src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1     /*\r
   2     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3     * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4     *\r
   5     * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6     * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7     * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8     * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9     *\r
  10     * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11     * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12     * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13     * GNU General Public License for more details.\r
  14     *\r
  15     * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16     * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17     * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18     */\r
  19     package jalview.io;\r
  20 \r
  21     import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23     import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * DOCUMENT ME!\r
  28      *\r
  29      * @author $author$\r
  30      * @version $Revision$\r
  31      */\r
  32     public class AppletFormatAdapter\r
  33     {\r
  34         /** DOCUMENT ME!! */\r
  35         public static final Vector formats = new Vector();\r
  36 \r
  37         static\r
  38         {\r
  39             formats.addElement("BLC");\r
  40             formats.addElement("CLUSTAL");\r
  41             formats.addElement("FASTA");\r
  42             formats.addElement("MSF");\r
  43             formats.addElement("PileUp");\r
  44             formats.addElement("PIR");\r
  45             formats.addElement("PFAM");\r
  46         }\r
  47 \r
  48         AlignFile afile = null;\r
  49 \r
  50         /**\r
  51          * DOCUMENT ME!\r
  52          *\r
  53          * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  54          * @param type DOCUMENT ME!\r
  55          * @param format DOCUMENT ME!\r
  56          *\r
  57          * @return DOCUMENT ME!\r
  58          */\r
  59         public SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  60         {\r
  61             try\r
  62             {\r
  63                 if (format.equals("FASTA"))\r
  64                 {\r
  65                     afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  66                 }\r
  67                 else if (format.equals("MSF"))\r
  68                 {\r
  69                     afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  70                 }\r
  71                 else if (format.equals("PileUp"))\r
  72                 {\r
  73                     afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  74                 }\r
  75                 else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  76                 {\r
  77                     afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  78                 }\r
  79                 else if (format.equals("BLC"))\r
  80                 {\r
  81                     afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  82                 }\r
  83                 else if (format.equals("PIR"))\r
  84                 {\r
  85                     afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  86                 }\r
  87                 else if (format.equals("PFAM"))\r
  88                 {\r
  89                     afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  90                 }\r
  91 \r
  92                 return afile.getSeqsAsArray();\r
  93             }\r
  94             catch (Exception e)\r
  95             {\r
  96                 System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
  97                     "' reader.");\r
  98                 e.printStackTrace();\r
  99             }\r
 100 \r
 101             return null;\r
 102         }\r
 103 \r
 104 \r
 105         /**\r
 106          * DOCUMENT ME!\r
 107          *\r
 108          * @param format DOCUMENT ME!\r
 109          * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 110          *\r
 111          * @return DOCUMENT ME!\r
 112          */\r
 113         public String formatSequences(String format,\r
 114                                       Vector seqs,\r
 115                                       boolean dbref,\r
 116                                       boolean jvsuffix)\r
 117         {\r
 118             SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
 119 \r
 120             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 121                 s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 122 \r
 123             try\r
 124             {\r
 125                 AlignFile afile = null;\r
 126 \r
 127                 if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 128                 {\r
 129                     afile = new FastaFile();\r
 130                 }\r
 131                 else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 132                 {\r
 133                     afile = new MSFfile();\r
 134                 }\r
 135                 else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 136                 {\r
 137                     afile = new PileUpfile();\r
 138                 }\r
 139                 else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 140                 {\r
 141                     afile = new ClustalFile();\r
 142                 }\r
 143                 else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 144                 {\r
 145                     afile = new BLCFile();\r
 146                 }\r
 147                 else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 148                 {\r
 149                     afile = new PIRFile();\r
 150                 }\r
 151                 else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 152                 {\r
 153                     afile = new PfamFile();\r
 154                 }\r
 155 \r
 156                 afile.addDBPrefix(dbref);\r
 157                 afile.addJVSuffix(jvsuffix);\r
 158 \r
 159                 afile.setSeqs(s);\r
 160 \r
 161                 return afile.print();\r
 162             }\r
 163             catch (Exception e)\r
 164             {\r
 165                 System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 166                     "' file\n");\r
 167                 e.printStackTrace();\r
 168             }\r
 169 \r
 170             return null;\r
 171         }\r
 172     }\r