src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.NJTree;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.commands.CommandI;
  29 import jalview.commands.OrderCommand;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  33 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  34 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  35 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  36 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  40 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  41 import jalview.io.JalviewFileView;
  42 import jalview.io.NewickFile;
  43 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  44 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  45 import jalview.util.MessageManager;
  46
  47 import java.awt.Font;
  48 import java.awt.Graphics;
  49 import java.awt.event.ActionEvent;
  50 import java.awt.event.ActionListener;
  51 import java.awt.image.BufferedImage;
  52 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  53 import java.io.FileOutputStream;
  54 import java.util.ArrayList;
  55 import java.util.List;
  56
  57 import javax.imageio.ImageIO;
  58 import javax.swing.ButtonGroup;
  59 import javax.swing.JMenuItem;
  60 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  61
  62 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  63
  64 /**
  65  * DOCUMENT ME!
  66  *
  67  * @author $author$
  68  * @version $Revision$
  69  */
  70 public class TreePanel extends GTreePanel
  71 {
  72   String type;
  73
  74   String pwtype;
  75
  76   TreeCanvas treeCanvas;
  77
  78   NJTree tree;
  79
  80   AlignViewport av;
  81
  82   /**
  83    * Creates a new TreePanel object.
  84    *
  85    * @param av
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    * @param seqVector
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param type
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param pwtype
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param s
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param e
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    */
  98   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
  99   {
 100     super();
 101     initTreePanel(ap, type, pwtype, null, null);
 102
 103     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 104     // a userdefined default
 105     // showDistances(true);
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Creates a new TreePanel object.
 110    *
 111    * @param av
 112    *          DOCUMENT ME!
 113    * @param seqVector
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    * @param newtree
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    * @param type
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param pwtype
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 123           NewickFile newtree)
 124   {
 125     super();
 126     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree, null);
 127   }
 128
 129   public TreePanel(AlignmentPanel av, String type, String pwtype,
 130           NewickFile newtree, AlignmentView inputData)
 131   {
 132     super();
 133     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree, inputData);
 134   }
 135
 136   public AlignmentI getAlignment()
 137   {
 138     return treeCanvas.av.getAlignment();
 139   }
 140
 141   public AlignViewport getViewPort()
 142   {
 143     return treeCanvas.av;
 144   }
 145
 146   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 147           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 148   {
 149
 150     av = ap.av;
 151     this.type = type;
 152     this.pwtype = pwtype;
 153
 154     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 155     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 156
 157     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 158
 159     buildAssociatedViewMenu();
 160
 161     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 162     {
 163       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 164       {
 165         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 166         {
 167           if (tree == null)
 168           {
 169             System.out.println("tree is null");
 170             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 171             // tree is still being calculated - should save reference for
 172             // processing message later.
 173             return;
 174           }
 175           if (evt.getNewValue() == null)
 176           {
 177             System.out
 178                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 179           }
 180
 181           tree.UpdatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 182           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 183           // rectangles and leafnodes
 184           repaint();
 185         }
 186       }
 187     });
 188
 189     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 190     if (inputData != null)
 191     {
 192       tl.odata = inputData;
 193     }
 194     tl.start();
 195
 196   }
 197
 198   public void viewMenu_menuSelected()
 199   {
 200     buildAssociatedViewMenu();
 201   }
 202
 203   void buildAssociatedViewMenu()
 204   {
 205     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 206             .getSequenceSetId());
 207     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 208     {
 209       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 210       return;
 211     }
 212
 213     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 214
 215     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 216     {
 217       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 218     }
 219
 220     associateLeavesMenu.removeAll();
 221
 222     JRadioButtonMenuItem item;
 223     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 224     int i, iSize = aps.length;
 225     final TreePanel thisTreePanel = this;
 226     for (i = 0; i < iSize; i++)
 227     {
 228       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 229       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 230       buttonGroup.add(item);
 231       item.addActionListener(new ActionListener()
 232       {
 233         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 234         {
 235           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 236           treeCanvas.ap = ap;
 237           treeCanvas.av = ap.av;
 238           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 239         }
 240       });
 241
 242       associateLeavesMenu.add(item);
 243     }
 244
 245     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 246     buttonGroup.add(itemf);
 247     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 248     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 249     {
 250       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 251       {
 252         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 253       }
 254     });
 255     associateLeavesMenu.add(itemf);
 256
 257   }
 258
 259   class TreeLoader extends Thread
 260   {
 261     NewickFile newtree;
 262
 263     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 264
 265     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 266     {
 267       this.newtree = newtree;
 268       if (newtree != null)
 269       {
 270         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 271         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 272         showBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 273         showDistances(newtree.HasDistances());
 274       }
 275     }
 276
 277     public void run()
 278     {
 279
 280       if (newtree != null)
 281       {
 282         if (odata == null)
 283         {
 284           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), newtree);
 285         }
 286         else
 287         {
 288           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 289                   newtree);
 290         }
 291         if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 292         {
 293           allowOriginalSeqData(false);
 294         }
 295       }
 296       else
 297       {
 298         int start, end;
 299         SequenceI[] seqs;
 300         boolean selview = av.getSelectionGroup() != null
 301                 && av.getSelectionGroup().getSize() > 1;
 302         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(selview);
 303         if (!selview)
 304         {
 305           start = 0;
 306           end = av.getAlignment().getWidth();
 307           seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 308         }
 309         else
 310         {
 311           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 312           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 313           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
 314                   av.getAlignment());
 315         }
 316
 317         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 318         showDistances(true);
 319       }
 320
 321       tree.reCount(tree.getTopNode());
 322       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 323       treeCanvas.setTree(tree);
 324       treeCanvas.repaint();
 325       av.setCurrentTree(tree);
 326       if (av.getSortByTree())
 327       {
 328         sortByTree_actionPerformed(null);
 329       }
 330     }
 331   }
 332
 333   public void showDistances(boolean b)
 334   {
 335     treeCanvas.setShowDistances(b);
 336     distanceMenu.setSelected(b);
 337   }
 338
 339   public void showBootstrap(boolean b)
 340   {
 341     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 342     bootstrapMenu.setSelected(b);
 343   }
 344
 345   public void showPlaceholders(boolean b)
 346   {
 347     placeholdersMenu.setState(b);
 348     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 349   }
 350
 351   private void allowOriginalSeqData(boolean b)
 352   {
 353     originalSeqData.setVisible(b);
 354   }
 355
 356   /**
 357    * DOCUMENT ME!
 358    *
 359    * @return DOCUMENT ME!
 360    */
 361   public NJTree getTree()
 362   {
 363     return tree;
 364   }
 365
 366   /**
 367    * DOCUMENT ME!
 368    *
 369    * @param e
 370    *          DOCUMENT ME!
 371    */
 372   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 373   {
 374     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 375
 376     StringBuffer buffer = new StringBuffer();
 377
 378     if (type.equals("AV"))
 379     {
 380       buffer.append("Average distance tree using ");
 381     }
 382     else
 383     {
 384       buffer.append("Neighbour joining tree using ");
 385     }
 386
 387     if (pwtype.equals("BL"))
 388     {
 389       buffer.append("BLOSUM62");
 390     }
 391     else
 392     {
 393       buffer.append("PID");
 394     }
 395
 396     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 397             tree.getTopNode());
 398     try
 399     {
 400       cap.setText(fout.print(tree.isHasBootstrap(), tree.isHasDistances(),
 401               tree.isHasRootDistance()));
 402       Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);
 403     } catch (OutOfMemoryError oom)
 404     {
 405       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 406       cap.dispose();
 407     }
 408
 409   }
 410
 411   /**
 412    * DOCUMENT ME!
 413    *
 414    * @param e
 415    *          DOCUMENT ME!
 416    */
 417   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 418   {
 419     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 420             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 421     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 422     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_tree_as_newick"));
 423     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 424
 425     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 426
 427     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 428     {
 429       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 430       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 431               .getSelectedFile().getParent());
 432
 433       try
 434       {
 435         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 436                 tree.getTopNode());
 437         String output = fout.print(tree.isHasBootstrap(),
 438                 tree.isHasDistances(), tree.isHasRootDistance());
 439         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 440                 new java.io.FileWriter(choice));
 441         out.println(output);
 442         out.close();
 443       } catch (Exception ex)
 444       {
 445         ex.printStackTrace();
 446       }
 447     }
 448   }
 449
 450   /**
 451    * DOCUMENT ME!
 452    *
 453    * @param e
 454    *          DOCUMENT ME!
 455    */
 456   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 457   {
 458     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 459     treeCanvas.startPrinting();
 460   }
 461
 462   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 463   {
 464     if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 465     {
 466       jalview.bin.Cache.log
 467               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 468       return;
 469     }
 470     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 471     // warrant a new window to be created
 472     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 473     // yields unaligned seqs)
 474     // or create a selection box around columns in alignment view
 475     // test Alignment(SeqCigar[])
 476     char gc = '-';
 477     try
 478     {
 479       // we try to get the associated view's gap character
 480       // but this may fail if the view was closed...
 481       gc = av.getGapCharacter();
 482
 483     } catch (Exception ex)
 484     {
 485     }
 486     ;
 487     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 488
 489     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 490     {
 491       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 492
 493       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 494       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 495               .getAlignment().getDataset() : null;
 496       if (dataset != null)
 497       {
 498         al.setDataset(dataset);
 499       }
 500
 501       if (true)
 502       {
 503         // make a new frame!
 504         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 505                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 506                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 507
 508         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 509         // found!!<<<
 510         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 511
 512         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 513         // msaorder);
 514
 515         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 516                 "label.original_data_for_params", new String[]
 517                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 518                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 519       }
 520     }
 521   }
 522
 523   /**
 524    * DOCUMENT ME!
 525    *
 526    * @param e
 527    *          DOCUMENT ME!
 528    */
 529   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 530   {
 531     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 532     repaint();
 533   }
 534
 535   /**
 536    * sort the associated alignment view by the current tree.
 537    *
 538    * @param e
 539    */
 540   public void sortByTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 541   {
 542
 543     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 544     {
 545       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 546       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 547               .getSequenceSetId()))
 548       {
 549         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 550       }
 551       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 552       {
 553
 554         @Override
 555         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 556         {
 557           for (CommandI tsort : commands)
 558           {
 559             tsort.undoCommand(views);
 560           }
 561         }
 562
 563         @Override
 564         public int getSize()
 565         {
 566           return commands.size();
 567         }
 568
 569         @Override
 570         public String getDescription()
 571         {
 572           return "Tree Sort (many views)";
 573         }
 574
 575         @Override
 576         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 577         {
 578
 579           for (CommandI tsort : commands)
 580           {
 581             tsort.doCommand(views);
 582           }
 583         }
 584       });
 585       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 586               .getSequenceSetId()))
 587       {
 588         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 589         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 590       }
 591     }
 592     else
 593     {
 594       treeCanvas.ap.alignFrame
 595               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 596     }
 597
 598   }
 599
 600   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 601   {
 602     AlignViewport av = ap.av;
 603     SequenceI[] oldOrder = av.getAlignment().getSequencesArray();
 604     AlignmentSorter.sortByTree(av.getAlignment(), tree);
 605     CommandI undo;
 606     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, av.getAlignment());
 607
 608     ap.paintAlignment(true);
 609     return undo;
 610   }
 611
 612   /**
 613    * DOCUMENT ME!
 614    *
 615    * @param e
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    */
 618   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 619   {
 620     if (treeCanvas == null)
 621     {
 622       return;
 623     }
 624
 625     new FontChooser(this);
 626   }
 627
 628   public Font getTreeFont()
 629   {
 630     return treeCanvas.font;
 631   }
 632
 633   public void setTreeFont(Font font)
 634   {
 635     if (treeCanvas != null)
 636     {
 637       treeCanvas.setFont(font);
 638     }
 639   }
 640
 641   /**
 642    * DOCUMENT ME!
 643    *
 644    * @param e
 645    *          DOCUMENT ME!
 646    */
 647   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 648   {
 649     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 650   }
 651
 652   /**
 653    * DOCUMENT ME!
 654    *
 655    * @param e
 656    *          DOCUMENT ME!
 657    */
 658   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 659   {
 660     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 661   }
 662
 663   /**
 664    * DOCUMENT ME!
 665    *
 666    * @param e
 667    *          DOCUMENT ME!
 668    */
 669   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 670   {
 671     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 672   }
 673
 674   /**
 675    * DOCUMENT ME!
 676    *
 677    * @param e
 678    *          DOCUMENT ME!
 679    */
 680   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 681   {
 682     boolean accurateText = true;
 683
 684     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 685             "Prompt each time");
 686
 687     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 688     // Prompt for EPS rendering style
 689     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 690             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 691                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 692     {
 693       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 694       renderStyle = eps.getValue();
 695
 696       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 697       {
 698         return;
 699       }
 700
 701     }
 702
 703     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 704     {
 705       accurateText = false;
 706     }
 707
 708     int width = treeCanvas.getWidth();
 709     int height = treeCanvas.getHeight();
 710
 711     try
 712     {
 713       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 714               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 715               { "eps" }, new String[]
 716               { "Encapsulated Postscript" }, "Encapsulated Postscript");
 717       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 718       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 719       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 720
 721       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 722
 723       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 724       {
 725         return;
 726       }
 727
 728       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 729               .getSelectedFile().getParent());
 730
 731       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 732       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 733
 734       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 735
 736       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 737
 738       pg.flush();
 739       pg.close();
 740     } catch (Exception ex)
 741     {
 742       ex.printStackTrace();
 743     }
 744   }
 745
 746   /**
 747    * DOCUMENT ME!
 748    *
 749    * @param e
 750    *          DOCUMENT ME!
 751    */
 752   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 753   {
 754     int width = treeCanvas.getWidth();
 755     int height = treeCanvas.getHeight();
 756
 757     try
 758     {
 759       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 760               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 761               { "png" }, new String[]
 762               { "Portable network graphics" }, "Portable network graphics");
 763
 764       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 765       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.create_png_from_tree"));
 766       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 767
 768       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 769
 770       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 771       {
 772         return;
 773       }
 774
 775       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 776               .getSelectedFile().getParent());
 777
 778       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 779
 780       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 781               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 782       Graphics png = bi.getGraphics();
 783
 784       treeCanvas.draw(png, width, height);
 785
 786       ImageIO.write(bi, "png", out);
 787       out.close();
 788     } catch (Exception ex)
 789     {
 790       ex.printStackTrace();
 791     }
 792   }
 793
 794   /**
 795    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 796    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 797    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 798    * TransformFunction)};
 799    *
 800    * @param labelClass
 801    */
 802   public void changeNames(final String labelClass)
 803   {
 804     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 805     {
 806
 807       public void transform(BinaryNode node)
 808       {
 809         if (node instanceof SequenceNode
 810                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 811                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 812         {
 813           String newname = null;
 814           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 815           if (sq != null)
 816           {
 817             // search dbrefs, features and annotation
 818             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 819                     sq.getDBRef(), new String[]
 820                     { labelClass.toUpperCase() });
 821             if (refs != null)
 822             {
 823               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 824               {
 825                 if (newname == null)
 826                 {
 827                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 828                 }
 829                 else
 830                 {
 831                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 832                 }
 833               }
 834             }
 835             if (newname == null)
 836             {
 837               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 838               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 839               {
 840                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 841                 {
 842                   if (newname == null)
 843                   {
 844                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 845                   }
 846                   else
 847                   {
 848                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 849                   }
 850                 }
 851               }
 852             }
 853           }
 854           if (newname != null)
 855           {
 856             String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 857             // TODO : save in the undo object for this modification.
 858             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 859           }
 860         }
 861       }
 862     });
 863   }
 864 }