src/jalview/hmmer/HMMBuild.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.api.AlignViewportI;
   4 import jalview.bin.Cache;
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   8 import jalview.datamodel.ResidueCount;
   9 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11 import jalview.gui.AlignFrame;
  12 import jalview.gui.JvOptionPane;
  13 import jalview.io.DataSourceType;
  14 import jalview.io.FileParse;
  15 import jalview.io.HMMFile;
  16 import jalview.util.FileUtils;
  17 import jalview.util.MessageManager;
  18 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.util.ArrayList;
  23 import java.util.Hashtable;
  24 import java.util.List;
  25
  26 /**
  27  * A class that runs the hmmbuild command as a separate process.
  28  *
  29  * @author gmcarstairs
  30  *
  31  */
  32 public class HMMBuild extends HmmerCommand
  33 {
  34   static final String ARG_AMINO = "--amino";
  35
  36   static final String ARG_DNA = "--dna";
  37
  38   static final String ARG_RNA = "--rna";
  39
  40   /**
  41    * Constructor
  42    *
  43    * @param alignFrame
  44    * @param args
  45    */
  46   public HMMBuild(AlignFrame alignFrame, List<ArgumentI> args)
  47   {
  48     super(alignFrame, args);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Builds a HMM from an alignment (and/or groups), then imports and adds it to
  53    * the alignment (and/or groups). Call this method directly to execute
  54    * synchronously, or via start() in a new Thread for asynchronously.
  55    */
  56   @Override
  57   public void run()
  58   {
  59     if (params == null || params.isEmpty())
  60     {
  61       Cache.log.error("No parameters to HMMBuild!|");
  62       return;
  63     }
  64
  65     long msgID = System.currentTimeMillis();
  66     af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.running_hmmbuild"),
  67             msgID);
  68
  69     AlignViewportI viewport = af.getViewport();
  70     try
  71     {
  72       /*
  73        * run hmmbuild for alignment and/or groups as selected
  74        */
  75       List<AnnotatedCollectionI> runBuildFor = parseParameters(viewport);
  76
  77       for (AnnotatedCollectionI grp : runBuildFor)
  78       {
  79         runHMMBuild(grp);
  80       }
  81     } finally
  82     {
  83       af.setProgressBar("", msgID);
  84       viewport.alignmentChanged(af.alignPanel);
  85       af.buildColourMenu(); // to enable HMMER colour schemes
  86     }
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Scans the parameters to determine whether to run hmmmbuild for the whole
  91    * alignment or specified subgroup(s) or both
  92    *
  93    * @param viewport
  94    * @return
  95    */
  96   protected List<AnnotatedCollectionI> parseParameters(
  97           AlignViewportI viewport)
  98   {
  99     List<AnnotatedCollectionI> runBuildFor = new ArrayList<>();
 100     boolean foundArg = false;
 101
 102     for (ArgumentI arg : params)
 103     {
 104       String name = arg.getName();
 105       if (MessageManager.getString("label.hmmbuild_for").equals(name))
 106       {
 107         foundArg = true;
 108         String value = arg.getValue();
 109
 110         if (MessageManager.getString("label.alignment").equals(value))
 111         {
 112           runBuildFor.add(viewport.getAlignmentView(false)
 113                   .getVisibleAlignment('-'));
 114         }
 115         else if (MessageManager.getString("label.groups_and_alignment")
 116                 .equals(value))
 117         {
 118           runBuildFor.add(viewport.getAlignmentView(false)
 119                   .getVisibleAlignment('-'));
 120           runBuildFor.addAll(viewport.getAlignment().getGroups());
 121         }
 122         else if (MessageManager.getString("label.groups").equals(value))
 123         {
 124           runBuildFor.addAll(viewport.getAlignment().getGroups());
 125         }
 126         else if (MessageManager.getString("label.selected_group")
 127                 .equals(value))
 128         {
 129           runBuildFor.add(viewport.getSelectionGroup());
 130         }
 131       }
 132       else if (MessageManager.getString("label.use_reference")
 133               .equals(name))
 134       {
 135         // todo disable this option if no RF annotation on alignment
 136         if (!af.getViewport().hasReferenceAnnotation())
 137         {
 138           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(af, MessageManager
 139                   .getString("warn.no_reference_annotation"));
 140           // return;
 141         }
 142       }
 143     }
 144
 145     /*
 146      * default is to build for the whole alignment
 147      */
 148     if (!foundArg)
 149     {
 150       runBuildFor.add(alignment);
 151     }
 152
 153     return runBuildFor;
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Runs hmmbuild on the given sequences (alignment or group)
 158    *
 159    * @param grp
 160    */
 161   private void runHMMBuild(AnnotatedCollectionI ac)
 162   {
 163     File hmmFile = null;
 164     File alignmentFile = null;
 165     try
 166     {
 167       hmmFile = FileUtils.createTempFile("hmm", ".hmm");
 168       alignmentFile = FileUtils.createTempFile("output", ".sto");
 169
 170       if (ac instanceof Alignment)
 171       {
 172         AlignmentI al = (Alignment) ac;
 173         // todo pad gaps in an unaligned SequenceGroup as well?
 174         if (!al.isAligned())
 175         {
 176           al.padGaps();
 177         }
 178       }
 179
 180       deleteHmmSequences(ac);
 181
 182       List<SequenceI> copy = new ArrayList<>();
 183       if (ac instanceof Alignment)
 184       {
 185         copy.addAll(ac.getSequences());
 186       }
 187       else
 188       {
 189         SequenceI[] sel = ((SequenceGroup) ac)
 190                                                 .getSelectionAsNewSequences((AlignmentI) ac.getContext());
 191         for (SequenceI seq : sel)
 192         {
 193           if (seq != null)
 194           {
 195             copy.add(seq);
 196           }
 197         }
 198       }
 199       // TODO rather than copy alignment data we should anonymize in situ -
 200       // export/File import could use anonymization hash to reinstate references
 201       // at import level ?
 202
 203       SequenceI[] copyArray = copy.toArray(new SequenceI[copy.size()]);
 204       // TODO: when copy contains the alignment sequences, you actually see the alignment sequences change to 'Sequence0'... if a redraw occurs!
 205       Hashtable sequencesHash = stashSequences(copyArray);
 206
 207       exportStockholm(copyArray, alignmentFile, ac);
 208
 209       recoverSequences(sequencesHash, copy.toArray(new SequenceI[] {}));
 210
 211       boolean ran = runCommand(alignmentFile, hmmFile, ac);
 212       if (!ran)
 213       {
 214         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(af, MessageManager
 215                 .formatMessage("warn.command_failed", "hmmbuild"));
 216         return;
 217       }
 218       importData(hmmFile, ac);
 219     } catch (Exception e)
 220     {
 221       e.printStackTrace();
 222     } finally
 223     {
 224       if (hmmFile != null)
 225       {
 226         hmmFile.delete();
 227       }
 228       if (alignmentFile != null)
 229       {
 230         alignmentFile.delete();
 231       }
 232     }
 233   }
 234
 235   /**
 236    * Constructs and executes the hmmbuild command as a separate process
 237    *
 238    * @param sequencesFile
 239    *          the alignment from which the HMM is built
 240    * @param hmmFile
 241    *          the output file to which the HMM is written
 242    * @param group
 243    *          alignment or group for which the hmm is generated
 244    *
 245    * @return
 246    * @throws IOException
 247    */
 248   private boolean runCommand(File sequencesFile, File hmmFile,
 249           AnnotatedCollectionI group) throws IOException
 250   {
 251     String cmd = getCommandPath(HMMBUILD);
 252     if (cmd == null)
 253     {
 254       return false; // executable not found
 255     }
 256     List<String> args = new ArrayList<>();
 257     args.add(cmd);
 258
 259     /*
 260      * HMM name (will be given to consensus sequence) is
 261      * - as specified by an input parameter if set
 262      * - else group name with _HMM appended (if for a group)
 263      * - else align frame title with _HMM appended (if title is not too long)
 264      * - else "Alignment_HMM"
 265      */
 266     String name = "";
 267
 268     if (params != null)
 269     {
 270       for (ArgumentI arg : params)
 271       {
 272         String argName = arg.getName();
 273         switch (argName)
 274         {
 275         case "HMM Name":
 276           name = arg.getValue().trim();
 277           break;
 278         case "Use Reference Annotation":
 279           args.add("--hand");
 280           break;
 281         }
 282       }
 283     }
 284
 285     if (group instanceof SequenceGroup)
 286     {
 287       name = ((SequenceGroup) group).getName() + "_HMM";
 288     }
 289
 290     if ("".equals(name))
 291     {
 292       if (af != null && af.getTitle().length() < 15)
 293       {
 294         name = af.getTitle();
 295       }
 296       else
 297       {
 298         name = "Alignment_HMM";
 299       }
 300     }
 301
 302     args.add("-n");
 303     args.add(name.replace(' ', '_'));
 304     if (!alignment.isNucleotide())
 305     {
 306       args.add(ARG_AMINO); // TODO check for rna
 307     }
 308     else
 309     {
 310       args.add(ARG_DNA);
 311     }
 312
 313     args.add(getFilePath(hmmFile, true));
 314     args.add(getFilePath(sequencesFile, true));
 315
 316     return runCommand(args);
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Imports the .hmm file produced by hmmbuild, and inserts the HMM consensus
 321    * sequence (with attached HMM profile) as the first sequence in the alignment
 322    * or group for which it was generated
 323    *
 324    * @param hmmFile
 325    * @param ac
 326    *          (optional) the group for which the hmm was generated
 327    * @throws IOException
 328    */
 329   private void importData(File hmmFile, AnnotatedCollectionI ac)
 330           throws IOException
 331   {
 332     if (hmmFile.length() == 0L)
 333     {
 334       Cache.log.error("Error: hmmbuild produced empty hmm file");
 335       return;
 336     }
 337
 338     HMMFile file = new HMMFile(
 339             new FileParse(hmmFile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE));
 340     SequenceI hmmSeq = file.getHMM().getConsensusSequence();
 341
 342
 343
 344     ResidueCount counts = new ResidueCount(alignment.getSequences());
 345     hmmSeq.getHMM().setBackgroundFrequencies(counts);
 346
 347     if (hmmSeq == null)
 348     {
 349       // hmmbuild failure not detected earlier
 350       return;
 351     }
 352
 353     if (ac instanceof SequenceGroup)
 354     {
 355       SequenceGroup grp = (SequenceGroup) ac;
 356       char gapChar = alignment.getGapCharacter();
 357       hmmSeq.insertCharAt(0, ac.getStartRes(), gapChar);
 358       hmmSeq.insertCharAt(ac.getEndRes() + 1,
 359               alignment.getWidth() - ac.getEndRes() - 1, gapChar);
 360       SequenceI topSeq = grp.getSequencesInOrder(alignment)[0];
 361       int topIndex = alignment.findIndex(topSeq);
 362       alignment.insertSequenceAt(topIndex, hmmSeq);
 363       ac.setSeqrep(hmmSeq);
 364       grp.addSequence(hmmSeq, false);
 365     }
 366     else
 367     {
 368       alignment.insertSequenceAt(0, hmmSeq);
 369     }
 370   }
 371 }