JAL-2994 put ‘\’ first in character class clause of regex - otherwise doesn’t compile...
[jalview.git] / src / jalview / io / AlignmentFileReaderI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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11  *  
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13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28
29 public interface AlignmentFileReaderI
30 {
31
32   SequenceI[] getSeqsAsArray();
33
34   void addAnnotations(AlignmentI al);
35
36   void addGroups(AlignmentI al);
37
38   void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray);
39
40   boolean hasWarningMessage();
41
42   String getWarningMessage();
43
44   String getInFile();
45
46   DataSourceType getDataSourceType();
47
48   FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme();
49
50 }