src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.io;\r
  19 \r
  20 import java.io.*;\r
  21 import java.net.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 public class AnnotationFile\r
  29 {\r
  30   StringBuffer text = new StringBuffer("JALVIEW_ANNOTATION\n"\r
  31           + "# Created: " + new java.util.Date() + "\n\n");\r
  32 \r
  33   /**\r
  34    * convenience method for pre-2.4 feature files which have no view, hidden\r
  35    * columns or hidden row keywords.\r
  36    * \r
  37    * @param annotations\r
  38    * @param groups\r
  39    * @param properties\r
  40    * @return feature file as a string.\r
  41    */\r
  42   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  43           Vector groups, Hashtable properties)\r
  44   {\r
  45     return printAnnotations(annotations, groups, properties, null);\r
  46 \r
  47   }\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * hold all the information about a particular view definition read from or\r
  51    * written out in an annotations file.\r
  52    */\r
  53   public class ViewDef\r
  54   {\r
  55     public String viewname;\r
  56 \r
  57     public HiddenSequences hidseqs;\r
  58 \r
  59     public ColumnSelection hiddencols;\r
  60 \r
  61     public Vector visibleGroups;\r
  62 \r
  63     public Hashtable hiddenRepSeqs;\r
  64 \r
  65     public ViewDef(String viewname, HiddenSequences hidseqs,\r
  66             ColumnSelection hiddencols, Hashtable hiddenRepSeqs)\r
  67     {\r
  68       this.viewname = viewname;\r
  69       this.hidseqs = hidseqs;\r
  70       this.hiddencols = hiddencols;\r
  71       this.hiddenRepSeqs = hiddenRepSeqs;\r
  72     }\r
  73   }\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * Prepare an annotation file given a set of annotations, groups, alignment\r
  77    * properties and views.\r
  78    * \r
  79    * @param annotations\r
  80    * @param groups\r
  81    * @param properties\r
  82    * @param views\r
  83    * @return annotation file\r
  84    */\r
  85   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  86           Vector groups, Hashtable properties, ViewDef[] views)\r
  87   {\r
  88     // TODO: resolve views issue : annotationFile could contain visible region,\r
  89     // or full data + hidden region specifications for a view.\r
  90     if (annotations != null)\r
  91     {\r
  92       boolean oneColour = true;\r
  93       AlignmentAnnotation row;\r
  94       String comma;\r
  95       SequenceI refSeq = null;\r
  96       SequenceGroup refGroup = null;\r
  97 \r
  98       StringBuffer colours = new StringBuffer();\r
  99       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();\r
 100       StringBuffer rowprops = new StringBuffer();\r
 101       Hashtable graphGroup = new Hashtable();\r
 102 \r
 103       java.awt.Color color;\r
 104 \r
 105       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 106       {\r
 107         row = annotations[i];\r
 108 \r
 109         if (!row.visible && !row.hasScore())\r
 110         {\r
 111           continue;\r
 112         }\r
 113 \r
 114         color = null;\r
 115         oneColour = true;\r
 116 \r
 117         if (row.sequenceRef == null)\r
 118         {\r
 119           if (refSeq != null)\r
 120           {\r
 121             text.append("\nSEQUENCE_REF\tALIGNMENT\n");\r
 122           }\r
 123 \r
 124           refSeq = null;\r
 125         }\r
 126 \r
 127         else\r
 128         {\r
 129           if (refSeq == null || refSeq != row.sequenceRef)\r
 130           {\r
 131             refSeq = row.sequenceRef;\r
 132             text.append("\nSEQUENCE_REF\t" + refSeq.getName() + "\n");\r
 133           }\r
 134         }\r
 135         // mark any group references for the row\r
 136         if (row.groupRef == null)\r
 137         {\r
 138 \r
 139           if (refGroup != null)\r
 140           {\r
 141             text.append("\nGROUP_REF\tALIGNMENT\n");\r
 142           }\r
 143 \r
 144           refGroup = null;\r
 145         }\r
 146         else\r
 147         {\r
 148           if (refGroup == null || refGroup != row.groupRef)\r
 149           {\r
 150             refGroup = row.groupRef;\r
 151             text.append("\nGROUP_REF\t" + refGroup.getName() + "\n");\r
 152           }\r
 153         }\r
 154 \r
 155         boolean hasGlyphs = row.hasIcons, hasLabels = row.hasText, hasValues = row.hasScore, hasText = false;\r
 156         // lookahead to check what the annotation row object actually contains.\r
 157         for (int j = 0; row.annotations != null\r
 158                 && j < row.annotations.length\r
 159                 && (!hasGlyphs || !hasLabels || !hasValues); j++)\r
 160         {\r
 161           if (row.annotations[j] != null)\r
 162           {\r
 163             hasLabels |= (row.annotations[j].displayCharacter != null\r
 164                     && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter\r
 165                     .equals(" "));\r
 166             hasGlyphs |= (row.annotations[j].secondaryStructure != 0 && row.annotations[j].secondaryStructure != ' ');\r
 167             hasValues |= (row.annotations[j].value != Float.NaN); // NaNs can't\r
 168             // be\r
 169             // rendered..\r
 170             hasText |= (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description\r
 171                     .length() > 0);\r
 172           }\r
 173         }\r
 174 \r
 175         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)\r
 176         {\r
 177           text.append("NO_GRAPH\t");\r
 178           hasValues = false; // only secondary structure\r
 179           // hasLabels = false; // and annotation description string.\r
 180         }\r
 181         else\r
 182         {\r
 183           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
 184           {\r
 185             text.append("BAR_GRAPH\t");\r
 186             hasGlyphs = false; // no secondary structure\r
 187 \r
 188           }\r
 189           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
 190           {\r
 191             hasGlyphs = false; // no secondary structure\r
 192             text.append("LINE_GRAPH\t");\r
 193           }\r
 194 \r
 195           if (row.getThreshold() != null)\r
 196           {\r
 197             graphLine\r
 198                     .append("GRAPHLINE\t"\r
 199                             + row.label\r
 200                             + "\t"\r
 201                             + row.getThreshold().value\r
 202                             + "\t"\r
 203                             + row.getThreshold().label\r
 204                             + "\t"\r
 205                             + jalview.util.Format.getHexString(row\r
 206                                     .getThreshold().colour) + "\n");\r
 207           }\r
 208 \r
 209           if (row.graphGroup > -1)\r
 210           {\r
 211             String key = String.valueOf(row.graphGroup);\r
 212             if (graphGroup.containsKey(key))\r
 213             {\r
 214               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key) + "\t" + row.label);\r
 215             }\r
 216             else\r
 217             {\r
 218               graphGroup.put(key, row.label);\r
 219             }\r
 220           }\r
 221         }\r
 222 \r
 223         text.append(row.label + "\t");\r
 224         if (row.description != null)\r
 225         {\r
 226           text.append(row.description + "\t");\r
 227         }\r
 228         for (int j = 0; row.annotations != null\r
 229                 && j < row.annotations.length; j++)\r
 230         {\r
 231           if (refSeq != null\r
 232                   && jalview.util.Comparison.isGap(refSeq.getCharAt(j)))\r
 233           {\r
 234             continue;\r
 235           }\r
 236 \r
 237           if (row.annotations[j] != null)\r
 238           {\r
 239             comma = "";\r
 240             if (hasGlyphs) // could be also hasGlyphs || ...\r
 241             {\r
 242 \r
 243               text.append(comma);\r
 244               if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')\r
 245               {\r
 246                 // only write out the field if its not whitespace.\r
 247                 text.append(row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 248               }\r
 249               comma = ",";\r
 250             }\r
 251             if (hasValues)\r
 252             {\r
 253               if (row.annotations[j].value != Float.NaN)\r
 254               {\r
 255                 text.append(comma + row.annotations[j].value);\r
 256               }\r
 257               else\r
 258               {\r
 259                 System.err.println("Skipping NaN - not valid value.");\r
 260                 text.append(comma + 0f);// row.annotations[j].value);\r
 261               }\r
 262               comma = ",";\r
 263             }\r
 264             if (hasLabels)\r
 265             {\r
 266               // TODO: labels are emitted after values for bar graphs.\r
 267               if // empty labels are allowed, so\r
 268               (row.annotations[j].displayCharacter != null\r
 269                       && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0\r
 270                       && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))\r
 271               {\r
 272                 text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 273                 comma = ",";\r
 274               }\r
 275             }\r
 276             if (hasText)\r
 277             {\r
 278               if (row.annotations[j].description != null\r
 279                       && row.annotations[j].description.length() > 0\r
 280                       && !row.annotations[j].description\r
 281                               .equals(row.annotations[j].displayCharacter))\r
 282               {\r
 283                 text.append(comma + row.annotations[j].description);\r
 284                 comma = ",";\r
 285               }\r
 286             }\r
 287             if (color != null && !color.equals(row.annotations[j].colour))\r
 288             {\r
 289               oneColour = false;\r
 290             }\r
 291 \r
 292             color = row.annotations[j].colour;\r
 293 \r
 294             if (row.annotations[j].colour != null\r
 295                     && row.annotations[j].colour != java.awt.Color.black)\r
 296             {\r
 297               text.append(comma\r
 298                       + "["\r
 299                       + jalview.util.Format\r
 300                               .getHexString(row.annotations[j].colour)\r
 301                       + "]");\r
 302               comma = ",";\r
 303             }\r
 304           }\r
 305           text.append("|");\r
 306         }\r
 307 \r
 308         if (row.hasScore())\r
 309           text.append("\t" + row.score);\r
 310 \r
 311         text.append("\n");\r
 312 \r
 313         if (color != null && color != java.awt.Color.black && oneColour)\r
 314         {\r
 315           colours.append("COLOUR\t" + row.label + "\t"\r
 316                   + jalview.util.Format.getHexString(color) + "\n");\r
 317         }\r
 318         if (row.scaleColLabel || row.showAllColLabels\r
 319                 || row.centreColLabels)\r
 320         {\r
 321           rowprops.append("ROWPROPERTIES\t" + row.label);\r
 322           rowprops.append("\tscaletofit=" + row.scaleColLabel);\r
 323           rowprops.append("\tshowalllabs=" + row.showAllColLabels);\r
 324           rowprops.append("\tcentrelabs=" + row.centreColLabels);\r
 325           rowprops.append("\n");\r
 326         }\r
 327       }\r
 328 \r
 329       text.append("\n");\r
 330 \r
 331       text.append(colours.toString());\r
 332       text.append(graphLine.toString());\r
 333       if (graphGroup.size() > 0)\r
 334       {\r
 335         text.append("COMBINE\t");\r
 336         Enumeration en = graphGroup.elements();\r
 337         while (en.hasMoreElements())\r
 338         {\r
 339           text.append(en.nextElement() + "\n");\r
 340         }\r
 341       }\r
 342       text.append(rowprops.toString());\r
 343     }\r
 344 \r
 345     if (groups != null)\r
 346     {\r
 347       printGroups(groups);\r
 348     }\r
 349 \r
 350     if (properties != null)\r
 351     {\r
 352       text.append("\n\nALIGNMENT");\r
 353       Enumeration en = properties.keys();\r
 354       while (en.hasMoreElements())\r
 355       {\r
 356         String key = en.nextElement().toString();\r
 357         text.append("\t" + key + "=" + properties.get(key));\r
 358       }\r
 359       // TODO: output alignment visualization settings here if required\r
 360 \r
 361     }\r
 362 \r
 363     return text.toString();\r
 364   }\r
 365 \r
 366   public void printGroups(Vector sequenceGroups)\r
 367   {\r
 368     SequenceGroup sg;\r
 369     SequenceI seqrep = null;\r
 370     for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++)\r
 371     {\r
 372       sg = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 373       if (!sg.hasSeqrep())\r
 374       {\r
 375         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"\r
 376                 + (sg.getStartRes() + 1) + "\t" + (sg.getEndRes() + 1)\r
 377                 + "\t" + "-1\t");\r
 378         seqrep = null;\r
 379       }\r
 380       else\r
 381       {\r
 382         seqrep = sg.getSeqrep();\r
 383         text.append("SEQUENCE_REF\t" + seqrep.getName() + "\n");\r
 384         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"\r
 385                 + (seqrep.findPosition(sg.getStartRes())) + "\t"\r
 386                 + (seqrep.findPosition(sg.getEndRes())) + "\t" + "-1\t");\r
 387       }\r
 388       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 389       {\r
 390         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName() + "\t");\r
 391       }\r
 392 \r
 393       text.append("\nPROPERTIES\t" + sg.getName() + "\t");\r
 394 \r
 395       if (sg.getDescription() != null)\r
 396       {\r
 397         text.append("description=" + sg.getDescription() + "\t");\r
 398       }\r
 399       if (sg.cs != null)\r
 400       {\r
 401         text.append("colour=" + ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs)\r
 402                 + "\t");\r
 403         if (sg.cs.getThreshold() != 0)\r
 404         {\r
 405           text.append("pidThreshold=" + sg.cs.getThreshold());\r
 406         }\r
 407         if (sg.cs.conservationApplied())\r
 408         {\r
 409           text.append("consThreshold=" + sg.cs.getConservationInc() + "\t");\r
 410         }\r
 411       }\r
 412       text.append("outlineColour="\r
 413               + jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour())\r
 414               + "\t");\r
 415 \r
 416       text.append("displayBoxes=" + sg.getDisplayBoxes() + "\t");\r
 417       text.append("displayText=" + sg.getDisplayText() + "\t");\r
 418       text.append("colourText=" + sg.getColourText() + "\t");\r
 419       text.append("showUnconserved=" + sg.getShowNonconserved() + "\t");\r
 420       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
 421       {\r
 422         text.append("textCol1="\r
 423                 + jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour) + "\t");\r
 424       }\r
 425       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
 426       {\r
 427         text.append("textCol2="\r
 428                 + jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2) + "\t");\r
 429       }\r
 430       if (sg.thresholdTextColour != 0)\r
 431       {\r
 432         text.append("textColThreshold=" + sg.thresholdTextColour + "\t");\r
 433       }\r
 434       if (sg.idColour != null)\r
 435       {\r
 436         text.append("idColour="\r
 437                 + jalview.util.Format.getHexString(sg.idColour) + "\t");\r
 438       }\r
 439       if (sg.isHidereps())\r
 440       {\r
 441         text.append("hide=true\t");\r
 442       }\r
 443       if (sg.isHideCols())\r
 444       {\r
 445         text.append("hidecols=true\t");\r
 446       }\r
 447       if (seqrep != null)\r
 448       {\r
 449         // terminate the last line and clear the sequence ref for the group\r
 450         text.append("\nSEQUENCE_REF");\r
 451       }\r
 452       text.append("\n\n");\r
 453 \r
 454     }\r
 455   }\r
 456 \r
 457   SequenceI refSeq = null;\r
 458 \r
 459   String refSeqId = null;\r
 460 \r
 461   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, String file,\r
 462           String protocol)\r
 463   {\r
 464     BufferedReader in = null;\r
 465     try\r
 466     {\r
 467       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
 468       {\r
 469         in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 470       }\r
 471       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
 472       {\r
 473         URL url = new URL(file);\r
 474         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
 475       }\r
 476       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 477       {\r
 478         in = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
 479       }\r
 480       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
 481       {\r
 482         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);\r
 483         if (is != null)\r
 484         {\r
 485           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
 486         }\r
 487       }\r
 488       if (in != null)\r
 489       {\r
 490         return parseAnnotationFrom(al, in);\r
 491       }\r
 492 \r
 493     } catch (Exception ex)\r
 494     {\r
 495       ex.printStackTrace();\r
 496       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);\r
 497       return false;\r
 498     }\r
 499     return false;\r
 500   }\r
 501 \r
 502   public boolean parseAnnotationFrom(AlignmentI al, BufferedReader in)\r
 503           throws Exception\r
 504   {\r
 505     String groupRef = null;\r
 506     Hashtable groupRefRows = new Hashtable();\r
 507 \r
 508     Hashtable autoAnnots = new Hashtable();\r
 509     {\r
 510       String line, label, description, token;\r
 511       int graphStyle, index;\r
 512       int refSeqIndex = 1;\r
 513       int existingAnnotations = 0;\r
 514       // when true - will add new rows regardless of whether they are duplicate\r
 515       // auto-annotation like consensus or conservation graphs\r
 516       boolean overrideAutoAnnot = false;\r
 517       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 518       {\r
 519         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
 520         if (existingAnnotations > 0)\r
 521         {\r
 522           AlignmentAnnotation[] aa = al.getAlignmentAnnotation();\r
 523           for (int aai = 0; aai < aa.length; aai++)\r
 524           {\r
 525             if (aa[aai].autoCalculated)\r
 526             {\r
 527               // make a note of the name and description\r
 528               autoAnnots\r
 529                       .put(aa[aai].graph\r
 530                               + "\t"\r
 531                               + aa[aai].label\r
 532                               + "\t"\r
 533                               + aa[aai].description\r
 534                               + "\t"\r
 535                               + (aa[aai].sequenceRef != null ? aa[aai].sequenceRef\r
 536                                       .getDisplayId(true) : ""),\r
 537                               new Integer(1));\r
 538             }\r
 539           }\r
 540         }\r
 541       }\r
 542 \r
 543       int alWidth = al.getWidth();\r
 544 \r
 545       StringTokenizer st;\r
 546       Annotation[] annotations;\r
 547       AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 548 \r
 549       // First confirm this is an Annotation file\r
 550       boolean jvAnnotationFile = false;\r
 551       while ((line = in.readLine()) != null)\r
 552       {\r
 553         if (line.indexOf("#") == 0)\r
 554         {\r
 555           continue;\r
 556         }\r
 557 \r
 558         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)\r
 559         {\r
 560           jvAnnotationFile = true;\r
 561           break;\r
 562         }\r
 563       }\r
 564 \r
 565       if (!jvAnnotationFile)\r
 566       {\r
 567         in.close();\r
 568         return false;\r
 569       }\r
 570 \r
 571       while ((line = in.readLine()) != null)\r
 572       {\r
 573         if (line.indexOf("#") == 0\r
 574                 || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1\r
 575                 || line.length() == 0)\r
 576         {\r
 577           continue;\r
 578         }\r
 579 \r
 580         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 581         token = st.nextToken();\r
 582         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))\r
 583         {\r
 584           // TODO: use graduated colour def'n here too\r
 585           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());\r
 586           continue;\r
 587         }\r
 588 \r
 589         else if (token.equalsIgnoreCase("COMBINE"))\r
 590         {\r
 591           combineAnnotations(al, st);\r
 592           continue;\r
 593         }\r
 594         else if (token.equalsIgnoreCase("ROWPROPERTIES"))\r
 595         {\r
 596           addRowProperties(al, st);\r
 597           continue;\r
 598         }\r
 599         else if (token.equalsIgnoreCase("GRAPHLINE"))\r
 600         {\r
 601           addLine(al, st);\r
 602           continue;\r
 603         }\r
 604 \r
 605         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))\r
 606         {\r
 607           if (st.hasMoreTokens())\r
 608           {\r
 609             refSeq = al.findName(refSeqId = st.nextToken());\r
 610             if (refSeq == null)\r
 611             {\r
 612               refSeqId = null;\r
 613             }\r
 614             try\r
 615             {\r
 616               refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 617               if (refSeqIndex < 1)\r
 618               {\r
 619                 refSeqIndex = 1;\r
 620                 System.out\r
 621                         .println("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 622               }\r
 623             } catch (Exception ex)\r
 624             {\r
 625               refSeqIndex = 1;\r
 626             }\r
 627           }\r
 628           else\r
 629           {\r
 630             refSeq = null;\r
 631             refSeqId = null;\r
 632           }\r
 633           continue;\r
 634         }\r
 635         else if (token.equalsIgnoreCase("GROUP_REF"))\r
 636         {\r
 637           // Group references could be forward or backwards, so they are\r
 638           // resolved after the whole file is read in\r
 639           groupRef = null;\r
 640           if (st.hasMoreTokens())\r
 641           {\r
 642             groupRef = st.nextToken();\r
 643             if (groupRef.length() < 1)\r
 644             {\r
 645               groupRef = null; // empty string\r
 646             }\r
 647             else\r
 648             {\r
 649               if (groupRefRows.get(groupRef) == null)\r
 650               {\r
 651                 groupRefRows.put(groupRef, new Vector());\r
 652               }\r
 653             }\r
 654           }\r
 655           continue;\r
 656         }\r
 657         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))\r
 658         {\r
 659           addGroup(al, st);\r
 660           continue;\r
 661         }\r
 662 \r
 663         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))\r
 664         {\r
 665           addProperties(al, st);\r
 666           continue;\r
 667         }\r
 668 \r
 669         else if (token.equalsIgnoreCase("BELOW_ALIGNMENT"))\r
 670         {\r
 671           setBelowAlignment(al, st);\r
 672           continue;\r
 673         }\r
 674         else if (token.equalsIgnoreCase("ALIGNMENT"))\r
 675         {\r
 676           addAlignmentDetails(al, st);\r
 677           continue;\r
 678         }\r
 679 \r
 680         // Parse out the annotation row\r
 681         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);\r
 682         label = st.nextToken();\r
 683 \r
 684         index = 0;\r
 685         annotations = new Annotation[alWidth];\r
 686         description = null;\r
 687         float score = Float.NaN;\r
 688 \r
 689         if (st.hasMoreTokens())\r
 690         {\r
 691           line = st.nextToken();\r
 692 \r
 693           if (line.indexOf("|") == -1)\r
 694           {\r
 695             description = line;\r
 696             if (st.hasMoreTokens())\r
 697               line = st.nextToken();\r
 698           }\r
 699 \r
 700           if (st.hasMoreTokens())\r
 701           {\r
 702             // This must be the score\r
 703             score = Float.valueOf(st.nextToken()).floatValue();\r
 704           }\r
 705 \r
 706           st = new StringTokenizer(line, "|", true);\r
 707 \r
 708           boolean emptyColumn = true;\r
 709           boolean onlyOneElement = (st.countTokens() == 1);\r
 710 \r
 711           while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)\r
 712           {\r
 713             token = st.nextToken().trim();\r
 714 \r
 715             if (onlyOneElement)\r
 716             {\r
 717               try\r
 718               {\r
 719                 score = Float.valueOf(token).floatValue();\r
 720                 break;\r
 721               } catch (NumberFormatException ex)\r
 722               {\r
 723               }\r
 724             }\r
 725 \r
 726             if (token.equals("|"))\r
 727             {\r
 728               if (emptyColumn)\r
 729               {\r
 730                 index++;\r
 731               }\r
 732 \r
 733               emptyColumn = true;\r
 734             }\r
 735             else\r
 736             {\r
 737               annotations[index++] = parseAnnotation(token, graphStyle);\r
 738               emptyColumn = false;\r
 739             }\r
 740           }\r
 741 \r
 742         }\r
 743 \r
 744         annotation = new AlignmentAnnotation(label, description,\r
 745                 (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);\r
 746 \r
 747         annotation.score = score;\r
 748         if (!overrideAutoAnnot\r
 749                 && autoAnnots\r
 750                         .containsKey(annotation.graph\r
 751                                 + "\t"\r
 752                                 + annotation.label\r
 753                                 + "\t"\r
 754                                 + annotation.description\r
 755                                 + "\t"\r
 756                                 + (refSeq != null ? refSeq\r
 757                                         .getDisplayId(true) : "")))\r
 758         {\r
 759           // skip - we've already got an automatic annotation of this type.\r
 760           continue;\r
 761         }\r
 762         // otherwise add it!\r
 763         if (refSeq != null)\r
 764         {\r
 765 \r
 766           annotation.belowAlignment = false;\r
 767           // make a copy of refSeq so we can find other matches in the alignment\r
 768           SequenceI referedSeq = refSeq;\r
 769           do\r
 770           {\r
 771             // copy before we do any mapping business.\r
 772             // TODO: verify that undo/redo with 1:many sequence associated\r
 773             // annotations can be undone correctly\r
 774             AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(annotation);\r
 775             annotation\r
 776                     .createSequenceMapping(referedSeq, refSeqIndex, false);\r
 777             annotation.adjustForAlignment();\r
 778             referedSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);\r
 779             al.addAnnotation(annotation);\r
 780             al.setAnnotationIndex(annotation,\r
 781                     al.getAlignmentAnnotation().length\r
 782                             - existingAnnotations - 1);\r
 783             if (groupRef != null)\r
 784             {\r
 785               ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);\r
 786             }\r
 787             // and recover our virgin copy to use again if necessary.\r
 788             annotation = ann;\r
 789 \r
 790           } while (refSeqId != null\r
 791                   && (referedSeq = al.findName(referedSeq, refSeqId, true)) != null);\r
 792         }\r
 793         else\r
 794         {\r
 795           al.addAnnotation(annotation);\r
 796           al.setAnnotationIndex(annotation,\r
 797                   al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations\r
 798                           - 1);\r
 799           if (groupRef != null)\r
 800           {\r
 801             ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);\r
 802           }\r
 803         }\r
 804       }\r
 805       // Finally, resolve the groupRefs\r
 806       Enumeration en = groupRefRows.keys();\r
 807       SequenceGroup theGroup = null;\r
 808 \r
 809       while (en.hasMoreElements())\r
 810       {\r
 811         groupRef = (String) en.nextElement();\r
 812         boolean matched = false;\r
 813         // Resolve group: TODO: add a getGroupByName method to alignments\r
 814         Vector grps = al.getGroups();\r
 815         for (int g = 0, gSize = grps.size(); g < gSize; g++)\r
 816         {\r
 817           theGroup = (SequenceGroup) grps.elementAt(g);\r
 818           if (theGroup.getName().equals(groupRef))\r
 819           {\r
 820             if (matched)\r
 821             {\r
 822               // TODO: specify and implement duplication of alignment annotation\r
 823               // for multiple group references.\r
 824               System.err\r
 825                       .println("Ignoring 1:many group reference mappings for group name '"\r
 826                               + groupRef + "'");\r
 827             }\r
 828             else\r
 829             {\r
 830               matched = true;\r
 831               Vector rowset = (Vector) groupRefRows.get(groupRef);\r
 832               if (rowset != null && rowset.size() > 0)\r
 833               {\r
 834                 AlignmentAnnotation alan = null;\r
 835                 for (int elm = 0, elmSize = rowset.size(); elm < elmSize; elm++)\r
 836                 {\r
 837                   alan = (AlignmentAnnotation) rowset.elementAt(elm);\r
 838                   alan.groupRef = theGroup;\r
 839                 }\r
 840               }\r
 841             }\r
 842           }\r
 843         }\r
 844         ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).removeAllElements();\r
 845       }\r
 846     }\r
 847     return true;\r
 848   }\r
 849 \r
 850   Annotation parseAnnotation(String string, int graphStyle)\r
 851   {\r
 852     boolean hasSymbols = (graphStyle == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH); // don't\r
 853     // do the\r
 854     // glyph\r
 855     // test\r
 856     // if we\r
 857     // don't\r
 858     // want\r
 859     // secondary\r
 860     // structure\r
 861     String desc = null, displayChar = null;\r
 862     char ss = ' '; // secondaryStructure\r
 863     float value = 0;\r
 864     boolean parsedValue = false, dcset = false;\r
 865 \r
 866     // find colour here\r
 867     java.awt.Color colour = null;\r
 868     int i = string.indexOf("[");\r
 869     int j = string.indexOf("]");\r
 870     if (i > -1 && j > -1)\r
 871     {\r
 872       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme();\r
 873 \r
 874       colour = ucs.getColourFromString(string.substring(i + 1, j));\r
 875       if (i > 0 && string.charAt(i - 1) == ',')\r
 876       {\r
 877         // clip the preceding comma as well\r
 878         i--;\r
 879       }\r
 880       string = string.substring(0, i) + string.substring(j + 1);\r
 881     }\r
 882 \r
 883     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",", true);\r
 884     String token;\r
 885     boolean seenContent = false;\r
 886     int pass = 0;\r
 887     while (st.hasMoreTokens())\r
 888     {\r
 889       pass++;\r
 890       token = st.nextToken().trim();\r
 891       if (token.equals(","))\r
 892       {\r
 893         if (!seenContent && parsedValue && !dcset)\r
 894         {\r
 895           // allow the value below the bar/line to be empty\r
 896           dcset = true;\r
 897           displayChar = " ";\r
 898         }\r
 899         seenContent = false;\r
 900         continue;\r
 901       }\r
 902       else\r
 903       {\r
 904         seenContent = true;\r
 905       }\r
 906 \r
 907       if (!parsedValue)\r
 908       {\r
 909         try\r
 910         {\r
 911           displayChar = token;\r
 912           // foo\r
 913           value = new Float(token).floatValue();\r
 914           parsedValue = true;\r
 915           continue;\r
 916         } catch (NumberFormatException ex)\r
 917         {\r
 918         }\r
 919       }\r
 920       else\r
 921       {\r
 922         if (token.length() == 1)\r
 923         {\r
 924           displayChar = token;\r
 925         }\r
 926       }\r
 927       if (hasSymbols\r
 928               && (token.equals("H") || token.equals("E") || token\r
 929                       .equals(" ")))\r
 930       {\r
 931         // Either this character represents a helix or sheet\r
 932         // or an integer which can be displayed\r
 933         ss = token.charAt(0);\r
 934         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))\r
 935         {\r
 936           displayChar = "";\r
 937         }\r
 938       }\r
 939       else if (desc == null || (parsedValue && pass > 2))\r
 940       {\r
 941         desc = token;\r
 942       }\r
 943 \r
 944     }\r
 945     // if (!dcset && string.charAt(string.length() - 1) == ',')\r
 946     // {\r
 947     // displayChar = " "; // empty display char symbol.\r
 948     // }\r
 949     if (displayChar != null && desc != null && desc.length() == 1)\r
 950     {\r
 951       if (displayChar.length() > 1)\r
 952       {\r
 953         // switch desc and displayChar - legacy support\r
 954         String tmp = displayChar;\r
 955         displayChar = desc;\r
 956         desc = tmp;\r
 957       }\r
 958       else\r
 959       {\r
 960         if (displayChar.equals(desc))\r
 961         {\r
 962           // duplicate label - hangover from the 'robust parser' above\r
 963           desc = null;\r
 964         }\r
 965       }\r
 966     }\r
 967     Annotation anot = new Annotation(displayChar, desc, ss, value);\r
 968 \r
 969     anot.colour = colour;\r
 970 \r
 971     return anot;\r
 972   }\r
 973 \r
 974   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)\r
 975   {\r
 976     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);\r
 977     Annotation[] annotations;\r
 978     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 979     {\r
 980       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
 981       {\r
 982         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;\r
 983         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)\r
 984         {\r
 985           if (annotations[j] != null)\r
 986           {\r
 987             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');\r
 988           }\r
 989         }\r
 990       }\r
 991     }\r
 992   }\r
 993 \r
 994   void combineAnnotations(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 995   {\r
 996     int graphGroup = -1;\r
 997     String group = st.nextToken();\r
 998     // First make sure we are not overwriting the graphIndex\r
 999     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
1000     {\r
1001       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
1002       {\r
1003         if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
1004         {\r
1005           graphGroup = al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup + 1;\r
1006           al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
1007           break;\r
1008         }\r
1009       }\r
1010 \r
1011       // Now update groups\r
1012       while (st.hasMoreTokens())\r
1013       {\r
1014         group = st.nextToken();\r
1015         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
1016         {\r
1017           if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
1018           {\r
1019             al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
1020             break;\r
1021           }\r
1022         }\r
1023       }\r
1024     }\r
1025     else\r
1026     {\r
1027       System.err\r
1028               .println("Couldn't combine annotations. None are added to alignment yet!");\r
1029     }\r
1030   }\r
1031 \r
1032   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1033   {\r
1034     String group = st.nextToken();\r
1035     AlignmentAnnotation annotation = null, alannot[] = al\r
1036             .getAlignmentAnnotation();\r
1037     if (alannot != null)\r
1038     {\r
1039       for (int i = 0; i < alannot.length; i++)\r
1040       {\r
1041         if (alannot[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
1042         {\r
1043           annotation = alannot[i];\r
1044           break;\r
1045         }\r
1046       }\r
1047     }\r
1048     if (annotation == null)\r
1049     {\r
1050       return;\r
1051     }\r
1052     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();\r
1053     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;\r
1054     java.awt.Color colour = null;\r
1055     if (st.hasMoreTokens())\r
1056     {\r
1057       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
1058       colour = ucs.findColour('A');\r
1059     }\r
1060 \r
1061     annotation.setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));\r
1062   }\r
1063 \r
1064   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1065   {\r
1066     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1067     sg.setName(st.nextToken());\r
1068     String rng = "";\r
1069     try\r
1070     {\r
1071       rng = st.nextToken();\r
1072       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))\r
1073       {\r
1074         sg.setStartRes(Integer.parseInt(rng) - 1);\r
1075       }\r
1076       else\r
1077       {\r
1078         sg.setStartRes(0);\r
1079       }\r
1080       rng = st.nextToken();\r
1081       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))\r
1082       {\r
1083         sg.setEndRes(Integer.parseInt(rng) - 1);\r
1084       }\r
1085       else\r
1086       {\r
1087         sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);\r
1088       }\r
1089     } catch (Exception e)\r
1090     {\r
1091       System.err\r
1092               .println("Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '"\r
1093                       + rng + "' - assuming alignment width for group.");\r
1094       // assume group is full width\r
1095       sg.setStartRes(0);\r
1096       sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);\r
1097     }\r
1098 \r
1099     String index = st.nextToken();\r
1100     if (index.equals("-1"))\r
1101     {\r
1102       while (st.hasMoreElements())\r
1103       {\r
1104         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);\r
1105       }\r
1106     }\r
1107     else\r
1108     {\r
1109       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");\r
1110 \r
1111       while (st2.hasMoreTokens())\r
1112       {\r
1113         String tmp = st2.nextToken();\r
1114         if (tmp.equals("*"))\r
1115         {\r
1116           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
1117           {\r
1118             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);\r
1119           }\r
1120         }\r
1121         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)\r
1122         {\r
1123           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
1124 \r
1125           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
1126           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
1127 \r
1128           if (end > start)\r
1129           {\r
1130             for (int i = start; i <= end; i++)\r
1131             {\r
1132               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);\r
1133             }\r
1134           }\r
1135         }\r
1136         else\r
1137         {\r
1138           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1), false);\r
1139         }\r
1140       }\r
1141     }\r
1142 \r
1143     if (refSeq != null)\r
1144     {\r
1145       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);\r
1146       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);\r
1147       sg.setSeqrep(refSeq);\r
1148     }\r
1149 \r
1150     if (sg.getSize() > 0)\r
1151     {\r
1152       al.addGroup(sg);\r
1153     }\r
1154   }\r
1155 \r
1156   void addRowProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1157   {\r
1158     String label = st.nextToken(), keyValue, key, value;\r
1159     boolean scaletofit = false, centerlab = false, showalllabs = false;\r
1160     while (st.hasMoreTokens())\r
1161     {\r
1162       keyValue = st.nextToken();\r
1163       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
1164       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
1165       if (key.equalsIgnoreCase("scaletofit"))\r
1166       {\r
1167         scaletofit = Boolean.valueOf(value).booleanValue();\r
1168       }\r
1169       if (key.equalsIgnoreCase("showalllabs"))\r
1170       {\r
1171         showalllabs = Boolean.valueOf(value).booleanValue();\r
1172       }\r
1173       if (key.equalsIgnoreCase("centrelabs"))\r
1174       {\r
1175         centerlab = Boolean.valueOf(value).booleanValue();\r
1176       }\r
1177       AlignmentAnnotation[] alr = al.getAlignmentAnnotation();\r
1178       if (alr != null)\r
1179       {\r
1180         for (int i = 0; i < alr.length; i++)\r
1181         {\r
1182           if (alr[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
1183           {\r
1184             alr[i].centreColLabels = centerlab;\r
1185             alr[i].scaleColLabel = scaletofit;\r
1186             alr[i].showAllColLabels = showalllabs;\r
1187           }\r
1188         }\r
1189       }\r
1190     }\r
1191   }\r
1192 \r
1193   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1194   {\r
1195 \r
1196     // So far we have only added groups to the annotationHash,\r
1197     // the idea is in the future properties can be added to\r
1198     // alignments, other annotations etc\r
1199     if (al.getGroups() == null)\r
1200     {\r
1201       return;\r
1202     }\r
1203     SequenceGroup sg = null;\r
1204 \r
1205     String name = st.nextToken();\r
1206 \r
1207     Vector groups = al.getGroups();\r
1208     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1209     {\r
1210       sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1211       if (sg.getName().equals(name))\r
1212       {\r
1213         break;\r
1214       }\r
1215       else\r
1216       {\r
1217         sg = null;\r
1218       }\r
1219     }\r
1220 \r
1221     if (sg != null)\r
1222     {\r
1223       String keyValue, key, value;\r
1224       ColourSchemeI def = sg.cs;\r
1225       sg.cs = null;\r
1226       while (st.hasMoreTokens())\r
1227       {\r
1228         keyValue = st.nextToken();\r
1229         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
1230         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
1231 \r
1232         if (key.equalsIgnoreCase("description"))\r
1233         {\r
1234           sg.setDescription(value);\r
1235         }\r
1236         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))\r
1237         {\r
1238           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);\r
1239         }\r
1240         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))\r
1241         {\r
1242           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);\r
1243 \r
1244         }\r
1245         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))\r
1246         {\r
1247           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));\r
1248           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1249                   ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(null),\r
1250                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
1251 \r
1252           c.calculate();\r
1253           c.verdict(false, 25);\r
1254 \r
1255           sg.cs.setConservation(c);\r
1256 \r
1257         }\r
1258         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))\r
1259         {\r
1260           sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));\r
1261         }\r
1262         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))\r
1263         {\r
1264           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
1265         }\r
1266         else if (key.equalsIgnoreCase("showUnconserved"))\r
1267         {\r
1268           sg.setShowNonconserved(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
1269         }\r
1270         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))\r
1271         {\r
1272           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
1273         }\r
1274         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))\r
1275         {\r
1276           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
1277         }\r
1278         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))\r
1279         {\r
1280           sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
1281         }\r
1282         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))\r
1283         {\r
1284           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
1285         }\r
1286         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))\r
1287         {\r
1288           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);\r
1289         }\r
1290         else if (key.equalsIgnoreCase("idColour"))\r
1291         {\r
1292           // consider warning if colour doesn't resolve to a real colour\r
1293           sg.setIdColour((def = new UserColourScheme(value))\r
1294                   .findColour('A'));\r
1295         }\r
1296         else if (key.equalsIgnoreCase("hide"))\r
1297         {\r
1298           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847\r
1299           sg.setHidereps(true);\r
1300         }\r
1301         else if (key.equalsIgnoreCase("hidecols"))\r
1302         {\r
1303           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847\r
1304           sg.setHideCols(true);\r
1305         }\r
1306         sg.recalcConservation();\r
1307       }\r
1308       if (sg.cs == null)\r
1309       {\r
1310         sg.cs = def;\r
1311       }\r
1312     }\r
1313   }\r
1314 \r
1315   void setBelowAlignment(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1316   {\r
1317     String token;\r
1318     AlignmentAnnotation aa, ala[] = al.getAlignmentAnnotation();\r
1319     if (ala == null)\r
1320     {\r
1321       System.err\r
1322               .print("Warning - no annotation to set below for sequence associated annotation:");\r
1323     }\r
1324     while (st.hasMoreTokens())\r
1325     {\r
1326       token = st.nextToken();\r
1327       if (ala == null)\r
1328       {\r
1329         System.err.print(" " + token);\r
1330       }\r
1331       else\r
1332       {\r
1333         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
1334         {\r
1335           aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
1336           if (aa.sequenceRef == refSeq && aa.label.equals(token))\r
1337           {\r
1338             aa.belowAlignment = true;\r
1339           }\r
1340         }\r
1341       }\r
1342     }\r
1343     if (ala == null)\r
1344     {\r
1345       System.err.print("\n");\r
1346     }\r
1347   }\r
1348 \r
1349   void addAlignmentDetails(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1350   {\r
1351     String keyValue, key, value;\r
1352     while (st.hasMoreTokens())\r
1353     {\r
1354       keyValue = st.nextToken();\r
1355       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
1356       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
1357       al.setProperty(key, value);\r
1358     }\r
1359   }\r
1360 \r
1361   /**\r
1362    * Write annotations as a CSV file of the form 'label, value, value, ...' for\r
1363    * each row.\r
1364    * \r
1365    * @param annotations\r
1366    * @return CSV file as a string.\r
1367    */\r
1368   public String printCSVAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations)\r
1369   {\r
1370     StringBuffer sp = new StringBuffer();\r
1371     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
1372     {\r
1373       String atos = annotations[i].toString();\r
1374       int p = 0;\r
1375       do\r
1376       {\r
1377         int cp = atos.indexOf("\n", p);\r
1378         sp.append(annotations[i].label);\r
1379         sp.append(",");\r
1380         if (cp > p)\r
1381         {\r
1382           sp.append(atos.substring(p, cp + 1));\r
1383         }\r
1384         else\r
1385         {\r
1386           sp.append(atos.substring(p));\r
1387           sp.append("\n");\r
1388         }\r
1389         p = cp + 1;\r
1390       } while (p > 0);\r
1391     }\r
1392     return sp.toString();\r
1393   }\r
1394 }\r