src/jalview/io/AlignFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public abstract class AlignFile extends FileParse\r
  35 {\r
  36     int noSeqs = 0;\r
  37     int maxLength = 0;\r
  38     Vector seqs;\r
  39     Vector headers;\r
  40     long start;\r
  41     long end;\r
  42     boolean jvSuffix = true;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Creates a new AlignFile object.\r
  46      */\r
  47     public AlignFile()\r
  48     {\r
  49     }\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Creates a new AlignFile object.\r
  53      *\r
  54      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  55      */\r
  56     public AlignFile(String inStr)\r
  57     {\r
  58         initData();\r
  59         System.out.println("is this ever called??");\r
  60 \r
  61         try\r
  62         {\r
  63             parse();\r
  64         }\r
  65         catch (Exception ex)\r
  66         {\r
  67         }\r
  68     }\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Constructor which parses the data from a file of some specified type.\r
  72      * @param inFile Filename to read from.\r
  73      * @param type   What type of file to read from (File, URL)\r
  74      */\r
  75     public AlignFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  76     {\r
  77         super(inFile, type);\r
  78 \r
  79         initData();\r
  80 \r
  81         parse();\r
  82     }\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * Return the seqs Vector\r
  86      */\r
  87     public Vector getSeqs()\r
  88     {\r
  89         return seqs;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     /**\r
  93      * Return the Sequences in the seqs Vector as an array of Sequences\r
  94      */\r
  95     public SequenceI[] getSeqsAsArray()\r
  96     {\r
  97         SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  98 \r
  99         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 100         {\r
 101             s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 102         }\r
 103 \r
 104         return s;\r
 105     }\r
 106 \r
 107     /**\r
 108      * Initialise objects to store sequence data in.\r
 109      */\r
 110     protected void initData()\r
 111     {\r
 112         seqs = new Vector();\r
 113         headers = new Vector();\r
 114     }\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * DOCUMENT ME!\r
 118      *\r
 119      * @param s DOCUMENT ME!\r
 120      */\r
 121     protected void setSeqs(SequenceI[] s)\r
 122     {\r
 123         seqs = new Vector();\r
 124 \r
 125         for (int i = 0; i < s.length; i++)\r
 126         {\r
 127             seqs.addElement(s[i]);\r
 128         }\r
 129     }\r
 130 \r
 131     // Checks whether sequence is valid aa characters\r
 132     protected boolean isValidProteinSequence(String sequence)\r
 133     {\r
 134         for (int i = 0; i < sequence.length(); i++)\r
 135             if (!jalview.schemes.ResidueProperties.aaHash.containsKey(\r
 136                         String.valueOf(sequence.charAt(i))))\r
 137             {\r
 138                 return false;\r
 139             }\r
 140 \r
 141         return true;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * This method must be implemented to parse the contents of the file.\r
 146      */\r
 147     public abstract void parse() throws IOException;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Print out in alignment file format the Sequences in the seqs Vector.\r
 151      */\r
 152     public abstract String print();\r
 153 \r
 154     public void addJVSuffix(boolean b)\r
 155     {\r
 156       jvSuffix = b;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * A general parser for ids.\r
 161      *\r
 162      * @String id Id to be parsed\r
 163      */\r
 164     Sequence parseId(String id)\r
 165     {\r
 166       Sequence seq = null;\r
 167       id = id.trim();\r
 168       int space = id.indexOf(" ");\r
 169       if(space>-1)\r
 170       {\r
 171         seq = new Sequence(id.substring(0, space),"");\r
 172         seq.setDescription(id.substring(space+1));\r
 173       }\r
 174       else\r
 175       {\r
 176         seq = new Sequence(id, "");\r
 177       }\r
 178 \r
 179       return seq;\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * Creates the output id.\r
 184      * Adds prefix Uniprot format source|id\r
 185      * And suffix Jalview /start-end\r
 186      *\r
 187      * @String id Id to be parsed\r
 188      */\r
 189     String printId(SequenceI seq)\r
 190     {\r
 191      return seq.getDisplayId(jvSuffix);\r
 192     }\r
 193 \r
 194 }\r