src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  25 import jalview.analysis.NJTree;
  26 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  27 import jalview.analysis.TreeModel;
  28 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  29 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  30 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.commands.OrderCommand;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  37 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  38 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  39 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  40 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  44 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  45 import jalview.io.JalviewFileView;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  48 import jalview.util.ImageMaker;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.Font;
  53 import java.awt.Graphics;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.image.BufferedImage;
  57 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  58 import java.io.FileOutputStream;
  59 import java.util.ArrayList;
  60 import java.util.List;
  61
  62 import javax.imageio.ImageIO;
  63 import javax.swing.ButtonGroup;
  64 import javax.swing.JMenuItem;
  65 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  66
  67 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  68
  69 /**
  70  * DOCUMENT ME!
  71  *
  72  * @author $author$
  73  * @version $Revision$
  74  */
  75 public class TreePanel extends GTreePanel
  76 {
  77   String treeType;
  78
  79   String scoreModelName; // if tree computed
  80
  81   String treeTitle; // if tree loaded
  82
  83   SimilarityParamsI similarityParams;
  84
  85   TreeCanvas treeCanvas;
  86
  87   TreeModel tree;
  88
  89   AlignViewport av;
  90
  91   /**
  92    * Creates a new TreePanel object.
  93    *
  94    * @param ap
  95    * @param type
  96    * @param modelName
  97    * @param options
  98    */
  99   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 100           SimilarityParamsI options)
 101   {
 102     super();
 103     this.similarityParams = options;
 104     initTreePanel(ap, type, modelName, null, null);
 105
 106     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 107     // a userdefined default
 108     // showDistances(true);
 109   }
 110
 111   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile newtree,
 112           String theTitle, AlignmentView inputData)
 113   {
 114     super();
 115     this.treeTitle = theTitle;
 116     initTreePanel(alignPanel, null, null, newtree, inputData);
 117   }
 118
 119   public AlignmentI getAlignment()
 120   {
 121     return treeCanvas.av.getAlignment();
 122   }
 123
 124   public AlignmentViewport getViewPort()
 125   {
 126     return treeCanvas.av;
 127   }
 128
 129   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 130           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 131   {
 132
 133     av = ap.av;
 134     this.treeType = type;
 135     this.scoreModelName = modelName;
 136
 137     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 138     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 139
 140     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 141
 142     buildAssociatedViewMenu();
 143
 144     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 145     {
 146       @Override
 147       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 148       {
 149         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 150         {
 151           if (tree == null)
 152           {
 153             System.out.println("tree is null");
 154             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 155             // tree is still being calculated - should save reference for
 156             // processing message later.
 157             return;
 158           }
 159           if (evt.getNewValue() == null)
 160           {
 161             System.out
 162                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 163           }
 164
 165           tree.updatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 166           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 167           // rectangles and leafnodes
 168           repaint();
 169         }
 170       }
 171     });
 172
 173     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree, inputData);
 174     tl.start();
 175
 176   }
 177
 178   @Override
 179   public void viewMenu_menuSelected()
 180   {
 181     buildAssociatedViewMenu();
 182   }
 183
 184   void buildAssociatedViewMenu()
 185   {
 186     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 187             .getSequenceSetId());
 188     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 189     {
 190       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 191       return;
 192     }
 193
 194     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 195
 196     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 197     {
 198       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 199     }
 200
 201     associateLeavesMenu.removeAll();
 202
 203     JRadioButtonMenuItem item;
 204     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 205     int i, iSize = aps.length;
 206     final TreePanel thisTreePanel = this;
 207     for (i = 0; i < iSize; i++)
 208     {
 209       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 210       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 211       buttonGroup.add(item);
 212       item.addActionListener(new ActionListener()
 213       {
 214         @Override
 215         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 216         {
 217           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 218           treeCanvas.ap = ap;
 219           treeCanvas.av = ap.av;
 220           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 221         }
 222       });
 223
 224       associateLeavesMenu.add(item);
 225     }
 226
 227     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 228             MessageManager.getString("label.all_views"));
 229     buttonGroup.add(itemf);
 230     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 231     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 232     {
 233       @Override
 234       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 235       {
 236         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 237       }
 238     });
 239     associateLeavesMenu.add(itemf);
 240
 241   }
 242
 243   class TreeLoader extends Thread
 244   {
 245     private NewickFile newtree;
 246
 247     private AlignmentView odata = null;
 248
 249     public TreeLoader(NewickFile newickFile, AlignmentView inputData)
 250     {
 251       this.newtree = newickFile;
 252       this.odata = inputData;
 253
 254       if (newickFile != null)
 255       {
 256         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 257         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 258         showBootstrap(newickFile.HasBootstrap());
 259         showDistances(newickFile.HasDistances());
 260       }
 261     }
 262
 263     @Override
 264     public void run()
 265     {
 266
 267       if (newtree != null)
 268       {
 269         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 270                 newtree);
 271         if (tree.getOriginalData() == null)
 272         {
 273           originalSeqData.setVisible(false);
 274         }
 275       }
 276       else
 277       {
 278         ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 279                 scoreModelName, treeCanvas.ap);
 280         TreeBuilder njtree = treeType.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING) ? new NJTree(
 281                 av, sm, similarityParams) : new AverageDistanceTree(av, sm,
 282                 similarityParams);
 283         tree = new TreeModel(njtree);
 284         showDistances(true);
 285       }
 286
 287       tree.reCount(tree.getTopNode());
 288       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 289       treeCanvas.setTree(tree);
 290       treeCanvas.repaint();
 291       av.setCurrentTree(tree);
 292       if (av.getSortByTree())
 293       {
 294         sortByTree_actionPerformed();
 295       }
 296     }
 297   }
 298
 299   public void showDistances(boolean b)
 300   {
 301     treeCanvas.setShowDistances(b);
 302     distanceMenu.setSelected(b);
 303   }
 304
 305   public void showBootstrap(boolean b)
 306   {
 307     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 308     bootstrapMenu.setSelected(b);
 309   }
 310
 311   public void showPlaceholders(boolean b)
 312   {
 313     placeholdersMenu.setState(b);
 314     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 315   }
 316
 317   /**
 318    * DOCUMENT ME!
 319    *
 320    * @return DOCUMENT ME!
 321    */
 322   public TreeModel getTree()
 323   {
 324     return tree;
 325   }
 326
 327   /**
 328    * DOCUMENT ME!
 329    *
 330    * @param e
 331    *          DOCUMENT ME!
 332    */
 333   @Override
 334   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 335   {
 336     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 337
 338     String newTitle = getPanelTitle();
 339
 340     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 341     try
 342     {
 343       cap.setText(fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 344               tree.hasRootDistance()));
 345       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 346     } catch (OutOfMemoryError oom)
 347     {
 348       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 349       cap.dispose();
 350     }
 351
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @param e
 358    *          DOCUMENT ME!
 359    */
 360   @Override
 361   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 364             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 365     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 366     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 367             .getString("label.save_tree_as_newick"));
 368     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 369
 370     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 371
 372     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 373     {
 374       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 375       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 376               .getSelectedFile().getParent());
 377
 378       try
 379       {
 380         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 381                 tree.getTopNode());
 382         String output = fout.print(tree.hasBootstrap(),
 383                 tree.hasDistances(), tree.hasRootDistance());
 384         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 385                 new java.io.FileWriter(choice));
 386         out.println(output);
 387         out.close();
 388       } catch (Exception ex)
 389       {
 390         ex.printStackTrace();
 391       }
 392     }
 393   }
 394
 395   /**
 396    * DOCUMENT ME!
 397    *
 398    * @param e
 399    *          DOCUMENT ME!
 400    */
 401   @Override
 402   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 403   {
 404     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 405     treeCanvas.startPrinting();
 406   }
 407
 408   @Override
 409   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 410   {
 411     AlignmentView originalData = tree.getOriginalData();
 412     if (originalData == null)
 413     {
 414       jalview.bin.Cache.log
 415               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 416       return;
 417     }
 418     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 419     // warrant a new window to be created
 420     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 421     // yields unaligned seqs)
 422     // or create a selection box around columns in alignment view
 423     // test Alignment(SeqCigar[])
 424     char gc = '-';
 425     try
 426     {
 427       // we try to get the associated view's gap character
 428       // but this may fail if the view was closed...
 429       gc = av.getGapCharacter();
 430
 431     } catch (Exception ex)
 432     {
 433     }
 434
 435     Object[] alAndColsel = originalData.getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 436
 437     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 438     {
 439       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 440
 441       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 442       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 443               .getAlignment().getDataset() : null;
 444       if (dataset != null)
 445       {
 446         al.setDataset(dataset);
 447       }
 448
 449       if (true)
 450       {
 451         // make a new frame!
 452         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 453                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 454                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 455
 456         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 457         // found!!<<<
 458         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 459
 460         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 461         // msaorder);
 462
 463         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 464                 "label.original_data_for_params",
 465                 new Object[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 466                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 467       }
 468     }
 469   }
 470
 471   /**
 472    * DOCUMENT ME!
 473    *
 474    * @param e
 475    *          DOCUMENT ME!
 476    */
 477   @Override
 478   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 479   {
 480     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 481     repaint();
 482   }
 483
 484   /**
 485    * sort the associated alignment view by the current tree.
 486    *
 487    * @param e
 488    */
 489   @Override
 490   public void sortByTree_actionPerformed()
 491   {
 492
 493     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 494     {
 495       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 496       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 497               .getSequenceSetId()))
 498       {
 499         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 500       }
 501       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 502       {
 503
 504         @Override
 505         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 506         {
 507           for (CommandI tsort : commands)
 508           {
 509             tsort.undoCommand(views);
 510           }
 511         }
 512
 513         @Override
 514         public int getSize()
 515         {
 516           return commands.size();
 517         }
 518
 519         @Override
 520         public String getDescription()
 521         {
 522           return "Tree Sort (many views)";
 523         }
 524
 525         @Override
 526         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 527         {
 528
 529           for (CommandI tsort : commands)
 530           {
 531             tsort.doCommand(views);
 532           }
 533         }
 534       });
 535       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 536               .getSequenceSetId()))
 537       {
 538         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 539         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 540       }
 541     }
 542     else
 543     {
 544       treeCanvas.ap.alignFrame
 545               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 546     }
 547
 548   }
 549
 550   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 551   {
 552     AlignmentViewport viewport = ap.av;
 553     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
 554     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), tree);
 555     CommandI undo;
 556     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, viewport.getAlignment());
 557
 558     ap.paintAlignment(true);
 559     return undo;
 560   }
 561
 562   /**
 563    * DOCUMENT ME!
 564    *
 565    * @param e
 566    *          DOCUMENT ME!
 567    */
 568   @Override
 569   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 570   {
 571     if (treeCanvas == null)
 572     {
 573       return;
 574     }
 575
 576     new FontChooser(this);
 577   }
 578
 579   public Font getTreeFont()
 580   {
 581     return treeCanvas.font;
 582   }
 583
 584   public void setTreeFont(Font f)
 585   {
 586     if (treeCanvas != null)
 587     {
 588       treeCanvas.setFont(f);
 589     }
 590   }
 591
 592   /**
 593    * DOCUMENT ME!
 594    *
 595    * @param e
 596    *          DOCUMENT ME!
 597    */
 598   @Override
 599   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 600   {
 601     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 602   }
 603
 604   /**
 605    * DOCUMENT ME!
 606    *
 607    * @param e
 608    *          DOCUMENT ME!
 609    */
 610   @Override
 611   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 612   {
 613     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 614   }
 615
 616   /**
 617    * DOCUMENT ME!
 618    *
 619    * @param e
 620    *          DOCUMENT ME!
 621    */
 622   @Override
 623   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 624   {
 625     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 626   }
 627
 628   /**
 629    * DOCUMENT ME!
 630    *
 631    * @param e
 632    *          DOCUMENT ME!
 633    */
 634   @Override
 635   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 636   {
 637     boolean accurateText = true;
 638
 639     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 640             "Prompt each time");
 641
 642     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 643     // Prompt for EPS rendering style
 644     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 645             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 646                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 647     {
 648       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 649       renderStyle = eps.getValue();
 650
 651       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 652       {
 653         return;
 654       }
 655
 656     }
 657
 658     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 659     {
 660       accurateText = false;
 661     }
 662
 663     int width = treeCanvas.getWidth();
 664     int height = treeCanvas.getHeight();
 665
 666     try
 667     {
 668       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 669               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 670       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 671       chooser.setDialogTitle(MessageManager
 672               .getString("label.create_eps_from_tree"));
 673       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 674
 675       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 676
 677       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 678       {
 679         return;
 680       }
 681
 682       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser.getSelectedFile()
 683               .getParent());
 684
 685       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 686       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 687
 688       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 689
 690       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 691
 692       pg.flush();
 693       pg.close();
 694     } catch (Exception ex)
 695     {
 696       ex.printStackTrace();
 697     }
 698   }
 699
 700   /**
 701    * DOCUMENT ME!
 702    *
 703    * @param e
 704    *          DOCUMENT ME!
 705    */
 706   @Override
 707   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 708   {
 709     int width = treeCanvas.getWidth();
 710     int height = treeCanvas.getHeight();
 711
 712     try
 713     {
 714       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 715               ImageMaker.PNG_EXTENSION, ImageMaker.PNG_DESCRIPTION);
 716
 717       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 718       chooser.setDialogTitle(MessageManager
 719               .getString("label.create_png_from_tree"));
 720       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 721
 722       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 723
 724       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 725       {
 726         return;
 727       }
 728
 729       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 730               .getSelectedFile().getParent());
 731
 732       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 733
 734       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 735               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 736       Graphics png = bi.getGraphics();
 737
 738       treeCanvas.draw(png, width, height);
 739
 740       ImageIO.write(bi, "png", out);
 741       out.close();
 742     } catch (Exception ex)
 743     {
 744       ex.printStackTrace();
 745     }
 746   }
 747
 748   /**
 749    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 750    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 751    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 752    * TransformFunction)};
 753    *
 754    * @param labelClass
 755    */
 756   public void changeNames(final String labelClass)
 757   {
 758     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 759     {
 760
 761       @Override
 762       public void transform(BinaryNode node)
 763       {
 764         if (node instanceof SequenceNode
 765                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 766                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 767         {
 768           String newname = null;
 769           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 770           if (sq != null)
 771           {
 772             // search dbrefs, features and annotation
 773             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 774                     sq.getDBRefs(),
 775                     new String[] { labelClass.toUpperCase() });
 776             if (refs != null)
 777             {
 778               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 779               {
 780                 if (newname == null)
 781                 {
 782                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 783                 }
 784                 else
 785                 {
 786                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 787                 }
 788               }
 789             }
 790             if (newname == null)
 791             {
 792               List<SequenceFeature> features = sq.getFeatures()
 793                       .getPositionalFeatures(labelClass);
 794               for (SequenceFeature feature : features)
 795               {
 796                 if (newname == null)
 797                 {
 798                   newname = feature.getDescription();
 799                 }
 800                 else
 801                 {
 802                   newname = newname + "; " + feature.getDescription();
 803                 }
 804               }
 805             }
 806           }
 807           if (newname != null)
 808           {
 809             // String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 810             // TODO : save oldname in the undo object for this modification.
 811             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 812           }
 813         }
 814       }
 815     });
 816   }
 817
 818   /**
 819    * Formats a localised title for the tree panel, like
 820    * <p>
 821    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 822    * <p>
 823    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 824    * @return
 825    */
 826   public String getPanelTitle()
 827   {
 828     if (treeTitle != null)
 829     {
 830       return treeTitle;
 831     }
 832
 833     /*
 834      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 835      */
 836     String treecalcnm = MessageManager.getString("label.tree_calc_"
 837             + treeType.toLowerCase());
 838
 839     /*
 840      * short score model name (long description can be too long)
 841      */
 842     String smn = scoreModelName;
 843
 844     /*
 845      * put them together as <method> Using <model>
 846      */
 847     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.treecalc_title",
 848             treecalcnm, smn);
 849     return ttl;
 850   }
 851 }