src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 import java.io.*;\r
  33 \r
  34 import java.util.*;\r
  35 \r
  36 import javax.swing.*;\r
  37 import javax.swing.event.*;\r
  38 \r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours\r
  48     implements ChangeListener\r
  49 {\r
  50     AlignmentPanel ap;\r
  51     SequenceGroup seqGroup;\r
  52     Vector selectedButtons;\r
  53     ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  54     JInternalFrame frame;\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Creates a new UserDefinedColours object.\r
  58      *\r
  59      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  60      * @param sg DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  63     {\r
  64         super();\r
  65         frame = new JInternalFrame();\r
  66         frame.setContentPane(this);\r
  67         Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);\r
  68 \r
  69         if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  70         {\r
  71             frame.setSize(450, 560);\r
  72         }\r
  73 \r
  74         if (sg != null)\r
  75         {\r
  76             frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + sg.getName() + ")");\r
  77         }\r
  78 \r
  79         colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
  80 \r
  81         this.ap = ap;\r
  82         seqGroup = sg;\r
  83 \r
  84         if (seqGroup != null)\r
  85         {\r
  86             oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  87         }\r
  88         else\r
  89         {\r
  90             oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  91         }\r
  92 \r
  93         if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
  94         {\r
  95               schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
  96         }\r
  97         for (int i = 0; i < 20; i++)\r
  98         {\r
  99             makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i]) +\r
 100                 "", ResidueProperties.aa[i]);\r
 101         }\r
 102 \r
 103         makeButton("B", "B");\r
 104         makeButton("Z", "Z");\r
 105         makeButton("X", "X");\r
 106         makeButton("Gap", "-");\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 115     {\r
 116         if (selectedButtons != null)\r
 117         {\r
 118           JButton button;\r
 119           for(int i=0; i<selectedButtons.size(); i++)\r
 120           {\r
 121             button = (JButton)selectedButtons.elementAt(i);\r
 122             button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 123             button.setForeground( button.getBackground().brighter().brighter().brighter());\r
 124           }\r
 125         }\r
 126     }\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * DOCUMENT ME!\r
 130      *\r
 131      * @param e DOCUMENT ME!\r
 132      */\r
 133     public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 134     {\r
 135       if(selectedButtons == null)\r
 136         selectedButtons = new Vector();\r
 137 \r
 138       JButton pressed = (JButton) e.getSource();\r
 139 \r
 140       if(e.isShiftDown())\r
 141       {\r
 142         JButton start = (JButton)selectedButtons.elementAt(selectedButtons.size()-1);\r
 143         JButton end = (JButton) e.getSource();\r
 144         int startIndex=0, endIndex=0;\r
 145         for(int b=0; b<buttonPanel.getComponentCount(); b++)\r
 146         {\r
 147           if(buttonPanel.getComponent(b)==start)\r
 148             startIndex = b;\r
 149           if(buttonPanel.getComponent(b)==end)\r
 150             endIndex = b;\r
 151         }\r
 152 \r
 153         if(startIndex > endIndex)\r
 154         {\r
 155           int temp = startIndex;\r
 156           startIndex = endIndex;\r
 157           endIndex = temp;\r
 158         }\r
 159 \r
 160         for(int b=startIndex; b<=endIndex; b++)\r
 161         {\r
 162           JButton button = (JButton)buttonPanel.getComponent(b);\r
 163           if(!selectedButtons.contains(button))\r
 164           {\r
 165             button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());\r
 166             selectedButtons.add(button);\r
 167           }\r
 168         }\r
 169       }\r
 170       else if(!e.isControlDown())\r
 171       {\r
 172         for(int b=0; b<selectedButtons.size(); b++)\r
 173         {\r
 174           JButton button = (JButton)selectedButtons.elementAt(b);\r
 175           button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());\r
 176         }\r
 177         selectedButtons.clear();\r
 178         pressed.setForeground( pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 179         selectedButtons.addElement(pressed);\r
 180 \r
 181       }\r
 182       else if(e.isControlDown())\r
 183       {\r
 184         if(selectedButtons.contains(pressed))\r
 185         {\r
 186           pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());\r
 187           selectedButtons.remove(pressed);\r
 188         }\r
 189         else\r
 190         {\r
 191           pressed.setForeground( pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 192           selectedButtons.addElement(pressed);\r
 193         }\r
 194       }\r
 195 \r
 196       if(selectedButtons.size()>0)\r
 197       colorChooser.setColor( ((JButton)selectedButtons.elementAt(0)).getBackground());\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      *\r
 203      * @param label DOCUMENT ME!\r
 204      * @param aa DOCUMENT ME!\r
 205      */\r
 206     void makeButton(String label, String aa)\r
 207     {\r
 208         final JButton button = new JButton();\r
 209         Color col = Color.white;\r
 210 \r
 211         try\r
 212         {\r
 213             col = oldColourScheme.findColour(aa, -1);\r
 214         }\r
 215         catch (Exception ex)\r
 216         {\r
 217         //  ex.printStackTrace();\r
 218         }\r
 219 \r
 220         button.setBackground(col);\r
 221         button.setText(label);\r
 222         button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 223         button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));\r
 224         button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 225             {\r
 226                 public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 227                 {\r
 228                     colourButtonPressed(e);\r
 229                 }\r
 230             });\r
 231 \r
 232         buttonPanel.add(button, null);\r
 233     }\r
 234 \r
 235     /**\r
 236      * DOCUMENT ME!\r
 237      *\r
 238      * @param e DOCUMENT ME!\r
 239      */\r
 240     protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 241     {\r
 242         applyButton_actionPerformed(null);\r
 243 \r
 244         try\r
 245         {\r
 246             frame.setClosed(true);\r
 247         }\r
 248         catch (Exception ex)\r
 249         {\r
 250         }\r
 251     }\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * DOCUMENT ME!\r
 255      *\r
 256      * @param e DOCUMENT ME!\r
 257      */\r
 258     protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 259     {\r
 260         UserColourScheme ucs = getSchemeFromGUI();\r
 261         ucs.setName(schemeName.getText());\r
 262 \r
 263         if (seqGroup != null)\r
 264         {\r
 265             seqGroup.cs = ucs;\r
 266             ap.repaint();\r
 267         }\r
 268         else\r
 269         {\r
 270             ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 271         }\r
 272     }\r
 273 \r
 274     UserColourScheme getSchemeFromGUI()\r
 275     {\r
 276       Color[] newColours = new Color[24];\r
 277 \r
 278       for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 279       {\r
 280         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 281         newColours[i] = button.getBackground();\r
 282       }\r
 283 \r
 284       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 285       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 286 \r
 287       return ucs;\r
 288     }\r
 289 \r
 290 \r
 291 \r
 292     /**\r
 293      * DOCUMENT ME!\r
 294      *\r
 295      * @param e DOCUMENT ME!\r
 296      */\r
 297     protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 298     {\r
 299         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 300                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" },\r
 301                 new String[] { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");\r
 302         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 303         chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");\r
 304         chooser.setToolTipText("Load");\r
 305 \r
 306         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 307 \r
 308         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 309         {\r
 310             File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 311             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 312             String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 313                 choice.getPath());\r
 314             if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)\r
 315               defaultColours = defaultColours.concat("|").concat(choice.getPath());\r
 316 \r
 317             jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 318 \r
 319 \r
 320             UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 321             Color[] colors = ucs.getColours();\r
 322             schemeName.setText(ucs.getName());\r
 323 \r
 324             for (int i = 0; i < colors.length; i++)\r
 325             {\r
 326                 JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 327                 button.setBackground(colors[i]);\r
 328             }\r
 329         }\r
 330     }\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      * DOCUMENT ME!\r
 334      *\r
 335      * @return DOCUMENT ME!\r
 336      */\r
 337     public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 338     {\r
 339         String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 340         if ( colours != null)\r
 341         {\r
 342           if(colours.indexOf("|")>-1)\r
 343             colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));\r
 344 \r
 345             return loadColours(colours);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349           Color[] newColours = new Color[24];\r
 350           for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 351           {\r
 352             newColours[i] = Color.white;\r
 353           }\r
 354           return new UserColourScheme(newColours);\r
 355         }\r
 356     }\r
 357 \r
 358     /**\r
 359      * DOCUMENT ME!\r
 360      *\r
 361      * @param file DOCUMENT ME!\r
 362      *\r
 363      * @return DOCUMENT ME!\r
 364      */\r
 365     public static UserColourScheme loadColours(String file)\r
 366     {\r
 367          UserColourScheme ucs = null;\r
 368          Color[]  newColours = null;\r
 369 \r
 370         try\r
 371         {\r
 372             InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 373                         file), "UTF-8");\r
 374 \r
 375             jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 376             jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);\r
 377 \r
 378             newColours = new Color[jucs.getColourCount()];\r
 379 \r
 380             for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 381             {\r
 382               newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(\r
 383                   jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 384             }\r
 385             if (newColours != null)\r
 386             {\r
 387               ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 388               ucs.setName( jucs.getSchemeName() );\r
 389             }\r
 390 \r
 391         }\r
 392         catch (Exception ex)\r
 393         {\r
 394             System.out.println("Error loading User ColourFile\n"+ex);\r
 395         }\r
 396 \r
 397 \r
 398        return ucs;\r
 399     }\r
 400 \r
 401     /**\r
 402      * DOCUMENT ME!\r
 403      *\r
 404      * @param e DOCUMENT ME!\r
 405      */\r
 406     protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 407     {\r
 408       if(schemeName.getText().trim().length()<1)\r
 409       {\r
 410         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 411                                               "User colour scheme must have a name!",\r
 412                                               "No name for colour scheme",\r
 413                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 414         return;\r
 415       }\r
 416 \r
 417       if(userColourSchemes!=null && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()) )\r
 418       {\r
 419         int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop, "Colour scheme "+schemeName.getText()+ " exists."\r
 420             +"\nContinue saving colour scheme as "+schemeName.getText()+"?",\r
 421            "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
 422         if(reply != JOptionPane.YES_OPTION)\r
 423           return;\r
 424 \r
 425          userColourSchemes.remove(schemeName.getText());\r
 426       }\r
 427         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 428                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" },\r
 429                 new String[] { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");\r
 430 \r
 431         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 432         chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 433         chooser.setToolTipText("Save");\r
 434 \r
 435         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 436 \r
 437         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 438         {\r
 439             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 440             String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault("USER_DEFINED_COLOURS", choice);\r
 441             if(defaultColours.indexOf(choice)==-1)\r
 442             {\r
 443               if(defaultColours.length()<1)\r
 444                 defaultColours = defaultColours.concat("|");\r
 445               defaultColours = defaultColours.concat(choice);\r
 446             }\r
 447 \r
 448             userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromGUI());\r
 449 \r
 450             ap.alignFrame.updateUserColourMenu();\r
 451 \r
 452             jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 453 \r
 454             jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 455             ucs.setSchemeName(schemeName.getText());\r
 456             try\r
 457             {\r
 458                 PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 459                             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 460 \r
 461                 for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 462                 {\r
 463                     JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 464                     jalview.binding.Colour col = new jalview.binding.Colour();\r
 465                     col.setName(button.getText());\r
 466                     col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(\r
 467                             button.getBackground()));\r
 468                     ucs.addColour(col);\r
 469                 }\r
 470 \r
 471                 ucs.marshal(out);\r
 472                 out.close();\r
 473             }\r
 474             catch (Exception ex)\r
 475             {\r
 476                 ex.printStackTrace();\r
 477             }\r
 478         }\r
 479     }\r
 480 \r
 481     /**\r
 482      * DOCUMENT ME!\r
 483      *\r
 484      * @param e DOCUMENT ME!\r
 485      */\r
 486     protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 487     {\r
 488         if (seqGroup != null)\r
 489         {\r
 490             seqGroup.cs = oldColourScheme;\r
 491         }\r
 492         else\r
 493         {\r
 494             ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);\r
 495         }\r
 496 \r
 497         ap.repaint();\r
 498 \r
 499         try\r
 500         {\r
 501             frame.setClosed(true);\r
 502         }\r
 503         catch (Exception ex)\r
 504         {\r
 505         }\r
 506     }\r
 507 \r
 508 \r
 509     static Hashtable userColourSchemes;\r
 510 \r
 511     public static Hashtable getUserColourSchemes()\r
 512     {\r
 513       return userColourSchemes;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     public static void initUserColourSchemes(String files)\r
 517     {\r
 518       userColourSchemes = new Hashtable();\r
 519 \r
 520       if(files==null)\r
 521         return;\r
 522 \r
 523       // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 524       // from the default list here.\r
 525       StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 526       StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");\r
 527       while (st.hasMoreElements())\r
 528       {\r
 529         String file = st.nextToken();\r
 530         try\r
 531         {\r
 532           UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 533           if (ucs != null)\r
 534           {\r
 535             if (coloursFound.length() > 0)\r
 536               coloursFound.append("|");\r
 537             coloursFound.append(file);\r
 538             userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 539           }\r
 540         }\r
 541         catch (Exception ex)\r
 542         {\r
 543           System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 544         }\r
 545       }\r
 546       if (!files.equals(coloursFound.toString()))\r
 547       {\r
 548         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound.toString());\r
 549       }\r
 550     }\r
 551 }\r