src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.util.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.print.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.*;\r
  36 \r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * DOCUMENT ME!\r
  40  *\r
  41  * @author $author$\r
  42  * @version $Revision$\r
  43  */\r
  44 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,\r
  45     Printable\r
  46 {\r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public static final String PLACEHOLDER = " * ";\r
  49     NJTree tree;\r
  50     JScrollPane scrollPane;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     Font font;\r
  53     int fontSize = 12;\r
  54     boolean fitToWindow = true;\r
  55     boolean showDistances = false;\r
  56     boolean showBootstrap = false;\r
  57     boolean markPlaceholders = false;\r
  58     int offx = 20;\r
  59     int offy = 20;\r
  60     float threshold;\r
  61     String longestName;\r
  62     int labelLength = -1;\r
  63 \r
  64     //RubberbandRectangle rubberband;\r
  65     Vector listeners;\r
  66     Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  67     Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new TreeCanvas object.\r
  71      *\r
  72      * @param av DOCUMENT ME!\r
  73      * @param tree DOCUMENT ME!\r
  74      * @param scroller DOCUMENT ME!\r
  75      * @param label DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, JScrollPane scroller,\r
  78         String label)\r
  79     {\r
  80         this.av = av;\r
  81         this.tree = tree;\r
  82         scrollPane = scroller;\r
  83         addMouseListener(this);\r
  84         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  85         longestName = label;\r
  86 \r
  87         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * DOCUMENT ME!\r
  92      *\r
  93      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  94      */\r
  95     public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  96     {\r
  97         SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  98 \r
  99         if (selected == null)\r
 100         {\r
 101             selected = new SequenceGroup();\r
 102             av.setSelectionGroup(selected);\r
 103         }\r
 104 \r
 105         selected.setEndRes(av.alignment.getWidth());\r
 106         selected.addOrRemove(sequence, true);\r
 107 \r
 108         PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 109         repaint();\r
 110     }\r
 111 \r
 112     /**\r
 113      * DOCUMENT ME!\r
 114      *\r
 115      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 116      */\r
 117     public void setTree(NJTree tree)\r
 118     {\r
 119         this.tree = tree;\r
 120         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 121     }\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * DOCUMENT ME!\r
 125      *\r
 126      * @param g DOCUMENT ME!\r
 127      * @param node DOCUMENT ME!\r
 128      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 129      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 130      * @param width DOCUMENT ME!\r
 131      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 132      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 133      */\r
 134     public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,\r
 135         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 136     {\r
 137         if (node == null)\r
 138         {\r
 139             return;\r
 140         }\r
 141 \r
 142         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 143         {\r
 144             // Drawing leaf node\r
 145             float height = node.height;\r
 146             float dist = node.dist;\r
 147 \r
 148             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 149             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 150 \r
 151             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 152 \r
 153             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 154             {\r
 155                 if (((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
 156                 {\r
 157                     g.setColor(Color.black);\r
 158                 }\r
 159                 else\r
 160                 {\r
 161                     g.setColor(((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor()\r
 162                                 .darker());\r
 163                 }\r
 164             }\r
 165             else\r
 166             {\r
 167                 g.setColor(Color.black);\r
 168             }\r
 169 \r
 170             // Draw horizontal line\r
 171             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 172 \r
 173             String nodeLabel = "";\r
 174 \r
 175             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 176             {\r
 177                 nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 178             }\r
 179 \r
 180             if (showBootstrap)\r
 181             {\r
 182                 if (showDistances)\r
 183                 {\r
 184                     nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 185                 }\r
 186 \r
 187                 nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 188             }\r
 189 \r
 190             if (!nodeLabel.equals(""))\r
 191             {\r
 192                 g.drawString(nodeLabel, xstart, ypos - 10);\r
 193             }\r
 194 \r
 195             String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())\r
 196                 ? (PLACEHOLDER + node.getName()) : node.getName();\r
 197             FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 198             int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;\r
 199             int charHeight = fm.getHeight();\r
 200 \r
 201             Rectangle rect = new Rectangle(xend + 20, ypos - charHeight,\r
 202                     charWidth, charHeight);\r
 203 \r
 204             nameHash.put((SequenceI) node.element(), rect);\r
 205 \r
 206             // Colour selected leaves differently\r
 207             SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 208 \r
 209             if ((selected != null) &&\r
 210                     selected.sequences.contains((SequenceI) node.element()))\r
 211             {\r
 212                 g.setColor(Color.gray);\r
 213 \r
 214                 g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3, charWidth,\r
 215                     charHeight);\r
 216                 g.setColor(Color.white);\r
 217             }\r
 218 \r
 219             g.drawString(name, xend + 10, ypos);\r
 220             g.setColor(Color.black);\r
 221         }\r
 222         else\r
 223         {\r
 224             drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,\r
 225                 offy);\r
 226             drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,\r
 227                 offy);\r
 228 \r
 229             float height = node.height;\r
 230             float dist = node.dist;\r
 231 \r
 232             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 233             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 234             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 235 \r
 236             g.setColor(((SequenceNode) node).color.darker());\r
 237 \r
 238             // Draw horizontal line\r
 239             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 240             g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);\r
 241 \r
 242             int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk) +\r
 243                 offy;\r
 244             int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk) +\r
 245                 offy;\r
 246 \r
 247             Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);\r
 248             nodeHash.put(node, pos);\r
 249 \r
 250             g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,\r
 251                 (int) (height * scale) + offx, yend);\r
 252 \r
 253             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 254             {\r
 255                 g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist), xstart,\r
 256                     ypos - 5);\r
 257             }\r
 258         }\r
 259     }\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * DOCUMENT ME!\r
 263      *\r
 264      * @param x DOCUMENT ME!\r
 265      * @param y DOCUMENT ME!\r
 266      *\r
 267      * @return DOCUMENT ME!\r
 268      */\r
 269     public Object findElement(int x, int y)\r
 270     {\r
 271         Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 272 \r
 273         while (keys.hasMoreElements())\r
 274         {\r
 275             Object ob = keys.nextElement();\r
 276             Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);\r
 277 \r
 278             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 279                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 280             {\r
 281                 return ob;\r
 282             }\r
 283         }\r
 284 \r
 285         keys = nodeHash.keys();\r
 286 \r
 287         while (keys.hasMoreElements())\r
 288         {\r
 289             Object ob = keys.nextElement();\r
 290             Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);\r
 291 \r
 292             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 293                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 294             {\r
 295                 return ob;\r
 296             }\r
 297         }\r
 298 \r
 299         return null;\r
 300     }\r
 301 \r
 302     /**\r
 303      * DOCUMENT ME!\r
 304      *\r
 305      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 306      */\r
 307     public void pickNodes(Rectangle pickBox)\r
 308     {\r
 309         int width = getWidth();\r
 310         int height = getHeight();\r
 311 \r
 312         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 313 \r
 314         float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 315 \r
 316         if (top.count == 0)\r
 317         {\r
 318             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 319                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 320         }\r
 321 \r
 322         float chunk = (float) (height - (offy * 2)) / top.count;\r
 323 \r
 324         pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 325     }\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * DOCUMENT ME!\r
 329      *\r
 330      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 331      * @param node DOCUMENT ME!\r
 332      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 333      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 334      * @param width DOCUMENT ME!\r
 335      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 336      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 337      */\r
 338     public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,\r
 339         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 340     {\r
 341         if (node == null)\r
 342         {\r
 343             return;\r
 344         }\r
 345 \r
 346         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 347         {\r
 348             float height = node.height;\r
 349             float dist = node.dist;\r
 350 \r
 351             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 352             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 353 \r
 354             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 355 \r
 356             if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))\r
 357             {\r
 358                 if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 359                 {\r
 360                     SequenceI seq = (SequenceI) node.element();\r
 361                     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 362 \r
 363                     if (sg != null)\r
 364                     {\r
 365                         sg.addOrRemove(seq, true);\r
 366                     }\r
 367                 }\r
 368             }\r
 369         }\r
 370         else\r
 371         {\r
 372             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,\r
 373                 offx, offy);\r
 374             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,\r
 375                 offx, offy);\r
 376         }\r
 377     }\r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * DOCUMENT ME!\r
 381      *\r
 382      * @param node DOCUMENT ME!\r
 383      * @param c DOCUMENT ME!\r
 384      */\r
 385     public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 386     {\r
 387         if (node == null)\r
 388         {\r
 389             return;\r
 390         }\r
 391 \r
 392         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 393         {\r
 394             node.color = c;\r
 395 \r
 396             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 397             {\r
 398                 ((SequenceI) node.element()).setColor(c);\r
 399             }\r
 400         }\r
 401         else\r
 402         {\r
 403             node.color = c;\r
 404             setColor((SequenceNode) node.left(), c);\r
 405             setColor((SequenceNode) node.right(), c);\r
 406         }\r
 407     }\r
 408 \r
 409     /**\r
 410      * DOCUMENT ME!\r
 411      */\r
 412     void startPrinting()\r
 413     {\r
 414         Thread thread = new Thread(this);\r
 415         thread.start();\r
 416     }\r
 417 \r
 418     // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 419     public void run()\r
 420     {\r
 421         PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 422         PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 423 \r
 424         printJob.setPrintable(this, pf);\r
 425 \r
 426         if (printJob.printDialog())\r
 427         {\r
 428             try\r
 429             {\r
 430                 printJob.print();\r
 431             }\r
 432             catch (Exception PrintException)\r
 433             {\r
 434                 PrintException.printStackTrace();\r
 435             }\r
 436         }\r
 437     }\r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * DOCUMENT ME!\r
 441      *\r
 442      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 443      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 444      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 445      *\r
 446      * @return DOCUMENT ME!\r
 447      *\r
 448      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 449      */\r
 450     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 451         throws PrinterException\r
 452     {\r
 453         pg.setFont(font);\r
 454         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 455 \r
 456         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 457         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 458 \r
 459         int noPages = getHeight() / pheight;\r
 460 \r
 461         if (pi > noPages)\r
 462         {\r
 463             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 464         }\r
 465 \r
 466         if (pwidth > getWidth())\r
 467         {\r
 468             pwidth = getWidth();\r
 469         }\r
 470 \r
 471         if (fitToWindow)\r
 472         {\r
 473             if (pheight > getHeight())\r
 474             {\r
 475                 pheight = getHeight();\r
 476             }\r
 477 \r
 478             noPages = 0;\r
 479         }\r
 480         else\r
 481         {\r
 482             FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 483             int height = fm.getHeight() * nameHash.size();\r
 484             pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 485             pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);\r
 486 \r
 487             // translate number of pages,\r
 488             // height is screen size as this is the\r
 489             // non overlapping text size\r
 490             pheight = height;\r
 491         }\r
 492 \r
 493         draw(pg, pwidth, pheight);\r
 494 \r
 495         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * DOCUMENT ME!\r
 500      *\r
 501      * @param g DOCUMENT ME!\r
 502      */\r
 503     public void paintComponent(Graphics g)\r
 504     {\r
 505         super.paintComponent(g);\r
 506         font = new Font("Verdana", Font.PLAIN, fontSize);\r
 507         g.setFont(font);\r
 508 \r
 509         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 510 \r
 511         if (nameHash.size() == 0)\r
 512         {\r
 513             repaint();\r
 514         }\r
 515 \r
 516         if (fitToWindow ||\r
 517                 (!fitToWindow &&\r
 518                 (scrollPane.getHeight() > ((fm.getHeight() * nameHash.size()) +\r
 519                 offy))))\r
 520         {\r
 521             draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());\r
 522             setPreferredSize(null);\r
 523         }\r
 524         else\r
 525         {\r
 526             setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),\r
 527                     fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 528             draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 529         }\r
 530 \r
 531         scrollPane.revalidate();\r
 532     }\r
 533 \r
 534     /**\r
 535      * DOCUMENT ME!\r
 536      *\r
 537      * @return DOCUMENT ME!\r
 538      */\r
 539     public int getFontSize()\r
 540     {\r
 541         return fontSize;\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * DOCUMENT ME!\r
 546      *\r
 547      * @param fontSize DOCUMENT ME!\r
 548      */\r
 549     public void setFontSize(int fontSize)\r
 550     {\r
 551         this.fontSize = fontSize;\r
 552         repaint();\r
 553     }\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      * DOCUMENT ME!\r
 557      *\r
 558      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 559      * @param width DOCUMENT ME!\r
 560      * @param height DOCUMENT ME!\r
 561      */\r
 562     public void draw(Graphics g1, int width, int height)\r
 563     {\r
 564         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;\r
 565         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 566             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 567         g2.setColor(Color.white);\r
 568         g2.fillRect(0, 0, width, height);\r
 569 \r
 570         labelLength = g2.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName) + 20; //20 allows for scrollbar\r
 571 \r
 572         float wscale = (float) (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 573 \r
 574         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 575 \r
 576         if (top.count == 0)\r
 577         {\r
 578             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 579                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 580         }\r
 581 \r
 582         float chunk = (float) (height - (offy * 2)) / top.count;\r
 583 \r
 584         drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 585 \r
 586         if (threshold != 0)\r
 587         {\r
 588             if (av.getCurrentTree() == tree)\r
 589             {\r
 590                 g2.setColor(Color.red);\r
 591             }\r
 592             else\r
 593             {\r
 594                 g2.setColor(Color.gray);\r
 595             }\r
 596 \r
 597             int x = (int) ((threshold * (float) (getWidth() - labelLength -\r
 598                 (2 * offx))) + offx);\r
 599 \r
 600             g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());\r
 601         }\r
 602     }\r
 603 \r
 604     /**\r
 605      * DOCUMENT ME!\r
 606      *\r
 607      * @param e DOCUMENT ME!\r
 608      */\r
 609     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 610     {\r
 611     }\r
 612 \r
 613     /**\r
 614      * DOCUMENT ME!\r
 615      *\r
 616      * @param e DOCUMENT ME!\r
 617      */\r
 618     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 619     {\r
 620     }\r
 621 \r
 622     /**\r
 623      * DOCUMENT ME!\r
 624      *\r
 625      * @param e DOCUMENT ME!\r
 626      */\r
 627     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 628     {\r
 629     }\r
 630 \r
 631     /**\r
 632      * DOCUMENT ME!\r
 633      *\r
 634      * @param e DOCUMENT ME!\r
 635      */\r
 636     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 637     {\r
 638     }\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * DOCUMENT ME!\r
 642      *\r
 643      * @param e DOCUMENT ME!\r
 644      */\r
 645     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 646     {\r
 647         av.setCurrentTree(tree);\r
 648 \r
 649         int x = e.getX();\r
 650         int y = e.getY();\r
 651 \r
 652         Object ob = findElement(x, y);\r
 653 \r
 654         if (ob instanceof SequenceI)\r
 655         {\r
 656             TreeSelectionChanged((Sequence) ob);\r
 657             repaint();\r
 658 \r
 659             return;\r
 660         }\r
 661         else if (ob instanceof SequenceNode)\r
 662         {\r
 663             SequenceNode tmpnode = (SequenceNode) ob;\r
 664             tree.swapNodes(tmpnode);\r
 665             tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 666             tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 667         }\r
 668         else\r
 669         {\r
 670             // Find threshold\r
 671             if (tree.getMaxHeight() != 0)\r
 672             {\r
 673                 threshold = (float) (x - offx) / (float) (getWidth() -\r
 674                     labelLength - (2 * offx));\r
 675 \r
 676                 tree.getGroups().removeAllElements();\r
 677                 tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);\r
 678                 setColor(tree.getTopNode(), Color.black);\r
 679 \r
 680                 av.setSelectionGroup(null);\r
 681                 av.alignment.deleteAllGroups();\r
 682 \r
 683                 for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 684                 {\r
 685                     Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
 686                             (int) (Math.random() * 255),\r
 687                             (int) (Math.random() * 255));\r
 688                     setColor((SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i),\r
 689                         col.brighter());\r
 690 \r
 691                     Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode) tree.getGroups()\r
 692                                                                   .elementAt(i),\r
 693                             new Vector());\r
 694 \r
 695                     Vector sequences = new Vector();\r
 696 \r
 697                     for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 698                     {\r
 699                         SequenceI s1 = (SequenceI) ((SequenceNode) l.elementAt(j)).element();\r
 700 \r
 701                         if (!sequences.contains(s1))\r
 702                         {\r
 703                             sequences.addElement(s1);\r
 704                         }\r
 705                     }\r
 706 \r
 707                     ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColour(sequences,\r
 708                             av.alignment.getWidth(),\r
 709                             ColourSchemeProperty.getColourName(\r
 710                                 av.getGlobalColourScheme()));\r
 711 \r
 712                     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences,\r
 713                             "TreeGroup", cs, true, true, false, 0,\r
 714                             av.alignment.getWidth());\r
 715 \r
 716                     if (sg.cs != null)\r
 717                     {\r
 718                         ((ResidueColourScheme) sg.cs).setThreshold(25);\r
 719                     }\r
 720 \r
 721                     if (av.getGlobalColourScheme() instanceof ConservationColourScheme)\r
 722                     {\r
 723                         ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 724                         Conservation c = new Conservation("Group",\r
 725                                 ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences,\r
 726                                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 727 \r
 728                         c.calculate();\r
 729                         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 730                         ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 731 \r
 732                         sg.cs = ccs;\r
 733                     }\r
 734 \r
 735                     av.alignment.addGroup(sg);\r
 736                 }\r
 737             }\r
 738         }\r
 739 \r
 740         PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 741         repaint();\r
 742     }\r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * DOCUMENT ME!\r
 746      *\r
 747      * @param state DOCUMENT ME!\r
 748      */\r
 749     public void setShowDistances(boolean state)\r
 750     {\r
 751         this.showDistances = state;\r
 752         repaint();\r
 753     }\r
 754 \r
 755     /**\r
 756      * DOCUMENT ME!\r
 757      *\r
 758      * @param state DOCUMENT ME!\r
 759      */\r
 760     public void setShowBootstrap(boolean state)\r
 761     {\r
 762         this.showBootstrap = state;\r
 763         repaint();\r
 764     }\r
 765 \r
 766     /**\r
 767      * DOCUMENT ME!\r
 768      *\r
 769      * @param state DOCUMENT ME!\r
 770      */\r
 771     public void setMarkPlaceholders(boolean state)\r
 772     {\r
 773         this.markPlaceholders = state;\r
 774         repaint();\r
 775     }\r
 776 }\r