src/jalview/io/AlignmentFileReaderI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 public interface AlignmentFileReaderI
  30 {
  31
  32   SequenceI[] getSeqsAsArray();
  33
  34   void addAnnotations(AlignmentI al);
  35
  36   void addGroups(AlignmentI al);
  37
  38   void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray);
  39
  40   boolean hasWarningMessage();
  41
  42   String getWarningMessage();
  43
  44   String getInFile();
  45
  46   DataSourceType getDataSourceType();
  47
  48   FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme();
  49
  50 }