src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  27 import jalview.io.JalviewFileView;
  28 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  29 import jalview.schemabinding.version2.Colour;
  30 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  35 import jalview.util.ColorUtils;
  36 import jalview.util.Format;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Insets;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.MouseAdapter;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.io.File;
  46 import java.io.FileOutputStream;
  47 import java.io.OutputStreamWriter;
  48 import java.io.PrintWriter;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.List;
  51
  52 import javax.swing.JButton;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  55 import javax.swing.event.ChangeListener;
  56
  57 /**
  58  * This panel allows the user to assign colours to Amino Acid residue codes, and
  59  * save the colour scheme.
  60  *
  61  * @author Andrew Waterhouse
  62  * @author Mungo Carstairs
  63  */
  64 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  65         ChangeListener
  66 {
  67   private static final Font VERDANA_BOLD_10 = new Font("Verdana", Font.BOLD, 10);
  68
  69   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
  70
  71   private static final String LAST_DIRECTORY = "LAST_DIRECTORY";
  72
  73   private static final int MY_FRAME_HEIGHT = 420;
  74
  75   private static final int MY_FRAME_WIDTH = 810;
  76
  77   private static final int MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE = 970;
  78
  79   AlignmentPanel ap;
  80
  81   SequenceGroup seqGroup;
  82
  83   List<JButton> selectedButtons;
  84
  85   ColourSchemeI oldColourScheme;
  86
  87   JInternalFrame frame;
  88
  89   JalviewStructureDisplayI structureViewer;
  90
  91   List<JButton> upperCaseButtons;
  92
  93   List<JButton> lowerCaseButtons;
  94
  95   /**
  96    * Creates a new UserDefinedColours object.
  97    *
  98    * @param ap
  99    * @param sg
 100    */
 101   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
 102   {
 103     super();
 104
 105     lcaseColour.setEnabled(false);
 106
 107     this.ap = ap;
 108     seqGroup = sg;
 109
 110     if (seqGroup != null)
 111     {
 112       oldColourScheme = seqGroup.cs;
 113     }
 114     else
 115     {
 116       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
 117     }
 118
 119     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 120     {
 121       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getSchemeName());
 122       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 123       {
 124         caseSensitive.setSelected(true);
 125         lcaseColour.setEnabled(true);
 126         resetButtonPanel(true);
 127       }
 128       else
 129       {
 130         resetButtonPanel(false);
 131       }
 132     }
 133     else
 134     {
 135       resetButtonPanel(false);
 136     }
 137
 138     showFrame();
 139   }
 140
 141   public UserDefinedColours(JalviewStructureDisplayI viewer,
 142           ColourSchemeI oldcs)
 143   {
 144     super();
 145     this.structureViewer = viewer;
 146
 147     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 148
 149     oldColourScheme = oldcs;
 150
 151     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 152     {
 153       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getSchemeName());
 154     }
 155
 156     resetButtonPanel(false);
 157
 158     showFrame();
 159
 160   }
 161
 162   void showFrame()
 163   {
 164     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 165     frame = new JInternalFrame();
 166     frame.setContentPane(this);
 167     Desktop.addInternalFrame(frame,
 168             MessageManager.getString("label.user_defined_colours"),
 169             MY_FRAME_WIDTH, MY_FRAME_HEIGHT, true);
 170
 171     if (seqGroup != null)
 172     {
 173       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 174     }
 175   }
 176
 177   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 178   {
 179     buttonPanel.removeAll();
 180
 181     if (upperCaseButtons == null)
 182     {
 183       upperCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 184     }
 185
 186     JButton button;
 187     String label;
 188     for (int i = 0; i < 20; i++)
 189     {
 190       if (caseSensitive)
 191       {
 192         label = ResidueProperties.aa[i];
 193       }
 194       else
 195       {
 196         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 197                 .toString();
 198       }
 199
 200       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 201               i);
 202
 203       buttonPanel.add(button);
 204     }
 205
 206     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 207     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 208     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 209     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 210
 211     if (!caseSensitive)
 212     {
 213       gridLayout.setRows(6);
 214       gridLayout.setColumns(4);
 215     }
 216     else
 217     {
 218       gridLayout.setRows(7);
 219       int cols = 7;
 220       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 221
 222       if (lowerCaseButtons == null)
 223       {
 224         lowerCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 225       }
 226
 227       for (int i = 0; i < 20; i++)
 228       {
 229         int row = i / cols + 1;
 230         int index = (row * cols) + i;
 231         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 232                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 233
 234         buttonPanel.add(button, index);
 235       }
 236     }
 237
 238     if (caseSensitive)
 239     {
 240       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 241       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 242       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 243     }
 244
 245     // JAL-1360 widen the frame dynamically to accommodate case-sensitive AA
 246     // codes
 247     if (this.frame != null)
 248     {
 249       int newWidth = caseSensitive ? MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE
 250               : MY_FRAME_WIDTH;
 251       this.frame.setSize(newWidth, this.frame.getHeight());
 252     }
 253
 254     buttonPanel.validate();
 255     validate();
 256   }
 257
 258   /**
 259    * DOCUMENT ME!
 260    *
 261    * @param evt
 262    *          DOCUMENT ME!
 263    */
 264   @Override
 265   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 266   {
 267     if (selectedButtons != null)
 268     {
 269       JButton button = null;
 270       final Color newColour = colorChooser.getColor();
 271       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 272       {
 273         button = selectedButtons.get(i);
 274         button.setBackground(newColour);
 275         button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(newColour));
 276       }
 277       if (button == lcaseColour)
 278       {
 279         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 280         {
 281           button = lowerCaseButtons.get(i);
 282           button.setBackground(newColour);
 283           button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(button
 284                   .getBackground()));
 285         }
 286       }
 287     }
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Performs actions when a residue button is clicked. This manages the button
 292    * selection set (highlighted by brighter foreground text).
 293    * <p>
 294    * On select button(s) with Ctrl/click or Shift/click: set button foreground
 295    * text to brighter than background.
 296    * <p>
 297    * On unselect button(s) with Ctrl/click on selected, or click to release
 298    * current selection: reset foreground text to darker than background.
 299    * <p>
 300    * Simple click: clear selection (resetting foreground to darker); set clicked
 301    * button foreground to brighter
 302    * <p>
 303    * Finally, synchronize the colour chooser to the colour of the first button
 304    * in the selected set.
 305    *
 306    * @param e
 307    */
 308   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 309   {
 310     if (selectedButtons == null)
 311     {
 312       selectedButtons = new ArrayList<JButton>();
 313     }
 314
 315     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 316
 317     if (e.isShiftDown())
 318     {
 319       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 320       if (selectedButtons.size() > 0)
 321       {
 322         start = selectedButtons.get(selectedButtons.size() - 1);
 323       }
 324       else
 325       {
 326         start = (JButton) e.getSource();
 327       }
 328
 329       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 330       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 331       {
 332         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 333         {
 334           startIndex = b;
 335         }
 336         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 337         {
 338           endIndex = b;
 339         }
 340       }
 341
 342       if (startIndex > endIndex)
 343       {
 344         int temp = startIndex;
 345         startIndex = endIndex;
 346         endIndex = temp;
 347       }
 348
 349       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 350       {
 351         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 352         if (!selectedButtons.contains(button))
 353         {
 354           button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(button
 355                   .getBackground()));
 356           selectedButtons.add(button);
 357         }
 358       }
 359     }
 360     else if (!e.isControlDown())
 361     {
 362       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 363       {
 364         JButton button = selectedButtons.get(b);
 365         button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(button.getBackground()));
 366       }
 367       selectedButtons.clear();
 368       pressed.setForeground(ColorUtils.brighterThan(pressed.getBackground()));
 369       selectedButtons.add(pressed);
 370
 371     }
 372     else if (e.isControlDown())
 373     {
 374       if (selectedButtons.contains(pressed))
 375       {
 376         pressed.setForeground(ColorUtils.darkerThan(pressed.getBackground()));
 377         selectedButtons.remove(pressed);
 378       }
 379       else
 380       {
 381         pressed.setForeground(ColorUtils.brighterThan(pressed
 382                 .getBackground()));
 383         selectedButtons.add(pressed);
 384       }
 385     }
 386
 387     if (selectedButtons.size() > 0)
 388     {
 389       colorChooser.setColor((selectedButtons.get(0)).getBackground());
 390     }
 391   }
 392
 393   /**
 394    * A helper method to update or make a colour button, whose background colour
 395    * is the associated colour, and text colour a darker shade of the same. If
 396    * the button is already in the list, then its text and margins are updated,
 397    * if not then it is created and added. This method supports toggling between
 398    * case-sensitive and case-insensitive button panels. The case-sensitive
 399    * version has abbreviated button text in order to fit in more buttons.
 400    *
 401    * @param label
 402    * @param residue
 403    * @param the
 404    *          list of buttons
 405    * @param buttonIndex
 406    *          the button's position in the list
 407    */
 408   JButton makeButton(String label, String residue,
 409           List<JButton> buttons, int buttonIndex)
 410   {
 411     final JButton button;
 412     Color col;
 413
 414     if (buttonIndex < buttons.size())
 415     {
 416       button = buttons.get(buttonIndex);
 417       col = button.getBackground();
 418     }
 419     else
 420     {
 421       button = new JButton();
 422       button.addMouseListener(new MouseAdapter()
 423       {
 424         @Override
 425         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 426         {
 427           colourButtonPressed(e);
 428         }
 429       });
 430
 431       buttons.add(button);
 432
 433       col = Color.white;
 434       if (oldColourScheme != null)
 435       {
 436         try
 437         {
 438           col = oldColourScheme.findColour(residue.charAt(0), -1, null);
 439         } catch (Exception ex)
 440         {
 441         }
 442       }
 443     }
 444
 445     if (caseSensitive.isSelected())
 446     {
 447       button.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));
 448     }
 449     else
 450     {
 451       button.setMargin(new Insets(2, 14, 2, 14));
 452     }
 453
 454     button.setOpaque(true); // required for the next line to have effect
 455     button.setBackground(col);
 456     button.setText(label);
 457     button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(col));
 458     button.setFont(VERDANA_BOLD_10);
 459
 460     return button;
 461   }
 462
 463   /**
 464    * On 'OK', check that at least one colour has been assigned to a residue (and
 465    * if not issue a warning), and apply the chosen colour scheme and close the
 466    * panel.
 467    */
 468   @Override
 469   protected void okButton_actionPerformed()
 470   {
 471     if (isNoSelectionMade())
 472     {
 473       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 474               .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 475               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 476               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 477     }
 478     else
 479     {
 480       applyButton_actionPerformed();
 481
 482       try
 483       {
 484         frame.setClosed(true);
 485       } catch (Exception ex)
 486       {
 487       }
 488     }
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Returns true if the user has not made any colour selection (including if
 493    * 'case-sensitive' selected and no lower-case colour chosen).
 494    *
 495    * @return
 496    */
 497   protected boolean isNoSelectionMade()
 498   {
 499     final boolean noUpperCaseSelected = upperCaseButtons == null
 500             || upperCaseButtons.isEmpty();
 501     final boolean noLowerCaseSelected = caseSensitive.isSelected()
 502             && (lowerCaseButtons == null || lowerCaseButtons.isEmpty());
 503     final boolean noSelectionMade = noUpperCaseSelected
 504             || noLowerCaseSelected;
 505     return noSelectionMade;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Applies the current colour scheme to the alignment, sequence group or
 510    * structure view.
 511    */
 512   @Override
 513   protected void applyButton_actionPerformed()
 514   {
 515     if (isNoSelectionMade())
 516     {
 517       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 518               .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 519               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 520               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 521
 522     }
 523     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 524
 525     if (seqGroup != null)
 526     {
 527       seqGroup.cs = ucs;
 528       ap.paintAlignment(true);
 529     }
 530     else if (ap != null)
 531     {
 532       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 533     }
 534     else if (structureViewer != null)
 535     {
 536       structureViewer.setJalviewColourScheme(ucs);
 537     }
 538   }
 539
 540   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 541   {
 542
 543     Color[] newColours = new Color[24];
 544
 545     int length = upperCaseButtons.size();
 546     if (length < 24)
 547     {
 548       int i = 0;
 549       for (JButton btn : upperCaseButtons)
 550       {
 551         newColours[i] = btn.getBackground();
 552         i++;
 553       }
 554     }
 555     else
 556     {
 557       for (int i = 0; i < 24; i++)
 558       {
 559         JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 560         newColours[i] = button.getBackground();
 561       }
 562     }
 563
 564     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 565     ucs.setName(schemeName.getText());
 566
 567     if (caseSensitive.isSelected())
 568     {
 569       newColours = new Color[23];
 570       length = lowerCaseButtons.size();
 571       if (length < 23)
 572       {
 573         int i = 0;
 574         for (JButton btn : lowerCaseButtons)
 575         {
 576           newColours[i] = btn.getBackground();
 577           i++;
 578         }
 579       }
 580       else
 581       {
 582         for (int i = 0; i < 23; i++)
 583         {
 584           JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 585           newColours[i] = button.getBackground();
 586         }
 587       }
 588       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 589     }
 590
 591     if (ap != null)
 592     {
 593       ucs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 594     }
 595
 596     return ucs;
 597   }
 598
 599   /**
 600    * DOCUMENT ME!
 601    *
 602    * @param e
 603    *          DOCUMENT ME!
 604    */
 605   @Override
 606   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 607   {
 608     upperCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 609     lowerCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 610
 611     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 612             Cache.getProperty(LAST_DIRECTORY), "jc", "Jalview User Colours");
 613     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 614     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 615             .getString("label.load_colour_scheme"));
 616     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 617
 618     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 619
 620     if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 621     {
 622       return;
 623     }
 624     File choice = chooser.getSelectedFile();
 625     Cache.setProperty(LAST_DIRECTORY, choice.getParent());
 626
 627     UserColourScheme ucs = ColourSchemes.loadColourScheme(choice.getAbsolutePath());
 628     Color[] colors = ucs.getColours();
 629     schemeName.setText(ucs.getSchemeName());
 630
 631     if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 632     {
 633       caseSensitive.setSelected(true);
 634       lcaseColour.setEnabled(true);
 635       resetButtonPanel(true);
 636       for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 637       {
 638         JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 639         button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 640       }
 641     }
 642     else
 643     {
 644       caseSensitive.setSelected(false);
 645       lcaseColour.setEnabled(false);
 646       resetButtonPanel(false);
 647     }
 648
 649     for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 650     {
 651       JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 652       button.setBackground(colors[i]);
 653     }
 654
 655     addNewColourScheme(choice.getPath());
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Loads the user-defined colour scheme from the first file listed in property
 660    * "USER_DEFINED_COLOURS". If this fails, returns an all-white colour scheme.
 661    *
 662    * @return
 663    */
 664   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 665   {
 666     UserColourScheme ret = null;
 667
 668     String colours = Cache.getProperty(USER_DEFINED_COLOURS);
 669     if (colours != null)
 670     {
 671       if (colours.indexOf("|") > -1)
 672       {
 673         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 674       }
 675       ret = ColourSchemes.loadColourScheme(colours);
 676     }
 677
 678     if (ret == null)
 679     {
 680       ret = new UserColourScheme("white");
 681     }
 682
 683     return ret;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * DOCUMENT ME!
 688    *
 689    * @param e
 690    *          DOCUMENT ME!
 691    */
 692   @Override
 693   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 694   {
 695     String name = schemeName.getText().trim();
 696     if (name.length() < 1)
 697     {
 698       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 699               .getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 700               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"),
 701               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 702       return;
 703     }
 704
 705     if (ColourSchemes.getInstance().nameExists(name))
 706     {
 707       int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 708               MessageManager.formatMessage(
 709                       "label.colour_scheme_exists_overwrite", new Object[] {
 710                           name, name }),
 711               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"),
 712               JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 713       if (reply != JvOptionPane.YES_OPTION)
 714       {
 715         return;
 716       }
 717       ColourSchemes.getInstance().removeColourScheme(name);
 718     }
 719     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 720             Cache.getProperty(LAST_DIRECTORY), "jc",
 721             "Jalview User Colours");
 722
 723     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 724     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 725             .getString("label.save_colour_scheme"));
 726     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 727
 728     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 729
 730     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 731     {
 732       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 733       addNewColourScheme(choice);
 734       saveToFile(choice);
 735     }
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Adds the current colour scheme to the Jalview properties file so it is
 740    * loaded on next startup, and updates the Colour menu in the parent
 741    * AlignFrame (if there is one). Note this action does not including applying
 742    * the colour scheme.
 743    *
 744    * @param filePath
 745    */
 746   protected void addNewColourScheme(String filePath)
 747   {
 748     /*
 749      * update the delimited list of user defined colour files in
 750      * Jalview property USER_DEFINED_COLOURS
 751      */
 752     String defaultColours = Cache
 753             .getDefault(USER_DEFINED_COLOURS, filePath);
 754     if (defaultColours.indexOf(filePath) == -1)
 755     {
 756       if (defaultColours.length() > 0)
 757       {
 758         defaultColours = defaultColours.concat("|");
 759       }
 760       defaultColours = defaultColours.concat(filePath);
 761     }
 762     Cache.setProperty(USER_DEFINED_COLOURS, defaultColours);
 763
 764     /*
 765      * construct and register the colour scheme
 766      */
 767     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 768     ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
 769
 770     /*
 771      * update the Colour menu items
 772      */
 773     if (ap != null)
 774     {
 775       ap.alignFrame.buildColourMenu();
 776     }
 777   }
 778
 779   /**
 780    * Saves the colour scheme to file in XML format
 781    *
 782    * @param filePath
 783    */
 784   protected void saveToFile(String filePath)
 785   {
 786     /*
 787      * build a Java model of colour scheme as XML, and
 788      * marshal to file
 789      */
 790     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 791     ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 792     try
 793     {
 794       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 795               new FileOutputStream(filePath), "UTF-8"));
 796
 797       for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 798       {
 799         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 800         Colour col = new Colour();
 801         col.setName(button.getText());
 802         col.setRGB(Format.getHexString(button.getBackground()));
 803         ucs.addColour(col);
 804       }
 805       ucs.marshal(out);
 806       out.close();
 807     } catch (Exception ex)
 808     {
 809       ex.printStackTrace();
 810     }
 811   }
 812
 813   /**
 814    * On cancel, restores the colour scheme before the dialogue was opened
 815    *
 816    * @param e
 817    */
 818   @Override
 819   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 820   {
 821     if (ap != null)
 822     {
 823       if (seqGroup != null)
 824       {
 825         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 826       }
 827       else
 828       {
 829         ap.alignFrame.changeColour(oldColourScheme);
 830       }
 831       ap.paintAlignment(true);
 832     }
 833
 834     if (structureViewer != null)
 835     {
 836       structureViewer.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 837     }
 838
 839     try
 840     {
 841       frame.setClosed(true);
 842     } catch (Exception ex)
 843     {
 844     }
 845   }
 846
 847   @Override
 848   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 849   {
 850     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 851     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 856   {
 857     if (selectedButtons == null)
 858     {
 859       selectedButtons = new ArrayList<JButton>();
 860     }
 861     else
 862     {
 863       selectedButtons.clear();
 864     }
 865     selectedButtons.add(lcaseColour);
 866   }
 867 }