src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.GraphLine;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  36 import jalview.util.ColorUtils;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.io.BufferedReader;
  40 import java.io.FileReader;
  41 import java.io.InputStreamReader;
  42 import java.io.StringReader;
  43 import java.net.URL;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.BitSet;
  46 import java.util.Enumeration;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.List;
  49 import java.util.Map;
  50 import java.util.StringTokenizer;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 public class AnnotationFile
  54 {
  55   public AnnotationFile()
  56   {
  57     init();
  58   }
  59
  60   /**
  61    * character used to write newlines
  62    */
  63   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  64
  65   /**
  66    * set new line string and reset the output buffer
  67    *
  68    * @param nl
  69    */
  70   public void setNewlineString(String nl)
  71   {
  72     newline = nl;
  73     init();
  74   }
  75
  76   public String getNewlineString()
  77   {
  78     return newline;
  79   }
  80
  81   StringBuffer text;
  82
  83   private void init()
  84   {
  85     text = new StringBuffer("JALVIEW_ANNOTATION" + newline + "# Created: "
  86             + new java.util.Date() + newline + newline);
  87     refSeq = null;
  88     refSeqId = null;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * convenience method for pre-2.9 annotation files which have no view, hidden
  93    * columns or hidden row keywords.
  94    *
  95    * @param annotations
  96    * @param list
  97    * @param properties
  98    * @return annotation file as a string.
  99    */
 100   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,
 101           List<SequenceGroup> list, Hashtable properties)
 102   {
 103     return printAnnotations(annotations, list, properties, null, null,
 104             null);
 105
 106   }
 107
 108   /**
 109    * hold all the information about a particular view definition read from or
 110    * written out in an annotations file.
 111    */
 112   public class ViewDef
 113   {
 114     // TODO this class is not used - remove?
 115     public final String viewname;
 116
 117     public final HiddenSequences hidseqs;
 118
 119     public final HiddenColumns hiddencols;
 120
 121     public final Hashtable hiddenRepSeqs;
 122
 123     public ViewDef(String vname, HiddenSequences hseqs, HiddenColumns hcols,
 124             Hashtable hRepSeqs)
 125     {
 126       this.viewname = vname;
 127       this.hidseqs = hseqs;
 128       this.hiddencols = hcols;
 129       this.hiddenRepSeqs = hRepSeqs;
 130     }
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Prepare an annotation file given a set of annotations, groups, alignment
 135    * properties and views.
 136    *
 137    * @param annotations
 138    * @param list
 139    * @param properties
 140    * @param views
 141    * @return annotation file
 142    */
 143   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,
 144           List<SequenceGroup> list, Hashtable properties, HiddenColumns cs,
 145           AlignmentI al, ViewDef view)
 146   {
 147     if (view != null)
 148     {
 149       if (view.viewname != null)
 150       {
 151         text.append("VIEW_DEF\t" + view.viewname + "\n");
 152       }
 153       if (list == null)
 154       {
 155         // list = view.visibleGroups;
 156       }
 157       if (cs == null)
 158       {
 159         cs = view.hiddencols;
 160       }
 161       if (al == null)
 162       {
 163         // add hidden rep sequences.
 164       }
 165     }
 166     // first target - store and restore all settings for a view.
 167     if (al != null && al.hasSeqrep())
 168     {
 169       text.append("VIEW_SETREF\t" + al.getSeqrep().getName() + "\n");
 170     }
 171     if (cs != null && cs.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       text.append("VIEW_HIDECOLS\t");
 174
 175       String regions = cs.regionsToString(",", "-");
 176       text.append(regions);
 177       text.append("\n");
 178     }
 179     // TODO: allow efficient recovery of annotation data shown in several
 180     // different views
 181     if (annotations != null)
 182     {
 183       boolean oneColour = true;
 184       AlignmentAnnotation row;
 185       String comma;
 186       SequenceI refSeq = null;
 187       SequenceGroup refGroup = null;
 188
 189       StringBuffer colours = new StringBuffer();
 190       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();
 191       StringBuffer rowprops = new StringBuffer();
 192       Hashtable<Integer, String> graphGroup = new Hashtable<>();
 193       Hashtable<Integer, Object[]> graphGroup_refs = new Hashtable<>();
 194       BitSet graphGroupSeen = new BitSet();
 195
 196       java.awt.Color color;
 197
 198       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 199       {
 200         row = annotations[i];
 201
 202         if (!row.visible && !row.hasScore() && !(row.graphGroup > -1
 203                 && graphGroupSeen.get(row.graphGroup)))
 204         {
 205           continue;
 206         }
 207
 208         color = null;
 209         oneColour = true;
 210
 211         // mark any sequence references for the row
 212         writeSequence_Ref(refSeq, row.sequenceRef);
 213         refSeq = row.sequenceRef;
 214         // mark any group references for the row
 215         writeGroup_Ref(refGroup, row.groupRef);
 216         refGroup = row.groupRef;
 217
 218         boolean hasGlyphs = row.hasIcons, hasLabels = row.hasText,
 219                 hasValues = row.hasScore, hasText = false;
 220         // lookahead to check what the annotation row object actually contains.
 221         for (int j = 0; row.annotations != null
 222                 && j < row.annotations.length
 223                 && (!hasGlyphs || !hasLabels || !hasValues); j++)
 224         {
 225           if (row.annotations[j] != null)
 226           {
 227             hasLabels |= (row.annotations[j].displayCharacter != null
 228                     && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0
 229                     && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "));
 230             hasGlyphs |= (row.annotations[j].secondaryStructure != 0
 231                     && row.annotations[j].secondaryStructure != ' ');
 232             hasValues |= (!Float.isNaN(row.annotations[j].value)); // NaNs can't
 233             // be
 234             // rendered..
 235             hasText |= (row.annotations[j].description != null
 236                     && row.annotations[j].description.length() > 0);
 237           }
 238         }
 239
 240         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 241         {
 242           text.append("NO_GRAPH\t");
 243           hasValues = false; // only secondary structure
 244           // hasLabels = false; // and annotation description string.
 245         }
 246         else
 247         {
 248           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 249           {
 250             text.append("BAR_GRAPH\t");
 251             hasGlyphs = false; // no secondary structure
 252
 253           }
 254           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 255           {
 256             hasGlyphs = false; // no secondary structure
 257             text.append("LINE_GRAPH\t");
 258           }
 259
 260           if (row.getThreshold() != null)
 261           {
 262             graphLine.append("GRAPHLINE\t");
 263             graphLine.append(row.label);
 264             graphLine.append("\t");
 265             graphLine.append(row.getThreshold().value);
 266             graphLine.append("\t");
 267             graphLine.append(row.getThreshold().label);
 268             graphLine.append("\t");
 269             graphLine.append(jalview.util.Format
 270                     .getHexString(row.getThreshold().colour));
 271             graphLine.append(newline);
 272           }
 273
 274           if (row.graphGroup > -1)
 275           {
 276             graphGroupSeen.set(row.graphGroup);
 277             Integer key = new Integer(row.graphGroup);
 278             if (graphGroup.containsKey(key))
 279             {
 280               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key) + "\t" + row.label);
 281
 282             }
 283             else
 284             {
 285               graphGroup_refs.put(key, new Object[] { refSeq, refGroup });
 286               graphGroup.put(key, row.label);
 287             }
 288           }
 289         }
 290
 291         text.append(row.label + "\t");
 292         if (row.description != null)
 293         {
 294           text.append(row.description + "\t");
 295         }
 296         for (int j = 0; row.annotations != null
 297                 && j < row.annotations.length; j++)
 298         {
 299           if (refSeq != null
 300                   && jalview.util.Comparison.isGap(refSeq.getCharAt(j)))
 301           {
 302             continue;
 303           }
 304
 305           if (row.annotations[j] != null)
 306           {
 307             comma = "";
 308             if (hasGlyphs) // could be also hasGlyphs || ...
 309             {
 310
 311               text.append(comma);
 312               if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')
 313               {
 314                 // only write out the field if its not whitespace.
 315                 text.append(row.annotations[j].secondaryStructure);
 316               }
 317               comma = ",";
 318             }
 319             if (hasValues)
 320             {
 321               if (!Float.isNaN(row.annotations[j].value))
 322               {
 323                 text.append(comma + row.annotations[j].value);
 324               }
 325               else
 326               {
 327                 // System.err.println("Skipping NaN - not valid value.");
 328                 text.append(comma + 0f);// row.annotations[j].value);
 329               }
 330               comma = ",";
 331             }
 332             if (hasLabels)
 333             {
 334               // TODO: labels are emitted after values for bar graphs.
 335               if // empty labels are allowed, so
 336               (row.annotations[j].displayCharacter != null
 337                       && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0
 338                       && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))
 339               {
 340                 text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);
 341                 comma = ",";
 342               }
 343             }
 344             if (hasText)
 345             {
 346               if (row.annotations[j].description != null
 347                       && row.annotations[j].description.length() > 0
 348                       && !row.annotations[j].description
 349                               .equals(row.annotations[j].displayCharacter))
 350               {
 351                 text.append(comma + row.annotations[j].description);
 352                 comma = ",";
 353               }
 354             }
 355             if (color != null && !color.equals(row.annotations[j].colour))
 356             {
 357               oneColour = false;
 358             }
 359
 360             color = row.annotations[j].colour;
 361
 362             if (row.annotations[j].colour != null
 363                     && row.annotations[j].colour != java.awt.Color.black)
 364             {
 365               text.append(comma + "[" + jalview.util.Format
 366                       .getHexString(row.annotations[j].colour) + "]");
 367               comma = ",";
 368             }
 369           }
 370           text.append("|");
 371         }
 372
 373         if (row.hasScore())
 374         {
 375           text.append("\t" + row.score);
 376         }
 377
 378         text.append(newline);
 379
 380         if (color != null && color != java.awt.Color.black && oneColour)
 381         {
 382           colours.append("COLOUR\t");
 383           colours.append(row.label);
 384           colours.append("\t");
 385           colours.append(jalview.util.Format.getHexString(color));
 386           colours.append(newline);
 387         }
 388         if (row.scaleColLabel || row.showAllColLabels
 389                 || row.centreColLabels)
 390         {
 391           rowprops.append("ROWPROPERTIES\t");
 392           rowprops.append(row.label);
 393           rowprops.append("\tscaletofit=");
 394           rowprops.append(row.scaleColLabel);
 395           rowprops.append("\tshowalllabs=");
 396           rowprops.append(row.showAllColLabels);
 397           rowprops.append("\tcentrelabs=");
 398           rowprops.append(row.centreColLabels);
 399           rowprops.append(newline);
 400         }
 401         if (graphLine.length() > 0)
 402         {
 403           text.append(graphLine.toString());
 404           graphLine.setLength(0);
 405         }
 406       }
 407
 408       text.append(newline);
 409
 410       text.append(colours.toString());
 411       if (graphGroup.size() > 0)
 412       {
 413         SequenceI oldRefSeq = refSeq;
 414         SequenceGroup oldRefGroup = refGroup;
 415         for (Map.Entry<Integer, String> combine_statement : graphGroup
 416                 .entrySet())
 417         {
 418           Object[] seqRefAndGroup = graphGroup_refs
 419                   .get(combine_statement.getKey());
 420
 421           writeSequence_Ref(refSeq, (SequenceI) seqRefAndGroup[0]);
 422           refSeq = (SequenceI) seqRefAndGroup[0];
 423
 424           writeGroup_Ref(refGroup, (SequenceGroup) seqRefAndGroup[1]);
 425           refGroup = (SequenceGroup) seqRefAndGroup[1];
 426           text.append("COMBINE\t");
 427           text.append(combine_statement.getValue());
 428           text.append(newline);
 429         }
 430         writeSequence_Ref(refSeq, oldRefSeq);
 431         refSeq = oldRefSeq;
 432
 433         writeGroup_Ref(refGroup, oldRefGroup);
 434         refGroup = oldRefGroup;
 435       }
 436       text.append(rowprops.toString());
 437     }
 438
 439     if (list != null)
 440     {
 441       printGroups(list);
 442     }
 443
 444     if (properties != null)
 445     {
 446       text.append(newline);
 447       text.append(newline);
 448       text.append("ALIGNMENT");
 449       Enumeration en = properties.keys();
 450       while (en.hasMoreElements())
 451       {
 452         String key = en.nextElement().toString();
 453         text.append("\t");
 454         text.append(key);
 455         text.append("=");
 456         text.append(properties.get(key));
 457       }
 458       // TODO: output alignment visualization settings here if required
 459       // iterate through one or more views, defining, marking columns and rows
 460       // as visible/hidden, and emmitting view properties.
 461       // View specific annotation is
 462     }
 463
 464     return text.toString();
 465   }
 466
 467   private Object writeGroup_Ref(SequenceGroup refGroup,
 468           SequenceGroup next_refGroup)
 469   {
 470     if (next_refGroup == null)
 471     {
 472
 473       if (refGroup != null)
 474       {
 475         text.append(newline);
 476         text.append("GROUP_REF\t");
 477         text.append("ALIGNMENT");
 478         text.append(newline);
 479       }
 480       return true;
 481     }
 482     else
 483     {
 484       if (refGroup == null || refGroup != next_refGroup)
 485       {
 486         text.append(newline);
 487         text.append("GROUP_REF\t");
 488         text.append(next_refGroup.getName());
 489         text.append(newline);
 490         return true;
 491       }
 492     }
 493     return false;
 494   }
 495
 496   private boolean writeSequence_Ref(SequenceI refSeq, SequenceI next_refSeq)
 497   {
 498
 499     if (next_refSeq == null)
 500     {
 501       if (refSeq != null)
 502       {
 503         text.append(newline);
 504         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 505         text.append("ALIGNMENT");
 506         text.append(newline);
 507         return true;
 508       }
 509     }
 510     else
 511     {
 512       if (refSeq == null || refSeq != next_refSeq)
 513       {
 514         text.append(newline);
 515         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 516         text.append(next_refSeq.getName());
 517         text.append(newline);
 518         return true;
 519       }
 520     }
 521     return false;
 522   }
 523
 524   protected void printGroups(List<SequenceGroup> list)
 525   {
 526     SequenceI seqrep = null;
 527     for (SequenceGroup sg : list)
 528     {
 529       if (!sg.hasSeqrep())
 530       {
 531         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"
 532                 + (sg.getStartRes() + 1) + "\t" + (sg.getEndRes() + 1)
 533                 + "\t" + "-1\t");
 534         seqrep = null;
 535       }
 536       else
 537       {
 538         seqrep = sg.getSeqrep();
 539         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 540         text.append(seqrep.getName());
 541         text.append(newline);
 542         text.append("SEQUENCE_GROUP\t");
 543         text.append(sg.getName());
 544         text.append("\t");
 545         text.append((seqrep.findPosition(sg.getStartRes())));
 546         text.append("\t");
 547         text.append((seqrep.findPosition(sg.getEndRes())));
 548         text.append("\t");
 549         text.append("-1\t");
 550       }
 551       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)
 552       {
 553         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName());
 554         text.append("\t");
 555       }
 556       text.append(newline);
 557       text.append("PROPERTIES\t");
 558       text.append(sg.getName());
 559       text.append("\t");
 560
 561       if (sg.getDescription() != null)
 562       {
 563         text.append("description=");
 564         text.append(sg.getDescription());
 565         text.append("\t");
 566       }
 567       if (sg.cs != null)
 568       {
 569         text.append("colour=");
 570         text.append(ColourSchemeProperty
 571                 .getColourName(sg.cs.getColourScheme()));
 572         text.append("\t");
 573         if (sg.cs.getThreshold() != 0)
 574         {
 575           text.append("pidThreshold=");
 576           text.append(sg.cs.getThreshold());
 577         }
 578         if (sg.cs.conservationApplied())
 579         {
 580           text.append("consThreshold=");
 581           text.append(sg.cs.getConservationInc());
 582           text.append("\t");
 583         }
 584       }
 585       text.append("outlineColour=");
 586       text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour()));
 587       text.append("\t");
 588
 589       text.append("displayBoxes=");
 590       text.append(sg.getDisplayBoxes());
 591       text.append("\t");
 592       text.append("displayText=");
 593       text.append(sg.getDisplayText());
 594       text.append("\t");
 595       text.append("colourText=");
 596       text.append(sg.getColourText());
 597       text.append("\t");
 598       text.append("showUnconserved=");
 599       text.append(sg.getShowNonconserved());
 600       text.append("\t");
 601       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)
 602       {
 603         text.append("textCol1=");
 604         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour));
 605         text.append("\t");
 606       }
 607       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)
 608       {
 609         text.append("textCol2=");
 610         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2));
 611         text.append("\t");
 612       }
 613       if (sg.thresholdTextColour != 0)
 614       {
 615         text.append("textColThreshold=");
 616         text.append(sg.thresholdTextColour);
 617         text.append("\t");
 618       }
 619       if (sg.idColour != null)
 620       {
 621         text.append("idColour=");
 622         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.idColour));
 623         text.append("\t");
 624       }
 625       if (sg.isHidereps())
 626       {
 627         text.append("hide=true\t");
 628       }
 629       if (sg.isHideCols())
 630       {
 631         text.append("hidecols=true\t");
 632       }
 633       if (seqrep != null)
 634       {
 635         // terminate the last line and clear the sequence ref for the group
 636         text.append(newline);
 637         text.append("SEQUENCE_REF");
 638       }
 639       text.append(newline);
 640       text.append(newline);
 641
 642     }
 643   }
 644
 645   SequenceI refSeq = null;
 646
 647   String refSeqId = null;
 648
 649   public boolean annotateAlignmentView(AlignViewportI viewport, Object file,
 650           DataSourceType protocol)
 651   {
 652     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();
 653     HiddenColumns hidden = viewport.getAlignment().getHiddenColumns();
 654     if (colSel == null)
 655     {
 656       colSel = new ColumnSelection();
 657     }
 658     if (hidden == null)
 659     {
 660       hidden = new HiddenColumns();
 661     }
 662     boolean rslt = readAnnotationFile(viewport.getAlignment(), hidden, file,
 663             protocol);
 664     if (rslt && (colSel.hasSelectedColumns() || hidden.hasHiddenColumns()))
 665     {
 666       viewport.setColumnSelection(colSel);
 667       viewport.getAlignment().setHiddenColumns(hidden);
 668     }
 669
 670     return rslt;
 671   }
 672
 673   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, String file,
 674           DataSourceType sourceType)
 675   {
 676     return readAnnotationFile(al, null, file, sourceType);
 677   }
 678
 679   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, HiddenColumns hidden,
 680           Object file, DataSourceType sourceType)
 681   {
 682     BufferedReader in = null;
 683     try
 684     {
 685       if (sourceType == DataSourceType.FILE)
 686       {
 687         in = FileLoader.getBuffereReader(file);
 688       }
 689       else if (sourceType == DataSourceType.URL)
 690       {
 691         URL url = new URL(file.toString());
 692         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 693       }
 694       else if (sourceType == DataSourceType.PASTE)
 695       {
 696         in = new BufferedReader(new StringReader(file.toString()));
 697       }
 698       else if (sourceType == DataSourceType.CLASSLOADER)
 699       {
 700         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
 701         if (is != null)
 702         {
 703           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));
 704         }
 705       }
 706       if (in != null)
 707       {
 708         return parseAnnotationFrom(al, hidden, in);
 709       }
 710
 711     } catch (Exception ex)
 712     {
 713       ex.printStackTrace();
 714       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);
 715       if (nlinesread > 0)
 716       {
 717         System.out.println("Last read line " + nlinesread + ": '" + lastread
 718                 + "' (first 80 chars) ...");
 719       }
 720       return false;
 721     }
 722     return false;
 723   }
 724
 725   long nlinesread = 0;
 726
 727   String lastread = "";
 728
 729   private static String GRAPHLINE = "GRAPHLINE", COMBINE = "COMBINE";
 730
 731   public boolean parseAnnotationFrom(AlignmentI al, HiddenColumns hidden,
 732           BufferedReader in) throws Exception
 733   {
 734     nlinesread = 0;
 735     ArrayList<Object[]> combineAnnotation_calls = new ArrayList<>();
 736     ArrayList<Object[]> deferredAnnotation_calls = new ArrayList<>();
 737     boolean modified = false;
 738     String groupRef = null;
 739     Hashtable groupRefRows = new Hashtable();
 740
 741     Hashtable autoAnnots = new Hashtable();
 742     {
 743       String line, label, description, token;
 744       int graphStyle, index;
 745       int refSeqIndex = 1;
 746       int existingAnnotations = 0;
 747       // when true - will add new rows regardless of whether they are duplicate
 748       // auto-annotation like consensus or conservation graphs
 749       boolean overrideAutoAnnot = false;
 750       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 751       {
 752         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
 753         if (existingAnnotations > 0)
 754         {
 755           AlignmentAnnotation[] aa = al.getAlignmentAnnotation();
 756           for (int aai = 0; aai < aa.length; aai++)
 757           {
 758             if (aa[aai].autoCalculated)
 759             {
 760               // make a note of the name and description
 761               autoAnnots.put(
 762                       autoAnnotsKey(aa[aai], aa[aai].sequenceRef,
 763                               (aa[aai].groupRef == null ? null
 764                                       : aa[aai].groupRef.getName())),
 765                       new Integer(1));
 766             }
 767           }
 768         }
 769       }
 770
 771       int alWidth = al.getWidth();
 772
 773       StringTokenizer st;
 774       Annotation[] annotations;
 775       AlignmentAnnotation annotation = null;
 776
 777       // First confirm this is an Annotation file
 778       boolean jvAnnotationFile = false;
 779       while ((line = in.readLine()) != null)
 780       {
 781         nlinesread++;
 782         lastread = new String(line);
 783         if (line.indexOf("#") == 0)
 784         {
 785           continue;
 786         }
 787
 788         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)
 789         {
 790           jvAnnotationFile = true;
 791           break;
 792         }
 793       }
 794
 795       if (!jvAnnotationFile)
 796       {
 797         in.close();
 798         return false;
 799       }
 800
 801       while ((line = in.readLine()) != null)
 802       {
 803         nlinesread++;
 804         lastread = new String(line);
 805         if (line.indexOf("#") == 0
 806                 || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1
 807                 || line.length() == 0)
 808         {
 809           continue;
 810         }
 811
 812         st = new StringTokenizer(line, "\t");
 813         token = st.nextToken();
 814         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))
 815         {
 816           // TODO: use graduated colour def'n here too
 817           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());
 818           modified = true;
 819           continue;
 820         }
 821
 822         else if (token.equalsIgnoreCase(COMBINE))
 823         {
 824           // keep a record of current state and resolve groupRef at end
 825           combineAnnotation_calls
 826                   .add(new Object[]
 827                   { st, refSeq, groupRef });
 828           modified = true;
 829           continue;
 830         }
 831         else if (token.equalsIgnoreCase("ROWPROPERTIES"))
 832         {
 833           addRowProperties(al, st);
 834           modified = true;
 835           continue;
 836         }
 837         else if (token.equalsIgnoreCase(GRAPHLINE))
 838         {
 839           // resolve at end
 840           deferredAnnotation_calls
 841                   .add(new Object[]
 842                   { GRAPHLINE, st, refSeq, groupRef });
 843           modified = true;
 844           continue;
 845         }
 846
 847         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))
 848         {
 849           if (st.hasMoreTokens())
 850           {
 851             refSeq = al.findName(refSeqId = st.nextToken());
 852             if (refSeq == null)
 853             {
 854               refSeqId = null;
 855             }
 856             try
 857             {
 858               refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());
 859               if (refSeqIndex < 1)
 860               {
 861                 refSeqIndex = 1;
 862                 System.out.println(
 863                         "WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");
 864               }
 865             } catch (Exception ex)
 866             {
 867               refSeqIndex = 1;
 868             }
 869           }
 870           else
 871           {
 872             refSeq = null;
 873             refSeqId = null;
 874           }
 875           continue;
 876         }
 877         else if (token.equalsIgnoreCase("GROUP_REF"))
 878         {
 879           // Group references could be forward or backwards, so they are
 880           // resolved after the whole file is read in
 881           groupRef = null;
 882           if (st.hasMoreTokens())
 883           {
 884             groupRef = st.nextToken();
 885             if (groupRef.length() < 1)
 886             {
 887               groupRef = null; // empty string
 888             }
 889             else
 890             {
 891               if (groupRefRows.get(groupRef) == null)
 892               {
 893                 groupRefRows.put(groupRef, new Vector());
 894               }
 895             }
 896           }
 897           continue;
 898         }
 899         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))
 900         {
 901           addGroup(al, st);
 902           modified = true;
 903           continue;
 904         }
 905
 906         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))
 907         {
 908           addProperties(al, st);
 909           modified = true;
 910           continue;
 911         }
 912
 913         else if (token.equalsIgnoreCase("BELOW_ALIGNMENT"))
 914         {
 915           setBelowAlignment(al, st);
 916           modified = true;
 917           continue;
 918         }
 919         else if (token.equalsIgnoreCase("ALIGNMENT"))
 920         {
 921           addAlignmentDetails(al, st);
 922           modified = true;
 923           continue;
 924         }
 925         // else if (token.equalsIgnoreCase("VIEW_DEF"))
 926         // {
 927         // addOrSetView(al,st);
 928         // modified = true;
 929         // continue;
 930         // }
 931         else if (token.equalsIgnoreCase("VIEW_SETREF"))
 932         {
 933           if (refSeq != null)
 934           {
 935             al.setSeqrep(refSeq);
 936           }
 937           modified = true;
 938           continue;
 939         }
 940         else if (token.equalsIgnoreCase("VIEW_HIDECOLS"))
 941         {
 942           if (st.hasMoreTokens())
 943           {
 944             if (hidden == null)
 945             {
 946               hidden = new HiddenColumns();
 947             }
 948             parseHideCols(hidden, st.nextToken());
 949           }
 950           modified = true;
 951           continue;
 952         }
 953         else if (token.equalsIgnoreCase("HIDE_INSERTIONS"))
 954         {
 955           SequenceI sr = refSeq == null ? al.getSeqrep() : refSeq;
 956           if (sr == null)
 957           {
 958             sr = al.getSequenceAt(0);
 959           }
 960           if (sr != null)
 961           {
 962             if (hidden == null)
 963             {
 964               System.err.println(
 965                       "Cannot process HIDE_INSERTIONS without an alignment view: Ignoring line: "
 966                               + line);
 967             }
 968             else
 969             {
 970               // consider deferring this till after the file has been parsed ?
 971               hidden.hideList(sr.getInsertions());
 972             }
 973           }
 974           modified = true;
 975           continue;
 976         }
 977
 978         // Parse out the annotation row
 979         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);
 980         label = st.nextToken();
 981
 982         index = 0;
 983         annotations = new Annotation[alWidth];
 984         description = null;
 985         float score = Float.NaN;
 986
 987         if (st.hasMoreTokens())
 988         {
 989           line = st.nextToken();
 990
 991           if (line.indexOf("|") == -1)
 992           {
 993             description = line;
 994             if (st.hasMoreTokens())
 995             {
 996               line = st.nextToken();
 997             }
 998           }
 999
1000           if (st.hasMoreTokens())
1001           {
1002             // This must be the score
1003             score = Float.valueOf(st.nextToken()).floatValue();
1004           }
1005
1006           st = new StringTokenizer(line, "|", true);
1007
1008           boolean emptyColumn = true;
1009           boolean onlyOneElement = (st.countTokens() == 1);
1010
1011           while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)
1012           {
1013             token = st.nextToken().trim();
1014
1015             if (onlyOneElement)
1016             {
1017               try
1018               {
1019                 score = Float.valueOf(token).floatValue();
1020                 break;
1021               } catch (NumberFormatException ex)
1022               {
1023               }
1024             }
1025
1026             if (token.equals("|"))
1027             {
1028               if (emptyColumn)
1029               {
1030                 index++;
1031               }
1032
1033               emptyColumn = true;
1034             }
1035             else
1036             {
1037               annotations[index++] = parseAnnotation(token, graphStyle);
1038               emptyColumn = false;
1039             }
1040           }
1041
1042         }
1043
1044         annotation = new AlignmentAnnotation(label, description,
1045                 (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);
1046
1047         annotation.score = score;
1048         if (!overrideAutoAnnot && autoAnnots
1049                 .containsKey(autoAnnotsKey(annotation, refSeq, groupRef)))
1050         {
1051           // skip - we've already got an automatic annotation of this type.
1052           continue;
1053         }
1054         // otherwise add it!
1055         if (refSeq != null)
1056         {
1057
1058           annotation.belowAlignment = false;
1059           // make a copy of refSeq so we can find other matches in the alignment
1060           SequenceI referedSeq = refSeq;
1061           do
1062           {
1063             // copy before we do any mapping business.
1064             // TODO: verify that undo/redo with 1:many sequence associated
1065             // annotations can be undone correctly
1066             AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(annotation);
1067             annotation.createSequenceMapping(referedSeq, refSeqIndex,
1068                     false);
1069             annotation.adjustForAlignment();
1070             referedSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);
1071             al.addAnnotation(annotation);
1072             al.setAnnotationIndex(annotation,
1073                     al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations
1074                             - 1);
1075             if (groupRef != null)
1076             {
1077               ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);
1078             }
1079             // and recover our virgin copy to use again if necessary.
1080             annotation = ann;
1081
1082           } while (refSeqId != null && (referedSeq = al.findName(referedSeq,
1083                   refSeqId, true)) != null);
1084         }
1085         else
1086         {
1087           al.addAnnotation(annotation);
1088           al.setAnnotationIndex(annotation,
1089                   al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations
1090                           - 1);
1091           if (groupRef != null)
1092           {
1093             ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);
1094           }
1095         }
1096         // and set modification flag
1097         modified = true;
1098       }
1099       // Resolve the groupRefs
1100       Hashtable<String, SequenceGroup> groupRefLookup = new Hashtable<>();
1101       Enumeration en = groupRefRows.keys();
1102
1103       while (en.hasMoreElements())
1104       {
1105         groupRef = (String) en.nextElement();
1106         boolean matched = false;
1107         // Resolve group: TODO: add a getGroupByName method to alignments
1108         for (SequenceGroup theGroup : al.getGroups())
1109         {
1110           if (theGroup.getName().equals(groupRef))
1111           {
1112             if (matched)
1113             {
1114               // TODO: specify and implement duplication of alignment annotation
1115               // for multiple group references.
1116               System.err.println(
1117                       "Ignoring 1:many group reference mappings for group name '"
1118                               + groupRef + "'");
1119             }
1120             else
1121             {
1122               matched = true;
1123               Vector rowset = (Vector) groupRefRows.get(groupRef);
1124               groupRefLookup.put(groupRef, theGroup);
1125               if (rowset != null && rowset.size() > 0)
1126               {
1127                 AlignmentAnnotation alan = null;
1128                 for (int elm = 0, elmSize = rowset
1129                         .size(); elm < elmSize; elm++)
1130                 {
1131                   alan = (AlignmentAnnotation) rowset.elementAt(elm);
1132                   alan.groupRef = theGroup;
1133                 }
1134               }
1135             }
1136           }
1137         }
1138         ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).removeAllElements();
1139       }
1140       // process any deferred attribute settings for each context
1141       for (Object[] _deferred_args : deferredAnnotation_calls)
1142       {
1143         if (_deferred_args[0] == GRAPHLINE)
1144         {
1145           addLine(al, (StringTokenizer) _deferred_args[1], // st
1146                   (SequenceI) _deferred_args[2], // refSeq
1147                   (_deferred_args[3] == null) ? null
1148                           : groupRefLookup.get(_deferred_args[3]) // the
1149                                                                   // reference
1150                                                                   // group, or
1151                                                                   // null
1152           );
1153         }
1154       }
1155
1156       // finally, combine all the annotation rows within each context.
1157       /**
1158        * number of combine statements in this annotation file. Used to create
1159        * new groups for combined annotation graphs without disturbing existing
1160        * ones
1161        */
1162       int combinecount = 0;
1163       for (Object[] _combine_args : combineAnnotation_calls)
1164       {
1165         combineAnnotations(al, ++combinecount,
1166                 (StringTokenizer) _combine_args[0], // st
1167                 (SequenceI) _combine_args[1], // refSeq
1168                 (_combine_args[2] == null) ? null
1169                         : groupRefLookup.get(_combine_args[2]) // the reference
1170                                                                // group,
1171                                                                // or null
1172         );
1173       }
1174     }
1175     return modified;
1176   }
1177
1178   private void parseHideCols(HiddenColumns hidden, String nextToken)
1179   {
1180     StringTokenizer inval = new StringTokenizer(nextToken, ",");
1181     while (inval.hasMoreTokens())
1182     {
1183       String range = inval.nextToken().trim();
1184       int from, to = range.indexOf("-");
1185       if (to == -1)
1186       {
1187         from = to = Integer.parseInt(range);
1188         if (from >= 0)
1189         {
1190           hidden.hideColumns(from, to);
1191         }
1192       }
1193       else
1194       {
1195         from = Integer.parseInt(range.substring(0, to));
1196         if (to < range.length() - 1)
1197         {
1198           to = Integer.parseInt(range.substring(to + 1));
1199         }
1200         else
1201         {
1202           to = from;
1203         }
1204         if (from > 0 && to >= from)
1205         {
1206           hidden.hideColumns(from, to);
1207         }
1208       }
1209     }
1210   }
1211
1212   private Object autoAnnotsKey(AlignmentAnnotation annotation,
1213           SequenceI refSeq, String groupRef)
1214   {
1215     return annotation.graph + "\t" + annotation.label + "\t"
1216             + annotation.description + "\t"
1217             + (refSeq != null ? refSeq.getDisplayId(true) : "");
1218   }
1219
1220   Annotation parseAnnotation(String string, int graphStyle)
1221   {
1222     // don't do the glyph test if we don't want secondary structure
1223     boolean hasSymbols = (graphStyle == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH);
1224     String desc = null, displayChar = null;
1225     char ss = ' '; // secondaryStructure
1226     float value = 0;
1227     boolean parsedValue = false, dcset = false;
1228
1229     // find colour here
1230     Color colour = null;
1231     int i = string.indexOf("[");
1232     int j = string.indexOf("]");
1233     if (i > -1 && j > -1)
1234     {
1235       colour = ColorUtils.parseColourString(string.substring(i + 1, j));
1236       if (i > 0 && string.charAt(i - 1) == ',')
1237       {
1238         // clip the preceding comma as well
1239         i--;
1240       }
1241       string = string.substring(0, i) + string.substring(j + 1);
1242     }
1243
1244     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",", true);
1245     String token;
1246     boolean seenContent = false;
1247     int pass = 0;
1248     while (st.hasMoreTokens())
1249     {
1250       pass++;
1251       token = st.nextToken().trim();
1252       if (token.equals(","))
1253       {
1254         if (!seenContent && parsedValue && !dcset)
1255         {
1256           // allow the value below the bar/line to be empty
1257           dcset = true;
1258           displayChar = " ";
1259         }
1260         seenContent = false;
1261         continue;
1262       }
1263       else
1264       {
1265         seenContent = true;
1266       }
1267
1268       if (!parsedValue)
1269       {
1270         try
1271         {
1272           displayChar = token;
1273           // foo
1274           value = new Float(token).floatValue();
1275           parsedValue = true;
1276           continue;
1277         } catch (NumberFormatException ex)
1278         {
1279         }
1280       }
1281       else
1282       {
1283         if (token.length() == 1)
1284         {
1285           displayChar = token;
1286         }
1287       }
1288       if (hasSymbols && (token.length() == 1
1289               && "()<>[]{}AaBbCcDdEeFfGgHhIiJjKkLlMmNnOoPpQqRrSsTtUuVvWwXxYyZz"
1290                       .contains(token)))
1291       {
1292         // Either this character represents a helix or sheet
1293         // or an integer which can be displayed
1294         ss = token.charAt(0);
1295         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))
1296         {
1297           displayChar = "";
1298         }
1299       }
1300       else if (desc == null || (parsedValue && pass > 2))
1301       {
1302         desc = token;
1303       }
1304
1305     }
1306     // if (!dcset && string.charAt(string.length() - 1) == ',')
1307     // {
1308     // displayChar = " "; // empty display char symbol.
1309     // }
1310     if (displayChar != null && desc != null && desc.length() == 1)
1311     {
1312       if (displayChar.length() > 1)
1313       {
1314         // switch desc and displayChar - legacy support
1315         String tmp = displayChar;
1316         displayChar = desc;
1317         desc = tmp;
1318       }
1319       else
1320       {
1321         if (displayChar.equals(desc))
1322         {
1323           // duplicate label - hangover from the 'robust parser' above
1324           desc = null;
1325         }
1326       }
1327     }
1328     Annotation anot = new Annotation(displayChar, desc, ss, value);
1329
1330     anot.colour = colour;
1331
1332     return anot;
1333   }
1334
1335   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)
1336   {
1337     Color awtColour = ColorUtils.parseColourString(colour);
1338     Annotation[] annotations;
1339     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1340     {
1341       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))
1342       {
1343         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;
1344         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)
1345         {
1346           if (annotations[j] != null)
1347           {
1348             annotations[j].colour = awtColour;
1349           }
1350         }
1351       }
1352     }
1353   }
1354
1355   void combineAnnotations(AlignmentI al, int combineCount,
1356           StringTokenizer st, SequenceI seqRef, SequenceGroup groupRef)
1357   {
1358     String group = st.nextToken();
1359     // First make sure we are not overwriting the graphIndex
1360     int graphGroup = 0;
1361     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
1362     {
1363       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1364       {
1365         AlignmentAnnotation aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1366
1367         if (aa.graphGroup > graphGroup)
1368         {
1369           // try to number graphGroups in order of occurence.
1370           graphGroup = aa.graphGroup + 1;
1371         }
1372         if (aa.sequenceRef == seqRef && aa.groupRef == groupRef
1373                 && aa.label.equalsIgnoreCase(group))
1374         {
1375           if (aa.graphGroup > -1)
1376           {
1377             graphGroup = aa.graphGroup;
1378           }
1379           else
1380           {
1381             if (graphGroup <= combineCount)
1382             {
1383               graphGroup = combineCount + 1;
1384             }
1385             aa.graphGroup = graphGroup;
1386           }
1387           break;
1388         }
1389       }
1390
1391       // Now update groups
1392       while (st.hasMoreTokens())
1393       {
1394         group = st.nextToken();
1395         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1396         {
1397           AlignmentAnnotation aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1398           if (aa.sequenceRef == seqRef && aa.groupRef == groupRef
1399                   && aa.label.equalsIgnoreCase(group))
1400           {
1401             aa.graphGroup = graphGroup;
1402             break;
1403           }
1404         }
1405       }
1406     }
1407     else
1408     {
1409       System.err.println(
1410               "Couldn't combine annotations. None are added to alignment yet!");
1411     }
1412   }
1413
1414   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st, SequenceI seqRef,
1415           SequenceGroup groupRef)
1416   {
1417     String group = st.nextToken();
1418     AlignmentAnnotation[] alannot = al.getAlignmentAnnotation();
1419     String nextToken = st.nextToken();
1420     float value = 0f;
1421     try
1422     {
1423       value = Float.valueOf(nextToken);
1424     } catch (NumberFormatException e)
1425     {
1426       System.err.println("line " + nlinesread + ": Threshold '" + nextToken
1427               + "' invalid, setting to zero");
1428     }
1429     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;
1430     Color colour = null;
1431     if (st.hasMoreTokens())
1432     {
1433       colour = ColorUtils.parseColourString(st.nextToken());
1434     }
1435     if (alannot != null)
1436     {
1437       for (int i = 0; i < alannot.length; i++)
1438       {
1439         if (alannot[i].label.equalsIgnoreCase(group)
1440                 && (seqRef == null || alannot[i].sequenceRef == seqRef)
1441                 && (groupRef == null || alannot[i].groupRef == groupRef))
1442         {
1443           alannot[i].setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));
1444         }
1445       }
1446     }
1447   }
1448
1449   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1450   {
1451     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1452     sg.setName(st.nextToken());
1453     String rng = "";
1454     try
1455     {
1456       rng = st.nextToken();
1457       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))
1458       {
1459         sg.setStartRes(Integer.parseInt(rng) - 1);
1460       }
1461       else
1462       {
1463         sg.setStartRes(0);
1464       }
1465       rng = st.nextToken();
1466       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))
1467       {
1468         sg.setEndRes(Integer.parseInt(rng) - 1);
1469       }
1470       else
1471       {
1472         sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);
1473       }
1474     } catch (Exception e)
1475     {
1476       System.err.println(
1477               "Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '"
1478                       + rng + "' - assuming alignment width for group.");
1479       // assume group is full width
1480       sg.setStartRes(0);
1481       sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);
1482     }
1483
1484     String index = st.nextToken();
1485     if (index.equals("-1"))
1486     {
1487       while (st.hasMoreElements())
1488       {
1489         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);
1490       }
1491     }
1492     else
1493     {
1494       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");
1495
1496       while (st2.hasMoreTokens())
1497       {
1498         String tmp = st2.nextToken();
1499         if (tmp.equals("*"))
1500         {
1501           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
1502           {
1503             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);
1504           }
1505         }
1506         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)
1507         {
1508           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");
1509
1510           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));
1511           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));
1512
1513           if (end > start)
1514           {
1515             for (int i = start; i <= end; i++)
1516             {
1517               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);
1518             }
1519           }
1520         }
1521         else
1522         {
1523           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1),
1524                   false);
1525         }
1526       }
1527     }
1528
1529     if (refSeq != null)
1530     {
1531       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);
1532       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);
1533       sg.setSeqrep(refSeq);
1534     }
1535
1536     if (sg.getSize() > 0)
1537     {
1538       al.addGroup(sg);
1539     }
1540   }
1541
1542   void addRowProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1543   {
1544     String label = st.nextToken(), keyValue, key, value;
1545     boolean scaletofit = false, centerlab = false, showalllabs = false;
1546     while (st.hasMoreTokens())
1547     {
1548       keyValue = st.nextToken();
1549       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1550       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1551       if (key.equalsIgnoreCase("scaletofit"))
1552       {
1553         scaletofit = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1554       }
1555       if (key.equalsIgnoreCase("showalllabs"))
1556       {
1557         showalllabs = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1558       }
1559       if (key.equalsIgnoreCase("centrelabs"))
1560       {
1561         centerlab = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1562       }
1563       AlignmentAnnotation[] alr = al.getAlignmentAnnotation();
1564       if (alr != null)
1565       {
1566         for (int i = 0; i < alr.length; i++)
1567         {
1568           if (alr[i].label.equalsIgnoreCase(label))
1569           {
1570             alr[i].centreColLabels = centerlab;
1571             alr[i].scaleColLabel = scaletofit;
1572             alr[i].showAllColLabels = showalllabs;
1573           }
1574         }
1575       }
1576     }
1577   }
1578
1579   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1580   {
1581
1582     // So far we have only added groups to the annotationHash,
1583     // the idea is in the future properties can be added to
1584     // alignments, other annotations etc
1585     if (al.getGroups() == null)
1586     {
1587       return;
1588     }
1589
1590     String name = st.nextToken();
1591     SequenceGroup sg = null;
1592     for (SequenceGroup _sg : al.getGroups())
1593     {
1594       if ((sg = _sg).getName().equals(name))
1595       {
1596         break;
1597       }
1598       else
1599       {
1600         sg = null;
1601       }
1602     }
1603
1604     if (sg != null)
1605     {
1606       String keyValue, key, value;
1607       ColourSchemeI def = sg.getColourScheme();
1608       while (st.hasMoreTokens())
1609       {
1610         keyValue = st.nextToken();
1611         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1612         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1613
1614         if (key.equalsIgnoreCase("description"))
1615         {
1616           sg.setDescription(value);
1617         }
1618         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))
1619         {
1620           sg.cs.setColourScheme(
1621                   ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, value));
1622         }
1623         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))
1624         {
1625           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);
1626
1627         }
1628         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))
1629         {
1630           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));
1631           Conservation c = new Conservation("Group", sg.getSequences(null),
1632                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1633
1634           c.calculate();
1635           c.verdict(false, 25); // TODO: refer to conservation percent threshold
1636
1637           sg.cs.setConservation(c);
1638
1639         }
1640         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))
1641         {
1642           sg.setOutlineColour(ColorUtils.parseColourString(value));
1643         }
1644         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))
1645         {
1646           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1647         }
1648         else if (key.equalsIgnoreCase("showUnconserved"))
1649         {
1650           sg.setShowNonconserved(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1651         }
1652         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))
1653         {
1654           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1655         }
1656         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))
1657         {
1658           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1659         }
1660         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))
1661         {
1662           sg.textColour = ColorUtils.parseColourString(value);
1663         }
1664         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))
1665         {
1666           sg.textColour2 = ColorUtils.parseColourString(value);
1667         }
1668         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))
1669         {
1670           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);
1671         }
1672         else if (key.equalsIgnoreCase("idColour"))
1673         {
1674           Color idColour = ColorUtils.parseColourString(value);
1675           sg.setIdColour(idColour == null ? Color.black : idColour);
1676         }
1677         else if (key.equalsIgnoreCase("hide"))
1678         {
1679           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847
1680           sg.setHidereps(true);
1681         }
1682         else if (key.equalsIgnoreCase("hidecols"))
1683         {
1684           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847
1685           sg.setHideCols(true);
1686         }
1687         sg.recalcConservation();
1688       }
1689       if (sg.getColourScheme() == null)
1690       {
1691         sg.setColourScheme(def);
1692       }
1693     }
1694   }
1695
1696   void setBelowAlignment(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1697   {
1698     String token;
1699     AlignmentAnnotation aa, ala[] = al.getAlignmentAnnotation();
1700     if (ala == null)
1701     {
1702       System.err.print(
1703               "Warning - no annotation to set below for sequence associated annotation:");
1704     }
1705     while (st.hasMoreTokens())
1706     {
1707       token = st.nextToken();
1708       if (ala == null)
1709       {
1710         System.err.print(" " + token);
1711       }
1712       else
1713       {
1714         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1715         {
1716           aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1717           if (aa.sequenceRef == refSeq && aa.label.equals(token))
1718           {
1719             aa.belowAlignment = true;
1720           }
1721         }
1722       }
1723     }
1724     if (ala == null)
1725     {
1726       System.err.print("\n");
1727     }
1728   }
1729
1730   void addAlignmentDetails(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1731   {
1732     String keyValue, key, value;
1733     while (st.hasMoreTokens())
1734     {
1735       keyValue = st.nextToken();
1736       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1737       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1738       al.setProperty(key, value);
1739     }
1740   }
1741
1742   /**
1743    * Write annotations as a CSV file of the form 'label, value, value, ...' for
1744    * each row.
1745    *
1746    * @param annotations
1747    * @return CSV file as a string.
1748    */
1749   public String printCSVAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations)
1750   {
1751     if (annotations == null)
1752     {
1753       return "";
1754     }
1755     StringBuffer sp = new StringBuffer();
1756     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
1757     {
1758       String atos = annotations[i].toString();
1759       int p = 0;
1760       do
1761       {
1762         int cp = atos.indexOf("\n", p);
1763         sp.append(annotations[i].label);
1764         sp.append(",");
1765         if (cp > p)
1766         {
1767           sp.append(atos.substring(p, cp + 1));
1768         }
1769         else
1770         {
1771           sp.append(atos.substring(p));
1772           sp.append(newline);
1773         }
1774         p = cp + 1;
1775       } while (p > 0);
1776     }
1777     return sp.toString();
1778   }
1779
1780   public String printAnnotationsForView(AlignViewportI viewport)
1781   {
1782     return printAnnotations(
1783             viewport.isShowAnnotation()
1784                     ? viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()
1785                     : null,
1786             viewport.getAlignment().getGroups(),
1787             viewport.getAlignment().getProperties(),
1788             viewport.getAlignment().getHiddenColumns(),
1789             viewport.getAlignment(), null);
1790   }
1791
1792   public String printAnnotationsForAlignment(AlignmentI al)
1793   {
1794     return printAnnotations(al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
1795             al.getProperties(), null, al, null);
1796   }
1797 }