src/jalview/io/AlignmentFileWriterI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 public interface AlignmentFileWriterI
  30 {
  31
  32   void setNewlineString(String newline);
  33
  34   void setExportSettings(AlignExportSettingI exportSettings);
  35
  36   void configureForView(AlignmentViewPanel viewpanel);
  37
  38   String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix);
  39
  40   boolean hasWarningMessage();
  41
  42   String getWarningMessage();
  43
  44 }