", cs, true, true, false, 0,\r
 759                             av.alignment.getWidth());\r
 760 \r
 761 \r
 762                     if (  av.getGlobalColourScheme()!=null\r
 763                        && av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())\r
 764                     {\r
 765                         Conservation c = new Conservation("Group",\r
 766                                 ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences,\r
 767                                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 768 \r
 769                         c.calculate();\r
 770                         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 771                         sg.cs.setConservation(c);\r
 772                     }\r
 773 \r
 774                     av.alignment.addGroup(sg);\r
 775                 }\r
 776             }\r
 777         }\r
 778 \r
 779         PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 780         repaint();\r
 781     }\r
 782 \r
 783     /**\r
 784      * DOCUMENT ME!\r
 785      *\r
 786      * @param state DOCUMENT ME!\r
 787      */\r
 788     public void setShowDistances(boolean state)\r
 789     {\r
 790         this.showDistances = state;\r
 791         repaint();\r
 792     }\r
 793 \r
 794     /**\r
 795      * DOCUMENT ME!\r
 796      *\r
 797      * @param state DOCUMENT ME!\r
 798      */\r
 799     public void setShowBootstrap(boolean state)\r
 800     {\r
 801         this.showBootstrap = state;\r
 802         repaint();\r
 803     }\r
 804 \r
 805     /**\r
 806      * DOCUMENT ME!\r
 807      *\r
 808      * @param state DOCUMENT ME!\r
 809      */\r
 810     public void setMarkPlaceholders(boolean state)\r
 811     {\r
 812         this.markPlaceholders = state;\r
 813         repaint();\r
 814     }\r
 815 }\r