JAL-3060 entry points for createFeatures, amendFeatures
[jalview.git] / src / jalview / io / AlignmentFileWriterI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28
29 public interface AlignmentFileWriterI
30 {
31
32   void setNewlineString(String newline);
33
34   void setExportSettings(AlignExportSettingI exportSettings);
35
36   void configureForView(AlignmentViewPanel viewpanel);
37
38   String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix);
39
40   boolean hasWarningMessage();
41
42   String getWarningMessage();
43
44 }