src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile
  26 {
  27
  28   AlignmentI al;
  29
  30   /**
  31    * Creates a new AMSAFile object for output.
  32    */
  33   public AMSAFile(AlignmentI al)
  34   {
  35     this.al = al;
  36   }
  37
  38   /**
  39    * DOCUMENT ME!
  40    *
  41    * @return DOCUMENT ME!
  42    */
  43   public String print()
  44   {
  45     super.print(getSeqsAsArray());
  46
  47     AlignmentAnnotation aa;
  48     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  49     {
  50
  51       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  52       {
  53         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  54
  55         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  56         {
  57           continue;
  58         }
  59
  60         out.append(">#_" + aa.label);
  61         if (aa.description != null)
  62         {
  63           out.append(" " + aa.description);
  64         }
  65
  66         out.append(newline);
  67
  68         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth()) / len
  69                 + 1;
  70
  71         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  72         {
  73           int start = j * len;
  74           int end = start + len;
  75           if (end > aa.annotations.length)
  76           {
  77             end = aa.annotations.length;
  78           }
  79
  80           String ch;
  81           for (int k = start; k < end; k++)
  82           {
  83             if (aa.annotations[k] == null)
  84             {
  85               ch = " ";
  86             }
  87             else
  88             {
  89               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  90             }
  91             if (ch.length() > 1)
  92             {
  93               this.warningMessage = "Truncated column annotation to first letter.";
  94               ch = ch.substring(0, 1);
  95             }
  96             out.append(ch);
  97
  98           }
  99           out.append(newline);
 100         }
 101       }
 102     }
 103     return out.toString();
 104   }
 105 }