src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  26 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  28 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  29 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Font;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.MouseEvent;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileInputStream;
  38 import java.io.FileOutputStream;
  39 import java.io.InputStreamReader;
  40 import java.io.OutputStreamWriter;
  41 import java.io.PrintWriter;
  42 import java.util.Hashtable;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.Vector;
  45
  46 import javax.swing.JButton;
  47 import javax.swing.JInternalFrame;
  48 import javax.swing.JOptionPane;
  49 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  50 import javax.swing.event.ChangeListener;
  51
  52 /**
  53  * DOCUMENT ME!
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  59         ChangeListener
  60 {
  61   AlignmentPanel ap;
  62
  63   SequenceGroup seqGroup;
  64
  65   Vector selectedButtons;
  66
  67   ColourSchemeI oldColourScheme;
  68
  69   JInternalFrame frame;
  70
  71   JalviewStructureDisplayI jmol;
  72
  73   Vector upperCaseButtons;
  74
  75   Vector lowerCaseButtons;
  76
  77   /**
  78    * Creates a new UserDefinedColours object.
  79    *
  80    * @param ap
  81    *          DOCUMENT ME!
  82    * @param sg
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  86   {
  87     super();
  88
  89     lcaseColour.setEnabled(false);
  90
  91     this.ap = ap;
  92     seqGroup = sg;
  93
  94     if (seqGroup != null)
  95     {
  96       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  97     }
  98     else
  99     {
 100       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
 101     }
 102
 103     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 104     {
 105       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 106       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 107       {
 108         caseSensitive.setSelected(true);
 109         lcaseColour.setEnabled(true);
 110         resetButtonPanel(true);
 111       }
 112       else
 113       {
 114         resetButtonPanel(false);
 115       }
 116     }
 117     else
 118     {
 119       resetButtonPanel(false);
 120     }
 121
 122     showFrame();
 123   }
 124
 125   public UserDefinedColours(JalviewStructureDisplayI jmol, ColourSchemeI oldcs)
 126   {
 127     super();
 128     this.jmol = jmol;
 129
 130     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 131
 132     oldColourScheme = oldcs;
 133
 134     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 135     {
 136       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 137     }
 138
 139     resetButtonPanel(false);
 140
 141     showFrame();
 142
 143   }
 144
 145   void showFrame()
 146   {
 147     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 148     frame = new JInternalFrame();
 149     frame.setContentPane(this);
 150     Desktop.addInternalFrame(frame,
 151             MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), 720,
 152             370, true);
 153
 154     if (seqGroup != null)
 155     {
 156       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 157     }
 158
 159     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 160     {
 161       frame.setSize(760, 370);
 162     }
 163   }
 164
 165   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 166   {
 167     buttonPanel.removeAll();
 168
 169     if (upperCaseButtons == null)
 170     {
 171       upperCaseButtons = new Vector();
 172     }
 173
 174     JButton button;
 175     String label;
 176     for (int i = 0; i < 20; i++)
 177     {
 178       if (caseSensitive)
 179       {
 180         label = ResidueProperties.aa[i];
 181       }
 182       else
 183       {
 184         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 185                 .toString();
 186       }
 187
 188       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 189               i);
 190
 191       buttonPanel.add(button);
 192     }
 193
 194     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 195     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 196     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 197     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 198
 199     if (!caseSensitive)
 200     {
 201       gridLayout.setRows(6);
 202       gridLayout.setColumns(4);
 203     }
 204     else
 205     {
 206       gridLayout.setRows(7);
 207       int cols = 7;
 208       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 209
 210       if (lowerCaseButtons == null)
 211       {
 212         lowerCaseButtons = new Vector();
 213       }
 214
 215       for (int i = 0; i < 20; i++)
 216       {
 217         int row = i / cols + 1;
 218         int index = (row * cols) + i;
 219         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 220                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 221
 222         buttonPanel.add(button, index);
 223       }
 224     }
 225
 226     if (caseSensitive)
 227     {
 228       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 229       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 230       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 231     }
 232
 233     buttonPanel.validate();
 234     validate();
 235   }
 236
 237   /**
 238    * DOCUMENT ME!
 239    *
 240    * @param evt
 241    *          DOCUMENT ME!
 242    */
 243   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 244   {
 245     if (selectedButtons != null)
 246     {
 247       JButton button = null;
 248       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 249       {
 250         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 251         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 252         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 253                 .brighter());
 254       }
 255       if (button == lcaseColour)
 256       {
 257         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 258         {
 259           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 260           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 261           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 262                   .brighter());
 263         }
 264       }
 265     }
 266   }
 267
 268   /**
 269    * DOCUMENT ME!
 270    *
 271    * @param e
 272    *          DOCUMENT ME!
 273    */
 274   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 275   {
 276     if (selectedButtons == null)
 277     {
 278       selectedButtons = new Vector();
 279     }
 280
 281     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 282
 283     if (e.isShiftDown())
 284     {
 285       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 286       if (selectedButtons.size() > 0)
 287       {
 288         start = (JButton) selectedButtons
 289                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 290       }
 291       else
 292       {
 293         start = (JButton) e.getSource();
 294       }
 295
 296       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 297       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 298       {
 299         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 300         {
 301           startIndex = b;
 302         }
 303         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 304         {
 305           endIndex = b;
 306         }
 307       }
 308
 309       if (startIndex > endIndex)
 310       {
 311         int temp = startIndex;
 312         startIndex = endIndex;
 313         endIndex = temp;
 314       }
 315
 316       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 317       {
 318         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 319         if (!selectedButtons.contains(button))
 320         {
 321           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 322           selectedButtons.add(button);
 323         }
 324       }
 325     }
 326     else if (!e.isControlDown())
 327     {
 328       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 329       {
 330         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 331         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 332       }
 333       selectedButtons.clear();
 334       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 335       selectedButtons.addElement(pressed);
 336
 337     }
 338     else if (e.isControlDown())
 339     {
 340       if (selectedButtons.contains(pressed))
 341       {
 342         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 343         selectedButtons.remove(pressed);
 344       }
 345       else
 346       {
 347         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 348         selectedButtons.addElement(pressed);
 349       }
 350     }
 351
 352     if (selectedButtons.size() > 0)
 353     {
 354       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 355               .getBackground());
 356     }
 357   }
 358
 359   /**
 360    * DOCUMENT ME!
 361    *
 362    * @param label
 363    *          DOCUMENT ME!
 364    * @param aa
 365    *          DOCUMENT ME!
 366    */
 367   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 368           int buttonIndex)
 369   {
 370     final JButton button;
 371     Color col;
 372
 373     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 374     {
 375       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 376       col = button.getBackground();
 377     }
 378     else
 379     {
 380       button = new JButton();
 381       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 382       {
 383         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 384         {
 385           colourButtonPressed(e);
 386         }
 387       });
 388
 389       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 390
 391       col = Color.white;
 392       if (oldColourScheme != null)
 393       {
 394         try
 395         {
 396           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1, null);
 397         } catch (Exception ex)
 398         {
 399         }
 400       }
 401     }
 402
 403     if (caseSensitive.isSelected())
 404     {
 405       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 406     }
 407     else
 408     {
 409       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 410     }
 411
 412     button.setBackground(col);
 413     button.setText(label);
 414     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 415     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 416
 417     return button;
 418   }
 419
 420   /**
 421    * DOCUMENT ME!
 422    *
 423    * @param e
 424    *          DOCUMENT ME!
 425    */
 426   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 427   {
 428     applyButton_actionPerformed(null);
 429
 430     try
 431     {
 432       frame.setClosed(true);
 433     } catch (Exception ex)
 434     {
 435     }
 436   }
 437
 438   /**
 439    * DOCUMENT ME!
 440    *
 441    * @param e
 442    *          DOCUMENT ME!
 443    */
 444   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 445   {
 446     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 447     ucs.setName(schemeName.getText());
 448
 449     if (seqGroup != null)
 450     {
 451       seqGroup.cs = ucs;
 452       ap.paintAlignment(true);
 453     }
 454     else if (ap != null)
 455     {
 456       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 457     }
 458     else if (jmol != null)
 459     {
 460       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 461     }
 462   }
 463
 464   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 465   {
 466
 467     Color[] newColours = new Color[24];
 468
 469     for (int i = 0; i < 24; i++)
 470     {
 471       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 472       newColours[i] = button.getBackground();
 473     }
 474
 475     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 476
 477     if (caseSensitive.isSelected())
 478     {
 479       newColours = new Color[23];
 480       for (int i = 0; i < 23; i++)
 481       {
 482         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 483         newColours[i] = button.getBackground();
 484       }
 485       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 486     }
 487
 488     if (ap != null)
 489     {
 490       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 491     }
 492
 493     return ucs;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * DOCUMENT ME!
 498    *
 499    * @param e
 500    *          DOCUMENT ME!
 501    */
 502   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 503   {
 504     upperCaseButtons = new Vector();
 505     lowerCaseButtons = new Vector();
 506
 507     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 508             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 509             { "jc" }, new String[]
 510             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 511     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 512     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 513             .getString("label.load_colour_scheme"));
 514     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 515
 516     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 517
 518     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 519     {
 520       File choice = chooser.getSelectedFile();
 521       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 522       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 523               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 524       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 525       {
 526         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 527                 .concat(choice.getPath());
 528       }
 529
 530       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 531
 532       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 533       Color[] colors = ucs.getColours();
 534       schemeName.setText(ucs.getName());
 535
 536       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 537       {
 538         caseSensitive.setSelected(true);
 539         lcaseColour.setEnabled(true);
 540         resetButtonPanel(true);
 541         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 542         {
 543           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 544           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 545         }
 546
 547       }
 548       else
 549       {
 550         caseSensitive.setSelected(false);
 551         lcaseColour.setEnabled(false);
 552         resetButtonPanel(false);
 553       }
 554
 555       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 556       {
 557         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 558         button.setBackground(colors[i]);
 559       }
 560
 561     }
 562   }
 563
 564   /**
 565    * DOCUMENT ME!
 566    *
 567    * @return DOCUMENT ME!
 568    */
 569   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 570   {
 571     UserColourScheme ret = null;
 572
 573     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 574     if (colours != null)
 575     {
 576       if (colours.indexOf("|") > -1)
 577       {
 578         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 579       }
 580
 581       ret = loadColours(colours);
 582     }
 583
 584     if (ret == null)
 585     {
 586       Color[] newColours = new Color[24];
 587       for (int i = 0; i < 24; i++)
 588       {
 589         newColours[i] = Color.white;
 590       }
 591       ret = new UserColourScheme(newColours);
 592     }
 593
 594     return ret;
 595   }
 596
 597   /**
 598    * DOCUMENT ME!
 599    *
 600    * @param file
 601    *          DOCUMENT ME!
 602    *
 603    * @return DOCUMENT ME!
 604    */
 605   static UserColourScheme loadColours(String file)
 606   {
 607     UserColourScheme ucs = null;
 608     Color[] newColours = null;
 609     try
 610     {
 611       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 612               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 613
 614       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 615
 616       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 617               jucs);
 618       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 619               .unmarshal(in);
 620
 621       newColours = new Color[24];
 622
 623       Color[] lowerCase = null;
 624       boolean caseSensitive = false;
 625
 626       String name;
 627       int index;
 628       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 629       {
 630         name = jucs.getColour(i).getName();
 631         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 632         {
 633           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 634                   .intValue();
 635         }
 636         else
 637         {
 638           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 639         }
 640         if (index == -1)
 641         {
 642           continue;
 643         }
 644
 645         if (name.toLowerCase().equals(name))
 646         {
 647           if (lowerCase == null)
 648           {
 649             lowerCase = new Color[23];
 650           }
 651           caseSensitive = true;
 652           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 653                   .getRGB(), 16));
 654         }
 655         else
 656         {
 657           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 658                   .getRGB(), 16));
 659         }
 660       }
 661
 662       if (newColours != null)
 663       {
 664         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 665         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 666         if (caseSensitive)
 667         {
 668           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 669         }
 670       }
 671
 672     } catch (Exception ex)
 673     {
 674       // Could be Archive Jalview format
 675       try
 676       {
 677         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 678                 file), "UTF-8");
 679
 680         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 681
 682         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 683
 684         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 685
 686         for (int i = 0; i < 24; i++)
 687         {
 688           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 689                   .getRGB(), 16));
 690         }
 691         if (newColours != null)
 692         {
 693           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 694           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 695         }
 696       } catch (Exception ex2)
 697       {
 698         ex2.printStackTrace();
 699       }
 700
 701       if (newColours == null)
 702       {
 703         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 704       }
 705     }
 706
 707     return ucs;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * DOCUMENT ME!
 712    *
 713    * @param e
 714    *          DOCUMENT ME!
 715    */
 716   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 717   {
 718     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 719     {
 720       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 721               .getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 722               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"),
 723               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 724       return;
 725     }
 726
 727     if (userColourSchemes != null
 728             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 729     {
 730       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 731               MessageManager.formatMessage(
 732                       "label.colour_scheme_exists_overwrite", new String[]
 733                       { schemeName.getText(), schemeName.getText() }),
 734               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"),
 735               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 736       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 737       {
 738         return;
 739       }
 740
 741       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 742     }
 743     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 744             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 745             { "jc" }, new String[]
 746             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 747
 748     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 749     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 750     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 751
 752     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 753
 754     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 755     {
 756       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 757       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 758               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 759       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 760       {
 761         if (defaultColours.length() > 0)
 762         {
 763           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 764         }
 765         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 766       }
 767
 768       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 769
 770       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 771
 772       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 773
 774       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 775
 776       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 777       try
 778       {
 779         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 780                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 781
 782         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 783         {
 784           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 785           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 786           col.setName(button.getText());
 787           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 788                   .getBackground()));
 789           ucs.addColour(col);
 790         }
 791
 792         ucs.marshal(out);
 793         out.close();
 794       } catch (Exception ex)
 795       {
 796         ex.printStackTrace();
 797       }
 798     }
 799   }
 800
 801   /**
 802    * DOCUMENT ME!
 803    *
 804    * @param e
 805    *          DOCUMENT ME!
 806    */
 807   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 808   {
 809     if (ap != null)
 810     {
 811       if (seqGroup != null)
 812       {
 813         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 814       }
 815       else if (ap != null)
 816       {
 817         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 818       }
 819       ap.paintAlignment(true);
 820     }
 821
 822     if (jmol != null)
 823     {
 824       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 825     }
 826
 827     try
 828     {
 829       frame.setClosed(true);
 830     } catch (Exception ex)
 831     {
 832     }
 833   }
 834
 835   static Hashtable userColourSchemes;
 836
 837   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 838   {
 839     return userColourSchemes;
 840   }
 841
 842   public static void initUserColourSchemes(String files)
 843   {
 844     userColourSchemes = new Hashtable();
 845
 846     if (files == null || files.length() == 0)
 847     {
 848       return;
 849     }
 850
 851     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 852     // from the default list here.
 853     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 854     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 855     while (st.hasMoreElements())
 856     {
 857       String file = st.nextToken();
 858       try
 859       {
 860         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 861         if (ucs != null)
 862         {
 863           if (coloursFound.length() > 0)
 864           {
 865             coloursFound.append("|");
 866           }
 867           coloursFound.append(file);
 868           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 869         }
 870       } catch (Exception ex)
 871       {
 872         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 873       }
 874     }
 875     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 876     {
 877       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 878       {
 879         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 880                 coloursFound.toString());
 881       }
 882       else
 883       {
 884         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 885                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 886       }
 887     }
 888   }
 889
 890   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 891   {
 892     // The only way to find colours by name is to load them in
 893     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 894     // from the default list here.
 895
 896     userColourSchemes = new Hashtable();
 897
 898     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 899     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 900             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 901
 902     while (st.hasMoreElements())
 903     {
 904       String file = st.nextToken();
 905       try
 906       {
 907         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 908         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 909         {
 910           if (coloursFound.length() > 0)
 911           {
 912             coloursFound.append("|");
 913           }
 914           coloursFound.append(file);
 915           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 916         }
 917       } catch (Exception ex)
 918       {
 919         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 920       }
 921     }
 922
 923     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 924     {
 925       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 926               coloursFound.toString());
 927     }
 928     else
 929     {
 930       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 931               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 932     }
 933
 934   }
 935
 936   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 937   {
 938     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 939     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 940   }
 941
 942   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 943   {
 944     if (selectedButtons == null)
 945     {
 946       selectedButtons = new Vector();
 947     }
 948     else
 949     {
 950       selectedButtons.clear();
 951     }
 952     selectedButtons.add(lcaseColour);
 953   }
 954
 955 }