src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.Insets;
  26 import java.awt.event.MouseAdapter;
  27 import java.awt.event.MouseEvent;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileOutputStream;
  30 import java.io.OutputStreamWriter;
  31 import java.io.PrintWriter;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35
  36 import javax.swing.JButton;
  37 import javax.swing.JInternalFrame;
  38 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  39 import javax.swing.event.ChangeListener;
  40 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  41 import javax.xml.bind.Marshaller;
  42
  43 import jalview.bin.Cache;
  44 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  45 import jalview.io.JalviewFileView;
  46 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  49 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  50 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  51 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  52 import jalview.util.ColorUtils;
  53 import jalview.util.Format;
  54 import jalview.util.MessageManager;
  55 import jalview.util.Platform;
  56 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  57 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  58 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  59
  60 /**
  61  * This panel allows the user to assign colours to Amino Acid residue codes, and
  62  * save the colour scheme.
  63  *
  64  * @author Andrew Waterhouse
  65  * @author Mungo Carstairs
  66  */
  67 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours
  68         implements ChangeListener
  69 {
  70   private static final Font VERDANA_BOLD_10 = new Font("Verdana", Font.BOLD,
  71           10);
  72
  73   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
  74
  75   private static final String LAST_DIRECTORY = "LAST_DIRECTORY";
  76
  77   private static final int MY_FRAME_HEIGHT = 440;
  78
  79   private static final int MY_FRAME_WIDTH = 810;
  80
  81   private static final int MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE = 970;
  82
  83   AlignmentPanel ap;
  84
  85   /*
  86    * the colour scheme when the dialog was opened, or
  87    * the scheme last saved to file
  88    */
  89   ColourSchemeI oldColourScheme;
  90
  91   /*
  92    * flag is true if the colour scheme has been changed since the
  93    * dialog was opened, or the changes last saved to file
  94    */
  95   boolean changedButNotSaved;
  96
  97   JInternalFrame frame;
  98
  99   List<JButton> upperCaseButtons;
 100
 101   List<JButton> lowerCaseButtons;
 102
 103   /**
 104    * Creates and displays a new UserDefinedColours panel
 105    *
 106    * @param alignPanel
 107    */
 108   public UserDefinedColours(AlignmentPanel alignPanel)
 109   {
 110     this();
 111
 112     lcaseColour.setEnabled(false);
 113
 114     this.ap = alignPanel;
 115
 116     oldColourScheme = alignPanel.av.getGlobalColourScheme();
 117
 118     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 119     {
 120       schemeName.setText(oldColourScheme.getSchemeName());
 121       if (((UserColourScheme) oldColourScheme)
 122               .getLowerCaseColours() != null)
 123       {
 124         caseSensitive.setSelected(true);
 125         lcaseColour.setEnabled(true);
 126         resetButtonPanel(true);
 127       }
 128       else
 129       {
 130         resetButtonPanel(false);
 131       }
 132     }
 133     else
 134     {
 135       resetButtonPanel(false);
 136     }
 137
 138     showFrame();
 139   }
 140
 141   UserDefinedColours()
 142   {
 143     super();
 144     selectedButtons = new ArrayList<>();
 145   }
 146
 147   void showFrame()
 148   {
 149     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 150     frame = new JInternalFrame();
 151     frame.setFrameIcon(null);
 152     frame.setContentPane(this);
 153     Desktop.addInternalFrame(frame,
 154             MessageManager.getString("label.user_defined_colours"),
 155             MY_FRAME_WIDTH, MY_FRAME_HEIGHT, true);
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Rebuilds the panel with coloured buttons for residues. If not case
 160    * sensitive colours, show 3-letter amino acid code as button text. If case
 161    * sensitive, just show the single letter code, in order to make space for the
 162    * additional buttons.
 163    *
 164    * @param isCaseSensitive
 165    */
 166   void resetButtonPanel(boolean isCaseSensitive)
 167   {
 168     buttonPanel.removeAll();
 169
 170     if (upperCaseButtons == null)
 171     {
 172       upperCaseButtons = new ArrayList<>();
 173     }
 174
 175     for (int i = 0; i < 20; i++)
 176     {
 177       String label = isCaseSensitive ? ResidueProperties.aa[i]
 178               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 179                       .toString();
 180       JButton button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i],
 181               upperCaseButtons, i);
 182       buttonPanel.add(button);
 183     }
 184
 185     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 186     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 187     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 188     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 189
 190     if (!isCaseSensitive)
 191     {
 192       gridLayout.setRows(6);
 193       gridLayout.setColumns(4);
 194     }
 195     else
 196     {
 197       gridLayout.setRows(7);
 198       int cols = 7;
 199       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 200
 201       if (lowerCaseButtons == null)
 202       {
 203         lowerCaseButtons = new ArrayList<>();
 204       }
 205
 206       for (int i = 0; i < 20; i++)
 207       {
 208         int row = i / cols + 1;
 209         int index = (row * cols) + i;
 210         JButton button = makeButton(
 211                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(Locale.ROOT),
 212                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(Locale.ROOT),
 213                 lowerCaseButtons, i);
 214
 215         buttonPanel.add(button, index);
 216       }
 217     }
 218
 219     if (isCaseSensitive)
 220     {
 221       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 222       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 223       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 224     }
 225
 226     // JAL-1360 widen the frame dynamically to accommodate case-sensitive AA
 227     // codes
 228     if (this.frame != null)
 229     {
 230       int newWidth = isCaseSensitive ? MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE
 231               : MY_FRAME_WIDTH;
 232       this.frame.setSize(newWidth, this.frame.getHeight());
 233     }
 234
 235     buttonPanel.validate();
 236     validate();
 237   }
 238
 239   /**
 240    * ChangeListener handler for when a colour is picked in the colour chooser.
 241    * The action is to apply the colour to all selected buttons as their
 242    * background colour. Foreground colour (text) is set to a lighter shade in
 243    * order to highlight which buttons are selected. If 'Lower Case Colour' is
 244    * active, then the colour is applied to all lower case buttons (as well as
 245    * the Lower Case Colour button itself).
 246    *
 247    * @param evt
 248    */
 249   @Override
 250   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 251   {
 252     JButton button = null;
 253     final Color newColour = colorChooser.getColor();
 254     if (lcaseColour.isSelected())
 255     {
 256       selectedButtons.clear();
 257       for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 258       {
 259         button = lowerCaseButtons.get(i);
 260         button.setBackground(newColour);
 261         button.setForeground(
 262                 ColorUtils.brighterThan(button.getBackground()));
 263       }
 264     }
 265     for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 266     {
 267       button = selectedButtons.get(i);
 268       button.setBackground(newColour);
 269       button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(newColour));
 270     }
 271
 272     changedButNotSaved = true;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Performs actions when a residue button is clicked. This manages the button
 277    * selection set (highlighted by brighter foreground text).
 278    * <p>
 279    * On select button(s) with Ctrl/click or Shift/click: set button foreground
 280    * text to brighter than background.
 281    * <p>
 282    * On unselect button(s) with Ctrl/click on selected, or click to release
 283    * current selection: reset foreground text to darker than background.
 284    * <p>
 285    * Simple click: clear selection (resetting foreground to darker); set clicked
 286    * button foreground to brighter
 287    * <p>
 288    * Finally, synchronize the colour chooser to the colour of the first button
 289    * in the selected set.
 290    *
 291    * @param e
 292    */
 293   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 294   {
 295     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 296
 297     if (e.isShiftDown())
 298     {
 299       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 300       if (selectedButtons.size() > 0)
 301       {
 302         start = selectedButtons.get(selectedButtons.size() - 1);
 303       }
 304       else
 305       {
 306         start = (JButton) e.getSource();
 307       }
 308
 309       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 310       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 311       {
 312         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 313         {
 314           startIndex = b;
 315         }
 316         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 317         {
 318           endIndex = b;
 319         }
 320       }
 321
 322       if (startIndex > endIndex)
 323       {
 324         int temp = startIndex;
 325         startIndex = endIndex;
 326         endIndex = temp;
 327       }
 328
 329       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 330       {
 331         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 332         if (!selectedButtons.contains(button))
 333         {
 334           button.setForeground(
 335                   ColorUtils.brighterThan(button.getBackground()));
 336           selectedButtons.add(button);
 337         }
 338       }
 339     }
 340     else if (!e.isControlDown())
 341     {
 342       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 343       {
 344         JButton button = selectedButtons.get(b);
 345         button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(button.getBackground()));
 346       }
 347       selectedButtons.clear();
 348       pressed.setForeground(
 349               ColorUtils.brighterThan(pressed.getBackground()));
 350       selectedButtons.add(pressed);
 351
 352     }
 353     else if (e.isControlDown())
 354     {
 355       if (selectedButtons.contains(pressed))
 356       {
 357         pressed.setForeground(
 358                 ColorUtils.darkerThan(pressed.getBackground()));
 359         selectedButtons.remove(pressed);
 360       }
 361       else
 362       {
 363         pressed.setForeground(
 364                 ColorUtils.brighterThan(pressed.getBackground()));
 365         selectedButtons.add(pressed);
 366       }
 367     }
 368
 369     if (selectedButtons.size() > 0)
 370     {
 371       colorChooser.setColor((selectedButtons.get(0)).getBackground());
 372     }
 373   }
 374
 375   /**
 376    * A helper method to update or make a colour button, whose background colour
 377    * is the associated colour, and text colour a darker shade of the same. If
 378    * the button is already in the list, then its text and margins are updated,
 379    * if not then it is created and added. This method supports toggling between
 380    * case-sensitive and case-insensitive button panels. The case-sensitive
 381    * version has abbreviated button text in order to fit in more buttons.
 382    *
 383    * @param label
 384    * @param residue
 385    * @param the
 386    *          list of buttons
 387    * @param buttonIndex
 388    *          the button's position in the list
 389    */
 390   JButton makeButton(String label, String residue, List<JButton> buttons,
 391           int buttonIndex)
 392   {
 393     final JButton button;
 394     Color col;
 395
 396     if (buttonIndex < buttons.size())
 397     {
 398       button = buttons.get(buttonIndex);
 399       col = button.getBackground();
 400     }
 401     else
 402     {
 403       button = new JButton();
 404       button.addMouseListener(new MouseAdapter()
 405       {
 406         @Override
 407         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 408         {
 409           colourButtonPressed(e);
 410         }
 411       });
 412
 413       buttons.add(button);
 414
 415       /*
 416        * make initial button colour that of the current colour scheme,
 417        * if it is a simple per-residue colouring, else white
 418        */
 419       col = Color.white;
 420       if (oldColourScheme != null && oldColourScheme.isSimple())
 421       {
 422         col = oldColourScheme.findColour(residue.charAt(0), 0, null, null,
 423                 0f);
 424       }
 425     }
 426
 427     if (caseSensitive.isSelected())
 428     {
 429       button.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));
 430     }
 431     else
 432     {
 433       button.setMargin(new Insets(2, 14, 2, 14));
 434     }
 435
 436     button.setOpaque(true); // required for the next line to have effect
 437     button.setBackground(col);
 438     button.setText(label);
 439     button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(col));
 440     button.setFont(VERDANA_BOLD_10);
 441
 442     return button;
 443   }
 444
 445   /**
 446    * On 'OK', check that at least one colour has been assigned to a residue (and
 447    * if not issue a warning), and apply the chosen colour scheme and close the
 448    * panel.
 449    */
 450   @Override
 451   protected void okButton_actionPerformed()
 452   {
 453     if (isNoSelectionMade())
 454     {
 455       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 456               MessageManager
 457                       .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 458               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 459               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 460     }
 461     else
 462     {
 463       /*
 464        * OK is treated as 'apply colours and close'
 465        */
 466       applyButton_actionPerformed();
 467
 468       /*
 469        * If editing a named colour scheme, warn if changes
 470        * have not been saved
 471        */
 472       warnIfUnsavedChanges();
 473
 474       try
 475       {
 476         frame.setClosed(true);
 477       } catch (Exception ex)
 478       {
 479       }
 480     }
 481   }
 482
 483   /**
 484    * If we have made changes to an existing user defined colour scheme but not
 485    * saved them, show a dialog with the option to save. If the user chooses to
 486    * save, do so, else clear the colour scheme name to indicate a new colour
 487    * scheme.
 488    */
 489   protected void warnIfUnsavedChanges()
 490   {
 491     // BH 2018 no warning in JavaScript TODO
 492
 493     if (!Platform.isJS() && changedButNotSaved)
 494     /**
 495      * Java only
 496      *
 497      * @j2sIgnore
 498      */
 499     {
 500       String name = schemeName.getText().trim();
 501       if (oldColourScheme != null && !"".equals(name)
 502               && name.equals(oldColourScheme.getSchemeName()))
 503       {
 504         String message = MessageManager
 505                 .formatMessage("label.scheme_changed", name);
 506         String title = MessageManager.getString("label.save_changes");
 507         String[] options = new String[] { title,
 508             MessageManager.getString("label.dont_save_changes"), };
 509         final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, message);
 510         int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop,
 511                 question, title, JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
 512                 JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options, options[0]);
 513
 514         if (response == 0)
 515         {
 516           /*
 517            * prompt to save changes to file; if done,
 518            * resets 'changed' flag to false
 519            */
 520           savebutton_actionPerformed();
 521         }
 522
 523         /*
 524          * if user chooses not to save (either in this dialog or in the
 525          * save as dialogs), treat this as a new user defined colour scheme
 526          */
 527         if (changedButNotSaved)
 528         {
 529           /*
 530            * clear scheme name and re-apply as an anonymous scheme
 531            */
 532           schemeName.setText("");
 533           applyButton_actionPerformed();
 534         }
 535       }
 536     }
 537   }
 538
 539   /**
 540    * Returns true if the user has not made any colour selection (including if
 541    * 'case-sensitive' selected and no lower-case colour chosen).
 542    *
 543    * @return
 544    */
 545   protected boolean isNoSelectionMade()
 546   {
 547     final boolean noUpperCaseSelected = upperCaseButtons == null
 548             || upperCaseButtons.isEmpty();
 549     final boolean noLowerCaseSelected = caseSensitive.isSelected()
 550             && (lowerCaseButtons == null || lowerCaseButtons.isEmpty());
 551     final boolean noSelectionMade = noUpperCaseSelected
 552             || noLowerCaseSelected;
 553     return noSelectionMade;
 554   }
 555
 556   /**
 557    * Applies the current colour scheme to the alignment or sequence group
 558    */
 559   @Override
 560   protected void applyButton_actionPerformed()
 561   {
 562     if (isNoSelectionMade())
 563     {
 564       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 565               MessageManager
 566                       .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 567               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 568               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 569
 570     }
 571     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 572
 573     ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 574   }
 575
 576   /**
 577    * Constructs an instance of UserColourScheme with the residue colours
 578    * currently set on the buttons on the panel
 579    *
 580    * @return
 581    */
 582   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 583   {
 584
 585     Color[] newColours = new Color[24];
 586
 587     int length = upperCaseButtons.size();
 588     if (length < 24)
 589     {
 590       int i = 0;
 591       for (JButton btn : upperCaseButtons)
 592       {
 593         newColours[i] = btn.getBackground();
 594         i++;
 595       }
 596     }
 597     else
 598     {
 599       for (int i = 0; i < 24; i++)
 600       {
 601         JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 602         newColours[i] = button.getBackground();
 603       }
 604     }
 605
 606     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 607     ucs.setName(schemeName.getText());
 608
 609     if (caseSensitive.isSelected())
 610     {
 611       newColours = new Color[23];
 612       length = lowerCaseButtons.size();
 613       if (length < 23)
 614       {
 615         int i = 0;
 616         for (JButton btn : lowerCaseButtons)
 617         {
 618           newColours[i] = btn.getBackground();
 619           i++;
 620         }
 621       }
 622       else
 623       {
 624         for (int i = 0; i < 23; i++)
 625         {
 626           JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 627           newColours[i] = button.getBackground();
 628         }
 629       }
 630       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 631     }
 632
 633     return ucs;
 634   }
 635
 636   /**
 637    * Action on clicking Load scheme button.
 638    * <ul>
 639    * <li>Open a file chooser to browse for files with extension .jc</li>
 640    * <li>Load in the colour scheme and transfer it to this panel's buttons</li>
 641    * <li>Register the loaded colour scheme</li>
 642    * </ul>
 643    */
 644   @Override
 645   protected void loadbutton_actionPerformed()
 646   {
 647     upperCaseButtons = new ArrayList<>();
 648     lowerCaseButtons = new ArrayList<>();
 649     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jc",
 650             "Jalview User Colours");
 651     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 652     chooser.setDialogTitle(
 653             MessageManager.getString("label.load_colour_scheme"));
 654     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 655     chooser.setResponseHandler(0, () -> {
 656       File choice = chooser.getSelectedFile();
 657       Cache.setProperty(LAST_DIRECTORY, choice.getParent());
 658
 659       UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader
 660               .loadColourScheme(choice.getAbsolutePath());
 661       Color[] colors = ucs.getColours();
 662       schemeName.setText(ucs.getSchemeName());
 663
 664       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 665       {
 666         caseSensitive.setSelected(true);
 667         lcaseColour.setEnabled(true);
 668         resetButtonPanel(true);
 669         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 670         {
 671           JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 672           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 673         }
 674       }
 675       else
 676       {
 677         caseSensitive.setSelected(false);
 678         lcaseColour.setEnabled(false);
 679         resetButtonPanel(false);
 680       }
 681
 682       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 683       {
 684         JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 685         button.setBackground(colors[i]);
 686       }
 687
 688       addNewColourScheme(choice.getPath());
 689     });
 690
 691     chooser.showOpenDialog(this);
 692   }
 693
 694   /**
 695    * Loads the user-defined colour scheme from the first file listed in property
 696    * "USER_DEFINED_COLOURS". If this fails, returns an all-white colour scheme.
 697    *
 698    * @return
 699    */
 700   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 701   {
 702     UserColourScheme ret = null;
 703
 704     String colours = Cache.getProperty(USER_DEFINED_COLOURS);
 705     if (colours != null)
 706     {
 707       if (colours.indexOf("|") > -1)
 708       {
 709         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 710       }
 711       ret = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(colours);
 712     }
 713
 714     if (ret == null)
 715     {
 716       ret = new UserColourScheme("white");
 717     }
 718
 719     return ret;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Action on pressing the Save button.
 724    * <ul>
 725    * <li>Check a name has been entered</li>
 726    * <li>Warn if the name already exists, remove any existing scheme of the same
 727    * name if overwriting</li>
 728    * <li>Do the standard file chooser thing to write with extension .jc</li>
 729    * <li>If saving changes (possibly not yet applied) to the currently selected
 730    * colour scheme, then apply the changes, as it is too late to back out
 731    * now</li>
 732    * <li>Don't apply the changes if the currently selected scheme is different,
 733    * to allow a new scheme to be configured and saved but not applied</li>
 734    * </ul>
 735    * If the scheme is saved to file, the 'changed' flag field is reset to false.
 736    */
 737   @Override
 738   protected void savebutton_actionPerformed()
 739   {
 740     String name = schemeName.getText().trim();
 741     if (name.length() < 1)
 742     {
 743       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 744               MessageManager
 745                       .getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 746               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"),
 747               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 748     }
 749
 750     if (!Platform.isJS() && ColourSchemes.getInstance().nameExists(name))
 751     {
 752       /**
 753        * java only
 754        *
 755        * @j2sIgnore
 756        */
 757       {
 758         int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 759                 MessageManager.formatMessage(
 760                         "label.colour_scheme_exists_overwrite", new Object[]
 761                         { name, name }),
 762                 MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"),
 763                 JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 764         if (reply != JvOptionPane.YES_OPTION)
 765         {
 766           return;
 767         }
 768       }
 769     }
 770
 771     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jc",
 772             "Jalview User Colours");
 773
 774     JalviewFileView fileView = new JalviewFileView();
 775     chooser.setFileView(fileView);
 776     chooser.setDialogTitle(
 777             MessageManager.getString("label.save_colour_scheme"));
 778     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 779     int option = chooser.showSaveDialog(this);
 780     if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 781     {
 782       File file = chooser.getSelectedFile();
 783       UserColourScheme updatedScheme = addNewColourScheme(file.getPath());
 784       saveToFile(file);
 785       changedButNotSaved = false;
 786
 787       /*
 788        * changes saved - apply to alignment if we are changing
 789        * the currently selected colour scheme; also make the updated
 790        * colours the 'backout' scheme on Cancel
 791        */
 792       if (oldColourScheme != null
 793               && name.equals(oldColourScheme.getSchemeName()))
 794       {
 795         oldColourScheme = updatedScheme;
 796         applyButton_actionPerformed();
 797       }
 798     }
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Adds the current colour scheme to the Jalview properties file so it is
 803    * loaded on next startup, and updates the Colour menu in the parent
 804    * AlignFrame (if there is one). Note this action does not including applying
 805    * the colour scheme.
 806    *
 807    * @param filePath
 808    * @return
 809    */
 810   protected UserColourScheme addNewColourScheme(String filePath)
 811   {
 812     /*
 813      * update the delimited list of user defined colour files in
 814      * Jalview property USER_DEFINED_COLOURS
 815      */
 816     String defaultColours = Cache.getDefault(USER_DEFINED_COLOURS,
 817             filePath);
 818     if (defaultColours.indexOf(filePath) == -1)
 819     {
 820       if (defaultColours.length() > 0)
 821       {
 822         defaultColours = defaultColours.concat("|");
 823       }
 824       defaultColours = defaultColours.concat(filePath);
 825     }
 826     Cache.setProperty(USER_DEFINED_COLOURS, defaultColours);
 827
 828     /*
 829      * construct and register the colour scheme
 830      */
 831     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 832     ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
 833
 834     /*
 835      * update the Colour menu items
 836      */
 837     if (ap != null)
 838     {
 839       ap.alignFrame.buildColourMenu();
 840     }
 841
 842     return ucs;
 843   }
 844
 845   /**
 846    * Saves the colour scheme to file in XML format
 847    *
 848    * @param path
 849    */
 850   protected void saveToFile(File toFile)
 851   {
 852     /*
 853      * build a Java model of colour scheme as XML, and
 854      * marshal to file
 855      */
 856     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 857     String name = schemeName.getText();
 858     ucs.setSchemeName(name);
 859     try
 860     {
 861       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 862               new FileOutputStream(toFile), "UTF-8"));
 863
 864       for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 865       {
 866         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 867         Colour col = new Colour();
 868         col.setName(button.getText());
 869         col.setRGB(Format.getHexString(button.getBackground()));
 870         ucs.getColour().add(col);
 871       }
 872       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
 873               .newInstance(JalviewUserColours.class);
 874       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
 875       jaxbMarshaller.marshal(
 876               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
 877       // ucs.marshal(out);
 878       out.close();
 879     } catch (Exception ex)
 880     {
 881       ex.printStackTrace();
 882     }
 883   }
 884
 885   /**
 886    * On cancel, restores the colour scheme that was selected before the dialogue
 887    * was opened
 888    */
 889   @Override
 890   protected void cancelButton_actionPerformed()
 891   {
 892     ap.alignFrame.changeColour(oldColourScheme);
 893     ap.paintAlignment(true, true);
 894
 895     try
 896     {
 897       frame.setClosed(true);
 898     } catch (Exception ex)
 899     {
 900     }
 901   }
 902
 903   /**
 904    * Action on selecting or deselecting the Case Sensitive option. When
 905    * selected, separate buttons are shown for lower case residues, and the panel
 906    * is resized to accommodate them. Also, the checkbox for 'apply colour to all
 907    * lower case' is enabled.
 908    */
 909   @Override
 910   public void caseSensitive_actionPerformed()
 911   {
 912     boolean selected = caseSensitive.isSelected();
 913     resetButtonPanel(selected);
 914     lcaseColour.setEnabled(selected);
 915   }
 916 }