src/jalview/hmmer/HMMERCommands.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.io.HMMFile;
   9 import jalview.io.StockholmFile;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.io.InputStreamReader;
  15 import java.io.PrintWriter;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.List;
  18
  19 public class HMMERCommands
  20 {
  21   // Path of hmmer binaries directory
  22   String HMMERFOLDER = "/Documents/";
  23
  24   public String JALVIEWDIRECTORY = System.getProperty("user.dir")
  25           + "/";
  26
  27   public final String HMMALIGN = "/hmmalign ";
  28
  29   public final String HMMBUILD = "/hmmbuild ";
  30
  31   public final String HMMSEARCH = "/hmmsearch ";
  32
  33   public String HMMBUFFER;
  34
  35   public String ALIGNMENTBUFFER;
  36
  37   public String ALIGNMENTINPUT;
  38
  39   public String OUTPUTALIGNMENT;
  40
  41   public final String NAME = "-n ";
  42
  43   public final String SPACE = " ";
  44
  45   public final String ALLCOL = "--allcol ";
  46
  47   public final String TRIM = "--trim ";
  48
  49   public final String FORCEAMINO = "--amino ";
  50
  51   public final String FORCEDNA = "--dna ";
  52
  53   public final String FORCERNA = "--rna ";
  54
  55   Hashtable hash = new Hashtable();
  56
  57   List<SequenceI> hmmSeqs;
  58
  59   public void uniquifySequences(SequenceI[] seqs)
  60   {
  61     hash = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(seqs, true);
  62   }
  63
  64   public void recoverSequenceNames(SequenceI[] seqs)
  65   {
  66     jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(hash, seqs);
  67   }
  68
  69   /**
  70    * Runs a command in the terminal.
  71    *
  72    * @param command
  73    * @throws IOException
  74    * @throws InterruptedException
  75    */
  76   public void runCommand(String command)
  77           throws IOException, InterruptedException
  78   {
  79     final Process p = Runtime.getRuntime().exec(command);
  80
  81     new Thread(new Runnable()
  82     {
  83       @Override
  84       public void run()
  85       {
  86         BufferedReader input = new BufferedReader(
  87                 new InputStreamReader(p.getInputStream()));
  88         String line = null;
  89
  90         try
  91         {
  92           while ((line = input.readLine()) != null)
  93           {
  94             System.out.println(line);
  95           }
  96         } catch (IOException e)
  97         {
  98           e.printStackTrace();
  99         }
 100       }
 101     }).start();
 102
 103     p.waitFor();
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Exports an alignment to the buffer location in Jalview.
 108    *
 109    * @param alignment
 110    * @throws IOException
 111    */
 112   public void exportData(SequenceI[] seqs,
 113           File stoLocation, HiddenMarkovModel hmm, File hmmLocation)
 114           throws IOException
 115   {
 116     if (seqs != null)
 117     {
 118       StockholmFile file = new StockholmFile(new Alignment(seqs));
 119       file.setSeqs(seqs);
 120       String output = file.print();
 121       PrintWriter writer = new PrintWriter(stoLocation);
 122       writer.println(output);
 123       writer.close();
 124     }
 125
 126     if (hmm != null)
 127     {
 128       HMMFile file = new HMMFile(hmm);
 129       file.exportFile(hmmLocation);
 130     }
 131   }
 132
 133   public void addHMMConsensusSequences(AlignFrame af)
 134   {
 135     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 136     for (SequenceI seq : hmmSeqs)
 137     {
 138       Integer position = seq.getPreviousPosition();
 139       al.getSequences().add(position, seq);
 140     }
 141     af.getViewport().setAlignment(al);
 142     af.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 143     af.getViewport().updateSequenceIdColours();
 144     af.buildSortByAnnotationScoresMenu();
 145   }
 146
 147   public List<SequenceI> getHmmSeqs()
 148   {
 149     return hmmSeqs;
 150   }
 151
 152   public void setHmmSeqs(List<SequenceI> hmmSeqs)
 153   {
 154     this.hmmSeqs = hmmSeqs;
 155   }
 156 }