src/jalview/hmmer/HMMSearchThread.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.datamodel.Alignment;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.gui.AlignFrame;
  10 import jalview.gui.JvOptionPane;
  11 import jalview.gui.Preferences;
  12 import jalview.io.DataSourceType;
  13 import jalview.io.FileParse;
  14 import jalview.io.StockholmFile;
  15 import jalview.util.MessageManager;
  16 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings;
  17 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  18
  19 import java.io.File;
  20 import java.io.IOException;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import javax.swing.JOptionPane;
  24
  25 public class HMMSearchThread implements Runnable
  26 {
  27   /**
  28    * feature settings from view that job was associated with
  29    */
  30   protected FeatureRendererSettings featureSettings = null;
  31
  32   /**
  33    * Object containing frequently used commands.
  34    */
  35   HMMERCommands cmds = new HMMERCommands();
  36
  37   AlignFrame af;
  38
  39   HiddenMarkovModel hmm;
  40
  41   boolean newFrame;
  42
  43   long barID;
  44
  45   SequenceI hmmSeq;
  46
  47   List<ArgumentI> params;
  48
  49   File hmmTemp = null;
  50
  51   File inputAlignmentTemp = null;
  52
  53   File inputTableTemp = null;
  54
  55   File databaseFile = null;
  56
  57   SequenceI[] seqs;
  58
  59
  60   /**
  61    * Constructor for the HMMSearchThread. If create new frame is set to true, a
  62    * new frame will be created.
  63    *
  64    * @param af
  65    * @param createNewFrame
  66    */
  67   public HMMSearchThread(AlignFrame af, boolean createNewFrame,
  68           List<ArgumentI> args)
  69   {
  70     this.af = af;
  71     newFrame = createNewFrame;
  72     featureSettings = af.getFeatureRenderer().getSettings();
  73     params = args;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Runs the HMMSearchThread: the data on the alignment or group is exported,
  78    * then the command is executed in the command line and then the data is
  79    * imported and displayed in a new frame (if true).
  80    */
  81   @Override
  82   public void run()
  83   {
  84     if (af.getSelectedHMM() == null)
  85     {
  86       JOptionPane.showMessageDialog(af,
  87               MessageManager.getString("warn.no_selected_hmm"));
  88       return;
  89     }
  90     else
  91     {
  92       hmm = af.getSelectedHMM();
  93     }
  94
  95     hmmSeq = af.getSelectedHMMSequence();
  96     barID = System.currentTimeMillis();
  97     af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.running_hmmsearch"),
  98             barID);
  99     cmds.HMMERFOLDER = Cache.getProperty(Preferences.HMMER_PATH);
 100
 101     try
 102     {
 103       createTemporaryFiles();
 104     } catch (IOException e2)
 105     {
 106       e2.printStackTrace();
 107     }
 108     try
 109     {
 110       cmds.exportData(null, null, hmm, hmmTemp.getAbsoluteFile());
 111     } catch (IOException e1)
 112     {
 113       e1.printStackTrace();
 114     }
 115     try
 116     {
 117       boolean ran = runCommand();
 118       if (!ran)
 119       {
 120         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(af,
 121                 MessageManager.getString("warn.hmmsearch_failed"));
 122         return;
 123       }
 124     } catch (IOException | InterruptedException e)
 125     {
 126       e.printStackTrace();
 127     }
 128     try
 129     {
 130       importData();
 131     } catch (IOException | InterruptedException e)
 132     {
 133       // TODO Auto-generated catch block
 134       e.printStackTrace();
 135     }
 136
 137     af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.running_hmmsearch"),
 138             barID);
 139
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Creates temporary files for exporting and importing the data.
 144    *
 145    * @throws IOException
 146    */
 147   private void createTemporaryFiles() throws IOException
 148   {
 149     hmmTemp = File.createTempFile("hmm", ".hmm");
 150     hmmTemp.deleteOnExit();
 151     inputAlignmentTemp = File.createTempFile("inputAl", ".sto");
 152     inputAlignmentTemp.deleteOnExit();
 153     inputTableTemp = File.createTempFile("buffer", ".sto");
 154     inputTableTemp.deleteOnExit();
 155     databaseFile = new File("D:/Thomas/uniref50.fasta");
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Executes the hmmsearch command in the command line.
 160    *
 161    * @return
 162    * @throws IOException
 163    * @throws InterruptedException
 164    */
 165   private boolean runCommand() throws IOException, InterruptedException
 166   {
 167     File file = new File(cmds.HMMERFOLDER + "/hmmsearch");
 168     if (!file.canExecute())
 169     {
 170       file = new File(cmds.HMMERFOLDER + "/hmmsearch.exe");
 171       {
 172         if (!file.canExecute())
 173         {
 174           return false;
 175         }
 176       }
 177     }
 178     String command = cmds.HMMERFOLDER + "/hmmsearch -o "
 179             + inputTableTemp.getAbsolutePath() + " -A "
 180             + inputAlignmentTemp.getAbsolutePath() + cmds.SPACE
 181             + hmmTemp.getAbsolutePath() + cmds.SPACE
 182             + databaseFile.getAbsolutePath();
 183     return cmds.runCommand(command);
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Imports the data from the temporary file to which the output of hmmsearch
 188    * is directed.
 189    */
 190   private void importData() throws IOException, InterruptedException
 191   {
 192     StockholmFile file = new StockholmFile(new FileParse(
 193             inputAlignmentTemp.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE));
 194     seqs = file.getSeqsAsArray();
 195
 196     readTable();
 197
 198     SequenceI[] hmmAndSeqs = new SequenceI[seqs.length + 1];
 199     AlignmentAnnotation[] list = hmmSeq.getAnnotation();
 200     for (AlignmentAnnotation annot : list)
 201     {
 202       if ("HMM annotation".equals(annot.getCalcId()))
 203       {
 204         hmmSeq.removeAlignmentAnnotation(annot);
 205       }
 206     }
 207     hmmSeq.setHasInfo(false);
 208     hmmAndSeqs[0] = hmmSeq;
 209     System.arraycopy(seqs, 0, hmmAndSeqs, 1, seqs.length);
 210     AlignmentI alignment = new Alignment(hmmAndSeqs);
 211     AlignFrame frame = new AlignFrame(alignment, 1, 1);
 212     frame.setSelectedHMMSequence(hmmSeq);
 213     frame.getViewport().initInformation();
 214     HMMAlignThread hmmalign = new HMMAlignThread(frame, true);
 215     hmmalign.hmmalignWaitTillComplete();
 216     frame = null;
 217     hmmTemp.delete();
 218     inputAlignmentTemp.delete();
 219     inputTableTemp.delete();
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Runs hmmsearch, and waits for the results to be imported before continuing
 224    */
 225   public void hmmsearchWaitTillComplete()
 226   {
 227     Thread loader = new Thread(this);
 228     loader.start();
 229
 230     while (loader.isAlive())
 231     {
 232       try
 233       {
 234         Thread.sleep(500);
 235       } catch (Exception ex)
 236       {
 237       }
 238     }
 239
 240   }
 241
 242   public void readTable() throws IOException
 243   {
 244
 245     /*
 246     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(inputTableTemp));
 247     String line = "";
 248     while (!line.startsWith("Query:"))
 249     {
 250       line = br.readLine();
 251     }
 252     for (int i = 0; i < 4; i++)
 253     {
 254       br.readLine();
 255     }
 256
 257
 258     int index = 0;
 259     while (!"  ------ inclusion threshold ------".equals(line))
 260     {
 261       Scanner scanner = new Scanner(line);
 262
 263       String str = scanner.next();
 264       AlignmentAnnotation annots = new AlignmentAnnotation("", "", null);
 265       annots.setScore(Double.parseDouble(str));
 266       seqs[index].addAlignmentAnnotation(annots);
 267
 268       scanner.close();
 269     }
 270
 271     br.close();
 272     */
 273
 274   }
 275
 276 }