src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 import javax.imageio.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.awt.image.*;\r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  31 import jalview.analysis.*;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.io.*;\r
  34 import jalview.jbgui.*;\r
  35 \r
  36 public class TreePanel\r
  37     extends GTreePanel\r
  38 {\r
  39   SequenceI[] seq;\r
  40   String type;\r
  41   String pwtype;\r
  42   AlignViewport av;\r
  43   int start;\r
  44   int end;\r
  45   TreeCanvas treeCanvas;\r
  46   NJTree tree;\r
  47 \r
  48   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  49                    String pwtype, int s, int e)\r
  50   {\r
  51     super();\r
  52 \r
  53     this.type = type;\r
  54     this.pwtype = pwtype;\r
  55 \r
  56     start = s;\r
  57     end = e;\r
  58 \r
  59     String longestName = "";\r
  60     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  61 \r
  62     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  63     {\r
  64       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  65 \r
  66       if (seq[i].getName().length() > longestName.length())\r
  67       {\r
  68         longestName = seq[i].getName();\r
  69       }\r
  70     }\r
  71 \r
  72     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  73 \r
  74     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  75     treeCanvas.setShowDistances(true); // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as a userdefined default\r
  76     setViewStateFromTreeCanvas(treeCanvas);\r
  77     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  78     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  79     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  83                    String type, String pwtype)\r
  84   {\r
  85     super();\r
  86 \r
  87     // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  88     this.type = type;\r
  89     this.pwtype = pwtype;\r
  90 \r
  91     start = 0;\r
  92     end = seqVector.size();\r
  93 \r
  94     String longestName = "";\r
  95     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  96 \r
  97     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  98     {\r
  99       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
 103     tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 104 \r
 105     // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 106     Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 107     boolean has_placeholders = false;\r
 108 \r
 109     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 110     {\r
 111       SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 112 \r
 113       if (lf.isPlaceholder())\r
 114       {\r
 115         has_placeholders = true;\r
 116       }\r
 117 \r
 118       if (longestName.length() < ( (Sequence) lf.element()).getName()\r
 119           .length())\r
 120       {\r
 121         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 122             ( (Sequence) lf.element()).getName();\r
 123       }\r
 124     }\r
 125 \r
 126     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 127     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 128 \r
 129     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
 130     treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 131     treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 132     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 133     treeCanvas.setMarkPlaceholders(has_placeholders);\r
 134     setViewStateFromTreeCanvas(treeCanvas);\r
 135 \r
 136     // JBPNote TODO: preference for always marking placeholders in new associated tree\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public NJTree getTree()\r
 140   {\r
 141     return tree;\r
 142   }\r
 143 \r
 144   private void setViewStateFromTreeCanvas(TreeCanvas tree)\r
 145   {\r
 146     // update view menu state from treeCanvas render state\r
 147     distanceMenu.setSelected(tree.showDistances);\r
 148     bootstrapMenu.setSelected(tree.showBootstrap);\r
 149     placeholdersMenu.setSelected(tree.markPlaceholders);\r
 150   }\r
 151 \r
 152   private void setTreeCanvasFromViewState(TreeCanvas tree)\r
 153   {\r
 154     // update view menu state from treeCanvas render state\r
 155     tree.showDistances = distanceMenu.isSelected();\r
 156     tree.showBootstrap = bootstrapMenu.isSelected();\r
 157     tree.markPlaceholders = placeholdersMenu.isSelected();\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 161   {\r
 162     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 163 \r
 164     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 165 \r
 166     if (type.equals("AV"))\r
 167     {\r
 168       buffer.append("Average distance tree using ");\r
 169     }\r
 170     else\r
 171     {\r
 172       buffer.append("Neighbour joining tree using ");\r
 173     }\r
 174 \r
 175     if (pwtype.equals("BL"))\r
 176     {\r
 177       buffer.append("BLOSUM62");\r
 178     }\r
 179     else\r
 180     {\r
 181       buffer.append("PID");\r
 182     }\r
 183 \r
 184     Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);\r
 185 \r
 186     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 187     cap.setText(fout.print(false, true));\r
 188   }\r
 189 \r
 190   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 191   {\r
 192     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 193         getProperty(\r
 194             "LAST_DIRECTORY"));\r
 195     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 196     chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");\r
 197     chooser.setToolTipText("Save");\r
 198 \r
 199     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
 200 \r
 201     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 202     {\r
 203       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 204       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 205                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 206 \r
 207       try\r
 208       {\r
 209         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 210         String output = fout.print(false, true); // distances only\r
 211         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.\r
 212             FileWriter(\r
 213                 choice));\r
 214         out.println(output);\r
 215         out.close();\r
 216       }\r
 217       catch (Exception ex)\r
 218       {\r
 219         ex.printStackTrace();\r
 220       }\r
 221     }\r
 222   }\r
 223 \r
 224   protected void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 225   {\r
 226     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 227     treeCanvas.startPrinting();\r
 228   }\r
 229 \r
 230   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 231   {\r
 232     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();\r
 233     repaint();\r
 234   }\r
 235 \r
 236   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 237   {\r
 238     if (treeCanvas == null)\r
 239     {\r
 240       return;\r
 241     }\r
 242 \r
 243     String size = fontSize.getText().substring(fontSize.getText().indexOf("-") +\r
 244                                                1);\r
 245 \r
 246     Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 247         "Select font size", "Font size", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 248         null,\r
 249         new String[]\r
 250         {\r
 251         "1", "2", "4", "6", "8", "10", "12", "14", "16", "18", "20"\r
 252     }, "Font Size - " + size);\r
 253 \r
 254     if (selection != null)\r
 255     {\r
 256       fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 257 \r
 258       int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 259       treeCanvas.setFontSize(i);\r
 260     }\r
 261 \r
 262     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 263   }\r
 264 \r
 265   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 266   {\r
 267     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());\r
 268   }\r
 269 \r
 270   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 271   {\r
 272     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());\r
 273   }\r
 274 \r
 275   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 276   {\r
 277     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());\r
 278   }\r
 279 \r
 280   protected void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 281   {\r
 282     int width = treeCanvas.getWidth();\r
 283     int height = treeCanvas.getHeight();\r
 284 \r
 285     try\r
 286     {\r
 287       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 288           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 289               "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 290           {"eps"},\r
 291           new String[]\r
 292           {"Encapsulated Postscript"},\r
 293           "Encapsulated Postscript");\r
 294       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 295       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");\r
 296       chooser.setToolTipText("Save");\r
 297 \r
 298       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 299 \r
 300       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 301       {\r
 302         return;\r
 303       }\r
 304 \r
 305       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 306                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 307 \r
 308       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 309       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,\r
 310                                            height);\r
 311 \r
 312       treeCanvas.draw(pg, width, height);\r
 313 \r
 314       pg.flush();\r
 315       pg.close();\r
 316     }\r
 317     catch (Exception ex)\r
 318     {\r
 319       ex.printStackTrace();\r
 320     }\r
 321   }\r
 322 \r
 323   protected void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 324   {\r
 325     int width = treeCanvas.getWidth();\r
 326     int height = treeCanvas.getHeight();\r
 327 \r
 328     try\r
 329     {\r
 330       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 331           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 332               "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 333           {"png"},\r
 334           new String[]\r
 335           {"Portable network graphics"},\r
 336           "Portable network graphics");\r
 337 \r
 338       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 339       chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");\r
 340       chooser.setToolTipText("Save");\r
 341 \r
 342       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 343 \r
 344       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 345       {\r
 346         return;\r
 347       }\r
 348 \r
 349       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 350                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 351 \r
 352       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 353 \r
 354       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 355                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 356       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 357 \r
 358       treeCanvas.draw(png, width, height);\r
 359 \r
 360       ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 361       out.close();\r
 362     }\r
 363     catch (Exception ex)\r
 364     {\r
 365       ex.printStackTrace();\r
 366     }\r
 367   }\r
 368 }\r