src/jalview/hmmer/HMMERParamStore.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3
   4 import jalview.bin.Cache;
   5 import jalview.gui.Preferences;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  10 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
  11 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
  12 import jalview.ws.params.simple.LogarithmicParameter;
  13 import jalview.ws.params.simple.Option;
  14
  15 import java.io.IOException;
  16 import java.util.ArrayList;
  17 import java.util.Collection;
  18 import java.util.List;
  19 import java.util.Scanner;
  20
  21
  22 public class HMMERParamStore implements ParamDatastoreI
  23 {
  24
  25   String name;
  26
  27   List<WsParamSetI> presets = new ArrayList<>();
  28
  29   public HMMERParamStore(String name)
  30   {
  31     this.name = name;
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public List<WsParamSetI> getPresets()
  36   {
  37     // TODO Auto-generated method stub
  38     return presets;
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public WsParamSetI getPreset(String name)
  43   {
  44     // TODO Auto-generated method stub
  45     return null;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
  50   {
  51     List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  52     if ("hmmsearch".equals(name))
  53     {
  54       args.add(new IntegerParameter(
  55               MessageManager.getString("label.number_of_results"),
  56               MessageManager
  57                       .getString("label.number_of_results_desc"),
  58               true, 100, 0, 100000));
  59       String names = Cache.getProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS);
  60       if (names != null && !names.isEmpty())
  61       {
  62         Collection<String> databases = new ArrayList<>();
  63         databases.add("This Alignment");
  64         Scanner nameScanner = new Scanner(names);
  65
  66         if (nameScanner.hasNext())
  67         {
  68           while (nameScanner.hasNext())
  69           {
  70             String next = nameScanner.next();
  71             if (next == "null")
  72             {
  73               Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS, "");
  74               Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DB_PATHS, "");
  75             }
  76             else
  77             {
  78               databases.add(next);
  79             }
  80           }
  81         }
  82         nameScanner.close();
  83         args.add(new Option(MessageManager.getString("label.database"),
  84                 MessageManager.getString("label.database_for_hmmsearch"),
  85                 true, "This Alignment", "This Alignment", databases, null));
  86       }
  87       args.add(new BooleanOption(
  88               MessageManager.getString("label.auto_align_seqs"),
  89               MessageManager.getString("label.auto_align_seqs_desc"),
  90               false, false, true, null));
  91       args.add(new BooleanOption(
  92               MessageManager.getString("label.use_accessions"),
  93               MessageManager.getString("label.use_accessions_desc"),
  94               false, false, true, null));
  95       args.add(new BooleanOption(
  96               MessageManager.getString("label.trim_termini"),
  97               MessageManager.getString("label.trim_termini_desc"), false,
  98               false, true, null));
  99       args.add(new LogarithmicParameter(
 100               MessageManager.getString("label.seq_e_value"),
 101               MessageManager.getString("label.seq_e_value_desc"), false,
 102               0.001d, -63d, 9d, 4d));
 103       /*
 104       args.add(new DoubleParameter(
 105               MessageManager.getString("label.seq_score"),
 106               MessageManager.getString("label.seq_score_desc"), false,
 107               0d, 0d, 10000d));
 108          */
 109       args.add(new LogarithmicParameter(
 110               MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"),
 111               MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"), false,
 112               0.001d, -63d, 9d, 4d));
 113       /*
 114       args.add(new DoubleParameter(
 115               MessageManager.getString("label.dom_score"),
 116               MessageManager.getString("label.dom_score_desc"), false, 0d,
 117               0d,
 118               10000d));
 119               */
 120     }
 121     if ("hmmalign".equals(name))
 122     {
 123       args.add(new BooleanOption(
 124               MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 125               MessageManager.getString(
 126                       "label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini_desc"),
 127               false, false, true, null));
 128
 129     }
 130     if ("hmmbuild".equals(name))
 131     {
 132       args.add(new BooleanOption(
 133               MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 134               MessageManager.getString(
 135                       "label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini_desc"),
 136               false, false, true, null));
 137
 138     }
 139     return args;
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public boolean presetExists(String name)
 144   {
 145     // TODO Auto-generated method stub
 146     return false;
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public void deletePreset(String name)
 151   {
 152     // TODO Auto-generated method stub
 153
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public void storePreset(String presetName, String text,
 158           List<ArgumentI> jobParams)
 159   {
 160     // TODO Auto-generated method stub
 161
 162   }
 163
 164   @Override
 165   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 166           List<ArgumentI> jobParams)
 167   {
 168     // TODO Auto-generated method stub
 169
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String name,
 174           String description, String[] serviceURL, String parameters)
 175           throws IOException
 176   {
 177     // TODO Auto-generated method stub
 178     return null;
 179   }
 180
 181   @Override
 182   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 183           throws IOException
 184   {
 185     // TODO Auto-generated method stub
 186     return null;
 187   }
 188
 189 }