src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.net.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationFile\r
  31 {\r
  32   StringBuffer text = new StringBuffer(\r
  33       "JALVIEW_ANNOTATION\n"\r
  34       + "# Created: "\r
  35       + new java.util.Date() + "\n\n");\r
  36 \r
  37   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  38                                  Vector groups)\r
  39   {\r
  40     if (annotations != null)\r
  41     {\r
  42       AlignmentAnnotation row;\r
  43       String comma;\r
  44       SequenceI seqref = null;\r
  45 \r
  46       StringBuffer colours = new StringBuffer();\r
  47       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();\r
  48 \r
  49       Hashtable graphGroup = new Hashtable();\r
  50 \r
  51       java.awt.Color color;\r
  52 \r
  53       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
  54       {\r
  55         row = annotations[i];\r
  56 \r
  57         if (!row.visible)\r
  58         {\r
  59           continue;\r
  60         }\r
  61 \r
  62         color = null;\r
  63 \r
  64         if (row.sequenceRef == null)\r
  65         {\r
  66           if (seqref != null)\r
  67           {\r
  68             text.append("\nSEQUENCE_REF\tALIGNMENT\n");\r
  69           }\r
  70 \r
  71           seqref = null;\r
  72         }\r
  73 \r
  74         else if (seqref == null || seqref != row.sequenceRef)\r
  75         {\r
  76           seqref = row.sequenceRef;\r
  77           text.append("\nSEQUENCE_REF\t" + seqref.getName() + "\n");\r
  78         }\r
  79 \r
  80         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)\r
  81         {\r
  82           text.append("NO_GRAPH\t");\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
  87           {\r
  88             text.append("BAR_GRAPH\t");\r
  89           }\r
  90           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
  91           {\r
  92             text.append("LINE_GRAPH\t");\r
  93           }\r
  94 \r
  95           if (row.getThreshold() != null)\r
  96           {\r
  97             graphLine.append("GRAPHLINE\t"\r
  98                              + row.label + "\t"\r
  99                              + row.getThreshold().value + "\t"\r
 100                              + row.getThreshold().label + "\t"\r
 101                              + jalview.util.Format.getHexString(\r
 102                                  row.getThreshold().colour) + "\n"\r
 103                 );\r
 104           }\r
 105 \r
 106           if (row.graphGroup > -1)\r
 107           {\r
 108             String key = String.valueOf(row.graphGroup);\r
 109             if (graphGroup.containsKey(key))\r
 110             {\r
 111               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key)\r
 112                              + "\t" + row.label);\r
 113             }\r
 114             else\r
 115             {\r
 116               graphGroup.put(key, row.label);\r
 117             }\r
 118           }\r
 119         }\r
 120 \r
 121         text.append(row.label + "\t");\r
 122         if (row.description != null)\r
 123         {\r
 124           text.append(row.description + "\t");\r
 125         }\r
 126 \r
 127         for (int j = 0; j < row.annotations.length; j++)\r
 128         {\r
 129           if (seqref != null &&\r
 130               jalview.util.Comparison.isGap(seqref.getCharAt(j)))\r
 131           {\r
 132             continue;\r
 133           }\r
 134 \r
 135           if (row.annotations[j] != null)\r
 136           {\r
 137             comma = "";\r
 138             if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')\r
 139             {\r
 140               text.append(comma + row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 141               comma = ",";\r
 142             }\r
 143             if (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0\r
 144                 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))\r
 145             {\r
 146               text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 147               comma = ",";\r
 148             }\r
 149 \r
 150             if (row.annotations[j] != null)\r
 151             {\r
 152               color = row.annotations[j].colour;\r
 153               if (row.annotations[j].value != 0f)\r
 154               {\r
 155                 text.append(comma + row.annotations[j].value);\r
 156               }\r
 157             }\r
 158           }\r
 159           text.append("|");\r
 160         }\r
 161 \r
 162         text.append("\n");\r
 163 \r
 164         if (color != null && color != java.awt.Color.black)\r
 165         {\r
 166           colours.append("COLOUR\t"\r
 167                          + row.label + "\t"\r
 168                          + jalview.util.Format.getHexString(color) + "\n");\r
 169         }\r
 170 \r
 171       }\r
 172 \r
 173       text.append("\n");\r
 174 \r
 175       text.append(colours.toString());\r
 176       text.append(graphLine.toString());\r
 177       if (graphGroup.size() > 0)\r
 178       {\r
 179         text.append("COMBINE\t");\r
 180         Enumeration en = graphGroup.elements();\r
 181         while (en.hasMoreElements())\r
 182         {\r
 183           text.append(en.nextElement() + "\n");\r
 184         }\r
 185       }\r
 186     }\r
 187 \r
 188     if (groups != null)\r
 189     {\r
 190       printGroups(groups);\r
 191     }\r
 192 \r
 193     return text.toString();\r
 194   }\r
 195 \r
 196   public void printGroups(Vector sequenceGroups)\r
 197   {\r
 198     SequenceGroup sg;\r
 199     for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++)\r
 200     {\r
 201       sg = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 202       text.append("SEQUENCE_GROUP\t"\r
 203                   + sg.getName() + "\t"\r
 204                   + (sg.getStartRes() + 1) + "\t"\r
 205                   + (sg.getEndRes() + 1) + "\t" + "-1\t");\r
 206       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 207       {\r
 208         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName() + "\t");\r
 209       }\r
 210 \r
 211       text.append("\nPROPERTIES\t" + sg.getName() + "\t");\r
 212 \r
 213       if (sg.getDescription() != null)\r
 214       {\r
 215         text.append("description=" + sg.getDescription() + "\t");\r
 216       }\r
 217       if (sg.cs != null)\r
 218       {\r
 219         text.append("colour=" + ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs) +\r
 220                     "\t");\r
 221         if (sg.cs.getThreshold() != 0)\r
 222         {\r
 223           text.append("pidThreshold=" + sg.cs.getThreshold());\r
 224         }\r
 225         if (sg.cs.conservationApplied())\r
 226         {\r
 227           text.append("consThreshold=" + sg.cs.getConservationInc() + "\t");\r
 228         }\r
 229       }\r
 230       text.append("outlineColour=" +\r
 231                   jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour()) +\r
 232                   "\t");\r
 233 \r
 234       text.append("displayBoxes=" + sg.getDisplayBoxes() + "\t");\r
 235       text.append("displayText=" + sg.getDisplayText() + "\t");\r
 236       text.append("colourText=" + sg.getColourText() + "\t");\r
 237 \r
 238       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
 239       {\r
 240         text.append("textCol1=" +\r
 241                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour) + "\t");\r
 242       }\r
 243       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
 244       {\r
 245         text.append("textCol2=" +\r
 246                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2) + "\t");\r
 247       }\r
 248       if (sg.thresholdTextColour != 0)\r
 249       {\r
 250         text.append("textColThreshold=" + sg.thresholdTextColour);\r
 251       }\r
 252 \r
 253       text.append("\n\n");\r
 254 \r
 255     }\r
 256   }\r
 257 \r
 258   SequenceI refSeq = null;\r
 259   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al,\r
 260                                     String file,\r
 261                                     String protocol)\r
 262   {\r
 263     try\r
 264     {\r
 265       BufferedReader in = null;\r
 266       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
 267       {\r
 268         in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 269       }\r
 270       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
 271       {\r
 272         URL url = new URL(file);\r
 273         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
 274       }\r
 275       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 276       {\r
 277         in = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
 278       }\r
 279       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
 280       {\r
 281         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);\r
 282         if (is != null)\r
 283         {\r
 284           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
 285         }\r
 286       }\r
 287 \r
 288       String line, label, description, token;\r
 289       int graphStyle, index;\r
 290       int refSeqIndex = 1;\r
 291       int existingAnnotations = 0;\r
 292       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 293       {\r
 294         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
 295       }\r
 296 \r
 297       int alWidth = al.getWidth();\r
 298 \r
 299       StringTokenizer st;\r
 300       Annotation[] annotations;\r
 301       AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 302 \r
 303       // First confirm this is an Annotation file\r
 304       boolean jvAnnotationFile = false;\r
 305       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 306       {\r
 307         if (line.indexOf("#") == 0)\r
 308         {\r
 309           continue;\r
 310         }\r
 311 \r
 312         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)\r
 313         {\r
 314           jvAnnotationFile = true;\r
 315           break;\r
 316         }\r
 317       }\r
 318 \r
 319       if (!jvAnnotationFile)\r
 320       {\r
 321         in.close();\r
 322         return false;\r
 323       }\r
 324 \r
 325       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 326       {\r
 327         if (line.indexOf("#") == 0\r
 328             || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1\r
 329             || line.length() == 0)\r
 330         {\r
 331           continue;\r
 332         }\r
 333 \r
 334         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 335         token = st.nextToken();\r
 336         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))\r
 337         {\r
 338           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());\r
 339           continue;\r
 340         }\r
 341 \r
 342         else if (token.equalsIgnoreCase("COMBINE"))\r
 343         {\r
 344           combineAnnotations(al, st);\r
 345           continue;\r
 346         }\r
 347 \r
 348         else if (token.equalsIgnoreCase("GRAPHLINE"))\r
 349         {\r
 350           addLine(al, st);\r
 351           continue;\r
 352         }\r
 353 \r
 354         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))\r
 355         {\r
 356           refSeq = al.findName(st.nextToken());\r
 357           try\r
 358           {\r
 359             refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 360             if (refSeqIndex < 1)\r
 361             {\r
 362               refSeqIndex = 1;\r
 363               System.out.println(\r
 364                   "WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 365             }\r
 366           }\r
 367           catch (Exception ex)\r
 368           {\r
 369             refSeqIndex = 1;\r
 370           }\r
 371 \r
 372           continue ;\r
 373         }\r
 374 \r
 375         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))\r
 376         {\r
 377           addGroup(al, st);\r
 378           continue;\r
 379         }\r
 380 \r
 381         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))\r
 382         {\r
 383           addProperties(al, st);\r
 384           continue;\r
 385         }\r
 386 \r
 387         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);\r
 388         label = st.nextToken();\r
 389 \r
 390         if (st.countTokens() > 1)\r
 391         {\r
 392           description = st.nextToken();\r
 393         }\r
 394         else\r
 395         {\r
 396           description = null;\r
 397         }\r
 398 \r
 399         line = st.nextToken();\r
 400 \r
 401         st = new StringTokenizer(line, "|", true);\r
 402         annotations = new Annotation[alWidth];\r
 403 \r
 404         index = 0;\r
 405         boolean emptyColumn = true;\r
 406 \r
 407         while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)\r
 408         {\r
 409           token = st.nextToken().trim();\r
 410           if (token.equals("|"))\r
 411           {\r
 412             if (emptyColumn)\r
 413             {\r
 414               index++;\r
 415             }\r
 416 \r
 417             emptyColumn = true;\r
 418           }\r
 419           else\r
 420           {\r
 421             annotations[index++] = parseAnnotation(token);\r
 422             emptyColumn = false;\r
 423           }\r
 424         }\r
 425 \r
 426         annotation = new AlignmentAnnotation(label,\r
 427                                              description,\r
 428                                              annotations,\r
 429                                              0,\r
 430                                              0,\r
 431                                              graphStyle);\r
 432 \r
 433         if (refSeq != null)\r
 434         {\r
 435           annotation.createSequenceMapping(refSeq, refSeqIndex, false);\r
 436           refSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);\r
 437         }\r
 438 \r
 439         al.addAnnotation(annotation);\r
 440 \r
 441         al.setAnnotationIndex(annotation,\r
 442                               al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations -\r
 443                               1);\r
 444       }\r
 445 \r
 446     }\r
 447     catch (Exception ex)\r
 448     {\r
 449       ex.printStackTrace();\r
 450       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);\r
 451       return false;\r
 452     }\r
 453     return true;\r
 454   }\r
 455 \r
 456   Annotation parseAnnotation(String string)\r
 457   {\r
 458     String desc = null, displayChar = "";\r
 459     char ss = ' '; // secondaryStructure\r
 460     float value = 0;\r
 461     boolean parsedValue = false;\r
 462     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",");\r
 463     String token;\r
 464     while (st.hasMoreTokens())\r
 465     {\r
 466       token = st.nextToken().trim();\r
 467       if (token.length() == 0)\r
 468       {\r
 469         continue;\r
 470       }\r
 471 \r
 472       if (!parsedValue)\r
 473       {\r
 474         try\r
 475         {\r
 476           displayChar = token;\r
 477           value = new Float(token).floatValue();\r
 478           parsedValue = true;\r
 479           continue;\r
 480         }\r
 481         catch (NumberFormatException ex)\r
 482         {}\r
 483       }\r
 484 \r
 485       if (token.equals("H") || token.equals("E"))\r
 486       {\r
 487         // Either this character represents a helix or sheet\r
 488         // or an integer which can be displayed\r
 489         ss = token.charAt(0);\r
 490         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))\r
 491         {\r
 492           displayChar = "";\r
 493         }\r
 494       }\r
 495       else if (desc == null)\r
 496       {\r
 497         desc = token;\r
 498       }\r
 499 \r
 500     }\r
 501 \r
 502     if (desc == null)\r
 503     {\r
 504       desc = value + "";\r
 505     }\r
 506 \r
 507     if (displayChar.length() > 1 && desc.length() == 1)\r
 508     {\r
 509       String tmp = displayChar;\r
 510       displayChar = desc;\r
 511       desc = tmp;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     return new Annotation(displayChar, desc, ss, value);\r
 515   }\r
 516 \r
 517   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)\r
 518   {\r
 519     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);\r
 520     Annotation[] annotations;\r
 521     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 522     {\r
 523       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
 524       {\r
 525         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;\r
 526         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)\r
 527         {\r
 528           if (annotations[j] != null)\r
 529           {\r
 530             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');\r
 531           }\r
 532         }\r
 533       }\r
 534     }\r
 535   }\r
 536 \r
 537   void combineAnnotations(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 538   {\r
 539     int graphGroup = -1;\r
 540     String group = st.nextToken();\r
 541     //First make sure we are not overwriting the graphIndex\r
 542     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 543     {\r
 544       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 545       {\r
 546         graphGroup = al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup + 1;\r
 547         al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 548         break;\r
 549       }\r
 550     }\r
 551 \r
 552     //Now update groups\r
 553     while (st.hasMoreTokens())\r
 554     {\r
 555       group = st.nextToken();\r
 556       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 557       {\r
 558         if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 559         {\r
 560           al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 561           break;\r
 562         }\r
 563       }\r
 564     }\r
 565   }\r
 566 \r
 567   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 568   {\r
 569     String group = st.nextToken();\r
 570     AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 571 \r
 572     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 573     {\r
 574       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 575       {\r
 576         annotation = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
 577         break;\r
 578       }\r
 579     }\r
 580 \r
 581     if (annotation == null)\r
 582     {\r
 583       return;\r
 584     }\r
 585     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();\r
 586     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;\r
 587     java.awt.Color colour = null;\r
 588     if (st.hasMoreTokens())\r
 589     {\r
 590       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 591       colour = ucs.findColour('A');\r
 592     }\r
 593 \r
 594     annotation.setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));\r
 595   }\r
 596 \r
 597   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 598   {\r
 599     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 600     sg.setName(st.nextToken());\r
 601     sg.setStartRes(Integer.parseInt(st.nextToken()) - 1);\r
 602     sg.setEndRes(Integer.parseInt(st.nextToken()) - 1);\r
 603 \r
 604     String index = st.nextToken();\r
 605     if (index.equals("-1"))\r
 606     {\r
 607       while (st.hasMoreElements())\r
 608       {\r
 609         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);\r
 610       }\r
 611     }\r
 612     else\r
 613     {\r
 614       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");\r
 615 \r
 616       while (st2.hasMoreTokens())\r
 617       {\r
 618         String tmp = st2.nextToken();\r
 619         if (tmp.equals("*"))\r
 620         {\r
 621           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 622           {\r
 623             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);\r
 624           }\r
 625         }\r
 626         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)\r
 627         {\r
 628           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 629 \r
 630           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 631           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 632 \r
 633           if (end > start)\r
 634           {\r
 635             for (int i = start; i <= end; i++)\r
 636             {\r
 637               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);\r
 638             }\r
 639           }\r
 640         }\r
 641         else\r
 642         {\r
 643           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1), false);\r
 644         }\r
 645       }\r
 646     }\r
 647 \r
 648     if (refSeq != null)\r
 649     {\r
 650       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);\r
 651       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);\r
 652     }\r
 653 \r
 654     if (sg.getSize() > 0)\r
 655     {\r
 656       al.addGroup(sg);\r
 657     }\r
 658   }\r
 659 \r
 660   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 661   {\r
 662 \r
 663     //So far we have only added groups to the annotationHash,\r
 664     //the idea is in the future properties can be added to\r
 665     //alignments, other annotations etc\r
 666     if (al.getGroups() == null)\r
 667     {\r
 668       return;\r
 669     }\r
 670     SequenceGroup sg = null;\r
 671 \r
 672     String name = st.nextToken();\r
 673 \r
 674     Vector groups = al.getGroups();\r
 675     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 676     {\r
 677       sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 678       if (sg.getName().equals(name))\r
 679       {\r
 680         break;\r
 681       }\r
 682       else\r
 683       {\r
 684         sg = null;\r
 685       }\r
 686     }\r
 687 \r
 688     if (sg != null)\r
 689     {\r
 690       String keyValue, key, value;\r
 691       while (st.hasMoreTokens())\r
 692       {\r
 693         keyValue = st.nextToken();\r
 694         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
 695         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
 696 \r
 697         if (key.equalsIgnoreCase("description"))\r
 698         {\r
 699           sg.setDescription(value);\r
 700         }\r
 701         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))\r
 702         {\r
 703           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);\r
 704         }\r
 705         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))\r
 706         {\r
 707           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);\r
 708 \r
 709         }\r
 710         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))\r
 711         {\r
 712           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));\r
 713           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 714                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
 715                                             sg.getSequences(null),\r
 716                                             sg.getStartRes(),\r
 717                                             sg.getEndRes() + 1);\r
 718 \r
 719           c.calculate();\r
 720           c.verdict(false, 25);\r
 721 \r
 722           sg.cs.setConservation(c);\r
 723 \r
 724         }\r
 725         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))\r
 726         {\r
 727           sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));\r
 728         }\r
 729         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))\r
 730         {\r
 731           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 732         }\r
 733         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))\r
 734         {\r
 735           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 736         }\r
 737         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))\r
 738         {\r
 739           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 740         }\r
 741         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))\r
 742         {\r
 743           sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 744         }\r
 745         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))\r
 746         {\r
 747           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 748         }\r
 749         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))\r
 750         {\r
 751           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);\r
 752         }\r
 753 \r
 754         sg.recalcConservation();\r
 755       }\r
 756     }\r
 757   }\r
 758 }\r