src/jalview/hmmer/HMMERParamStore.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3
   4 import jalview.bin.Cache;
   5 import jalview.gui.Preferences;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9 import jalview.ws.params.ValueConstrainI;
  10 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  11 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
  12 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
  13 import jalview.ws.params.simple.LogarithmicParameter;
  14 import jalview.ws.params.simple.Option;
  15 import jalview.ws.params.simple.StringParameter;
  16
  17 import java.io.IOException;
  18 import java.util.ArrayList;
  19 import java.util.Collection;
  20 import java.util.List;
  21 import java.util.Scanner;
  22
  23
  24 public class HMMERParamStore implements ParamDatastoreI
  25 {
  26
  27   String name;
  28
  29   List<WsParamSetI> presets = new ArrayList<>();
  30
  31   public HMMERParamStore(String name)
  32   {
  33     this.name = name;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public List<WsParamSetI> getPresets()
  38   {
  39     // TODO Auto-generated method stub
  40     return presets;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public WsParamSetI getPreset(String name)
  45   {
  46     // TODO Auto-generated method stub
  47     return null;
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
  52   {
  53     List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  54     if ("hmmsearch".equals(name))
  55     {
  56       getHMMSearchParams(args);
  57     }
  58     if ("hmmalign".equals(name))
  59     {
  60       getHMMAlignParams(args);
  61
  62     }
  63     if ("hmmbuild".equals(name))
  64     {
  65       getHMMBuildParams(args);
  66
  67     }
  68     return args;
  69   }
  70
  71   private void getHMMSearchParams(List<ArgumentI> args)
  72   {
  73     args.add(new IntegerParameter(
  74             MessageManager.getString("label.number_of_results"),
  75             MessageManager.getString("label.number_of_results_desc"), true,
  76             100, 0, 100000));
  77     String names = Cache.getProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS);
  78     if (names != null && !names.isEmpty())
  79     {
  80       Collection<String> databases = new ArrayList<>();
  81       databases.add(MessageManager.getString("label.this_alignment"));
  82       Scanner nameScanner = new Scanner(names);
  83
  84       if (nameScanner.hasNext())
  85       {
  86         while (nameScanner.hasNext())
  87         {
  88           String next = nameScanner.next();
  89           if (next == "null")
  90           {
  91             Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS, "");
  92             Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DB_PATHS, "");
  93           }
  94           else
  95           {
  96             databases.add(next);
  97           }
  98         }
  99       }
 100       nameScanner.close();
 101       args.add(new Option(MessageManager.getString("label.database"),
 102               MessageManager.getString("label.database_for_hmmsearch"),
 103               true, MessageManager.getString("label.this_alignment"),
 104               MessageManager.getString("label.this_alignment"), databases,
 105               null));
 106     }
 107     args.add(new BooleanOption(
 108             MessageManager.getString("label.auto_align_seqs"),
 109             MessageManager.getString("label.auto_align_seqs_desc"), false,
 110             false, true, null));
 111     args.add(new BooleanOption(
 112             MessageManager.getString("label.use_accessions"),
 113             MessageManager.getString("label.use_accessions_desc"), false,
 114             false, true, null));
 115     args.add(new BooleanOption(
 116             MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 117             MessageManager.getString("label.trim_termini_desc"), false,
 118             false, true, null));
 119     args.add(new LogarithmicParameter(
 120             MessageManager.getString("label.seq_e_value"),
 121             MessageManager.getString("label.seq_e_value_desc"), false,
 122             -3d, -37.92977945, 1d, 10d));
 123     /*
 124     args.add(new DoubleParameter(
 125             MessageManager.getString("label.seq_score"),
 126             MessageManager.getString("label.seq_score_desc"), false,
 127             0d, 0d, 10000d));
 128        */
 129     args.add(new LogarithmicParameter(
 130             MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"),
 131             MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"), false,
 132             -3d, -37.92977945, 1d, 10d));
 133     /*
 134     args.add(new DoubleParameter(
 135             MessageManager.getString("label.dom_score"),
 136             MessageManager.getString("label.dom_score_desc"), false, 0d,
 137             0d,
 138             10000d));
 139             */
 140   }
 141
 142
 143   private void getHMMAlignParams(List<ArgumentI> args)
 144   {
 145     args.add(new BooleanOption(
 146             MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 147             MessageManager.getString(
 148                     "label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini_desc"),
 149             false, false, true, null));
 150   }
 151
 152   private void getHMMBuildParams(List<ArgumentI> args)
 153   {
 154     args.add(new StringParameter(MessageManager.getString("label.hmm_name"),
 155             MessageManager.getString("label.hmm_name_desc"), true, ""));
 156     args.add(new BooleanOption(
 157             MessageManager.getString("label.use_reference"),
 158             MessageManager.getString("label.use_reference_desc"), true,
 159             true, true, null));
 160   }
 161
 162   private class StringValueConstrain implements ValueConstrainI
 163   {
 164
 165     @Override
 166     public ValueType getType()
 167     {
 168       return ValueType.String;
 169     }
 170
 171     @Override
 172     public Number getMax()
 173     {
 174       return null;
 175     }
 176
 177     @Override
 178     public Number getMin()
 179     {
 180       return null;
 181     }
 182
 183   }
 184
 185   @Override
 186   public boolean presetExists(String name)
 187   {
 188     // TODO Auto-generated method stub
 189     return false;
 190   }
 191
 192   @Override
 193   public void deletePreset(String name)
 194   {
 195     // TODO Auto-generated method stub
 196
 197   }
 198
 199   @Override
 200   public void storePreset(String presetName, String text,
 201           List<ArgumentI> jobParams)
 202   {
 203     // TODO Auto-generated method stub
 204
 205   }
 206
 207   @Override
 208   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 209           List<ArgumentI> jobParams)
 210   {
 211     // TODO Auto-generated method stub
 212
 213   }
 214
 215   @Override
 216   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String name,
 217           String description, String[] serviceURL, String parameters)
 218           throws IOException
 219   {
 220     // TODO Auto-generated method stub
 221     return null;
 222   }
 223
 224   @Override
 225   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 226           throws IOException
 227   {
 228     // TODO Auto-generated method stub
 229     return null;
 230   }
 231
 232 }