src/jalview/gui/WsJobParameters.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.gui.OptsAndParamsPage.OptionBox;
  24 import jalview.gui.OptsAndParamsPage.ParamBox;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  27 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  28 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  29 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  30 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  31 import jalview.ws.params.OptionI;
  32 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  33 import jalview.ws.params.ParameterI;
  34 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  35
  36 import java.awt.BorderLayout;
  37 import java.awt.Component;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.FlowLayout;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.GridBagConstraints;
  42 import java.awt.GridBagLayout;
  43 import java.awt.GridLayout;
  44 import java.awt.Rectangle;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.HierarchyBoundsListener;
  48 import java.awt.event.HierarchyEvent;
  49 import java.awt.event.ItemEvent;
  50 import java.awt.event.ItemListener;
  51 import java.awt.event.WindowEvent;
  52 import java.awt.event.WindowListener;
  53 import java.net.URL;
  54 import java.util.Hashtable;
  55 import java.util.Iterator;
  56 import java.util.List;
  57 import java.util.Vector;
  58
  59 import javax.swing.JButton;
  60 import javax.swing.JComboBox;
  61 import javax.swing.JDialog;
  62 import javax.swing.JFrame;
  63 import javax.swing.JLabel;
  64 import javax.swing.JPanel;
  65 import javax.swing.JScrollPane;
  66 import javax.swing.JSplitPane;
  67 import javax.swing.JTextArea;
  68 import javax.swing.border.TitledBorder;
  69 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  70 import javax.swing.event.DocumentListener;
  71
  72 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  73
  74 import compbio.metadata.Argument;
  75 import compbio.metadata.Option;
  76 import compbio.metadata.Parameter;
  77 import compbio.metadata.Preset;
  78 import compbio.metadata.PresetManager;
  79 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  80
  81 /**
  82  * job parameter editing/browsing dialog box. User can browse existing settings
  83  * (user + presets + Defaults), and any changes to parameters creates a modified
  84  * user parameter set. LOGIC: If the parameter set is modified, and its name is
  85  * a valid, non-existant user parameter set, then a save button is shown. If the
  86  * parameter set is modified and its name is a valid, extant user parameter set,
  87  * then an update button is shown. If user parameter set's name is edited, and
  88  * old name exists as a writable user parameter set, then rename button is
  89  * shown. If current parameter set is associated with a user defined parameter
  90  * set, then : if set is modifed, a 'revert' button is shown. if set is not
  91  * modified, a 'delete' button is shown.
  92  *
  93  * @author JimP
  94  *
  95  */
  96 public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
  97         ActionListener, DocumentListener, OptsParametersContainerI
  98 {
  99   URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 100
 101   private static final String SVC_DEF = "Defaults"; // this is the null
 102                                                     // parameter set as shown to
 103                                                     // user
 104
 105   /**
 106    * manager for options and parameters.
 107    */
 108   OptsAndParamsPage opanp = new OptsAndParamsPage(this);
 109
 110   /**
 111    * panel containing job options
 112    */
 113   JPanel jobOptions = new JPanel();
 114
 115   /**
 116    * panel containing job parameters
 117    */
 118   JPanel paramList = new JPanel();
 119
 120   JPanel SetNamePanel = new JPanel();
 121
 122   JPanel setDetails = new JPanel();
 123
 124   JSplitPane settingsPanel = new JSplitPane();
 125
 126   JPanel jobPanel = new JPanel();
 127
 128   JScrollPane jobOptionsPane = new JScrollPane();
 129
 130   JButton createpref = new JButton();
 131
 132   JButton deletepref = new JButton();
 133
 134   JButton revertpref = new JButton();
 135
 136   JButton updatepref = new JButton();
 137
 138   JButton startjob = new JButton();
 139
 140   JButton canceljob = new JButton();
 141
 142   JComboBox setName = new JComboBox();
 143
 144   JTextArea setDescr = new JTextArea();
 145
 146   JScrollPane paramPane = new JScrollPane();
 147
 148   // ScrollablePanel optsAndparams = new ScrollablePanel();
 149   JPanel optsAndparams = new JPanel();
 150
 151   RunnerConfig serviceOptions;
 152
 153   ParamDatastoreI paramStore;
 154
 155   private int MAX_OPTWIDTH = 200;
 156
 157   WsJobParameters(Jws2Instance service)
 158   {
 159     this(service, null);
 160   }
 161
 162   public WsJobParameters(Jws2Instance service, WsParamSetI preset)
 163   {
 164     this(null, service, preset, null);
 165   }
 166
 167   /**
 168    *
 169    * @param desktop
 170    *          - if null, create new JFrame outside of desktop
 171    * @param service
 172    * @param preset
 173    */
 174   public WsJobParameters(JFrame parent, Jws2Instance service,
 175           WsParamSetI preset, List<Argument> jobArgset)
 176   {
 177     this(parent, null, service, preset, jobArgset);
 178   }
 179
 180   /**
 181    *
 182    * @param parent
 183    * @param paramStorei
 184    * @param service
 185    * @param preset
 186    * @param jobArgset
 187    */
 188   public WsJobParameters(JFrame parent, ParamDatastoreI paramStorei,
 189           Jws2Instance service, WsParamSetI preset, List<Argument> jobArgset)
 190   {
 191     super();
 192     jbInit();
 193     this.paramStore = paramStorei;
 194     if (paramStore == null)
 195     {
 196       paramStore = service.getParamStore();
 197     }
 198     this.service = service;
 199     // argSetModified(false);
 200     // populate parameter table
 201     initForService(service, preset, jobArgset);
 202     // display in new JFrame attached to parent.
 203     validate();
 204   }
 205
 206   int response = -1;
 207
 208   JDialog frame = null;
 209
 210   /**
 211    * shows a modal dialog containing the parameters.
 212    *
 213    * @return
 214    */
 215   public boolean showRunDialog()
 216   {
 217
 218     frame = new JDialog(Desktop.instance, true);
 219
 220     frame.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.edit_params_for",
 221             new String[] { service.getActionText() }));
 222     Rectangle deskr = Desktop.instance.getBounds();
 223     Dimension pref = this.getPreferredSize();
 224     frame.setBounds(new Rectangle(
 225             (int) (deskr.getCenterX() - pref.width / 2), (int) (deskr
 226                     .getCenterY() - pref.height / 2), pref.width,
 227             pref.height));
 228     frame.setContentPane(this);
 229
 230     // should perhaps recover defaults from user prefs.
 231
 232     frame.validate();
 233     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 234     {
 235       @Override
 236       public void run()
 237       {
 238         // jobPanel.setDividerLocation(0.25);
 239
 240       }
 241     });
 242     frame.setVisible(true);
 243
 244     if (response > 0)
 245     {
 246       return true;
 247     }
 248     return false;
 249   }
 250
 251   private void jbInit()
 252   {
 253     this.addHierarchyBoundsListener(new HierarchyBoundsListener()
 254     {
 255
 256       @Override
 257       public void ancestorResized(HierarchyEvent arg0)
 258       {
 259         refreshParamLayout();
 260       }
 261
 262       @Override
 263       public void ancestorMoved(HierarchyEvent arg0)
 264       {
 265         // TODO Auto-generated method stub
 266
 267       }
 268     });
 269     updatepref = JvSwingUtils.makeButton(
 270             MessageManager.getString("action.update"),
 271             MessageManager.getString("label.update_user_parameter_set"),
 272             new ActionListener()
 273             {
 274
 275               @Override
 276               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 277               {
 278                 update_actionPerformed(e);
 279               }
 280             });
 281     deletepref = JvSwingUtils.makeButton(
 282             MessageManager.getString("action.delete"),
 283             MessageManager.getString("label.delete_user_parameter_set"),
 284             new ActionListener()
 285             {
 286
 287               @Override
 288               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 289               {
 290                 delete_actionPerformed(e);
 291               }
 292             });
 293     createpref = JvSwingUtils.makeButton(
 294             MessageManager.getString("action.create"),
 295             MessageManager.getString("label.create_user_parameter_set"),
 296             new ActionListener()
 297             {
 298
 299               @Override
 300               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 301               {
 302                 create_actionPerformed(e);
 303               }
 304             });
 305     revertpref = JvSwingUtils.makeButton(MessageManager
 306             .getString("action.revert"), MessageManager
 307             .getString("label.revert_changes_user_parameter_set"),
 308             new ActionListener()
 309             {
 310
 311               @Override
 312               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 313               {
 314                 revert_actionPerformed(e);
 315               }
 316             });
 317     startjob = JvSwingUtils.makeButton(
 318             MessageManager.getString("action.start_job"),
 319             MessageManager.getString("label.start_job_current_settings"),
 320             new ActionListener()
 321             {
 322               @Override
 323               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 324               {
 325                 startjob_actionPerformed(e);
 326               }
 327             });
 328     canceljob = JvSwingUtils.makeButton(
 329             MessageManager.getString("action.cancel_job"),
 330             MessageManager.getString("label.cancel_job_close_dialog"),
 331             new ActionListener()
 332             {
 333               @Override
 334               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 335               {
 336                 canceljob_actionPerformed(e);
 337               }
 338             });
 339
 340     setDetails.setBorder(new TitledBorder(MessageManager
 341             .getString("label.details")));
 342     setDetails.setLayout(new BorderLayout());
 343     setDescr.setColumns(40);
 344     setDescr.setWrapStyleWord(true);
 345     setDescr.setLineWrap(true);
 346     setDescr.setBackground(getBackground());
 347     setDescr.setEditable(true);
 348     setDescr.getDocument().addDocumentListener(this);
 349     setDescr.setToolTipText(MessageManager
 350             .getString("label.edit_notes_parameter_set"));
 351     JScrollPane setDescrView = new JScrollPane();
 352     setDescrView.getViewport().setView(setDescr);
 353     setName.setEditable(true);
 354     setName.addItemListener(this);
 355     setName.getEditor().addActionListener(this);
 356     JPanel setNameInfo = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 357     GridBagLayout gbl = new GridBagLayout();
 358     SetNamePanel.setLayout(gbl);
 359
 360     JLabel setNameLabel = new JLabel(
 361             MessageManager.getString("label.current_parameter_set_name"));
 362     setNameLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 363
 364     setNameInfo.add(setNameLabel);
 365     setNameInfo.add(setName);
 366
 367     // initial button visibility
 368     updatepref.setVisible(false);
 369     deletepref.setVisible(false);
 370     revertpref.setVisible(false);
 371     createpref.setVisible(false);
 372     JPanel setsavebuts = new JPanel();
 373     setsavebuts.setLayout(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT)); // GridLayout(1,2));
 374     ((FlowLayout) setsavebuts.getLayout()).setHgap(10);
 375     ((FlowLayout) setsavebuts.getLayout()).setVgap(0);
 376     JPanel spacer = new JPanel();
 377     spacer.setPreferredSize(new Dimension(2, 30));
 378     setsavebuts.add(spacer);
 379     setsavebuts.add(deletepref);
 380     setsavebuts.add(revertpref);
 381     setsavebuts.add(createpref);
 382     setsavebuts.add(updatepref);
 383     // setsavebuts.setSize(new Dimension(150, 30));
 384     JPanel buttonArea = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
 385     buttonArea.add(setsavebuts);
 386     SetNamePanel.add(setNameInfo);
 387     GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
 388     gbc.gridheight = 2;
 389     gbl.setConstraints(setNameInfo, gbc);
 390     SetNamePanel.add(buttonArea);
 391     gbc = new GridBagConstraints();
 392     gbc.gridx = 0;
 393     gbc.gridy = 2;
 394     gbc.gridheight = 1;
 395     gbl.setConstraints(buttonArea, gbc);
 396     setDetails.add(setDescrView, BorderLayout.CENTER);
 397
 398     // paramPane.setPreferredSize(new Dimension(360, 400));
 399     // paramPane.setPreferredSize(null);
 400     jobOptions.setBorder(new TitledBorder(MessageManager
 401             .getString("label.options")));
 402     jobOptions.setOpaque(true);
 403     paramList.setBorder(new TitledBorder(MessageManager
 404             .getString("label.parameters")));
 405     paramList.setOpaque(true);
 406     JPanel bjo = new JPanel(new BorderLayout()), bjp = new JPanel(
 407             new BorderLayout());
 408     bjo.add(jobOptions, BorderLayout.CENTER);
 409     bjp.add(paramList, BorderLayout.CENTER);
 410     bjp.setOpaque(true);
 411     bjo.setOpaque(true);
 412     // optsAndparams.setScrollableWidth(ScrollableSizeHint.FIT);
 413     // optsAndparams.setScrollableHeight(ScrollableSizeHint.NONE);
 414     // optsAndparams.setLayout(new BorderLayout());
 415     optsAndparams.setLayout(new BorderLayout());
 416     optsAndparams.add(jobOptions, BorderLayout.NORTH);
 417     optsAndparams.add(paramList, BorderLayout.CENTER);
 418     JPanel jp = new JPanel(new BorderLayout());
 419     jp.add(optsAndparams, BorderLayout.CENTER);
 420     paramPane.getViewport().setView(jp);
 421     paramPane.setBorder(null);
 422     setLayout(new BorderLayout());
 423     jobPanel.setPreferredSize(null);
 424     jobPanel.setLayout(new BorderLayout());
 425     jobPanel.add(setDetails, BorderLayout.NORTH);
 426     jobPanel.add(paramPane, BorderLayout.CENTER);
 427     // jobPanel.setOrientation(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 428
 429     add(SetNamePanel, BorderLayout.NORTH);
 430     add(jobPanel, BorderLayout.CENTER);
 431
 432     JPanel dialogpanel = new JPanel();
 433     dialogpanel.add(startjob);
 434     dialogpanel.add(canceljob);
 435     // JAL-1580: setMaximumSize() doesn't work, so just size for the worst case:
 436     // check for null is for JUnit usage
 437     final int windowHeight = Desktop.instance == null ? 540
 438             : Desktop.instance.getHeight();
 439     setPreferredSize(new Dimension(540, windowHeight));
 440     add(dialogpanel, BorderLayout.SOUTH);
 441     validate();
 442   }
 443
 444   protected void revert_actionPerformed(ActionEvent e)
 445   {
 446     reInitDialog(lastParmSet);
 447     updateWebServiceMenus();
 448   }
 449
 450   protected void update_actionPerformed(ActionEvent e)
 451   {
 452     if (isUserPreset)
 453     {
 454       String curname = ((String) setName.getSelectedItem()).trim();
 455       _updatePreset(lastParmSet, curname);
 456       lastParmSet = curname;
 457       isUserPreset = true;
 458       initArgSetModified();
 459       syncSetNamesWithStore();
 460     }
 461   }
 462
 463   private void _deleteUserPreset(String lastParmSet2)
 464   {
 465     paramStore.deletePreset(lastParmSet2);
 466   }
 467
 468   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)
 469   {
 470     if (isUserPreset)
 471     {
 472       // delete current preset's saved entry
 473       _deleteUserPreset(lastParmSet);
 474     }
 475     reInitDialog(null); // service default
 476     updateWebServiceMenus();
 477   }
 478
 479   protected void create_actionPerformed(ActionEvent e)
 480   {
 481     String curname = ((String) setName.getSelectedItem()).trim();
 482     if (curname.length() > 0)
 483     {
 484       _storeCurrentPreset(curname);
 485       lastParmSet = curname;
 486       isUserPreset = true;
 487       reInitDialog(curname);
 488       initArgSetModified();
 489       updateWebServiceMenus();
 490     }
 491     else
 492     {
 493       // TODO: show warning
 494       System.err.println("Invalid name. Not saved.");
 495     }
 496   }
 497
 498   protected void canceljob_actionPerformed(ActionEvent e)
 499   {
 500     response = 0;
 501     if (frame != null)
 502     {
 503       frame.setVisible(false);
 504     }
 505   }
 506
 507   protected void startjob_actionPerformed(ActionEvent e)
 508   {
 509     response = 1;
 510     if (frame != null)
 511     {
 512       frame.setVisible(false);
 513     }
 514   }
 515
 516   Jws2Instance service;
 517
 518   /**
 519    * list of service presets in the gui
 520    */
 521   Hashtable servicePresets = null;
 522
 523   /**
 524    * set if dialog is being set - so handlers will avoid spurious events
 525    */
 526   boolean settingDialog = false;
 527
 528   void initForService(Jws2Instance service, WsParamSetI jabap,
 529           List<Argument> jabajobArgset)
 530   {
 531     WsParamSetI p = null;
 532     List<ArgumentI> jobArgset = null;
 533     settingDialog = true;
 534     { // instantiate the abstract proxy for Jaba objects
 535       jobArgset = jabajobArgset == null ? null : JabaParamStore
 536               .getJwsArgsfromJaba(jabajobArgset);
 537       p = jabap; // (jabap != null) ? paramStore.getPreset(jabap.getName()) :
 538                  // null;
 539     }
 540
 541     Hashtable exnames = new Hashtable();
 542     for (int i = 0, iSize = setName.getItemCount(); i < iSize; i++)
 543     {
 544       exnames.put(setName.getItemAt(i), setName.getItemAt(i));
 545     }
 546     servicePresets = new Hashtable();
 547     // Add the default entry - if not present already.
 548     if (!exnames.contains(SVC_DEF))
 549     {
 550       setName.addItem(SVC_DEF);
 551       exnames.put(SVC_DEF, SVC_DEF);
 552       servicePresets.put(SVC_DEF, SVC_DEF);
 553     }
 554     String curname = (p == null ? "" : p.getName());
 555     for (WsParamSetI pr : paramStore.getPresets())
 556     {
 557       if (!pr.isModifiable())
 558       {
 559         servicePresets.put(pr.getName(), "preset");
 560       }
 561       else
 562       {
 563       }
 564       if (!exnames.contains(pr.getName()))
 565       {
 566         setName.addItem(pr.getName());
 567       }
 568     }
 569     // TODO: if initial jobArgset matches a given user setting or preset then
 570     // should recover setting accordingly
 571     // updateTable(p, jobArgset);
 572     if (p != null)
 573     {
 574       reInitDialog(p.getName());
 575       initArgSetModified();
 576     }
 577     else
 578     {
 579       if (jobArgset != null && jobArgset.size() > 0)
 580       {
 581         curSetName = "Supplied Settings";
 582         isUserPreset = false;
 583         updateTable(p, jobArgset);
 584         setName.setSelectedItem(curSetName);
 585         updateButtonDisplay();
 586       }
 587       else
 588       {
 589         curSetName = null;
 590         reInitDialog(null);
 591       }
 592     }
 593     settingDialog = false;
 594
 595   }
 596
 597   @SuppressWarnings("unchecked")
 598   private void updateTable(WsParamSetI p, List<ArgumentI> jobArgset)
 599   {
 600     boolean setDefaultParams = false;
 601     if (lastParmSet == null)
 602     {
 603       isUserPreset = false;
 604       // First call - so provide Service default settings
 605       setName.setSelectedItem(lastSetName = SVC_DEF);
 606     }
 607     if (p == null && SVC_DEF.equals("" + setName.getSelectedItem()))
 608     {
 609       // indicate that service defaults should be set if available
 610       setDefaultParams = true;
 611     }
 612     // populate table from default parameter set.
 613     List<ArgumentI> args = paramStore.getServiceParameters();
 614
 615     // split to params and required arguments
 616     {
 617       int cw = 0;
 618       boolean optset = false;
 619       for (ArgumentI myarg : args)
 620       {
 621         // Ideally, Argument would implement isRequired !
 622         if (myarg instanceof ParameterI)
 623         {
 624           ParameterI parm = (ParameterI) myarg;
 625           opanp.addParameter(parm).validate();
 626         }
 627         else
 628         {
 629           if (myarg instanceof OptionI)
 630           {
 631             OptionI opt = (OptionI) myarg;
 632             OptionBox ob = opanp.addOption(opt);
 633             ob.resetToDefault(setDefaultParams);
 634             if (MAX_OPTWIDTH < ob.getPreferredSize().width)
 635             {
 636               MAX_OPTWIDTH = ob.getPreferredSize().width;
 637             }
 638             ob.validate();
 639             cw += ob.getPreferredSize().width + 5;
 640           }
 641           else
 642           {
 643             System.err.println("Ignoring unknown service argument type "
 644                     + myarg.getClass().getName());
 645           }
 646         }
 647       }
 648       args = null; // no more args to process.
 649     }
 650     if (p != null)
 651     {
 652       isUserPreset = false;
 653       // initialise setname
 654       setName.setSelectedItem(lastSetName = p.getName());
 655       setDescr.setText(lastDescrText = p.getDescription());
 656       // TODO - URL link
 657       try
 658       {
 659         args = p.getArguments();
 660       } catch (Exception e)
 661       {
 662         e.printStackTrace();
 663       }
 664       // TODO: check if args should be unselected prior to resetting using the
 665       // preset
 666     }
 667
 668     if (jobArgset != null)
 669     {
 670       argSetModified(jobArgset, true);
 671       args = jobArgset;
 672     }
 673     // get setargs from current object
 674     if (args != null)
 675     {
 676       for (ArgumentI arg : args)
 677       {
 678         if (arg instanceof ParameterI)
 679         {
 680           opanp.setParameter((ParameterI) arg);
 681         }
 682         else
 683         {
 684           if (arg instanceof OptionI)
 685           {
 686             // System.out.println("Setting option "
 687             // + System.identityHashCode(arg) + ":" + arg.getName()
 688             // + " with " + arg.getDefaultValue());
 689             opanp.selectOption((OptionI) arg, arg.getValue());
 690           }
 691         }
 692
 693       }
 694     }
 695
 696     refreshParamLayout();
 697     revalidate();
 698   }
 699
 700   private boolean isModified()
 701   {
 702     return modifiedElements.size() > 0;
 703   }
 704
 705   private Hashtable modifiedElements = new Hashtable();
 706
 707   /**
 708    * reset gui and modification state settings
 709    */
 710   private void initArgSetModified()
 711   {
 712     curSetName = null;
 713     modifiedElements.clear();
 714     updateButtonDisplay();
 715   }
 716
 717   private void updateButtonDisplay()
 718   {
 719     boolean _update = false, _create = false, _delete = false, _revert = false;
 720     if (modifiedElements.size() > 0)
 721     {
 722       // set modified
 723       _revert = true;
 724       _update = isUserPreset; // can only update user presets
 725       if (!isUserPreset || modifiedElements.containsKey(setName))
 726       {
 727         // name modified - can create new preset
 728         _create = true;
 729       }
 730     }
 731     else
 732     {
 733       // set unmodified
 734     }
 735     // can still delete a user preset
 736     _delete = isUserPreset;
 737
 738     createpref.setVisible(_create);
 739     updatepref.setVisible(_update);
 740     deletepref.setVisible(_delete);
 741     revertpref.setVisible(_revert);
 742     validate();
 743   }
 744
 745   @Override
 746   public void argSetModified(Object modifiedElement, boolean b)
 747   {
 748     if (settingDialog)
 749     {
 750       return;
 751     }
 752     if (!b)
 753     {
 754       modifiedElements.remove(modifiedElement);
 755     }
 756     else
 757     {
 758       if (b && modifiedElement == setName
 759               && modifiedElements.contains(modifiedElement))
 760       {
 761         // HACK! prevents iteration on makeSetNameValid
 762         b = false;
 763       }
 764       modifiedElements.put(modifiedElement, modifiedElement);
 765     }
 766     // set mod status based on presence of elements in table
 767     if (b && modifiedElements.size() > 0)
 768     {
 769       makeSetNameValid(!isUserPreset);
 770       SetNamePanel.revalidate();
 771     }
 772     updateButtonDisplay();
 773   }
 774
 775   private boolean isServicePreset(String selectedItem)
 776   {
 777     return selectedItem.equals(SVC_DEF)
 778             || servicePresets.containsKey(selectedItem);
 779   }
 780
 781   /**
 782    * check if the current set name is a valid set name for saving, if not, then
 783    * fix it.
 784    */
 785   private void makeSetNameValid(boolean newuserset)
 786   {
 787     boolean stn = settingDialog;
 788     boolean renamed = false;
 789     settingDialog = true;
 790     String nm = (curSetName != null ? curSetName : (String) setName
 791             .getSelectedItem());
 792     // check if the name is reserved - if it is, rename it.
 793     if (isServicePreset(nm))
 794     {
 795       nm = "User " + nm;
 796       renamed = true;
 797     }
 798     String tnm = nm;
 799     if (newuserset)
 800     {
 801       int i = 0;
 802       while (paramStore.getPreset(tnm) != null)
 803       {
 804         tnm = nm + " (" + (++i) + ")";
 805         renamed = true;
 806       }
 807       if (i > 0)
 808       {
 809         nm = tnm;
 810       }
 811     }
 812
 813     boolean makeupdate = false;
 814     // sync the gui with the preset database
 815     for (int i = 0, iS = setName.getItemCount(); i < iS; i++)
 816     {
 817       String snm = (String) setName.getItemAt(i);
 818       if (snm.equals(nm))
 819       {
 820         makeupdate = true;
 821         // setName.setSelectedIndex(i);
 822       }
 823     }
 824     if (!makeupdate)
 825     {
 826       setName.addItem(curSetName = nm);
 827       setName.setSelectedItem(curSetName);
 828     }
 829     if (renamed)
 830     {
 831       settingDialog = false; // we need this name change to be registered.
 832       argSetModified(setName, renamed);
 833     }
 834     settingDialog = stn;
 835   }
 836
 837   @Override
 838   public void refreshParamLayout()
 839   {
 840     // optsAndparams.setPreferredSize(null);
 841     FlowLayout fl = new FlowLayout(FlowLayout.LEFT);
 842     int sep = fl.getVgap();
 843     boolean fh = true;
 844     int os = 0, s = jobOptions.getBorder().getBorderInsets(jobOptions).bottom
 845             + jobOptions.getBorder().getBorderInsets(jobOptions).top
 846             + 2
 847             * sep;
 848     /**
 849      * final height for viewport
 850      */
 851     int finalh = s;
 852     int panewidth = paramPane.getViewport().getSize().width - 120
 853             - jobOptions.getBorder().getBorderInsets(jobOptions).left
 854             + jobOptions.getBorder().getBorderInsets(jobOptions).right;
 855
 856     int w = 2
 857             * fl.getHgap()
 858             + (MAX_OPTWIDTH > OptsAndParamsPage.PARAM_WIDTH ? MAX_OPTWIDTH
 859                     : OptsAndParamsPage.PARAM_WIDTH);
 860     int hgap = fl.getHgap(), cw = hgap;
 861
 862     if (opanp.getOptSet().size() > 0)
 863     {
 864
 865       jobOptions.setLayout(new MigLayout("", "", ""));
 866       jobOptions.removeAll();
 867
 868       for (OptionBox pbox : opanp.getOptSet().values())
 869       {
 870         pbox.validate();
 871         cw += pbox.getSize().width + hgap;
 872         if (cw + 120 > panewidth)
 873         {
 874           jobOptions.add(pbox, "wrap");
 875           // System.out.println("Wrap on "+pbox.option.getName());
 876           cw = hgap + pbox.getSize().width;
 877           fh = true;
 878         }
 879         else
 880         {
 881           jobOptions.add(pbox);
 882         }
 883         if (fh)
 884         {
 885           finalh += pbox.getSize().height + fl.getVgap();
 886           fh = false;
 887         }
 888       }
 889       jobOptions.revalidate();
 890     }
 891     else
 892     {
 893       jobOptions.setVisible(false);
 894     }
 895
 896     // Now layout the parameters assuming they occupy one column - to calculate
 897     // total height of options+parameters
 898     fl = new FlowLayout(FlowLayout.LEFT);
 899     // helpful hint from
 900     // http://stackoverflow.com/questions/2743177/top-alignment-for-flowlayout
 901     fl.setAlignOnBaseline(true);
 902     if (opanp.getParamSet().size() > 0)
 903     {
 904       paramList.removeAll();
 905       paramList.setLayout(new MigLayout("", "", ""));
 906       fh = true;
 907       for (ParamBox pbox : opanp.getParamSet().values())
 908       {
 909         pbox.validate();
 910         cw += pbox.getSize().width + hgap;
 911         if (cw + 160 > panewidth)
 912         {
 913           paramList.add(pbox, "wrap");
 914           cw = pbox.getSize().width + hgap;
 915           fh = true;
 916         }
 917         else
 918         {
 919           paramList.add(pbox);
 920         }
 921         if (fh)
 922         {
 923           finalh += pbox.getSize().height + fl.getVgap();
 924           fh = false;
 925         }
 926
 927       }
 928       /*
 929        * s = 2 * sep; for (ParamBox pbox : opanp.getParamSet().values()) {
 930        * pbox.validate(); s += sep +
 931        * pbox.getPreferredSize().height+pbox.getBorder
 932        * ().getBorderInsets(pbox).bottom; }
 933        *
 934        * // paramList.setPreferredSize(new Dimension(w, s));
 935        * os+=s+2*sep+paramList
 936        * .getBorder().getBorderInsets(paramList).bottom+paramList
 937        * .getBorder().getBorderInsets(paramList).top;
 938        */
 939       paramList.revalidate();
 940     }
 941     else
 942     {
 943       paramList.setVisible(false);
 944     }
 945     // TODO: waste some time trying to eliminate any unnecessary .validate calls
 946     // here
 947     // System.out.println("Size will be : "+w+","+os);
 948     // optsAndparams.setPreferredSize(null);
 949     // paramPane.getViewport().setView(optsAndparams);
 950     paramPane.getViewport().setAutoscrolls(true);
 951     paramPane.revalidate();
 952     revalidate();
 953   }
 954
 955   /**
 956    * testing method - grab a service and parameter set and show the window
 957    *
 958    * @param args
 959    */
 960   public static void main(String[] args)
 961   {
 962     jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer
 963             .getDiscoverer();
 964     int p = 0;
 965     if (args.length > 0)
 966     {
 967       Vector<String> services = new Vector<String>();
 968       services.addElement(args[p++]);
 969       Jws2Discoverer.getDiscoverer().setServiceUrls(services);
 970     }
 971     try
 972     {
 973       disc.run();
 974     } catch (Exception e)
 975     {
 976       System.err.println("Aborting. Problem discovering services.");
 977       e.printStackTrace();
 978       return;
 979     }
 980     Jws2Instance lastserv = null;
 981     for (Jws2Instance service : disc.getServices())
 982     {
 983       lastserv = service;
 984       if (p >= args.length || service.serviceType.equalsIgnoreCase(args[p]))
 985       {
 986         if (lastserv != null)
 987         {
 988           List<Preset> prl = null;
 989           Preset pr = null;
 990           if (++p < args.length)
 991           {
 992             PresetManager prman = lastserv.getPresets();
 993             if (prman != null)
 994             {
 995               pr = prman.getPresetByName(args[p]);
 996               if (pr == null)
 997               {
 998                 // just grab the last preset.
 999                 prl = prman.getPresets();
1000               }
1001             }
1002           }
1003           else
1004           {
1005             PresetManager prman = lastserv.getPresets();
1006             if (prman != null)
1007             {
1008               prl = prman.getPresets();
1009             }
1010           }
1011           Iterator<Preset> en = (prl == null) ? null : prl.iterator();
1012           while (en != null && en.hasNext())
1013           {
1014             if (en != null)
1015             {
1016               if (!en.hasNext())
1017               {
1018                 en = prl.iterator();
1019               }
1020               pr = en.next();
1021             }
1022             {
1023               System.out.println("Testing opts dupes for "
1024                       + lastserv.getUri() + " : "
1025                       + lastserv.getActionText() + ":" + pr.getName());
1026               List<Option> rg = lastserv.getRunnerConfig().getOptions();
1027               for (Option o : rg)
1028               {
1029                 try
1030                 {
1031                   Option cpy = jalview.ws.jws2.ParameterUtils.copyOption(o);
1032                 } catch (Exception e)
1033                 {
1034                   System.err.println("Failed to copy " + o.getName());
1035                   e.printStackTrace();
1036                 } catch (Error e)
1037                 {
1038                   System.err.println("Failed to copy " + o.getName());
1039                   e.printStackTrace();
1040                 }
1041               }
1042             }
1043             {
1044               System.out.println("Testing param dupes:");
1045               List<Parameter> rg = lastserv.getRunnerConfig()
1046                       .getParameters();
1047               for (Parameter o : rg)
1048               {
1049                 try
1050                 {
1051                   Parameter cpy = jalview.ws.jws2.ParameterUtils
1052                           .copyParameter(o);
1053                 } catch (Exception e)
1054                 {
1055                   System.err.println("Failed to copy " + o.getName());
1056                   e.printStackTrace();
1057                 } catch (Error e)
1058                 {
1059                   System.err.println("Failed to copy " + o.getName());
1060                   e.printStackTrace();
1061                 }
1062               }
1063             }
1064             {
1065               System.out.println("Testing param write:");
1066               List<String> writeparam = null, readparam = null;
1067               try
1068               {
1069                 writeparam = jalview.ws.jws2.ParameterUtils
1070                         .writeParameterSet(
1071                                 pr.getArguments(lastserv.getRunnerConfig()),
1072                                 " ");
1073                 System.out.println("Testing param read :");
1074                 List<Option> pset = jalview.ws.jws2.ParameterUtils
1075                         .processParameters(writeparam,
1076                                 lastserv.getRunnerConfig(), " ");
1077                 readparam = jalview.ws.jws2.ParameterUtils
1078                         .writeParameterSet(pset, " ");
1079                 Iterator<String> o = pr.getOptions().iterator(), s = writeparam
1080                         .iterator(), t = readparam.iterator();
1081                 boolean failed = false;
1082                 while (s.hasNext() && t.hasNext())
1083                 {
1084                   String on = o.next(), sn = s.next(), st = t.next();
1085                   if (!sn.equals(st))
1086                   {
1087                     System.out.println("Original was " + on
1088                             + " Phase 1 wrote " + sn + "\tPhase 2 wrote "
1089                             + st);
1090                     failed = true;
1091                   }
1092                 }
1093                 if (failed)
1094                 {
1095                   System.out.println("Original parameters:\n"
1096                           + pr.getOptions());
1097                   System.out.println("Wrote parameters in first set:\n"
1098                           + writeparam);
1099                   System.out.println("Wrote parameters in second set:\n"
1100                           + readparam);
1101
1102                 }
1103               } catch (Exception e)
1104               {
1105                 e.printStackTrace();
1106               }
1107             }
1108             WsJobParameters pgui = new WsJobParameters(lastserv,
1109                     new JabaPreset(lastserv, pr));
1110             JFrame jf = new JFrame(MessageManager.formatMessage(
1111                     "label.ws_parameters_for",
1112                     new String[] { lastserv.getActionText() }));
1113             JPanel cont = new JPanel(new BorderLayout());
1114             pgui.validate();
1115             cont.setPreferredSize(pgui.getPreferredSize());
1116             cont.add(pgui, BorderLayout.CENTER);
1117             jf.setLayout(new BorderLayout());
1118             jf.add(cont, BorderLayout.CENTER);
1119             jf.validate();
1120             final Thread thr = Thread.currentThread();
1121             jf.addWindowListener(new WindowListener()
1122             {
1123
1124               @Override
1125               public void windowActivated(WindowEvent e)
1126               {
1127                 // TODO Auto-generated method stub
1128
1129               }
1130
1131               @Override
1132               public void windowClosed(WindowEvent e)
1133               {
1134               }
1135
1136               @Override
1137               public void windowClosing(WindowEvent e)
1138               {
1139                 thr.interrupt();
1140
1141               }
1142
1143               @Override
1144               public void windowDeactivated(WindowEvent e)
1145               {
1146                 // TODO Auto-generated method stub
1147
1148               }
1149
1150               @Override
1151               public void windowDeiconified(WindowEvent e)
1152               {
1153                 // TODO Auto-generated method stub
1154
1155               }
1156
1157               @Override
1158               public void windowIconified(WindowEvent e)
1159               {
1160                 // TODO Auto-generated method stub
1161
1162               }
1163
1164               @Override
1165               public void windowOpened(WindowEvent e)
1166               {
1167                 // TODO Auto-generated method stub
1168
1169               }
1170
1171             });
1172             jf.setVisible(true);
1173             boolean inter = false;
1174             while (!inter)
1175             {
1176               try
1177               {
1178                 Thread.sleep(10000);
1179               } catch (Exception e)
1180               {
1181                 inter = true;
1182               }
1183               ;
1184             }
1185             jf.dispose();
1186           }
1187         }
1188       }
1189     }
1190   }
1191
1192   public boolean isServiceDefaults()
1193   {
1194     return (!isModified() && (lastParmSet != null && lastParmSet
1195             .equals(SVC_DEF)));
1196   }
1197
1198   public List<ArgumentI> getJobParams()
1199   {
1200     return opanp.getCurrentSettings();
1201   }
1202
1203   String lastParmSet = null;
1204
1205   /*
1206    * Hashtable<String, Object[]> editedParams = new Hashtable<String,
1207    * Object[]>();
1208    *
1209    * store the given parameters in the user parameter set database.
1210    *
1211    * @param storeSetName - lastParmSet
1212    *
1213    * @param descr - setDescr.getText()
1214    *
1215    * @param jobParams - getJobParams()
1216    *
1217    * private void _storeUserPreset(String storeSetName, String descr,
1218    * List<ArgumentI> jobParams) { // this is a simple hash store. Object[] pset;
1219    * editedParams.put(storeSetName, pset = new Object[3]); pset[0] =
1220    * storeSetName; pset[1] = descr; pset[2] = jobParams; // writeParam("Saving "
1221    * + storeSetName + ": ", jobParams); }
1222    *
1223    * private void writeParam(String nm, List<ArgumentI> params) { for (ArgumentI
1224    * p : params) { System.out.println(nm + ":" + System.identityHashCode(p) +
1225    * " Name: " + p.getName() + " Value: " + p.getDefaultValue()); } }
1226    *
1227    * private Object[] _getUserPreset(String setName) { Object[] pset =
1228    * editedParams.get(setName); // if (pset != null) // writeParam("Retrieving "
1229    * + setName + ": ", (List<Argument>) pset[2]); return pset; }
1230    *
1231    * * remove the given user preset from the preset stash
1232    *
1233    * @param setName
1234    *
1235    * private void _deleteUserPreset(String setName) {
1236    * editedParams.remove(setName); }
1237    */
1238
1239   private void syncSetNamesWithStore()
1240   {
1241     int n = 0;
1242     // remove any set names in the drop down menu that aren't either a reserved
1243     // setting, or a user defined or service preset.
1244     Vector items = new Vector();
1245     while (n < setName.getItemCount())
1246     {
1247       String item = (String) setName.getItemAt(n);
1248       if (!item.equals(SVC_DEF) && !paramStore.presetExists(item))
1249       {
1250         setName.removeItemAt(n);
1251       }
1252       else
1253       {
1254         items.addElement(item);
1255         n++;
1256       }
1257     }
1258     if (!items.contains(SVC_DEF))
1259     {
1260       setName.addItem(SVC_DEF);
1261     }
1262     for (WsParamSetI upn : paramStore.getPresets())
1263     {
1264       if (!items.contains(upn.getName()))
1265       {
1266         setName.addItem(upn.getName());
1267       }
1268     }
1269   }
1270
1271   /**
1272    * true if lastParmSet is a user preset
1273    */
1274   boolean isUserPreset = false;
1275
1276   private void reInitDialog(String nextPreset)
1277   {
1278     settingDialog = true;
1279     // updateTable(null,null); // first reset to defaults
1280     WsParamSetI pset = null;
1281     if (nextPreset != null && nextPreset.length() > 0)
1282     {
1283       pset = paramStore.getPreset(nextPreset);
1284     }
1285     if (pset != null)
1286     {
1287       if (pset.isModifiable())
1288       {
1289         isUserPreset = true;
1290         setDescr.setText(pset.getDescription());
1291         updateTable(null, pset.getArguments());
1292         lastParmSet = nextPreset;
1293       }
1294       else
1295       {
1296         isUserPreset = false;
1297         setDescr.setText("");
1298         // must be a default preset from service
1299         updateTable(pset, null);
1300         lastParmSet = nextPreset;
1301       }
1302     }
1303     else
1304     {
1305       isUserPreset = false;
1306       // Service defaults
1307       setDescr.setText("");
1308       updateTable(null, null);
1309       lastParmSet = SVC_DEF;
1310     }
1311
1312     initArgSetModified();
1313     syncSetNamesWithStore();
1314     setName.setSelectedItem(lastParmSet);
1315     SetNamePanel.validate();
1316     validate();
1317     settingDialog = false;
1318   }
1319
1320   /**
1321    * Rebuild the AlignFrame web service menus (after add/delete of a preset
1322    * option).
1323    */
1324   protected void updateWebServiceMenus()
1325   {
1326     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1327     {
1328       alignFrame.BuildWebServiceMenu();
1329     }
1330   }
1331
1332   String curSetName = null;
1333
1334   @Override
1335   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1336   {
1337     if (e.getSource() == setName && e.getStateChange() == e.SELECTED)
1338     {
1339       final String setname = (String) setName.getSelectedItem();
1340       System.out.println("Item state changed for " + setname
1341               + " (handling ? " + !settingDialog + ")");
1342       if (settingDialog)
1343       {
1344         // ignore event
1345         return;
1346       }
1347       if (setname == null)
1348       {
1349         return;
1350       }
1351       javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1352       {
1353         @Override
1354         public void run()
1355         {
1356           doPreferenceComboStateChange(setname);
1357         }
1358       });
1359     }
1360   }
1361
1362   private void doPreferenceComboStateChange(String setname)
1363   {
1364     // user has selected a different item from combo-box
1365     if (isModified())
1366     {
1367       String lsetname = (curSetName != null) ? curSetName : lastParmSet;
1368       if (lsetname.equals(setname))
1369       {
1370         // setname was just edited - so ignore this event.
1371         return;
1372       }
1373       settingDialog = true;
1374       System.out.println("Prompting to save " + lsetname);
1375       if (JvOptionPane
1376               .showConfirmDialog(
1377                       this,
1378                       "Parameter set '"
1379                               + lsetname
1380                               + "' is modifed, and your changes will be lost.\nReally change preset ?",
1381                       "Warning: Unsaved Changes",
1382                       JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) != JvOptionPane.OK_OPTION)
1383       {
1384         // revert the combobox to the current item
1385         settingDialog = true;
1386         setName.setSelectedItem(lsetname);
1387         settingDialog = false;
1388         // and leave.
1389         return;
1390         // System.out.println("Saving for " + lsetname);
1391         // _storeCurrentPreset(lsetname);
1392
1393       }
1394     }
1395     settingDialog = true;
1396     reInitDialog(setname);
1397     settingDialog = false;
1398
1399   }
1400
1401   private void _renameExistingPreset(String oldName, String curSetName2)
1402   {
1403     paramStore.updatePreset(oldName, curSetName2, setDescr.getText(),
1404             getJobParams());
1405   }
1406
1407   /**
1408    * store current settings as given name. You should then reset gui.
1409    *
1410    * @param curSetName2
1411    */
1412   private void _storeCurrentPreset(String curSetName2)
1413   {
1414     paramStore.storePreset(curSetName2, setDescr.getText(), getJobParams());
1415   }
1416
1417   private void _updatePreset(String lastParmSet2, String curname)
1418   {
1419     paramStore.updatePreset(lastParmSet2, curname, setDescr.getText(),
1420             getJobParams());
1421
1422   }
1423
1424   /**
1425    * last saved name for this user preset
1426    */
1427   String lastSetName = null;
1428
1429   /**
1430    * last saved value of the description text for this user preset
1431    */
1432   String lastDescrText = null;
1433
1434   @Override
1435   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1436   {
1437     if (e.getSource() instanceof Component)
1438     {
1439       Component src = (Component) e.getSource();
1440       if (src.getParent() == setName)
1441       {
1442         // rename any existing records we know about for this set.
1443         String newname = e.getActionCommand().trim();
1444         String msg = null;
1445         if (isServicePreset(newname))
1446         {
1447           final String oldname = curSetName != null ? curSetName
1448                   : lastParmSet;
1449           final Component ourframe = this;
1450           settingDialog = true;
1451           setName.getEditor().setItem(oldname);
1452           settingDialog = false;
1453           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1454           {
1455             @Override
1456             public void run()
1457             {
1458               JvOptionPane.showMessageDialog(ourframe, MessageManager
1459                       .getString("label.invalid_name_preset_exists"),
1460                       MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1461                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1462             }
1463           });
1464
1465           return;
1466         }
1467         curSetName = newname;
1468         System.err.println("New name for user setting " + curSetName
1469                 + " (was " + setName.getSelectedItem() + ")");
1470         if (curSetName.equals(setName.getSelectedItem()))
1471         {
1472           curSetName = null;
1473         }
1474         if (curSetName != null)
1475         {
1476           argSetModified(setName, true);
1477           return;
1478         }
1479
1480       }
1481     }
1482   }
1483
1484   private void checkDescrModified()
1485   {
1486     if (!settingDialog)
1487     {
1488
1489       argSetModified(
1490               setDescr,
1491               (lastDescrText == null ? setDescr.getText().trim().length() > 0
1492                       : !setDescr.getText().equals(lastDescrText)));
1493
1494     }
1495   }
1496
1497   @Override
1498   public void insertUpdate(DocumentEvent e)
1499   {
1500     checkDescrModified();
1501   }
1502
1503   @Override
1504   public void removeUpdate(DocumentEvent e)
1505   {
1506     checkDescrModified();
1507   }
1508
1509   @Override
1510   public void changedUpdate(DocumentEvent e)
1511   {
1512     checkDescrModified();
1513   }
1514
1515   /**
1516    *
1517    * @return null or the service preset selected by the user
1518    */
1519   public WsParamSetI getPreset()
1520   {
1521     if (isUserPreset || isModified()
1522             || (lastParmSet != null && lastParmSet.equals(SVC_DEF)))
1523     {
1524       return null;
1525     }
1526     else
1527     {
1528       return paramStore.getPreset(lastParmSet);
1529     }
1530   }
1531 }