src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1     /*\r
   2     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3     * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4     *\r
   5     * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6     * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7     * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8     * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9     *\r
  10     * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11     * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12     * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13     * GNU General Public License for more details.\r
  14     *\r
  15     * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16     * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17     * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18     */\r
  19     package jalview.io;\r
  20 \r
  21     import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23     import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * DOCUMENT ME!\r
  28      *\r
  29      * @author $author$\r
  30      * @version $Revision$\r
  31      */\r
  32     public class AppletFormatAdapter\r
  33     {\r
  34         /** DOCUMENT ME!! */\r
  35         public static final Vector formats = new Vector();\r
  36 \r
  37         public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";\r
  38 \r
  39         public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n" +\r
  40                                                  "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM";\r
  41 \r
  42         static\r
  43         {\r
  44             formats.addElement("BLC");\r
  45             formats.addElement("CLUSTAL");\r
  46             formats.addElement("FASTA");\r
  47             formats.addElement("MSF");\r
  48             formats.addElement("PileUp");\r
  49             formats.addElement("PIR");\r
  50             formats.addElement("PFAM");\r
  51             formats.addElement("STH");\r
  52             formats.addElement("PDB");\r
  53         }\r
  54 \r
  55 \r
  56         public static String FILE = "File";\r
  57         public static String URL = "URL";\r
  58         public static String PASTE = "Paste";\r
  59         public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";\r
  60 \r
  61 \r
  62         AlignFile afile = null;\r
  63         String inFile;\r
  64 \r
  65         /**\r
  66          * DOCUMENT ME!\r
  67          *\r
  68          * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  69          * @param type DOCUMENT ME!\r
  70          * @param format DOCUMENT ME!\r
  71          *\r
  72          * @return DOCUMENT ME!\r
  73          */\r
  74         public SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  75             throws java.io.IOException\r
  76         {\r
  77             this.inFile = inFile;\r
  78             try\r
  79             {\r
  80               if (format.equals("FASTA"))\r
  81               {\r
  82                 afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  83               }\r
  84               else if (format.equals("MSF"))\r
  85               {\r
  86                 afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  87               }\r
  88               else if (format.equals("PileUp"))\r
  89               {\r
  90                 afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  91               }\r
  92               else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  93               {\r
  94                 afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  95               }\r
  96               else if (format.equals("BLC"))\r
  97               {\r
  98                 afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  99               }\r
 100               else if (format.equals("PIR"))\r
 101               {\r
 102                 afile = new PIRFile(inFile, type);\r
 103               }\r
 104               else if (format.equals("PFAM"))\r
 105               {\r
 106                 afile = new PfamFile(inFile, type);\r
 107               }\r
 108               else if (format.equals("JnetFile"))\r
 109               {\r
 110                 afile = new JPredFile(inFile, type);\r
 111                 ( (JPredFile) afile).removeNonSequences();\r
 112               }\r
 113               else if (format.equals("PDB"))\r
 114               {\r
 115                 afile = new MCview.PDBfile(inFile, type);\r
 116               }\r
 117               else if (format.equals("STH"))\r
 118               {\r
 119                 afile = new StockholmFile(inFile, type);\r
 120               }\r
 121 \r
 122 \r
 123               return afile.getSeqsAsArray();\r
 124             }\r
 125             catch (Exception e)\r
 126             {\r
 127               e.printStackTrace();\r
 128               System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
 129                                  "' reader.\n"+e);\r
 130 \r
 131               if(e.getMessage()!=null && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 132                 throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 133 \r
 134               // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id\r
 135               if(type.equalsIgnoreCase("Paste"))\r
 136               {\r
 137                 try{\r
 138                   // Possible sequence is just residues with no label\r
 139                   afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");\r
 140                   return afile.getSeqsAsArray();\r
 141                 }\r
 142                 catch(Exception ex)\r
 143                 {\r
 144                   if(ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 145                     throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 146 \r
 147                   ex.printStackTrace();\r
 148                 }\r
 149               }\r
 150 \r
 151               // If we get to this stage, the format was not supported\r
 152               throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);\r
 153             }\r
 154         }\r
 155 \r
 156 \r
 157         /**\r
 158          * DOCUMENT ME!\r
 159          *\r
 160          * @param format DOCUMENT ME!\r
 161          * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 162          *\r
 163          * @return DOCUMENT ME!\r
 164          */\r
 165         public String formatSequences(String format,\r
 166                                       Vector seqs,\r
 167                                       boolean jvsuffix)\r
 168         {\r
 169             SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
 170 \r
 171             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 172                 s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 173 \r
 174             try\r
 175             {\r
 176                 AlignFile afile = null;\r
 177 \r
 178                 if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 179                 {\r
 180                     afile = new FastaFile();\r
 181                 }\r
 182                 else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 183                 {\r
 184                     afile = new MSFfile();\r
 185                 }\r
 186                 else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 187                 {\r
 188                     afile = new PileUpfile();\r
 189                 }\r
 190                 else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 191                 {\r
 192                     afile = new ClustalFile();\r
 193                 }\r
 194                 else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 195                 {\r
 196                     afile = new BLCFile();\r
 197                 }\r
 198                 else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 199                 {\r
 200                     afile = new PIRFile();\r
 201                 }\r
 202                 else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 203                 {\r
 204                     afile = new PfamFile();\r
 205                 }\r
 206                 else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))\r
 207                 {\r
 208                   afile = new StockholmFile();\r
 209                 }\r
 210 \r
 211 \r
 212                 afile.addJVSuffix(jvsuffix);\r
 213 \r
 214                 afile.setSeqs(s);\r
 215 \r
 216                 return afile.print();\r
 217             }\r
 218             catch (Exception e)\r
 219             {\r
 220                 System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 221                     "' file\n");\r
 222                 e.printStackTrace();\r
 223             }\r
 224 \r
 225             return null;\r
 226         }\r
 227     }\r