src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile
  23 {
  24
  25   AlignmentI al;
  26
  27   /**
  28    * Creates a new AMSAFile object for output.
  29    */
  30   public AMSAFile(AlignmentI al)
  31   {
  32     this.al = al;
  33   }
  34
  35   /**
  36    * DOCUMENT ME!
  37    *
  38    * @return DOCUMENT ME!
  39    */
  40   public String print()
  41   {
  42     super.print(getSeqsAsArray());
  43
  44     AlignmentAnnotation aa;
  45     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  46     {
  47
  48       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  49       {
  50         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  51
  52         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  53         {
  54           continue;
  55         }
  56
  57         out.append(">#_" + aa.label);
  58         if (aa.description != null)
  59         {
  60           out.append(" " + aa.description);
  61         }
  62
  63         out.append("\n");
  64
  65         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth()) / len
  66                 + 1;
  67
  68         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  69         {
  70           int start = j * len;
  71           int end = start + len;
  72           if (end > aa.annotations.length)
  73           {
  74             end = aa.annotations.length;
  75           }
  76
  77           String ch;
  78           for (int k = start; k < end; k++)
  79           {
  80             if (aa.annotations[k] == null)
  81             {
  82               ch = " ";
  83             }
  84             else
  85             {
  86               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  87             }
  88             if (ch.length() > 1)
  89             {
  90               this.warningMessage = "Truncated column annotation to first letter.";
  91               ch = ch.substring(0, 1);
  92             }
  93             out.append(ch);
  94
  95           }
  96           out.append("\n");
  97         }
  98       }
  99     }
 100     return out.toString();
 101   }
 102 }