src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.event.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.io.*;
  31 import jalview.jbgui.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class UserDefinedColours
  41     extends GUserDefinedColours implements ChangeListener
  42 {
  43   AlignmentPanel ap;
  44   SequenceGroup seqGroup;
  45   Vector selectedButtons;
  46   ColourSchemeI oldColourScheme;
  47   JInternalFrame frame;
  48   AppJmol jmol;
  49   Vector upperCaseButtons;
  50   Vector lowerCaseButtons;
  51
  52   /**
  53    * Creates a new UserDefinedColours object.
  54    *
  55    * @param ap DOCUMENT ME!
  56    * @param sg DOCUMENT ME!
  57    */
  58   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  59   {
  60     super();
  61
  62     lcaseColour.setEnabled(false);
  63
  64     this.ap = ap;
  65     seqGroup = sg;
  66
  67     if (seqGroup != null)
  68     {
  69       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  70     }
  71     else
  72     {
  73       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  74     }
  75
  76     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
  77     {
  78       schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
  79       if ( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
  80       {
  81         caseSensitive.setSelected(true);
  82         lcaseColour.setEnabled(true);
  83         resetButtonPanel(true);
  84       }
  85       else
  86       {
  87         resetButtonPanel(false);
  88       }
  89     }
  90     else
  91     {
  92       resetButtonPanel(false);
  93     }
  94
  95     showFrame();
  96   }
  97
  98   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
  99   {
 100     super();
 101     this.jmol = jmol;
 102
 103     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 104
 105     oldColourScheme = oldcs;
 106
 107     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 108     {
 109       schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 110     }
 111
 112     resetButtonPanel(false);
 113
 114     showFrame();
 115
 116   }
 117
 118   void showFrame()
 119   {
 120     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 121     frame = new JInternalFrame();
 122     frame.setContentPane(this);
 123     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 124
 125     if (seqGroup != null)
 126     {
 127       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 128     }
 129
 130     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 131     {
 132       frame.setSize(760, 370);
 133     }
 134   }
 135
 136   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 137   {
 138     buttonPanel.removeAll();
 139
 140     if (upperCaseButtons == null)
 141     {
 142       upperCaseButtons = new Vector();
 143     }
 144
 145     JButton button;
 146     String label;
 147     for (int i = 0; i < 20; i++)
 148     {
 149       if (caseSensitive)
 150       {
 151         label = ResidueProperties.aa[i];
 152       }
 153       else
 154       {
 155         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get
 156             (ResidueProperties.aa[i]).toString();
 157       }
 158
 159       button = makeButton(label,
 160                           ResidueProperties.aa[i],
 161                           upperCaseButtons, i);
 162
 163       buttonPanel.add(button);
 164     }
 165
 166     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 167     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 168     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 169     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 170
 171     if (!caseSensitive)
 172     {
 173       gridLayout.setRows(6);
 174       gridLayout.setColumns(4);
 175     }
 176     else
 177     {
 178       gridLayout.setRows(7);
 179       int cols = 7;
 180       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 181
 182       if (lowerCaseButtons == null)
 183       {
 184         lowerCaseButtons = new Vector();
 185       }
 186
 187       for (int i = 0; i < 20; i++)
 188       {
 189         int row = i / cols + 1;
 190         int index = (row * cols) + i;
 191         button = makeButton(
 192             ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 193             ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 194             lowerCaseButtons,
 195             i);
 196
 197         buttonPanel.add(button, index);
 198       }
 199     }
 200
 201     if (caseSensitive)
 202     {
 203       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 204       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 205       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 206     }
 207
 208     buttonPanel.validate();
 209     validate();
 210   }
 211
 212   /**
 213    * DOCUMENT ME!
 214    *
 215    * @param evt DOCUMENT ME!
 216    */
 217   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 218   {
 219     if (selectedButtons != null)
 220     {
 221       JButton button = null;
 222       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 223       {
 224         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 225         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 226         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter().
 227                              brighter());
 228       }
 229       if (button == lcaseColour)
 230       {
 231         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 232         {
 233           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 234           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 235           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter().
 236                                brighter());
 237         }
 238       }
 239     }
 240   }
 241
 242   /**
 243    * DOCUMENT ME!
 244    *
 245    * @param e DOCUMENT ME!
 246    */
 247   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 248   {
 249     if (selectedButtons == null)
 250     {
 251       selectedButtons = new Vector();
 252     }
 253
 254     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 255
 256     if (e.isShiftDown())
 257     {
 258       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 259       if (selectedButtons.size() > 0)
 260       {
 261         start = (JButton) selectedButtons.elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 262       }
 263       else
 264       {
 265         start = (JButton) e.getSource();
 266       }
 267
 268       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 269       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 270       {
 271         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 272         {
 273           startIndex = b;
 274         }
 275         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 276         {
 277           endIndex = b;
 278         }
 279       }
 280
 281       if (startIndex > endIndex)
 282       {
 283         int temp = startIndex;
 284         startIndex = endIndex;
 285         endIndex = temp;
 286       }
 287
 288       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 289       {
 290         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 291         if (!selectedButtons.contains(button))
 292         {
 293           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 294           selectedButtons.add(button);
 295         }
 296       }
 297     }
 298     else if (!e.isControlDown())
 299     {
 300       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 301       {
 302         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 303         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 304       }
 305       selectedButtons.clear();
 306       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 307       selectedButtons.addElement(pressed);
 308
 309     }
 310     else if (e.isControlDown())
 311     {
 312       if (selectedButtons.contains(pressed))
 313       {
 314         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 315         selectedButtons.remove(pressed);
 316       }
 317       else
 318       {
 319         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 320         selectedButtons.addElement(pressed);
 321       }
 322     }
 323
 324     if (selectedButtons.size() > 0)
 325     {
 326       colorChooser.setColor( ( (JButton) selectedButtons.elementAt(0)).
 327                             getBackground());
 328     }
 329   }
 330
 331   /**
 332    * DOCUMENT ME!
 333    *
 334    * @param label DOCUMENT ME!
 335    * @param aa DOCUMENT ME!
 336    */
 337   JButton makeButton(String label,
 338                      String aa,
 339                      Vector caseSensitiveButtons,
 340                      int buttonIndex)
 341   {
 342     final JButton button;
 343     Color col;
 344
 345     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 346     {
 347       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 348       col = button.getBackground();
 349     }
 350     else
 351     {
 352       button = new JButton();
 353       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 354       {
 355         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 356         {
 357           colourButtonPressed(e);
 358         }
 359       });
 360
 361       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 362
 363       col = Color.white;
 364
 365       try
 366       {
 367         col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 368       }
 369       catch (Exception ex)
 370       {}
 371     }
 372
 373     if (caseSensitive.isSelected())
 374     {
 375       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 376     }
 377     else
 378     {
 379       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 380     }
 381
 382     button.setBackground(col);
 383     button.setText(label);
 384     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 385     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 386
 387     return button;
 388   }
 389
 390   /**
 391    * DOCUMENT ME!
 392    *
 393    * @param e DOCUMENT ME!
 394    */
 395   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 396   {
 397     applyButton_actionPerformed(null);
 398
 399     try
 400     {
 401       frame.setClosed(true);
 402     }
 403     catch (Exception ex)
 404     {
 405     }
 406   }
 407
 408   /**
 409    * DOCUMENT ME!
 410    *
 411    * @param e DOCUMENT ME!
 412    */
 413   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 414   {
 415     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 416     ucs.setName(schemeName.getText());
 417
 418     if (seqGroup != null)
 419     {
 420       seqGroup.cs = ucs;
 421       ap.paintAlignment(true);
 422     }
 423     else if (ap != null)
 424     {
 425       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 426     }
 427     else if (jmol != null)
 428     {
 429       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 430     }
 431   }
 432
 433   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 434   {
 435
 436     Color[] newColours = new Color[24];
 437
 438     for (int i = 0; i < 24; i++)
 439     {
 440       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 441       newColours[i] = button.getBackground();
 442     }
 443
 444     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 445
 446     if (caseSensitive.isSelected())
 447     {
 448       newColours = new Color[23];
 449       for (int i = 0; i < 23; i++)
 450       {
 451         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 452         newColours[i] = button.getBackground();
 453       }
 454       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 455     }
 456
 457     if (ap != null)
 458     {
 459       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 460     }
 461
 462     return ucs;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * DOCUMENT ME!
 467    *
 468    * @param e DOCUMENT ME!
 469    */
 470   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 471   {
 472     upperCaseButtons = new Vector();
 473     lowerCaseButtons = new Vector();
 474
 475     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 476         getProperty(
 477             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 478         {"jc"},
 479         new String[]
 480         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");
 481     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 482     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 483     chooser.setToolTipText("Load");
 484
 485     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 486
 487     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 488     {
 489       File choice = chooser.getSelectedFile();
 490       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 491       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 492           "USER_DEFINED_COLOURS",
 493           choice.getPath());
 494       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 495       {
 496         defaultColours = defaultColours.concat("|").concat(choice.getPath());
 497       }
 498
 499       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 500
 501       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 502       Color[] colors = ucs.getColours();
 503       schemeName.setText(ucs.getName());
 504
 505       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 506       {
 507         caseSensitive.setSelected(true);
 508         lcaseColour.setEnabled(true);
 509         resetButtonPanel(true);
 510         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 511         {
 512           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 513           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 514         }
 515
 516       }
 517       else
 518       {
 519         caseSensitive.setSelected(false);
 520         lcaseColour.setEnabled(false);
 521         resetButtonPanel(false);
 522       }
 523
 524       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 525       {
 526         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 527         button.setBackground(colors[i]);
 528       }
 529
 530     }
 531   }
 532
 533   /**
 534    * DOCUMENT ME!
 535    *
 536    * @return DOCUMENT ME!
 537    */
 538   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 539   {
 540     UserColourScheme ret = null;
 541
 542     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 543     if (colours != null)
 544     {
 545       if (colours.indexOf("|") > -1)
 546       {
 547         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 548       }
 549
 550       ret = loadColours(colours);
 551     }
 552
 553     if (ret == null)
 554     {
 555       Color[] newColours = new Color[24];
 556       for (int i = 0; i < 24; i++)
 557       {
 558         newColours[i] = Color.white;
 559       }
 560       ret = new UserColourScheme(newColours);
 561     }
 562
 563     return ret;
 564   }
 565
 566   /**
 567    * DOCUMENT ME!
 568    *
 569    * @param file DOCUMENT ME!
 570    *
 571    * @return DOCUMENT ME!
 572    */
 573   static UserColourScheme loadColours(String file)
 574   {
 575     UserColourScheme ucs = null;
 576     Color[] newColours = null;
 577     try
 578     {
 579       InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 580           file), "UTF-8");
 581
 582       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs
 583           = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 584
 585       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar
 586           = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(jucs);
 587       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar.
 588           unmarshal(in);
 589
 590       newColours = new Color[24];
 591
 592       Color[] lowerCase = null;
 593       boolean caseSensitive = false;
 594
 595       String name;
 596       int index;
 597       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 598       {
 599         name = jucs.getColour(i).getName();
 600         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 601         {
 602           index = ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name)).intValue();
 603         }
 604         else
 605         {
 606           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 607         }
 608         if (index == -1)
 609         {
 610           continue;
 611         }
 612
 613         if (name.toLowerCase().equals(name))
 614         {
 615           if (lowerCase == null)
 616           {
 617             lowerCase = new Color[23];
 618           }
 619           caseSensitive = true;
 620           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(
 621               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));
 622         }
 623         else
 624         {
 625           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(
 626               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));
 627         }
 628       }
 629
 630       if (newColours != null)
 631       {
 632         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 633         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 634         if (caseSensitive)
 635         {
 636           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 637         }
 638       }
 639
 640     }
 641     catch (Exception ex)
 642     {
 643       //Could be Archive Jalview format
 644       try
 645       {
 646         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 647             file), "UTF-8");
 648
 649         jalview.binding.JalviewUserColours jucs
 650             = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 651
 652         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 653
 654         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 655
 656         for (int i = 0; i < 24; i++)
 657         {
 658           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(
 659               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));
 660         }
 661         if (newColours != null)
 662         {
 663           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 664           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 665         }
 666       }
 667       catch (Exception ex2)
 668       {
 669         ex2.printStackTrace();
 670       }
 671
 672       if (newColours == null)
 673       {
 674         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 675       }
 676     }
 677
 678     return ucs;
 679   }
 680
 681   /**
 682    * DOCUMENT ME!
 683    *
 684    * @param e DOCUMENT ME!
 685    */
 686   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 687   {
 688     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 689     {
 690       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 691                                             "User colour scheme must have a name!",
 692                                             "No name for colour scheme",
 693                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 694       return;
 695     }
 696
 697     if (userColourSchemes != null &&
 698         userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 699     {
 700       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 701           "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
 702           + "\nContinue saving colour scheme as " + schemeName.getText() + "?",
 703           "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 704       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 705       {
 706         return;
 707       }
 708
 709       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 710     }
 711     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 712         getProperty(
 713             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 714         {"jc"},
 715         new String[]
 716         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");
 717
 718     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 719     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 720     chooser.setToolTipText("Save");
 721
 722     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 723
 724     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 725     {
 726       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 727       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 728           "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 729       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 730       {
 731         if (defaultColours.length() > 0)
 732         {
 733           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 734         }
 735         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 736       }
 737
 738       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 739
 740       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 741
 742       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 743
 744       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs
 745           = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 746
 747       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 748       try
 749       {
 750         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 751             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 752
 753         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 754         {
 755           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 756           jalview.schemabinding.version2.Colour col
 757               = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 758           col.setName(button.getText());
 759           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(
 760               button.getBackground()));
 761           ucs.addColour(col);
 762         }
 763
 764         ucs.marshal(out);
 765         out.close();
 766       }
 767       catch (Exception ex)
 768       {
 769         ex.printStackTrace();
 770       }
 771     }
 772   }
 773
 774   /**
 775    * DOCUMENT ME!
 776    *
 777    * @param e DOCUMENT ME!
 778    */
 779   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 780   {
 781     if (ap != null)
 782     {
 783       if (seqGroup != null)
 784       {
 785         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 786       }
 787       else if (ap != null)
 788       {
 789         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 790       }
 791       ap.paintAlignment(true);
 792     }
 793
 794     if (jmol != null)
 795     {
 796       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 797     }
 798
 799     try
 800     {
 801       frame.setClosed(true);
 802     }
 803     catch (Exception ex)
 804     {
 805     }
 806   }
 807
 808   static Hashtable userColourSchemes;
 809
 810   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 811   {
 812     return userColourSchemes;
 813   }
 814
 815   public static void initUserColourSchemes(String files)
 816   {
 817     userColourSchemes = new Hashtable();
 818
 819     if (files == null || files.length() == 0)
 820     {
 821       return;
 822     }
 823
 824     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 825     // from the default list here.
 826     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 827     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 828     while (st.hasMoreElements())
 829     {
 830       String file = st.nextToken();
 831       try
 832       {
 833         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 834         if (ucs != null)
 835         {
 836           if (coloursFound.length() > 0)
 837           {
 838             coloursFound.append("|");
 839           }
 840           coloursFound.append(file);
 841           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 842         }
 843       }
 844       catch (Exception ex)
 845       {
 846         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 847       }
 848     }
 849     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 850     {
 851       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 852       {
 853         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 854                                       coloursFound.toString());
 855       }
 856       else
 857       {
 858         jalview.bin.Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 859       }
 860     }
 861   }
 862
 863   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 864   {
 865     // The only way to find colours by name is to load them in
 866     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 867     // from the default list here.
 868
 869     userColourSchemes = new Hashtable();
 870
 871     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 872     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 873         jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 874
 875     while (st.hasMoreElements())
 876     {
 877       String file = st.nextToken();
 878       try
 879       {
 880         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 881         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 882         {
 883           if (coloursFound.length() > 0)
 884           {
 885             coloursFound.append("|");
 886           }
 887           coloursFound.append(file);
 888           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 889         }
 890       }
 891       catch (Exception ex)
 892       {
 893         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 894       }
 895     }
 896
 897     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 898     {
 899       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 900                                     coloursFound.toString());
 901     }
 902     else
 903     {
 904       jalview.bin.Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 905     }
 906
 907   }
 908
 909   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 910   {
 911     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 912     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 913   }
 914
 915   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 916   {
 917     if (selectedButtons == null)
 918     {
 919       selectedButtons = new Vector();
 920     }
 921     else
 922     {
 923       selectedButtons.clear();
 924     }
 925     selectedButtons.add(lcaseColour);
 926   }
 927
 928 }