src/jalview/hmmer/HMMERCommands.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.io.HMMFile;
   9 import jalview.io.StockholmFile;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.io.InputStreamReader;
  15 import java.io.PrintWriter;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.List;
  18
  19 public class HMMERCommands
  20 {
  21   // Path of hmmer binaries directory
  22   String HMMERFOLDER = "/Documents/";
  23
  24   public String JALVIEWDIRECTORY = System.getProperty("user.dir")
  25           + "/";
  26
  27   public String HMMALIGN = "/hmmalign ";
  28
  29   public String HMMBUILD = "/hmmbuild ";
  30
  31   public String HMMSEARCH = "/hmmsearch ";
  32
  33   public String HMMBUFFER;
  34
  35   public String ALIGNMENTBUFFER;
  36
  37   public String ALIGNMENTINPUT;
  38
  39   public String OUTPUTALIGNMENT;
  40
  41   public String NAME = "-n ";
  42
  43   public String SPACE = " ";
  44
  45   public String ALLCOL = "--allcol ";
  46
  47   public String TRIM = "--trim ";
  48
  49   Hashtable hash = new Hashtable();
  50
  51   List<SequenceI> hmmSeqs;
  52
  53   public void uniquifySequences(SequenceI[] seqs)
  54   {
  55     hash = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(seqs, true);
  56   }
  57
  58   public void recoverSequenceNames(SequenceI[] seqs)
  59   {
  60     jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(hash, seqs);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Runs a command in the terminal.
  65    *
  66    * @param command
  67    * @throws IOException
  68    * @throws InterruptedException
  69    */
  70   public void runCommand(String command)
  71           throws IOException, InterruptedException
  72   {
  73     final Process p = Runtime.getRuntime().exec(command);
  74
  75     new Thread(new Runnable()
  76     {
  77       @Override
  78       public void run()
  79       {
  80         BufferedReader input = new BufferedReader(
  81                 new InputStreamReader(p.getInputStream()));
  82         String line = null;
  83
  84         try
  85         {
  86           while ((line = input.readLine()) != null)
  87           {
  88             System.out.println(line);
  89           }
  90         } catch (IOException e)
  91         {
  92           e.printStackTrace();
  93         }
  94       }
  95     }).start();
  96
  97     p.waitFor();
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Exports an alignment to the buffer location in Jalview.
 102    *
 103    * @param alignment
 104    * @throws IOException
 105    */
 106   public void exportData(SequenceI[] seqs,
 107           File stoLocation, HiddenMarkovModel hmm, File hmmLocation)
 108           throws IOException
 109   {
 110     if (seqs != null)
 111     {
 112       StockholmFile file = new StockholmFile(new Alignment(seqs));
 113       file.setSeqs(seqs);
 114       String output = file.print();
 115       PrintWriter writer = new PrintWriter(stoLocation);
 116       writer.println(output);
 117       writer.close();
 118     }
 119
 120     if (hmm != null)
 121     {
 122       HMMFile file = new HMMFile(hmm);
 123       file.exportFile(hmmLocation);
 124     }
 125   }
 126
 127   public void addHMMConsensusSequences(AlignFrame af)
 128   {
 129     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 130     for (SequenceI seq : hmmSeqs)
 131     {
 132       Integer position = seq.getPreviousPosition();
 133       al.getSequences().add(position, seq);
 134     }
 135     af.getViewport().setAlignment(al);
 136     af.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 137     af.getViewport().updateSequenceIdColours();
 138     af.buildSortByAnnotationScoresMenu();
 139   }
 140
 141   public List<SequenceI> getHmmSeqs()
 142   {
 143     return hmmSeqs;
 144   }
 145
 146   public void setHmmSeqs(List<SequenceI> hmmSeqs)
 147   {
 148     this.hmmSeqs = hmmSeqs;
 149   }
 150 }