src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 import java.awt.event.*;\r
  11 import java.util.*;\r
  12 import java.awt.print.*;\r
  13 \r
  14 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable, Printable\r
  15 {\r
  16   NJTree tree;\r
  17   JScrollPane scrollPane;\r
  18   AlignViewport av;\r
  19 \r
  20   Font font;\r
  21   int  fontSize = 12;\r
  22 \r
  23   boolean showDistances = false;\r
  24   boolean showBootstrap = false;\r
  25 \r
  26   int offx = 20;\r
  27   int offy = 20;\r
  28 \r
  29   int threshold;\r
  30 \r
  31   String longestName;\r
  32   int labelLength=-1;\r
  33 \r
  34   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  35 \r
  36   Selection selected;\r
  37   Vector    listeners;\r
  38 \r
  39   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  40   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  41 \r
  42   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, JScrollPane scroller, String label)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     this.tree     = tree;\r
  46     selected = av.getSelection();\r
  47     scrollPane = scroller;\r
  48     addMouseListener(this);\r
  49     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  50     longestName = label;\r
  51 \r
  52     PaintRefresher.Register(this);\r
  53   }\r
  54   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  55  {\r
  56     selected = av.getSelection();\r
  57 \r
  58     if (selected.contains(sequence))\r
  59         selected.removeElement(sequence);\r
  60     else\r
  61         selected.addElement(sequence);\r
  62 \r
  63     setSelected(selected);\r
  64     PaintRefresher.Refresh(this);\r
  65     repaint();\r
  66  }\r
  67 \r
  68 \r
  69   public void setSelected(Selection selected)\r
  70   {\r
  71         this.selected = selected;\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void setTree(NJTree tree) {\r
  75     this.tree = tree;\r
  76     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  77   }\r
  78 \r
  79     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
  80     if (node == null) {\r
  81       return;\r
  82     }\r
  83 \r
  84     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
  85       // Drawing leaf node\r
  86 \r
  87       float height = node.height;\r
  88       float dist   = node.dist;\r
  89 \r
  90       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
  91       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
  92 \r
  93       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
  94 \r
  95       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
  96       {\r
  97        if ( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
  98        {\r
  99          g.setColor(Color.black);\r
 100        }\r
 101        else\r
 102         g.setColor( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor().\r
 103                    darker());\r
 104 \r
 105       }\r
 106       else\r
 107           g.setColor(Color.black);\r
 108 \r
 109 \r
 110       // Draw horizontal line\r
 111       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 112 \r
 113       String nodeLabel = "";\r
 114       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 115         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 116       }\r
 117       if (showBootstrap) {\r
 118         if (showDistances) {\r
 119           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 120         }\r
 121         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 122       }\r
 123       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
 124       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
 125       }\r
 126 \r
 127       // Colour selected leaves differently\r
 128       String name    = node.getName();\r
 129       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 130       int charWidth  = fm.stringWidth(node.getName()) + 3;\r
 131       int charHeight = fm.getHeight();\r
 132 \r
 133       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
 134                                      charWidth,charHeight);\r
 135 \r
 136       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
 137 \r
 138       if (selected.contains((SequenceI)node.element())) {\r
 139         g.setColor(Color.gray);\r
 140 \r
 141         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
 142         g.setColor(Color.white);\r
 143       }\r
 144       g.drawString(node.getName(),xend+10,ypos);\r
 145       g.setColor(Color.black);\r
 146     } else {\r
 147       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 148       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 149 \r
 150       float height = node.height;\r
 151       float dist   = node.dist;\r
 152 \r
 153       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 154       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
 155       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
 156 \r
 157       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
 158 \r
 159       // Draw horizontal line\r
 160       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 161       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
 162 \r
 163       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
 164       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 165 \r
 166       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
 167       nodeHash.put(node,pos);\r
 168 \r
 169       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 170                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 171 \r
 172       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 173         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 174       }\r
 175 \r
 176     }\r
 177   }\r
 178   public Object findElement(int x, int y) {\r
 179        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 180 \r
 181     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 182             Object ob = keys.nextElement();\r
 183             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
 184 \r
 185             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 186               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 187               return ob;\r
 188             }\r
 189   }\r
 190   keys = nodeHash.keys();\r
 191 \r
 192     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 193             Object ob = keys.nextElement();\r
 194             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
 195 \r
 196             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 197               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 198               return ob;\r
 199             }\r
 200     }\r
 201       return null;\r
 202 \r
 203   }\r
 204 \r
 205   public void pickNodes(Rectangle pickBox, Selection sel) {\r
 206     int width  = getWidth();\r
 207     int height = getHeight();\r
 208 \r
 209     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 210 \r
 211     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
 212 ;\r
 213     if (top.count == 0) {\r
 214       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 215     }\r
 216     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
 217 \r
 218     pickNode(pickBox,sel,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void pickNode(Rectangle pickBox, Selection sel, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
 222     if (node == null) {\r
 223       return;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 227       float height = node.height;\r
 228       float dist   = node.dist;\r
 229 \r
 230       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 231       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
 232 \r
 233       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 234 \r
 235       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
 236         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 237           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
 238           if (sel.contains(seq)) {\r
 239             sel.removeElement(seq);\r
 240           } else {\r
 241             sel.addElement(seq);\r
 242           }\r
 243         }\r
 244       }\r
 245     } else {\r
 246       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 247       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 248     }\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 252   {\r
 253     if (node == null)\r
 254       return;\r
 255 \r
 256     if (node.left() == null && node.right() == null)\r
 257     {\r
 258       node.color = c;\r
 259 \r
 260       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 261           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
 262     } else\r
 263     {\r
 264       node.color = c;\r
 265       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
 266       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
 267     }\r
 268   }\r
 269 \r
 270   void startPrinting()\r
 271   {\r
 272     Thread thread = new Thread(this);\r
 273     thread.start();\r
 274   }\r
 275 \r
 276   // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 277   public void run()\r
 278   {\r
 279     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 280     PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 281     printJob.setPrintable(this, pf);\r
 282     if (printJob.printDialog())\r
 283     {\r
 284       try\r
 285       {\r
 286         printJob.print();\r
 287       }\r
 288       catch (Exception PrintException)\r
 289       {\r
 290         PrintException.printStackTrace();\r
 291       }\r
 292     }\r
 293   }\r
 294 \r
 295 \r
 296   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 297   {\r
 298     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 299     pg.setFont(font);\r
 300     FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 301 \r
 302     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 303 \r
 304     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 305     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 306 \r
 307     // adjust pheight to row height\r
 308     pheight -= (pheight%fm.getHeight());\r
 309     pg.setClip(0,0, pwidth, pheight);\r
 310 \r
 311     int noPages = (fm.getHeight() * nameHash.size()) / pheight;\r
 312 \r
 313     if(pi>noPages)\r
 314       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 315 \r
 316     pg.translate(0, -pheight*pi );\r
 317     draw(pg, pwidth, fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 318 \r
 319     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 320 \r
 321   }\r
 322 \r
 323   public void paintComponent(Graphics g)\r
 324   {\r
 325     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 326     g.setFont(font);\r
 327 \r
 328     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 329 \r
 330     if(nameHash.size()==0)\r
 331       repaint();\r
 332 \r
 333 \r
 334     if( scrollPane.getHeight() > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy)\r
 335      {\r
 336          draw(g,scrollPane.getWidth(),scrollPane.getHeight());\r
 337          setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight()));\r
 338      }\r
 339     else\r
 340      {\r
 341          setPreferredSize(new Dimension(getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 342          draw( g,getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 343      }\r
 344 \r
 345 \r
 346     if (threshold != 0)\r
 347     {\r
 348         g.setColor(Color.red);\r
 349         g.drawLine(threshold,0,threshold,getHeight());\r
 350     }\r
 351 \r
 352     scrollPane.revalidate();\r
 353   }\r
 354     public int getFontSize() {\r
 355         return fontSize;\r
 356     }\r
 357     public void setFontSize(int fontSize) {\r
 358         this.fontSize = fontSize;\r
 359         repaint();\r
 360     }\r
 361   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
 362       g.setColor(Color.white);\r
 363       g.fillRect(0,0,width,height);\r
 364 \r
 365 \r
 366       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
 367 \r
 368       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 369 \r
 370       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 371 \r
 372       if (top.count == 0) {\r
 373           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 374       }\r
 375       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
 376 \r
 377       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 378   }\r
 379 \r
 380   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
 381   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 382   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 383   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 384   }\r
 385 \r
 386   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 387       int x = e.getX();\r
 388       int y = e.getY();\r
 389 \r
 390       Object ob = findElement(x,y);\r
 391 \r
 392       if (ob instanceof SequenceI)\r
 393       {\r
 394           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
 395           repaint();\r
 396           return;\r
 397 \r
 398       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
 399           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
 400           tree.swapNodes(tmpnode);\r
 401           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 402           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 403       } else {\r
 404           // Find threshold\r
 405 \r
 406           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
 407               float fthreshold = (float)(x - offx)/(float)(getWidth()-labelLength - 2*offx);\r
 408               this.threshold = x;\r
 409               tree.getGroups().removeAllElements();\r
 410               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),fthreshold);\r
 411               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
 412 \r
 413               av.sel.clear();\r
 414               av.alignment.deleteAllGroups();\r
 415 \r
 416               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 417               {\r
 418 \r
 419                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
 420                                         (int)(Math.random()*255),\r
 421                                         (int)(Math.random()*255));\r
 422                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
 423 \r
 424                   Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
 425                   SequenceGroup sg = null;\r
 426                   for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 427                   {\r
 428                     SequenceNode sn = (SequenceNode) l.elementAt(j);\r
 429                     if(sg==null)\r
 430                        sg  = new SequenceGroup("TreeGroup", av.getGlobalColourScheme(), true, true,false,0,av.alignment.getWidth());\r
 431 \r
 432                     sg.addSequence( (Sequence) sn.element());\r
 433                   }\r
 434 \r
 435                   if (av.getGlobalColourScheme() instanceof ConservationColourScheme)\r
 436                   {\r
 437                     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 438                     Conservation c = new Conservation("Group",\r
 439                                                       ResidueProperties.propHash, 3,\r
 440                                                       sg.sequences, sg.getStartRes(),\r
 441                                                       sg.getEndRes());\r
 442 \r
 443                     c.calculate();\r
 444                     c.verdict(false, 100);\r
 445                     ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 446 \r
 447                     sg.cs = ccs;\r
 448 \r
 449                   }\r
 450 \r
 451 \r
 452 \r
 453                   av.alignment.addGroup(sg);\r
 454 \r
 455               }\r
 456           }\r
 457       }\r
 458 \r
 459       PaintRefresher.Refresh(this);\r
 460       repaint();\r
 461 \r
 462   }\r
 463 \r
 464     public void setShowDistances(boolean state) {\r
 465         this.showDistances = state;\r
 466         repaint();\r
 467     }\r
 468 \r
 469     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
 470       this.showBootstrap = state;\r
 471       repaint();\r
 472     }\r
 473 \r
 474 }\r
 475 \r