src/jalview/hmmer/HMMERCommands.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.io.HMMFile;
   9 import jalview.io.StockholmFile;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.io.InputStreamReader;
  15 import java.io.PrintWriter;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.List;
  18
  19 /**
  20  * Contains multiple commands and methods frequently used to run hmmbuild,
  21  * hmmalign and hmmsearch
  22  *
  23  * @author TZVanaalten
  24  *
  25  */
  26 public class HMMERCommands
  27 {
  28   // Path of hmmer binaries directory
  29   String HMMERFOLDER = "/Documents/";
  30
  31   public String JALVIEWDIRECTORY = System.getProperty("user.dir")
  32           + "/";
  33
  34   public final String HMMALIGN = "/hmmalign ";
  35
  36   public final String HMMBUILD = "/hmmbuild ";
  37
  38   public final String HMMSEARCH = "/hmmsearch ";
  39
  40   public String OUTPUTALIGNMENT;
  41
  42   public final String NAME = "-n ";
  43
  44   public final String SPACE = " ";
  45
  46   public final String ALLCOL = "--allcol ";
  47
  48   public final String TRIM = "--trim ";
  49
  50   public final String FORCEAMINO = "--amino ";
  51
  52   public final String FORCEDNA = "--dna ";
  53
  54   public final String FORCERNA = "--rna ";
  55
  56   Hashtable hash = new Hashtable();
  57
  58   List<SequenceI> hmmSeqs;
  59
  60   /**
  61    * Uniquifies the sequences when exporting and stores their details in a
  62    * hashtable.
  63    *
  64    * @param seqs
  65    */
  66   public void uniquifySequences(SequenceI[] seqs)
  67   {
  68     hash = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(seqs, true);
  69   }
  70
  71   /**
  72    * Recover the sequence data lost by uniquifying.
  73    *
  74    * @param seqs
  75    */
  76   public void recoverSequenceNames(SequenceI[] seqs)
  77   {
  78     jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(hash, seqs);
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Runs a command in the command line.
  83    *
  84    * @param command
  85    * @throws IOException
  86    * @throws InterruptedException
  87    */
  88   public boolean runCommand(String command)
  89           throws IOException, InterruptedException
  90   {
  91     try
  92     {
  93     final Process p = Runtime.getRuntime().exec(command);
  94
  95     new Thread(new Runnable()
  96     {
  97       @Override
  98       public void run()
  99       {
 100         BufferedReader input = new BufferedReader(
 101                 new InputStreamReader(p.getInputStream()));
 102         String line = null;
 103
 104         try
 105         {
 106           while ((line = input.readLine()) != null)
 107           {
 108             System.out.println(line);
 109           }
 110         } catch (IOException e)
 111         {
 112           e.printStackTrace();
 113         }
 114       }
 115     }).start();
 116
 117     p.waitFor();
 118     } catch (Exception e)
 119     {
 120       e.printStackTrace();
 121       return false;
 122     }
 123     return true;
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Exports an alignment and/or HMM to the specified file.
 128    *
 129    * @param alignment
 130    * @throws IOException
 131    */
 132   public void exportData(SequenceI[] seqs,
 133           File stoLocation, HiddenMarkovModel hmm, File hmmLocation)
 134           throws IOException
 135   {
 136     if (seqs != null)
 137     {
 138       StockholmFile file = new StockholmFile(new Alignment(seqs));
 139       boolean removeAnnots = false;
 140       if (hmm == null)
 141       {
 142         removeAnnots = true;
 143       }
 144       String output = file.print(seqs, false, removeAnnots);
 145       PrintWriter writer = new PrintWriter(stoLocation);
 146       writer.println(output);
 147       writer.close();
 148     }
 149
 150     if (hmm != null)
 151     {
 152       HMMFile file = new HMMFile(hmm);
 153       file.exportFile(hmmLocation);
 154     }
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Adds any HMM sequences removed before submitting the alignment as a job
 159    * back into the alignment.
 160    *
 161    * @param af
 162    */
 163   public void addHMMConsensusSequences(AlignFrame af)
 164   {
 165     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 166     for (SequenceI seq : hmmSeqs)
 167     {
 168       Integer position = seq.getPreviousPosition();
 169       al.getSequences().add(position, seq);
 170     }
 171     af.getViewport().setAlignment(al);
 172     af.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 173     af.getViewport().updateSequenceIdColours();
 174     af.buildSortByAnnotationScoresMenu();
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Returns the list of HMM sequences removed
 179    *
 180    * @return
 181    */
 182   public List<SequenceI> getHmmSeqs()
 183   {
 184     return hmmSeqs;
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Sets the list of removed HMM sequences
 189    *
 190    * @param hmmSeqs
 191    */
 192   public void setHmmSeqs(List<SequenceI> hmmSeqs)
 193   {
 194     this.hmmSeqs = hmmSeqs;
 195   }
 196 }