src/jalview/hmmer/HMMERParamStore.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.gui.Preferences;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   8 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   9 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  10 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  11 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
  12 import jalview.ws.params.simple.DoubleParameter;
  13 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
  14 import jalview.ws.params.simple.LogarithmicParameter;
  15 import jalview.ws.params.simple.Option;
  16 import jalview.ws.params.simple.StringParameter;
  17
  18 import java.io.IOException;
  19 import java.util.ArrayList;
  20 import java.util.Arrays;
  21 import java.util.Collection;
  22 import java.util.List;
  23 import java.util.Scanner;
  24
  25 public final class HMMERParamStore implements ParamDatastoreI
  26 {
  27   private static final String HMMBUILD = "hmmbuild";
  28
  29   private static final String HMMALIGN = "hmmalign";
  30
  31   private static final String HMMSEARCH = "hmmsearch";
  32
  33   private String name;
  34
  35   private List<WsParamSetI> presets = new ArrayList<>();
  36
  37   private AlignmentViewport viewport;
  38
  39   private HMMERParamStore(String nam, AlignmentViewport av)
  40   {
  41     this.viewport = av;
  42     this.name = nam;
  43   }
  44
  45   public static HMMERParamStore forBuild(AlignmentViewport viewport)
  46   {
  47     return new HMMERParamStore(HMMBUILD, viewport);
  48   }
  49
  50   public static HMMERParamStore forAlign(AlignmentViewport viewport)
  51   {
  52     return new HMMERParamStore(HMMALIGN, viewport);
  53   }
  54
  55   public static HMMERParamStore forSearch(AlignmentViewport viewport)
  56   {
  57     return new HMMERParamStore(HMMSEARCH, viewport);
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public List<WsParamSetI> getPresets()
  62   {
  63     return presets;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public WsParamSetI getPreset(String nam)
  68   {
  69     return null;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
  74   {
  75     List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  76     switch (name)
  77     {
  78     case HMMSEARCH:
  79       getHMMSearchParams(args);
  80       break;
  81     case HMMALIGN:
  82       getHMMAlignParams(args);
  83       break;
  84     case HMMBUILD:
  85       getHMMBuildParams(args);
  86       break;
  87     default:
  88     }
  89
  90     return args;
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Answers default parameters for hmmsearch, taking into account any
  95    * configured as user preferences
  96    *
  97    * @param args
  98    */
  99   private void getHMMSearchParams(List<ArgumentI> args)
 100   {
 101     /*
 102      * 'Options'
 103      */
 104     addChoiceOfHmm(args);
 105
 106     String names = Cache.getProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS);
 107     if (names != null && !names.isEmpty())
 108     {
 109       List<String> databases = new ArrayList<>();
 110       databases.add(MessageManager.getString(HMMSearch.THIS_ALIGNMENT_KEY));
 111       Scanner nameScanner = new Scanner(names);
 112
 113       if (nameScanner.hasNext())
 114       {
 115         while (nameScanner.hasNext())
 116         {
 117           String next = nameScanner.next();
 118           if ("null".equals(next))
 119           {
 120             Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS, "");
 121             Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DB_PATHS, "");
 122           }
 123           else
 124           {
 125             databases.add(next);
 126           }
 127         }
 128       }
 129       nameScanner.close();
 130       args.add(new Option(MessageManager.getString(HMMSearch.DATABASE_KEY),
 131               MessageManager.getString("label.database_for_hmmsearch"),
 132               true, MessageManager.getString(HMMSearch.THIS_ALIGNMENT_KEY),
 133               MessageManager.getString(HMMSearch.THIS_ALIGNMENT_KEY),
 134               databases, null));
 135     }
 136     args.add(new BooleanOption(
 137             MessageManager.getString(HMMSearch.AUTO_ALIGN_SEQS_KEY),
 138             MessageManager.getString("label.auto_align_seqs_desc"), false,
 139             false, true, null));
 140     args.add(new BooleanOption(
 141             MessageManager.getString(HMMSearch.USE_ACCESSIONS_KEY),
 142             MessageManager.getString("label.use_accessions_desc"), false,
 143             false, true, null));
 144     args.add(new BooleanOption(
 145             MessageManager.getString(HMMSearch.TRIM_TERMINI_KEY),
 146             MessageManager.getString("label.trim_termini_desc"), false,
 147             false, true, null));
 148
 149     /*
 150      * 'Parameters'
 151      */
 152     args.add(new IntegerParameter(
 153             MessageManager.getString(HMMSearch.NUMBER_OF_RESULTS_KEY),
 154             MessageManager.getString("label.number_of_results_desc"), true,
 155             100, 0, 100000));
 156     args.add(new StringParameter(
 157             MessageManager.getString(HMMSearch.REPORTING_CUTOFF_KEY), null,
 158             true, HMMSearch.CUTOFF_NONE, HMMSearch.CUTOFF_NONE,
 159             Arrays.asList(HMMSearch.CUTOFF_NONE, HMMSearch.CUTOFF_EVALUE,
 160                     HMMSearch.CUTOFF_SCORE)));
 161     args.add(new LogarithmicParameter(
 162             MessageManager.getString(HMMSearch.SEQ_EVALUE_KEY),
 163             MessageManager.getString("label.seq_e_value_desc"), false, 1D,
 164             1E-38, 10D));
 165     args.add(new LogarithmicParameter(
 166             MessageManager.getString(HMMSearch.DOM_EVALUE_KEY),
 167             MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"), false, 1D,
 168             1E-38, 10D));
 169     args.add(
 170             new DoubleParameter(
 171                     MessageManager.getString(HMMSearch.SEQ_SCORE_KEY),
 172                     MessageManager.getString("label.seq_score_desc"), false,
 173                     0d, 0d, 1000d));
 174     args.add(
 175             new DoubleParameter(
 176                     MessageManager.getString(HMMSearch.DOM_SCORE_KEY),
 177                     MessageManager.getString("label.dom_score_desc"), false,
 178                     0d, 0d, 1000d));
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Answers default parameters for hmmalign, taking into account any configured
 183    * as user preferences
 184    *
 185    * @param args
 186    */
 187   private void getHMMAlignParams(List<ArgumentI> args)
 188   {
 189     addChoiceOfHmm(args);
 190
 191     boolean def = Cache.getDefault(Preferences.HMMALIGN_TRIM_TERMINI,
 192             false);
 193     args.add(new BooleanOption(
 194             MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 195             MessageManager.getString("label.trim_termini_desc"),
 196             false, false, def, null));
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Adds an argument representing the choice of HMM sequences (profiles)
 201    * against which to perform align or search, provided more than one is found
 202    *
 203    * @param args
 204    */
 205   protected void addChoiceOfHmm(List<ArgumentI> args)
 206   {
 207     List<SequenceI> hmms = viewport.getAlignment().getHmmSequences();
 208     if (!hmms.isEmpty())
 209     {
 210       List<String> options = new ArrayList<>();
 211       for (SequenceI hmmSeq : hmms)
 212       {
 213         options.add(hmmSeq.getName());
 214       }
 215       String defseq = options.get(0);
 216       Option option = new Option(MessageManager.getString("label.use_hmm"),
 217               "", true, defseq, defseq, options, null);
 218       args.add(option);
 219     }
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Answers default parameters for hmmbuild, taking into account any configured
 224    * as user preferences
 225    *
 226    * @param args
 227    */
 228   private void getHMMBuildParams(List<ArgumentI> args)
 229   {
 230     /*
 231      * name to give the computed alignment HMM consensus sequence
 232      * (Jalview constructs group HMM consensus sequence names)
 233      */
 234     String defValue = "Alignment_HMM";
 235     StringParameter nameParam = new StringParameter(MessageManager.getString("label.hmm_name"),
 236             MessageManager.getString("label.hmm_name_desc"), true, defValue,
 237             defValue);
 238     args.add(nameParam);
 239
 240     /*
 241      * only enable Use Reference Annotation if RF is present
 242      */
 243     if (viewport.hasReferenceAnnotation())
 244     {
 245       args.add(new BooleanOption(
 246               MessageManager.getString("label.use_reference"),
 247               MessageManager.getString("label.use_reference_desc"), true,
 248               true, true, null));
 249     }
 250
 251     /*
 252      * choice of whether to compute HMM for alignment and/or group(s)
 253      */
 254     Collection<String> options = new ArrayList<>();
 255     options.add(MessageManager.getString("label.alignment"));
 256     options.add(MessageManager.getString("label.groups_and_alignment"));
 257     options.add(MessageManager.getString("label.groups"));
 258     options.add(MessageManager.getString("label.selected_group"));
 259     args.add(new Option(MessageManager.getString("label.hmmbuild_for"),
 260             MessageManager.getString("label.hmmbuild_for_desc"), true,
 261             MessageManager.getString("label.alignment"),
 262             MessageManager.getString("label.alignment"), options, null));
 263   }
 264
 265   @Override
 266   public boolean presetExists(String forName)
 267   {
 268     return false;
 269   }
 270
 271   @Override
 272   public void deletePreset(String forName)
 273   {
 274   }
 275
 276   @Override
 277   public void storePreset(String presetName, String text,
 278           List<ArgumentI> jobParams)
 279   {
 280   }
 281
 282   @Override
 283   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 284           List<ArgumentI> jobParams)
 285   {
 286   }
 287
 288   @Override
 289   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String forName,
 290           String description, String[] serviceURL, String parameters)
 291           throws IOException
 292   {
 293     return null;
 294   }
 295
 296   @Override
 297   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 298           throws IOException
 299   {
 300     return null;
 301   }
 302
 303 }