src/jalview/io/AlignmentFileReaderI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.util.Arrays;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import jalview.api.AlignExportSettingsI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31
  32 public interface AlignmentFileReaderI
  33 {
  34
  35   SequenceI[] getSeqsAsArray();
  36
  37   void addAnnotations(AlignmentI al);
  38
  39   void addGroups(AlignmentI al);
  40
  41   void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray);
  42
  43   boolean hasWarningMessage();
  44
  45   String getWarningMessage();
  46
  47   String getInFile();
  48
  49   DataSourceType getDataSourceType();
  50
  51   FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme();
  52
  53   default int getTreeCount() {
  54     return 0;
  55   }
  56
  57   default boolean hasTrees() {
  58     return false;
  59   }
  60
  61   default List<String[]> getNewickTrees() {
  62     return Arrays.asList(new String[][] {});
  63   }
  64
  65 }