src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile\r
  24 {\r
  25 \r
  26    AlignmentI al;\r
  27     /**\r
  28      * Creates a new AMSAFile object for output.\r
  29      */\r
  30     public AMSAFile(AlignmentI al)\r
  31     {\r
  32       this.al = al;\r
  33     }\r
  34 \r
  35     /**\r
  36      * DOCUMENT ME!\r
  37      *\r
  38      * @return DOCUMENT ME!\r
  39      */\r
  40     public String print()\r
  41     {\r
  42       super.print(getSeqsAsArray());\r
  43 \r
  44       AlignmentAnnotation aa;\r
  45       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
  46       {\r
  47         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  48         {\r
  49           aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
  50           if (aa.autoCalculated || !aa.visible)\r
  51             continue;\r
  52 \r
  53           out.append(">#_" + aa.label);\r
  54           if (aa.description != null)\r
  55             out.append(" " + aa.description);\r
  56 \r
  57           out.append("\n");\r
  58 \r
  59           int nochunks = (aa.annotations.length / len) + 1;\r
  60 \r
  61           for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
  62           {\r
  63             int start = j * len;\r
  64             int end = start + len;\r
  65             if (end > aa.annotations.length)\r
  66               end = aa.annotations.length;\r
  67 \r
  68             String ch;\r
  69             for (int k = start; k < end; k++)\r
  70             {\r
  71               if (aa.annotations[k] == null)\r
  72                 ch = " ";\r
  73               else\r
  74                 ch = aa.annotations[k].displayCharacter;\r
  75 \r
  76               out.append(ch);\r
  77 \r
  78             }\r
  79             out.append("\n");\r
  80           }\r
  81         }\r
  82       }\r
  83       return out.toString();\r
  84     }\r
  85 }\r