src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.util.List;
  33
  34 /**
  35  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  36  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  37  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  38  * application will allow the user to read or write files with.
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class AppletFormatAdapter
  44 {
  45   /**
  46    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  47    */
  48   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  49           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  50       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "HTML" }; // ,
  51                                                                               // "SimpleBLAST"
  52                                                                               // };
  53
  54   /**
  55    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
  56    * method
  57    */
  58   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
  59           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
  60     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
  61
  62   /**
  63    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
  64    * that are writable by the application.
  65    */
  66   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
  67   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  68       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_DESC, "jvp" };
  69
  70   /**
  71    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
  72    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
  73    */
  74   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
  75   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
  76       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
  77
  78   /**
  79    * List of readable format file extensions by application in order
  80    * corresponding to READABLE_FNAMES
  81    */
  82   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  83           { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  84       "jar,jvp", "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  85  "html" }; // ".blast"
  86
  87   /**
  88    * List of readable formats by application in order corresponding to
  89    * READABLE_EXTENSIONS
  90    */
  91   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
  92           { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Jalview",
  93       "Stockholm", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC,
  94       "HTML" };// ,
  95
  96   // "SimpleBLAST"
  97   // };
  98
  99   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 100
 101   // TODO: make these messages dynamic
 102   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 103           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 104
 105   /**
 106    *
 107    * @param els
 108    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 109    */
 110   public static String prettyPrint(String[] els)
 111   {
 112     StringBuffer list = new StringBuffer();
 113     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 114     {
 115       list.append(els[i]);
 116       list.append(", ");
 117     }
 118     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 119     return list.toString();
 120   }
 121
 122   public static String FILE = "File";
 123
 124   public static String URL = "URL";
 125
 126   public static String PASTE = "Paste";
 127
 128   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
 129
 130   /**
 131    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
 132    */
 133   boolean annotFromStructure = false;
 134
 135   /**
 136    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
 137    */
 138   boolean localSecondaryStruct = false;
 139
 140   /**
 141    * process PDB data with web services
 142    */
 143   boolean serviceSecondaryStruct = false;
 144
 145   AlignFile afile = null;
 146
 147   String inFile;
 148
 149   /**
 150    * character used to write newlines
 151    */
 152   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
 153
 154   public void setNewlineString(String nl)
 155   {
 156     newline = nl;
 157   }
 158
 159   public String getNewlineString()
 160   {
 161     return newline;
 162   }
 163
 164   /**
 165    * check that this format is valid for reading
 166    *
 167    * @param format
 168    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 169    * @return true if format is readable
 170    */
 171   public static final boolean isValidFormat(String format)
 172   {
 173     return isValidFormat(format, false);
 174   }
 175
 176   /**
 177    * validate format is valid for IO
 178    *
 179    * @param format
 180    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 181    *          WRITEABLE_FORMATS
 182    * @param forwriting
 183    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 184    * @return true if format is valid
 185    */
 186   public static final boolean isValidFormat(String format,
 187           boolean forwriting)
 188   {
 189     boolean valid = false;
 190     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 191             : READABLE_FORMATS;
 192     for (String element : format_list)
 193     {
 194       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 195       {
 196         return true;
 197       }
 198     }
 199
 200     return valid;
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 205    *
 206    * @param inFile
 207    *          data/data location
 208    * @param type
 209    *          type of datasource
 210    * @param format
 211    *          File format of data provided by datasource
 212    *
 213    * @return DOCUMENT ME!
 214    */
 215   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 216           throws java.io.IOException
 217   {
 218     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 219     // using Constructor.invoke reflection
 220     this.inFile = inFile;
 221     try
 222     {
 223       if (format.equals("FASTA"))
 224       {
 225         afile = new FastaFile(inFile, type);
 226       }
 227       else if (format.equals("MSF"))
 228       {
 229         afile = new MSFfile(inFile, type);
 230       }
 231       else if (format.equals("PileUp"))
 232       {
 233         afile = new PileUpfile(inFile, type);
 234       }
 235       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 236       {
 237         afile = new ClustalFile(inFile, type);
 238       }
 239       else if (format.equals("BLC"))
 240       {
 241         afile = new BLCFile(inFile, type);
 242       }
 243       else if (format.equals("PIR"))
 244       {
 245         afile = new PIRFile(inFile, type);
 246       }
 247       else if (format.equals("PFAM"))
 248       {
 249         afile = new PfamFile(inFile, type);
 250       }
 251       else if (format.equals("JnetFile"))
 252       {
 253         afile = new JPredFile(inFile, type);
 254         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 255       }
 256       else if (format.equals("PDB"))
 257       {
 258         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 259                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 260         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 261         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 262       }
 263       else if (format.equals("STH"))
 264       {
 265         afile = new StockholmFile(inFile, type);
 266       }
 267       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 268       {
 269         afile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 270       }
 271       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 272       {
 273         afile = new PhylipFile(inFile, type);
 274       }
 275        else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 276        {
 277        afile = new JSONFile(inFile, type);
 278        }
 279       else if (format.equals("RNAML"))
 280       {
 281         afile = new RnamlFile(inFile, type);
 282       }
 283
 284       Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 285
 286       afile.addAnnotations(al);
 287
 288       return al;
 289     } catch (Exception e)
 290     {
 291       e.printStackTrace();
 292       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 293               + "' reader.\n" + e);
 294
 295       if (e.getMessage() != null
 296               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 297       {
 298         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 299       }
 300
 301       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 302       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 303       {
 304         try
 305         {
 306           // Possible sequence is just residues with no label
 307           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 308           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 309           afile.addAnnotations(al);
 310           return al;
 311
 312         } catch (Exception ex)
 313         {
 314           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 315           {
 316             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 317           }
 318
 319           ex.printStackTrace();
 320         }
 321       }
 322
 323       // If we get to this stage, the format was not supported
 324       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 325     }
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 330    *
 331    * @param source
 332    *          an existing datasource
 333    * @param format
 334    *          File format of data that will be provided by datasource
 335    *
 336    * @return DOCUMENT ME!
 337    */
 338   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 339           throws java.io.IOException
 340   {
 341     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 342     // using Constructor.invoke reflection
 343     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 344     // 'inFile, type' with 'source'
 345     this.inFile = source.getInFile();
 346     String type = source.type;
 347     try
 348     {
 349       if (format.equals("FASTA"))
 350       {
 351         afile = new FastaFile(source);
 352       }
 353       else if (format.equals("MSF"))
 354       {
 355         afile = new MSFfile(source);
 356       }
 357       else if (format.equals("PileUp"))
 358       {
 359         afile = new PileUpfile(source);
 360       }
 361       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 362       {
 363         afile = new ClustalFile(source);
 364       }
 365       else if (format.equals("BLC"))
 366       {
 367         afile = new BLCFile(source);
 368       }
 369       else if (format.equals("PIR"))
 370       {
 371         afile = new PIRFile(source);
 372       }
 373       else if (format.equals("PFAM"))
 374       {
 375         afile = new PfamFile(source);
 376       }
 377       else if (format.equals("JnetFile"))
 378       {
 379         afile = new JPredFile(source);
 380         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 381       }
 382       else if (format.equals("PDB"))
 383       {
 384         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 385                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 386       }
 387       else if (format.equals("STH"))
 388       {
 389         afile = new StockholmFile(source);
 390       }
 391       else if (format.equals("RNAML"))
 392       {
 393         afile = new RnamlFile(source);
 394       }
 395       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 396       {
 397         afile = new SimpleBlastFile(source);
 398       }
 399       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 400       {
 401         afile = new PhylipFile(source);
 402       }
 403        else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 404        {
 405        afile = new JSONFile(source);
 406        }
 407       Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 408
 409       afile.addAnnotations(al);
 410
 411       return al;
 412     } catch (Exception e)
 413     {
 414       e.printStackTrace();
 415       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 416               + "' reader.\n" + e);
 417
 418       if (e.getMessage() != null
 419               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 420       {
 421         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 422       }
 423
 424       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 425       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 426       {
 427         try
 428         {
 429           // Possible sequence is just residues with no label
 430           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 431           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 432           afile.addAnnotations(al);
 433           return al;
 434
 435         } catch (Exception ex)
 436         {
 437           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 438           {
 439             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 440           }
 441
 442           ex.printStackTrace();
 443         }
 444       }
 445
 446       // If we get to this stage, the format was not supported
 447       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 448     }
 449   }
 450
 451
 452   /**
 453    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 454    * @param format
 455    * @param jvsuffix
 456    * @param av
 457    * @param selectedOnly
 458    * @return flatfile in a string
 459    */
 460   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 461           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 462   {
 463
 464     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 465     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 466             .getGapCharacter());
 467     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 468             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 469     if (ala != null)
 470     {
 471       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 472       {
 473         aselview.addAnnotation(aa);
 474       }
 475     }
 476
 477     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 482    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 483    * output
 484    *
 485    * @param format
 486    *          string name of alignment format
 487    * @param alignment
 488    *          the alignment to be written out
 489    * @param jvsuffix
 490    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 491    *          sequence names
 492    *
 493    * @return alignment flat file contents
 494    */
 495   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 496           boolean jvsuffix)
 497   {
 498     try
 499     {
 500       AlignFile afile = null;
 501       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 502       {
 503         afile = new FastaFile();
 504       }
 505       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 506       {
 507         afile = new MSFfile();
 508       }
 509       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 510       {
 511         afile = new PileUpfile();
 512       }
 513       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 514       {
 515         afile = new ClustalFile();
 516       }
 517       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 518       {
 519         afile = new BLCFile();
 520       }
 521       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 522       {
 523         afile = new PIRFile();
 524       }
 525       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 526       {
 527         afile = new PfamFile();
 528       }
 529       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 530       {
 531         afile = new StockholmFile(alignment);
 532       }
 533       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 534       {
 535         afile = new AMSAFile(alignment);
 536       }
 537       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 538       {
 539         afile = new PhylipFile();
 540       }
 541        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 542        {
 543        afile = new JSONFile();
 544        }
 545       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 546       {
 547         afile = new RnamlFile();
 548       }
 549
 550       else
 551       {
 552         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 553       }
 554       afile.setNewlineString(newline);
 555       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 556
 557       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 558
 559       // Add non auto calculated annotation to AlignFile
 560       for (AlignmentAnnotation annot : alignment.getAlignmentAnnotation())
 561       {
 562         if (!annot.autoCalculated)
 563         {
 564           afile.annotations.add(annot);
 565         }
 566
 567       }
 568
 569       String afileresp = afile.print();
 570       if (afile.hasWarningMessage())
 571       {
 572         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 573                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 574       }
 575       return afileresp;
 576     } catch (Exception e)
 577     {
 578       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 579               + "' file\n");
 580       e.printStackTrace();
 581     }
 582
 583     return null;
 584   }
 585
 586   public static String checkProtocol(String file)
 587   {
 588     String protocol = FILE;
 589     String ft = file.toLowerCase().trim();
 590     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 591             || ft.indexOf("file:") == 0)
 592     {
 593       protocol = URL;
 594     }
 595     return protocol;
 596   }
 597
 598   public static void main(String[] args)
 599   {
 600     int i = 0;
 601     while (i < args.length)
 602     {
 603       File f = new File(args[i]);
 604       if (f.exists())
 605       {
 606         try
 607         {
 608           System.out.println("Reading file: " + f);
 609           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 610           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 611           System.gc();
 612           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 613           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 614           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 615                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 616           t1 += System.currentTimeMillis();
 617           System.gc();
 618           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 619           if (al != null)
 620           {
 621             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 622                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 623             try
 624             {
 625               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 626                       "FASTA", al, true));
 627             } catch (Exception e)
 628             {
 629               System.err
 630               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 631               e.printStackTrace(System.err);
 632             }
 633           }
 634           else
 635           {
 636             System.out.println("Couldn't read alignment");
 637           }
 638           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 639           System.out
 640           .println("Difference between free memory now and before is "
 641                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 642         } catch (Exception e)
 643         {
 644           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 645                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 646         }
 647       }
 648       else
 649       {
 650         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 651                 + "'th)- not a readable file.");
 652       }
 653       i++;
 654     }
 655   }
 656
 657   /**
 658    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 659    * will be identified as the given type.
 660    *
 661    * @param file
 662    * @param format
 663    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 664    */
 665   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 666   {
 667     return resolveProtocol(file, format, false);
 668   }
 669
 670   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 671           boolean debug)
 672   {
 673     // TODO: test thoroughly!
 674     String protocol = null;
 675     if (debug)
 676     {
 677       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 678               + file + ">>endfile");
 679     }
 680
 681     // This might throw a security exception in certain browsers
 682     // Netscape Communicator for instance.
 683     try
 684     {
 685       boolean rtn = false;
 686       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 687               .getResourceAsStream("/" + file);
 688       if (is != null)
 689       {
 690         rtn = true;
 691         is.close();
 692       }
 693       if (debug)
 694       {
 695         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 696                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 697       }
 698       ;
 699       if (rtn)
 700       {
 701         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 702       }
 703
 704     } catch (Exception ex)
 705     {
 706       System.err
 707       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 708     }
 709
 710     if (file.indexOf("://") > -1)
 711     {
 712       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 713     }
 714     else
 715     {
 716       // skipping codebase prepend check.
 717       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 718     }
 719     FileParse fp = null;
 720     try
 721     {
 722       if (debug)
 723       {
 724         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 725                 + protocol + ":");
 726       }
 727       fp = new FileParse(file, protocol);
 728       if (!fp.isValid())
 729       {
 730         fp = null;
 731       }
 732       else
 733       {
 734         if (debug)
 735         {
 736           System.out.println("Successful.");
 737         }
 738       }
 739     } catch (Exception e)
 740     {
 741       if (debug)
 742       {
 743         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 744       }
 745       fp = null;
 746     }
 747     if (fp == null)
 748     {
 749       if (debug)
 750       {
 751         System.out.println("Accessing as paste.");
 752       }
 753       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 754       fp = null;
 755       try
 756       {
 757         fp = new FileParse(file, protocol);
 758         if (!fp.isValid())
 759         {
 760           fp = null;
 761         }
 762       } catch (Exception e)
 763       {
 764         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 765         e.printStackTrace();
 766         fp = null;
 767       }
 768     }
 769     if (fp == null)
 770     {
 771       return null;
 772     }
 773     if (format == null || format.length() == 0)
 774     {
 775       return protocol;
 776     }
 777     else
 778     {
 779       try
 780       {
 781         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 782                 protocol);
 783         if (idformat == null)
 784         {
 785           if (debug)
 786           {
 787             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 788           }
 789           return null;
 790         }
 791         if (debug)
 792         {
 793           System.out.println("Format identified as " + idformat
 794                   + "and expected as " + format);
 795         }
 796         if (idformat.equals(format))
 797         {
 798           if (debug)
 799           {
 800             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 801           }
 802           return protocol;
 803         }
 804         else
 805         {
 806           if (debug)
 807           {
 808             System.out
 809             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 810           }
 811           fp.close();
 812           return null;
 813         }
 814       } catch (Exception e)
 815       {
 816         if (debug)
 817         {
 818           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 819           e.printStackTrace();
 820         }
 821         ;
 822
 823       }
 824     }
 825     return null;
 826   }
 827 }