src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.io.InputStream;
  34 import java.util.List;
  35
  36 /**
  37  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  38  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  39  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  40  * application will allow the user to read or write files with.
  41  *
  42  * @author $author$
  43  * @version $Revision$
  44  */
  45 public class AppletFormatAdapter
  46 {
  47   private AlignmentViewPanel viewpanel;
  48
  49   public static String FILE = "File";
  50
  51   public static String URL = "URL";
  52
  53   public static String PASTE = "Paste";
  54
  55   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
  56
  57   /**
  58    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
  59    */
  60   boolean annotFromStructure = false;
  61
  62   /**
  63    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
  64    */
  65   boolean localSecondaryStruct = false;
  66
  67   /**
  68    * process PDB data with web services
  69    */
  70   boolean serviceSecondaryStruct = false;
  71
  72   private AlignFile alignFile = null;
  73
  74   String inFile;
  75
  76   /**
  77    * character used to write newlines
  78    */
  79   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  80
  81   private AlignExportSettingI exportSettings;
  82
  83   /**
  84    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  85    */
  86   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  87   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  88       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File,
  89       "HTML" };
  90
  91   /**
  92    * List of readable format file extensions by application in order
  93    * corresponding to READABLE_FNAMES
  94    */
  95   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  96   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  97       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  98       ".gff2,gff3",
  99       "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
 100
 101   /**
 102    * List of readable formats by application in order corresponding to
 103    * READABLE_EXTENSIONS
 104    */
 105   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
 106   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
 107       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File, "Jalview",
 108       HtmlFile.FILE_DESC };
 109
 110   /**
 111    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
 112    * method
 113    */
 114   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
 115           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
 116     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
 117
 118   /**
 119    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
 120    * that are writable by the application.
 121    */
 122   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
 123   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
 124       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
 125
 126   /**
 127    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
 128    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
 129    */
 130   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
 131   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
 132       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
 133
 134   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 135
 136   // TODO: make these messages dynamic
 137   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 138           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 139
 140   public AppletFormatAdapter()
 141   {
 142   }
 143
 144   public AppletFormatAdapter(AlignmentViewPanel viewpanel)
 145   {
 146     this.viewpanel = viewpanel;
 147   }
 148
 149   public AppletFormatAdapter(AlignmentViewPanel alignPanel,
 150           AlignExportSettingI settings)
 151   {
 152     viewpanel = alignPanel;
 153     exportSettings = settings;
 154   }
 155
 156   /**
 157    *
 158    * @param els
 159    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 160    */
 161   public static String prettyPrint(String[] els)
 162   {
 163     StringBuffer list = new StringBuffer();
 164     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 165     {
 166       list.append(els[i]);
 167       list.append(", ");
 168     }
 169     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 170     return list.toString();
 171   }
 172
 173
 174   public void setNewlineString(String nl)
 175   {
 176     newline = nl;
 177   }
 178
 179   public String getNewlineString()
 180   {
 181     return newline;
 182   }
 183
 184   /**
 185    * check that this format is valid for reading
 186    *
 187    * @param format
 188    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 189    * @return true if format is readable
 190    */
 191   public static final boolean isValidFormat(String format)
 192   {
 193     return isValidFormat(format, false);
 194   }
 195
 196   /**
 197    * validate format is valid for IO
 198    *
 199    * @param format
 200    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 201    *          WRITEABLE_FORMATS
 202    * @param forwriting
 203    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 204    * @return true if format is valid
 205    */
 206   public static final boolean isValidFormat(String format,
 207           boolean forwriting)
 208   {
 209     if (format == null)
 210     {
 211       return false;
 212     }
 213     boolean valid = false;
 214     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 215             : READABLE_FORMATS;
 216     for (String element : format_list)
 217     {
 218       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 219       {
 220         return true;
 221       }
 222     }
 223
 224     return valid;
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 229    *
 230    * @param inFile
 231    *          data/data location
 232    * @param type
 233    *          type of datasource
 234    * @param format
 235    *          File format of data provided by datasource
 236    *
 237    * @return DOCUMENT ME!
 238    */
 239   public AlignmentI readFile(String inFile, String type, String format)
 240           throws java.io.IOException
 241   {
 242     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 243     // using Constructor.invoke reflection
 244     this.inFile = inFile;
 245     try
 246     {
 247       if (format.equals("FASTA"))
 248       {
 249         alignFile = new FastaFile(inFile, type);
 250       }
 251       else if (format.equals("MSF"))
 252       {
 253         alignFile = new MSFfile(inFile, type);
 254       }
 255       else if (format.equals("PileUp"))
 256       {
 257         alignFile = new PileUpfile(inFile, type);
 258       }
 259       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 260       {
 261         alignFile = new ClustalFile(inFile, type);
 262       }
 263       else if (format.equals("BLC"))
 264       {
 265         alignFile = new BLCFile(inFile, type);
 266       }
 267       else if (format.equals("PIR"))
 268       {
 269         alignFile = new PIRFile(inFile, type);
 270       }
 271       else if (format.equals("PFAM"))
 272       {
 273         alignFile = new PfamFile(inFile, type);
 274       }
 275       else if (format.equals("JnetFile"))
 276       {
 277         alignFile = new JPredFile(inFile, type);
 278         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 279       }
 280       else if (format.equals("PDB"))
 281       {
 282         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 283                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 284         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 285         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 286       }
 287       else if (format.equals("STH"))
 288       {
 289         alignFile = new StockholmFile(inFile, type);
 290       }
 291       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 292       {
 293         alignFile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 294       }
 295       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 296       {
 297         alignFile = new PhylipFile(inFile, type);
 298       }
 299       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 300       {
 301         alignFile = new JSONFile(inFile, type);
 302       }
 303       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 304       {
 305         alignFile = new HtmlFile(inFile, type);
 306       }
 307       else if (format.equals("RNAML"))
 308       {
 309         alignFile = new RnamlFile(inFile, type);
 310       }
 311       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 312       {
 313         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 314       }
 315       return buildAlignmentFrom(alignFile);
 316     } catch (Exception e)
 317     {
 318       e.printStackTrace();
 319       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 320               + "' reader.\n" + e);
 321
 322       if (e.getMessage() != null
 323               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 324       {
 325         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 326       }
 327
 328       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 329       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 330       {
 331         try
 332         {
 333           // Possible sequence is just residues with no label
 334           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 335           return buildAlignmentFrom(alignFile);
 336
 337         } catch (Exception ex)
 338         {
 339           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 340           {
 341             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 342           }
 343
 344           ex.printStackTrace();
 345         }
 346       }
 347       if (format.equalsIgnoreCase("HTML"))
 348       {
 349         throw new IOException(e.getMessage());
 350       }
 351       // If we get to this stage, the format was not supported
 352       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 353     }
 354   }
 355
 356   /**
 357    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 358    *
 359    * @param source
 360    *          an existing datasource
 361    * @param format
 362    *          File format of data that will be provided by datasource
 363    *
 364    * @return DOCUMENT ME!
 365    */
 366   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 367           throws java.io.IOException
 368   {
 369     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 370     // using Constructor.invoke reflection
 371     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 372     // 'inFile, type' with 'source'
 373     this.inFile = source.getInFile();
 374     String type = source.type;
 375     try
 376     {
 377       if (format.equals("FASTA"))
 378       {
 379         alignFile = new FastaFile(source);
 380       }
 381       else if (format.equals("MSF"))
 382       {
 383         alignFile = new MSFfile(source);
 384       }
 385       else if (format.equals("PileUp"))
 386       {
 387         alignFile = new PileUpfile(source);
 388       }
 389       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 390       {
 391         alignFile = new ClustalFile(source);
 392       }
 393       else if (format.equals("BLC"))
 394       {
 395         alignFile = new BLCFile(source);
 396       }
 397       else if (format.equals("PIR"))
 398       {
 399         alignFile = new PIRFile(source);
 400       }
 401       else if (format.equals("PFAM"))
 402       {
 403         alignFile = new PfamFile(source);
 404       }
 405       else if (format.equals("JnetFile"))
 406       {
 407         alignFile = new JPredFile(source);
 408         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 409       }
 410       else if (format.equals("PDB"))
 411       {
 412         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 413                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 414       }
 415       else if (format.equals("STH"))
 416       {
 417         alignFile = new StockholmFile(source);
 418       }
 419       else if (format.equals("RNAML"))
 420       {
 421         alignFile = new RnamlFile(source);
 422       }
 423       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 424       {
 425         alignFile = new SimpleBlastFile(source);
 426       }
 427       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 428       {
 429         alignFile = new PhylipFile(source);
 430       }
 431       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 432       {
 433         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 434       }
 435       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 436       {
 437         alignFile = new JSONFile(source);
 438       }
 439       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 440       {
 441         alignFile = new HtmlFile(source);
 442       }
 443
 444       return buildAlignmentFrom(alignFile);
 445
 446     } catch (Exception e)
 447     {
 448       e.printStackTrace();
 449       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 450               + "' reader.\n" + e);
 451
 452       if (e.getMessage() != null
 453               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 454       {
 455         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 456       }
 457
 458       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 459       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 460       {
 461         try
 462         {
 463           // Possible sequence is just residues with no label
 464           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 465           return buildAlignmentFrom(alignFile);
 466
 467         } catch (Exception ex)
 468         {
 469           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 470           {
 471             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 472           }
 473
 474           ex.printStackTrace();
 475         }
 476       }
 477
 478       // If we get to this stage, the format was not supported
 479       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 480     }
 481   }
 482
 483
 484   /**
 485    * boilerplate method to handle data from an AlignFile and construct a new
 486    * alignment or import to an existing alignment
 487    *
 488    * @param alignFile2
 489    * @return AlignmentI instance ready to pass to a UI constructor
 490    */
 491   private AlignmentI buildAlignmentFrom(AlignFile alignFile2)
 492   {
 493     // Standard boilerplate for creating alignment from parser
 494     // alignFile.configureForView(viewpanel);
 495
 496     AlignmentI al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 497
 498     alignFile.addAnnotations(al);
 499
 500     alignFile.addGroups(al);
 501
 502     return al;
 503   }
 504
 505   /**
 506    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 507    * @param format
 508    * @param jvsuffix
 509    * @param av
 510    * @param selectedOnly
 511    * @return flatfile in a string
 512    */
 513   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 514           AlignmentViewPanel ap, boolean selectedOnly)
 515   {
 516
 517     AlignmentView selvew = ap.getAlignViewport().getAlignmentView(
 518             selectedOnly, false);
 519     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(ap.getAlignViewport()
 520             .getGapCharacter());
 521     List<AlignmentAnnotation> ala = (ap.getAlignViewport()
 522             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 523     if (ala != null)
 524     {
 525       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 526       {
 527         aselview.addAnnotation(aa);
 528       }
 529     }
 530     viewpanel = ap;
 531     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 536    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 537    * output
 538    *
 539    * @param format
 540    *          string name of alignment format
 541    * @param alignment
 542    *          the alignment to be written out
 543    * @param jvsuffix
 544    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 545    *          sequence names
 546    *
 547    * @return alignment flat file contents
 548    */
 549   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 550           boolean jvsuffix)
 551   {
 552     try
 553     {
 554       AlignFile afile = null;
 555       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 556       {
 557         afile = new FastaFile();
 558       }
 559       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 560       {
 561         afile = new MSFfile();
 562       }
 563       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 564       {
 565         afile = new PileUpfile();
 566       }
 567       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 568       {
 569         afile = new ClustalFile();
 570       }
 571       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 572       {
 573         afile = new BLCFile();
 574       }
 575       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 576       {
 577         afile = new PIRFile();
 578       }
 579       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 580       {
 581         afile = new PfamFile();
 582       }
 583       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 584       {
 585         afile = new StockholmFile(alignment);
 586       }
 587       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 588       {
 589         afile = new AMSAFile(alignment);
 590       }
 591       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 592       {
 593         afile = new PhylipFile();
 594       }
 595        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 596        {
 597         afile = new JSONFile();
 598        }
 599       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 600       {
 601         afile = new RnamlFile();
 602       }
 603
 604       else
 605       {
 606         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 607       }
 608
 609       afile.setNewlineString(newline);
 610       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 611       afile.setExportSettings(exportSettings);
 612       afile.configureForView(viewpanel);
 613
 614       // check whether we were given a specific alignment to export, rather than
 615       // the one in the viewpanel
 616       if (viewpanel == null || viewpanel.getAlignment() == null
 617               || viewpanel.getAlignment() != alignment)
 618       {
 619         afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 620       }
 621       else
 622       {
 623         afile.setSeqs(viewpanel.getAlignment().getSequencesArray());
 624       }
 625
 626       String afileresp = afile.print();
 627       if (afile.hasWarningMessage())
 628       {
 629         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 630                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 631       }
 632       return afileresp;
 633     } catch (Exception e)
 634     {
 635       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 636               + "' file\n");
 637       e.printStackTrace();
 638     }
 639
 640     return null;
 641   }
 642
 643   public static String checkProtocol(String file)
 644   {
 645     String protocol = FILE;
 646     String ft = file.toLowerCase().trim();
 647     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 648             || ft.indexOf("file:") == 0)
 649     {
 650       protocol = URL;
 651     }
 652     return protocol;
 653   }
 654
 655   public static void main(String[] args)
 656   {
 657     int i = 0;
 658     while (i < args.length)
 659     {
 660       File f = new File(args[i]);
 661       if (f.exists())
 662       {
 663         try
 664         {
 665           System.out.println("Reading file: " + f);
 666           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 667           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 668           System.gc();
 669           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 670           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 671           AlignmentI al = afa.readFile(args[i], FILE,
 672                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 673           t1 += System.currentTimeMillis();
 674           System.gc();
 675           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 676           if (al != null)
 677           {
 678             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 679                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 680             try
 681             {
 682               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 683                       "FASTA", al, true));
 684             } catch (Exception e)
 685             {
 686               System.err
 687               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 688               e.printStackTrace(System.err);
 689             }
 690           }
 691           else
 692           {
 693             System.out.println("Couldn't read alignment");
 694           }
 695           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 696           System.out
 697           .println("Difference between free memory now and before is "
 698                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 699         } catch (Exception e)
 700         {
 701           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 702                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 703         }
 704       }
 705       else
 706       {
 707         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 708                 + "'th)- not a readable file.");
 709       }
 710       i++;
 711     }
 712   }
 713
 714   /**
 715    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 716    * will be identified as the given type.
 717    *
 718    * @param file
 719    * @param format
 720    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 721    */
 722   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 723   {
 724     return resolveProtocol(file, format, false);
 725   }
 726
 727   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 728           boolean debug)
 729   {
 730     // TODO: test thoroughly!
 731     String protocol = null;
 732     if (debug)
 733     {
 734       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 735               + file + ">>endfile");
 736     }
 737
 738     // This might throw a security exception in certain browsers
 739     // Netscape Communicator for instance.
 740     try
 741     {
 742       boolean rtn = false;
 743       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 744               .getResourceAsStream("/" + file);
 745       if (is != null)
 746       {
 747         rtn = true;
 748         is.close();
 749       }
 750       if (debug)
 751       {
 752         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 753                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 754       }
 755       ;
 756       if (rtn)
 757       {
 758         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 759       }
 760
 761     } catch (Exception ex)
 762     {
 763       System.err
 764       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 765     }
 766
 767     if (file.indexOf("://") > -1)
 768     {
 769       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 770     }
 771     else
 772     {
 773       // skipping codebase prepend check.
 774       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 775     }
 776     FileParse fp = null;
 777     try
 778     {
 779       if (debug)
 780       {
 781         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 782                 + protocol + ":");
 783       }
 784       fp = new FileParse(file, protocol);
 785       if (!fp.isValid())
 786       {
 787         fp = null;
 788       }
 789       else
 790       {
 791         if (debug)
 792         {
 793           System.out.println("Successful.");
 794         }
 795       }
 796     } catch (Exception e)
 797     {
 798       if (debug)
 799       {
 800         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 801       }
 802       fp = null;
 803     }
 804     if (fp == null)
 805     {
 806       if (debug)
 807       {
 808         System.out.println("Accessing as paste.");
 809       }
 810       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 811       fp = null;
 812       try
 813       {
 814         fp = new FileParse(file, protocol);
 815         if (!fp.isValid())
 816         {
 817           fp = null;
 818         }
 819       } catch (Exception e)
 820       {
 821         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 822         e.printStackTrace();
 823         fp = null;
 824       }
 825     }
 826     if (fp == null)
 827     {
 828       return null;
 829     }
 830     if (format == null || format.length() == 0)
 831     {
 832       return protocol;
 833     }
 834     else
 835     {
 836       try
 837       {
 838         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 839                 protocol);
 840         if (idformat == null)
 841         {
 842           if (debug)
 843           {
 844             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 845           }
 846           return null;
 847         }
 848         if (debug)
 849         {
 850           System.out.println("Format identified as " + idformat
 851                   + "and expected as " + format);
 852         }
 853         if (idformat.equals(format))
 854         {
 855           if (debug)
 856           {
 857             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 858           }
 859           return protocol;
 860         }
 861         else
 862         {
 863           if (debug)
 864           {
 865             System.out
 866             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 867           }
 868           fp.close();
 869           return null;
 870         }
 871       } catch (Exception e)
 872       {
 873         if (debug)
 874         {
 875           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 876           e.printStackTrace();
 877         }
 878         ;
 879
 880       }
 881     }
 882     return null;
 883   }
 884
 885   public AlignFile getAlignFile()
 886   {
 887     return alignFile;
 888   }
 889
 890   public void setAlignFile(AlignFile alignFile)
 891   {
 892     this.alignFile = alignFile;
 893   }
 894 }