src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GWebserviceInfo;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.ws.WSClientI;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Graphics2D;
  32 import java.awt.GridLayout;
  33 import java.awt.Image;
  34 import java.awt.MediaTracker;
  35 import java.awt.RenderingHints;
  36 import java.awt.event.ActionEvent;
  37 import java.awt.image.BufferedImage;
  38 import java.util.Vector;
  39
  40 import javax.swing.JComponent;
  41 import javax.swing.JEditorPane;
  42 import javax.swing.JInternalFrame;
  43 import javax.swing.JPanel;
  44 import javax.swing.JScrollPane;
  45 import javax.swing.JTabbedPane;
  46 import javax.swing.JTextArea;
  47 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  48 import javax.swing.event.HyperlinkListener;
  49 import javax.swing.text.html.HTMLEditorKit;
  50 import javax.swing.text.html.StyleSheet;
  51
  52 /**
  53  * Base class for web service client thread and gui TODO: create StAX parser to
  54  * extract html body content reliably when preparing html formatted job statuses
  55  *
  56  * @author $author$
  57  * @version $Revision$
  58  */
  59 public class WebserviceInfo extends GWebserviceInfo
  60         implements HyperlinkListener, IProgressIndicator
  61 {
  62
  63   /** Job is Queued */
  64   public static final int STATE_QUEUING = 0;
  65
  66   /** Job is Running */
  67   public static final int STATE_RUNNING = 1;
  68
  69   /** Job has finished with no errors */
  70   public static final int STATE_STOPPED_OK = 2;
  71
  72   /** Job has been cancelled with no errors */
  73   public static final int STATE_CANCELLED_OK = 3;
  74
  75   /** job has stopped because of some error */
  76   public static final int STATE_STOPPED_ERROR = 4;
  77
  78   /** job has failed because of some unavoidable service interruption */
  79   public static final int STATE_STOPPED_SERVERERROR = 5;
  80
  81   int currentStatus = STATE_QUEUING;
  82
  83   Image image;
  84
  85   float angle = 0f;
  86
  87   String title = "";
  88
  89   jalview.ws.WSClientI thisService;
  90
  91   boolean serviceIsCancellable;
  92
  93   JInternalFrame frame;
  94
  95   private IProgressIndicator progressBar;
  96
  97   @Override
  98   public void setVisible(boolean aFlag)
  99   {
 100     super.setVisible(aFlag);
 101     frame.setVisible(aFlag);
 102   };
 103
 104   JTabbedPane subjobs = null;
 105
 106   java.util.Vector jobPanes = null;
 107
 108   private boolean serviceCanMergeResults = false;
 109
 110   private boolean viewResultsImmediatly = true;
 111
 112   /**
 113    * Get
 114    *
 115    * @param flag
 116    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 117    *          they are available.
 118    */
 119   public boolean isViewResultsImmediatly()
 120   {
 121     return viewResultsImmediatly;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Set
 126    *
 127    * @param flag
 128    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 129    *          they are available.
 130    */
 131   public void setViewResultsImmediatly(boolean viewResultsImmediatly)
 132   {
 133     this.viewResultsImmediatly = viewResultsImmediatly;
 134   }
 135
 136   private StyleSheet getStyleSheet(HTMLEditorKit editorKit)
 137   {
 138
 139     // Copied blatantly from
 140     // http://www.velocityreviews.com/forums/t132265-string-into-htmldocument.html
 141     StyleSheet myStyleSheet = new StyleSheet();
 142
 143     myStyleSheet.addStyleSheet(editorKit.getStyleSheet());
 144
 145     editorKit.setStyleSheet(myStyleSheet);
 146
 147     /*
 148      * Set the style sheet rules here by reading them from the constants
 149      * interface.
 150      */
 151     /*
 152      * for (int ix=0; ix<CSS_RULES.length; ix++) {
 153      *
 154      * myStyleSheet.addRule(CSS_RULES[ix]);
 155      *
 156      * }
 157      */
 158     return myStyleSheet;
 159
 160   }
 161
 162   // tabbed or not
 163   public synchronized int addJobPane()
 164   {
 165     JScrollPane jobpane = new JScrollPane();
 166     JComponent _progressText;
 167     if (renderAsHtml)
 168     {
 169       JEditorPane progressText = new JEditorPane("text/html", "");
 170       progressText.addHyperlinkListener(this);
 171       _progressText = progressText;
 172       // progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 173       // progressText.setBorder(null);
 174       progressText.setEditable(false);
 175       /*
 176        * HTMLEditorKit myEditorKit = new HTMLEditorKit();
 177        *
 178        * StyleSheet myStyleSheet = getStyleSheet(myEditorKit);
 179        *
 180        * HTMLDocument tipDocument = (HTMLDocument)
 181        * (myEditorKit.createDefaultDocument());
 182        *
 183        * progressText.setDocument(tipDocument);
 184        */progressText.setText("<html><h1>WS Job</h1></html>");
 185     }
 186     else
 187     {
 188       JTextArea progressText = new JTextArea();
 189       _progressText = progressText;
 190
 191       progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 192       progressText.setBorder(null);
 193       progressText.setEditable(false);
 194       progressText.setText("WS Job");
 195       progressText.setLineWrap(true);
 196       progressText.setWrapStyleWord(true);
 197     }
 198     jobpane.setName("JobPane");
 199     jobpane.getViewport().add(_progressText, null);
 200     jobpane.setBorder(null);
 201     if (jobPanes == null)
 202     {
 203       jobPanes = new Vector();
 204     }
 205     int newpane = jobPanes.size();
 206     jobPanes.add(jobpane);
 207
 208     if (newpane == 0)
 209     {
 210       this.add(jobpane, BorderLayout.CENTER);
 211     }
 212     else
 213     {
 214       if (newpane == 1)
 215       {
 216         // revert to a tabbed pane.
 217         JScrollPane firstpane;
 218         this.remove(firstpane = (JScrollPane) jobPanes.get(0));
 219         subjobs = new JTabbedPane();
 220         this.add(subjobs, BorderLayout.CENTER);
 221         subjobs.add(firstpane);
 222         subjobs.setTitleAt(0, firstpane.getName());
 223       }
 224       subjobs.add(jobpane);
 225     }
 226     return newpane; // index for accessor methods below
 227   }
 228
 229   /**
 230    * Creates a new WebserviceInfo object.
 231    *
 232    * @param title
 233    *          short name and job type
 234    * @param info
 235    *          reference or other human readable description
 236    * @param makeVisible
 237    *          true to display the webservices window immediatly (otherwise need
 238    *          to call setVisible(true))
 239    */
 240   public WebserviceInfo(String title, String info, boolean makeVisible)
 241   {
 242     init(title, info, 520, 500, makeVisible);
 243   }
 244
 245   /**
 246    * Creates a new WebserviceInfo object.
 247    *
 248    * @param title
 249    *          DOCUMENT ME!
 250    * @param info
 251    *          DOCUMENT ME!
 252    * @param width
 253    *          DOCUMENT ME!
 254    * @param height
 255    *          DOCUMENT ME!
 256    */
 257   public WebserviceInfo(String title, String info, int width, int height,
 258           boolean makeVisible)
 259   {
 260     init(title, info, width, height, makeVisible);
 261   }
 262
 263   /**
 264    * DOCUMENT ME!
 265    *
 266    * @return DOCUMENT ME!
 267    */
 268   public jalview.ws.WSClientI getthisService()
 269   {
 270     return thisService;
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Update state of GUI based on client capabilities (like whether the job is
 275    * cancellable, whether the 'merge results' button is shown.
 276    *
 277    * @param newservice
 278    *          service client to query for capabilities
 279    */
 280   public void setthisService(jalview.ws.WSClientI newservice)
 281   {
 282     thisService = newservice;
 283     serviceIsCancellable = newservice.isCancellable();
 284     frame.setClosable(!serviceIsCancellable);
 285     serviceCanMergeResults = newservice.canMergeResults();
 286     rebuildButtonPanel();
 287   }
 288
 289   private void rebuildButtonPanel()
 290   {
 291     if (buttonPanel != null)
 292     {
 293       buttonPanel.removeAll();
 294       if (serviceIsCancellable)
 295       {
 296         buttonPanel.add(cancel);
 297         frame.setClosable(false);
 298       }
 299       else
 300       {
 301         frame.setClosable(true);
 302       }
 303     }
 304   }
 305
 306   /**
 307    * DOCUMENT ME!
 308    *
 309    * @param title
 310    *          DOCUMENT ME!
 311    * @param info
 312    *          DOCUMENT ME!
 313    * @param width
 314    *          DOCUMENT ME!
 315    * @param height
 316    *          DOCUMENT ME!
 317    */
 318   void init(String title, String info, int width, int height,
 319           boolean makeVisible)
 320   {
 321     frame = new JInternalFrame();
 322     frame.setContentPane(this);
 323     Desktop.addInternalFrame(frame, title, makeVisible, width, height);
 324     frame.setClosable(false);
 325
 326     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 327
 328     this.title = title;
 329     setInfoText(info);
 330
 331     java.net.URL url = getClass()
 332             .getResource("/images/Jalview_Logo_small_with_border.png");
 333     image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 334
 335     MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 336     mt.addImage(image, 0);
 337
 338     try
 339     {
 340       mt.waitForID(0);
 341     } catch (Exception ex)
 342     {
 343     }
 344
 345     AnimatedPanel ap = new AnimatedPanel();
 346     ap.setPreferredSize(new Dimension(60, 60));
 347     titlePanel.add(ap, BorderLayout.WEST);
 348     titlePanel.add(titleText, BorderLayout.CENTER);
 349     setStatus(currentStatus);
 350
 351     Thread thread = new Thread(ap);
 352     thread.start();
 353     final WebserviceInfo thisinfo = this;
 354     frame.addInternalFrameListener(
 355             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 356             {
 357               @Override
 358                         public void internalFrameClosed(
 359                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 360               {
 361                 // System.out.println("Shutting down webservice client");
 362                 WSClientI service = thisinfo.getthisService();
 363                 if (service != null && service.isCancellable())
 364                 {
 365                   service.cancelJob();
 366                 }
 367               };
 368             });
 369     frame.validate();
 370
 371   }
 372
 373   /**
 374    * DOCUMENT ME!
 375    *
 376    * @param status
 377    *          integer status from state constants
 378    */
 379   public void setStatus(int status)
 380   {
 381     currentStatus = status;
 382
 383     String message = null;
 384     switch (currentStatus)
 385     {
 386     case STATE_QUEUING:
 387       message = MessageManager.getString("label.state_queueing");
 388       break;
 389
 390     case STATE_RUNNING:
 391       message = MessageManager.getString("label.state_running");
 392       break;
 393
 394     case STATE_STOPPED_OK:
 395       message = MessageManager.getString("label.state_completed");
 396       break;
 397
 398     case STATE_CANCELLED_OK:
 399       message = MessageManager.getString("label.state_job_cancelled");
 400       break;
 401
 402     case STATE_STOPPED_ERROR:
 403       message = MessageManager.getString("label.state_job_error");
 404       break;
 405
 406     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 407       message = MessageManager.getString("label.server_error_try_later");
 408       break;
 409     }
 410     titleText.setText(title + (message == null ? "" : " - " + message));
 411     titleText.repaint();
 412   }
 413
 414   /**
 415    * subjob status indicator
 416    *
 417    * @param jobpane
 418    * @param status
 419    */
 420   public void setStatus(int jobpane, int status)
 421   {
 422     if (jobpane < 0 || jobpane >= jobPanes.size())
 423     {
 424       throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 425               "error.setstatus_called_non_existent_job_pane", new String[]
 426               { Integer.valueOf(jobpane).toString() }));
 427     }
 428     switch (status)
 429     {
 430     case STATE_QUEUING:
 431       setProgressName(jobpane + " - QUEUED", jobpane);
 432       break;
 433     case STATE_RUNNING:
 434       setProgressName(jobpane + " - RUNNING", jobpane);
 435       break;
 436     case STATE_STOPPED_OK:
 437       setProgressName(jobpane + " - FINISHED", jobpane);
 438       break;
 439     case STATE_CANCELLED_OK:
 440       setProgressName(jobpane + " - CANCELLED", jobpane);
 441       break;
 442     case STATE_STOPPED_ERROR:
 443       setProgressName(jobpane + " - BROKEN", jobpane);
 444       break;
 445     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 446       setProgressName(jobpane + " - ALERT", jobpane);
 447       break;
 448     default:
 449       setProgressName(jobpane + " - UNKNOWN STATE", jobpane);
 450     }
 451   }
 452
 453   /**
 454    * DOCUMENT ME!
 455    *
 456    * @return DOCUMENT ME!
 457    */
 458   public String getInfoText()
 459   {
 460     return infoText.getText();
 461   }
 462
 463   /**
 464    * DOCUMENT ME!
 465    *
 466    * @param text
 467    *          DOCUMENT ME!
 468    */
 469   public void setInfoText(String text)
 470   {
 471     infoText.setText(text);
 472   }
 473
 474   /**
 475    * DOCUMENT ME!
 476    *
 477    * @param text
 478    *          DOCUMENT ME!
 479    */
 480   public void appendInfoText(String text)
 481   {
 482     infoText.append(text);
 483   }
 484
 485   /**
 486    * DOCUMENT ME!
 487    *
 488    * @return DOCUMENT ME!
 489    */
 490   public String getProgressText(int which)
 491   {
 492     if (jobPanes == null)
 493     {
 494       addJobPane();
 495     }
 496     if (renderAsHtml)
 497     {
 498       return ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 499               .getViewport().getComponent(0)).getText();
 500     }
 501     else
 502     {
 503       return ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 504               .getComponent(0)).getText();
 505     }
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @param text
 512    *          DOCUMENT ME!
 513    */
 514   public void setProgressText(int which, String text)
 515   {
 516     if (jobPanes == null)
 517     {
 518       addJobPane();
 519     }
 520     if (renderAsHtml)
 521     {
 522       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 523               .getComponent(0)).setText(ensureHtmlTagged(text));
 524     }
 525     else
 526     {
 527       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 528               .getComponent(0)).setText(text);
 529     }
 530   }
 531
 532   /**
 533    * extract content from &lt;body&gt; content &lt;/body&gt;
 534    *
 535    * @param text
 536    * @param leaveFirst
 537    *          - set to leave the initial html tag intact
 538    * @param leaveLast
 539    *          - set to leave the final html tag intact
 540    * @return
 541    */
 542   private String getHtmlFragment(String text, boolean leaveFirst,
 543           boolean leaveLast)
 544   {
 545     if (text == null)
 546     {
 547       return null;
 548     }
 549     String lowertxt = text.toLowerCase();
 550     int htmlpos = leaveFirst ? -1 : lowertxt.indexOf("<body");
 551
 552     int htmlend = leaveLast ? -1 : lowertxt.indexOf("</body");
 553     int htmlpose = lowertxt.indexOf(">", htmlpos),
 554             htmlende = lowertxt.indexOf(">", htmlend);
 555     if (htmlend == -1 && htmlpos == -1)
 556     {
 557       return text;
 558     }
 559     if (htmlend > -1)
 560     {
 561       return text.substring((htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1), htmlend);
 562     }
 563     return text.substring(htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1);
 564   }
 565
 566   /**
 567    * very simple routine for adding/ensuring html tags are present in text.
 568    *
 569    * @param text
 570    * @return properly html tag enclosed text
 571    */
 572   private String ensureHtmlTagged(String text)
 573   {
 574     if (text == null)
 575     {
 576       return "";
 577     }
 578     String lowertxt = text.toLowerCase();
 579     int htmlpos = lowertxt.indexOf("<body");
 580     int htmlend = lowertxt.indexOf("</body");
 581     int doctype = lowertxt.indexOf("<!doctype");
 582     int xmltype = lowertxt.indexOf("<?xml");
 583     if (htmlend == -1)
 584     {
 585       text = text + "</body></html>";
 586     }
 587     if (htmlpos > -1)
 588     {
 589       if ((doctype > -1 && htmlpos > doctype)
 590               || (xmltype > -1 && htmlpos > xmltype))
 591       {
 592         text = "<html><head></head><body>\n" + text.substring(htmlpos - 1);
 593       }
 594     }
 595     else
 596     {
 597       text = "<html><head></head><body>\n" + text;
 598     }
 599     if (text.indexOf("<meta") > -1)
 600     {
 601       System.err
 602               .println("HTML COntent: \n" + text + "<< END HTML CONTENT\n");
 603
 604     }
 605     return text;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * DOCUMENT ME!
 610    *
 611    * @param text
 612    *          DOCUMENT ME!
 613    */
 614   public void appendProgressText(int which, String text)
 615   {
 616     if (jobPanes == null)
 617     {
 618       addJobPane();
 619     }
 620     if (renderAsHtml)
 621     {
 622       String txt = getHtmlFragment(
 623               ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 624                       .getViewport().getComponent(0)).getText(),
 625               true, false);
 626       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 627               .getComponent(0))
 628                       .setText(ensureHtmlTagged(
 629                               txt + getHtmlFragment(text, false, true)));
 630     }
 631     else
 632     {
 633       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 634               .getComponent(0)).append(text);
 635     }
 636   }
 637
 638   /**
 639    * setProgressText(0, text)
 640    */
 641   public void setProgressText(String text)
 642   {
 643     setProgressText(0, text);
 644   }
 645
 646   /**
 647    * appendProgressText(0, text)
 648    */
 649   public void appendProgressText(String text)
 650   {
 651     appendProgressText(0, text);
 652   }
 653
 654   /**
 655    * getProgressText(0)
 656    */
 657   public String getProgressText()
 658   {
 659     return getProgressText(0);
 660   }
 661
 662   /**
 663    * get the tab title for a subjob
 664    *
 665    * @param which
 666    *          int
 667    * @return String
 668    */
 669   public String getProgressName(int which)
 670   {
 671     if (jobPanes == null)
 672     {
 673       addJobPane();
 674     }
 675     if (subjobs != null)
 676     {
 677       return subjobs.getTitleAt(which);
 678     }
 679     else
 680     {
 681       return ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 682               .getComponent(0).getName();
 683     }
 684   }
 685
 686   /**
 687    * set the tab title for a subjob
 688    *
 689    * @param name
 690    *          String
 691    * @param which
 692    *          int
 693    */
 694   public void setProgressName(String name, int which)
 695   {
 696     if (subjobs != null)
 697     {
 698       subjobs.setTitleAt(which, name);
 699       subjobs.revalidate();
 700       subjobs.repaint();
 701     }
 702     JScrollPane c = (JScrollPane) jobPanes.get(which);
 703     c.getViewport().getComponent(0).setName(name);
 704     c.repaint();
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Gui action for cancelling the current job, if possible.
 709    *
 710    * @param e
 711    *          DOCUMENT ME!
 712    */
 713   @Override
 714 protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 715   {
 716     if (!serviceIsCancellable)
 717     {
 718       // JBPNote : TODO: We should REALLY just tell the WSClientI to cancel
 719       // anyhow - it has to stop threads and clean up
 720       // JBPNote : TODO: Instead of a warning, we should have an optional 'Are
 721       // you sure?' prompt
 722       warnUser(
 723               MessageManager.getString(
 724                       "warn.job_cannot_be_cancelled_close_window"),
 725               MessageManager.getString("action.cancel_job"));
 726     }
 727     else
 728     {
 729       thisService.cancelJob();
 730     }
 731     frame.setClosable(true);
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Spawns a thread that pops up a warning dialog box with the given message
 736    * and title.
 737    *
 738    * @param message
 739    * @param title
 740    */
 741   public void warnUser(final String message, final String title)
 742   {
 743     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 744     {
 745       @Override
 746         public void run()
 747       {
 748         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, message,
 749                 title, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 750
 751       }
 752     });
 753   }
 754
 755   /**
 756    * Set up GUI for user to get at results - and possibly automatically display
 757    * them if viewResultsImmediatly is set.
 758    */
 759   public void setResultsReady()
 760   {
 761     frame.setClosable(true);
 762     buttonPanel.remove(cancel);
 763     buttonPanel.add(showResultsNewFrame);
 764     if (serviceCanMergeResults)
 765     {
 766       buttonPanel.add(mergeResults);
 767       buttonPanel.setLayout(new GridLayout(2, 1, 5, 5));
 768     }
 769     buttonPanel.validate();
 770     validate();
 771     if (viewResultsImmediatly)
 772     {
 773       showResultsNewFrame.doClick();
 774     }
 775   }
 776
 777   /**
 778    * called when job has finished but no result objects can be passed back to
 779    * user
 780    */
 781   public void setFinishedNoResults()
 782   {
 783     frame.setClosable(true);
 784     buttonPanel.remove(cancel);
 785     buttonPanel.validate();
 786     validate();
 787   }
 788
 789   class AnimatedPanel extends JPanel implements Runnable
 790   {
 791     long startTime = 0;
 792
 793     BufferedImage offscreen;
 794
 795     @Override
 796     public void run()
 797     {
 798       startTime = System.currentTimeMillis();
 799
 800       float invSpeed = 15f;
 801       float factor = 1f;
 802       while (currentStatus < STATE_STOPPED_OK)
 803       {
 804         if (currentStatus == STATE_QUEUING)
 805         {
 806           invSpeed = 25f;
 807           factor = 1f;
 808         }
 809         else if (currentStatus == STATE_RUNNING)
 810         {
 811           invSpeed = 10f;
 812           factor = (float) (0.5 + 1.5
 813                   * (0.5 - (0.5 * Math.sin(3.14159 / 180 * (angle + 45)))));
 814         }
 815         try
 816         {
 817           Thread.sleep(50);
 818
 819           float delta = (System.currentTimeMillis() - startTime) / invSpeed;
 820           angle += delta * factor;
 821           angle %= 360;
 822           startTime = System.currentTimeMillis();
 823
 824           if (currentStatus >= STATE_STOPPED_OK)
 825           {
 826             park();
 827             angle = 0;
 828           }
 829
 830           repaint();
 831         } catch (Exception ex)
 832         {
 833         }
 834       }
 835
 836       cancel.setEnabled(false);
 837     }
 838
 839     public void park()
 840     {
 841       startTime = System.currentTimeMillis();
 842
 843       while (angle < 360)
 844       {
 845         float invSpeed = 5f;
 846         float factor = 1f;
 847         try
 848         {
 849           Thread.sleep(25);
 850
 851           float delta = (System.currentTimeMillis() - startTime) / invSpeed;
 852           angle += delta * factor;
 853           startTime = System.currentTimeMillis();
 854
 855           if (angle >= 360)
 856           {
 857             angle = 360;
 858           }
 859
 860           repaint();
 861         } catch (Exception ex)
 862         {
 863         }
 864       }
 865
 866     }
 867
 868     void drawPanel()
 869     {
 870       if (offscreen == null || offscreen.getWidth(this) != getWidth()
 871               || offscreen.getHeight(this) != getHeight())
 872       {
 873         offscreen = new BufferedImage(getWidth(), getHeight(),
 874                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 875       }
 876
 877       Graphics2D g = (Graphics2D) offscreen.getGraphics();
 878
 879       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 880               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 881       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_INTERPOLATION,
 882               RenderingHints.VALUE_INTERPOLATION_BICUBIC);
 883       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_RENDERING,
 884               RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY);
 885
 886       g.setColor(Color.white);
 887       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 888
 889       if (image != null)
 890       {
 891         int x = image.getWidth(this) / 2, y = image.getHeight(this) / 2;
 892         g.rotate(3.14159 / 180 * (angle), x, y);
 893         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 894         g.rotate(-3.14159 / 180 * (angle), x, y);
 895       }
 896     }
 897
 898     @Override
 899         public void paintComponent(Graphics g1)
 900     {
 901       drawPanel();
 902
 903       g1.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 904     }
 905   }
 906
 907   boolean renderAsHtml = false;
 908
 909   public void setRenderAsHtml(boolean b)
 910   {
 911     renderAsHtml = b;
 912   }
 913
 914   @Override
 915 public void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
 916   {
 917     Desktop.hyperlinkUpdate(e);
 918   }
 919
 920   /*
 921    * (non-Javadoc)
 922    *
 923    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 924    */
 925   @Override
 926   public void setProgressBar(String message, long id)
 927   {
 928     progressBar.setProgressBar(message, id);
 929   }
 930
 931   @Override
 932   public void registerHandler(final long id,
 933           final IProgressIndicatorHandler handler)
 934   {
 935     progressBar.registerHandler(id, handler);
 936   }
 937
 938   /**
 939    *
 940    * @return true if any progress bars are still active
 941    */
 942   @Override
 943   public boolean operationInProgress()
 944   {
 945     return progressBar.operationInProgress();
 946   }
 947 }