src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class AMSAFile
  24     extends jalview.io.FastaFile
  25 {
  26
  27   AlignmentI al;
  28   /**
  29    * Creates a new AMSAFile object for output.
  30    */
  31   public AMSAFile(AlignmentI al)
  32   {
  33     this.al = al;
  34   }
  35
  36   /**
  37    * DOCUMENT ME!
  38    *
  39    * @return DOCUMENT ME!
  40    */
  41   public String print()
  42   {
  43     super.print(getSeqsAsArray());
  44
  45     AlignmentAnnotation aa;
  46     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  47     {
  48
  49       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  50       {
  51         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  52
  53
  54         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  55         {
  56           continue;
  57         }
  58
  59         out.append(">#_" + aa.label);
  60         if (aa.description != null)
  61         {
  62           out.append(" " + aa.description);
  63         }
  64
  65         out.append("\n");
  66
  67         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth())
  68                         / len + 1;
  69
  70         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  71         {
  72           int start = j * len;
  73           int end = start + len;
  74           if (end > aa.annotations.length)
  75           {
  76             end = aa.annotations.length;
  77           }
  78
  79           String ch;
  80           for (int k = start; k < end; k++)
  81           {
  82             if (aa.annotations[k] == null)
  83             {
  84               ch = " ";
  85             }
  86             else
  87             {
  88               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  89             }
  90
  91             out.append(ch);
  92
  93           }
  94           out.append("\n");
  95         }
  96       }
  97     }
  98     return out.toString();
  99   }
 100 }