src/jalview/gui/TreeChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.FlowLayout;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31
  32 import javax.swing.ButtonGroup;
  33 import javax.swing.JButton;
  34 import javax.swing.JComboBox;
  35 import javax.swing.JInternalFrame;
  36 import javax.swing.JLayeredPane;
  37 import javax.swing.JPanel;
  38 import javax.swing.JRadioButton;
  39
  40 /**
  41  * A dialog to allow a user to select and action Tree calculation options
  42  */
  43 public class TreeChooser extends JPanel
  44 {
  45   private static final Font VERDANA_11PT = new Font("Verdana", 0, 11);
  46
  47   AlignFrame af;
  48
  49   JRadioButton neighbourJoining;
  50
  51   JRadioButton averageDistance;
  52
  53   JComboBox<String> matrixNames;
  54
  55   private JInternalFrame frame;
  56
  57   private ButtonGroup treeTypes;
  58
  59   /**
  60    * Constructor
  61    *
  62    * @param af
  63    */
  64   public TreeChooser(AlignFrame alignFrame)
  65   {
  66     this.af = alignFrame;
  67     init();
  68   }
  69
  70   void init()
  71   {
  72     frame = new JInternalFrame();
  73     frame.setContentPane(this);
  74     this.setBackground(Color.white);
  75
  76     neighbourJoining = new JRadioButton(
  77             MessageManager.getString("label.tree_calc_nj"));
  78     neighbourJoining.setOpaque(false);
  79     averageDistance = new JRadioButton(
  80             MessageManager.getString("label.tree_calc_av"));
  81     treeTypes = new ButtonGroup();
  82     treeTypes.add(neighbourJoining);
  83     treeTypes.add(averageDistance);
  84     neighbourJoining.setSelected(true);
  85
  86     matrixNames = new JComboBox<String>();
  87     ScoreModels scoreModels = ScoreModels.getInstance();
  88     for (ScoreModelI sm : scoreModels.getModels())
  89     {
  90       boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
  91       if (sm.isDNA() && nucleotide || sm.isProtein() && !nucleotide)
  92       {
  93         matrixNames.addItem(sm.getName());
  94       }
  95     }
  96
  97     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
  98     ok.setFont(VERDANA_11PT);
  99     ok.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 100     {
 101       @Override
 102       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 103       {
 104         ok_actionPerformed(e);
 105       }
 106     });
 107
 108     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 109     cancel.setFont(VERDANA_11PT);
 110     cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 111     {
 112       @Override
 113       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 114       {
 115         cancel_actionPerformed(e);
 116       }
 117     });
 118
 119     JPanel p1 = new JPanel();
 120     p1.setOpaque(false);
 121     p1.add(neighbourJoining);
 122     p1.add(averageDistance);
 123     this.add(p1);
 124     JPanel p2 = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 125     p2.setOpaque(false);
 126     p2.add(matrixNames, FlowLayout.LEFT);
 127     this.add(p2);
 128     JPanel p3 = new JPanel();
 129     p3.setOpaque(false);
 130     p3.add(ok);
 131     p3.add(cancel);
 132     this.add(p3);
 133
 134     Desktop.addInternalFrame(frame,
 135             MessageManager.getString("label.choose_tree"),
 136               400, 200, false);
 137
 138     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Open and calculate the selected tree on 'OK'
 143    *
 144    * @param e
 145    */
 146   protected void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 147   {
 148     try
 149     {
 150       frame.setClosed(true);
 151       String treeType = neighbourJoining.isSelected() ? "NJ" : "AV";
 152       ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().forName(
 153               matrixNames.getSelectedItem().toString());
 154       af.newTreePanel(treeType, sm);
 155     } catch (Exception ex)
 156     {
 157     }
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Closes dialog on cancel
 162    *
 163    * @param e
 164    */
 165   protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 166   {
 167     try
 168     {
 169       frame.setClosed(true);
 170     } catch (Exception ex)
 171     {
 172     }
 173   }
 174 }